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| Mendeliome v1.171 | SLCO2A1 | Zornitza Stark edited their review of gene: SLCO2A1: Added comment: PMID 29313109: Over 40 Japanese individuals reported with bi-allelic variants in this gene and multiple small intestinal ulcers of nonspecific histology. Some overlap with the hypertrophic osteoarthropathy also associated with bi-allelic variants in this gene. Mild digital clubbing or periostosis was found in 13 patients (28%), with five male patients fulfilling the major diagnostic criteria of PHO.; Changed publications: 23509104, 27134495, 33852188, 22331663, 27134495, 29313109; Changed phenotypes: Hypertrophic osteoarthropathy, primary, autosomal dominant, MIM# 167100, Hypertrophic osteoarthropathy, primary, autosomal recessive 2, MIM# 614441, Inflammatory bowel disease, MONDO:0005265, SLCO2A1-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.169 | C20orf24 | Zornitza Stark Marked gene: C20orf24 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.169 | C20orf24 |
Zornitza Stark gene: C20orf24 was added gene: C20orf24 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: C20orf24 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: C20orf24 were set to 35614220; 24194475 Phenotypes for gene: C20orf24 were set to Craniofacial dysmorphism, skeletal anomalies, and impaired intellectual development syndrome 2, MIM# 616994 Review for gene: C20orf24 was set to RED Added comment: Bi-allelic LoF variant identified in patient originally reported in PMID 24194475. HGNC approved name is RAB5IF. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.164 | PPP1R13L | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PPP1R13L were changed from Dilated cardiomyopathy, onset in infancy to Multiple congenital anomalies/dysmorphic syndrome, MONDO:0019042 - PPP1R13L-related; Dilated cardiomyopathy, onset in infancy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.163 | CHD5 | Elena Savva Phenotypes for gene: CHD5 were changed from Intellectual disability; Epilepsy to Parenti-Mignot neurodevelopmental syndrome MIM#619873 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.162 | CHD5 | Elena Savva reviewed gene: CHD5: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 33944996; Phenotypes: Parenti-Mignot neurodevelopmental syndrome MIM#619873; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.162 | GINS3 | Zornitza Stark Marked gene: GINS3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.161 | GINS3 |
Zornitza Stark gene: GINS3 was added gene: GINS3 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: GINS3 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: GINS3 were set to 35603789 Phenotypes for gene: GINS3 were set to Meier-Gorlin syndrome, MONDO:0016817, GINS3-related Review for gene: GINS3 was set to GREEN Added comment: 7 individuals from 5 families reported, presenting with prenatal and postnatal growth deficiency as well as other features. Three unique missense variants identified, two affecting p.Asp24. These variants are thought to be hypomorphic. Supportive mouse model. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.159 | C9orf84 | Zornitza Stark Marked gene: C9orf84 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.158 | C9orf84 |
Zornitza Stark changed review comment from: 8 families reported with bi-allelic variants in this gene and spermatogenic failure. Sources: Literature; to: 8 families reported with bi-allelic variants in this gene and spermatogenic failure. A male germ cell-specific Shoc1 knockout mouse model recapitulates the phenotype (germline knockout: early lethality). HGNC approved name is SHOC1. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.158 | C9orf84 |
Zornitza Stark gene: C9orf84 was added gene: C9orf84 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: C9orf84 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: C9orf84 were set to 32741963; 32900840; 35485979 Phenotypes for gene: C9orf84 were set to Spermatogenic failure 75, MIM# 619949 Review for gene: C9orf84 was set to GREEN Added comment: 8 families reported with bi-allelic variants in this gene and spermatogenic failure. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.155 | KMT2B | Zornitza Stark edited their review of gene: KMT2B: Added comment: Nine individuals reported in PMID 33150406 with heterozygous variants in this gene and intellectual disability, speech delay, microcephaly, growth delay, feeding problems, and dysmorphic features, including epicanthic folds, posteriorly rotated ears, syndactyly/clinodactyly of toes, and fifth finger clinodactyly, normal MRIs and NO dystonia.; Changed publications: 27839873, 27992417, 33150406; Changed phenotypes: Dystonia 28, childhood-onset 617284, MONDO:0015004, Intellectual developmental disorder, autosomal dominant 68, MIM# 619934 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.155 | LMAN2L | Zornitza Stark Phenotypes for gene: LMAN2L were changed from Mental retardation, autosomal recessive, 52; OMIM #616887 to Mental retardation, autosomal recessive, 52 OMIM #616887; Intellectual developmental disorder, autosomal dominant 69 , MIM# 617863 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.154 | LMAN2L | Zornitza Stark edited their review of gene: LMAN2L: Changed phenotypes: Mental retardation, autosomal recessive, 52 OMIM #616887, Intellectual developmental disorder, autosomal dominant 69 , MIM# 617863 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.154 | CDH2 | Zornitza Stark edited their review of gene: CDH2: Changed phenotypes: Intellectual disability, corpus callosum abnormalities, congenital abnormalities, Agenesis of corpus callosum, cardiac, ocular, and genital syndrome, MIM# 618929, Attention deficit-hyperactivity disorder 8 , MIM# 619957 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.154 | CDH2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: CDH2 were changed from Intellectual disability; corpus callosum abnormalities; congenital abnormalities; Agenesis of corpus callosum, cardiac, ocular, and genital syndrome, MIM# 618929 to Intellectual disability; corpus callosum abnormalities; congenital abnormalities; Agenesis of corpus callosum, cardiac, ocular, and genital syndrome, MIM# 618929; Attention deficit-hyperactivity disorder 8 , MIM# 619957 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.152 | CDH2 | Zornitza Stark edited their review of gene: CDH2: Added comment: PMID 34702855: three sibs with homozygous missense and strikingly severe ADHD. Mouse model of same variant recapitulated the phenotype. AMBER for bi-allelic association (segregation and functional data).; Changed publications: 31585109, 34702855; Changed phenotypes: Intellectual disability, corpus callosum abnormalities, congenital abnormalities, Agenesis of corpus callosum, cardiac, ocular, and genital syndrome, MIM# 618929:Attention deficit-hyperactivity disorder 8 , MIM# 619957; Changed mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.151 | KITLG | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KITLG were changed from Deafness, autosomal dominant 69, unilateral or asymmetric, MIM# 616697 to Deafness, autosomal dominant 69, unilateral or asymmetric, MIM# 616697; deafness; heterochromia iridis; hypopigmentation of the skin; hyperpigmentation of the skin; Waardenburg syndrome,MONDO:0018094, KITLG-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.148 | CLDN5 | Zornitza Stark Marked gene: CLDN5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.147 | CLDN5 |
Zornitza Stark gene: CLDN5 was added gene: CLDN5 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: CLDN5 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: CLDN5 were set to 35714222 Phenotypes for gene: CLDN5 were set to alternating hemiplegia, MONDO:0016210, CLDN5-related Mode of pathogenicity for gene: CLDN5 was set to Loss-of-function variants (as defined in pop up message) DO NOT cause this phenotype - please provide details in the comments Review for gene: CLDN5 was set to AMBER Added comment: PMID: 35714222; Hashimoto, Y. et al. (2022): Two unrelated cases (early-onset) with alternating hemiplegia with microcephaly were shown to have the same de novo variant, NM_001363066.2:c.178G>A, p.(Gly60Arg). One with Jewish / Tunisian ancestry: Onset was at 8 months, three episodes of febrile tonic-clonic 1 seizures of the four limbs, with eye rolling, loss of consciousness, transient left and right post-2 ictal hemiparesis and vomiting. The other with Asian / European ancestry: Onset was at 30 months with three iterative episodes of febrile and non-febrile hemiplegia and loss of 18 consciousness. The recurrent episodes alternatively involved the left-and 19 right-hand side, then generalised and were followed by post ictal hemiparesis. CT scans of both showed brain calcifications and aberrant blood flow patterns. Transfected cell lines with this variant, c178G>A, showed higher chloride ion permeability and lower sodium ion permeability when compared to wildtype. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.143 | HCK | Zornitza Stark Marked gene: HCK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.140 | TBX21 |
Zornitza Stark changed review comment from: Single individual reported with disseminated disease following BCG vaccination, who subsequently developed severe persistent reactive airway disease and eosinophilia that responded to steroid treatment. Homozygous variant identified. Association with asthma and nasal polyps pertains to promoter SNPs.; to: Single individual reported with disseminated disease following BCG vaccination, who subsequently developed severe persistent reactive airway disease and eosinophilia that responded to steroid treatment. Homozygous variant identified. Functional data. Association with asthma and nasal polyps pertains to promoter SNPs. |
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| Mendeliome v1.138 | KITLG | Dean Phelan reviewed gene: KITLG: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: Other; Publications: PMID: 35543077, 28504826, 19375057, 21368769; Phenotypes: deafness, heterochromia iridis, hypopigmentation of the skin, hyperpigmentation of the skin, Waardenburg syndrome,MONDO:0018094, KITLG-related; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.138 | NFATC2 | Zornitza Stark Marked gene: NFATC2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.137 | NFATC2 |
Paul De Fazio gene: NFATC2 was added gene: NFATC2 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: NFATC2 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: NFATC2 were set to 35789258 Phenotypes for gene: NFATC2 were set to Skeletal system disorder MONDO:0005172 Review for gene: NFATC2 was set to RED gene: NFATC2 was marked as current diagnostic Added comment: Patient born to consanguineous parents homozygous for a frameshift variant. No other (unaffected) members of the family were homozygous. Family history of recurrent childhood deaths. After a healthy birth the patient developed painless decreased range of motion at 1.5yrs leading to difficulty with ambulation at 3yrs. Formal orthopedic assessment at age 15 years demonstrated a neurodevelopmentally normal young man with marked bilateral fixed flexion contractures of knees, hips, and ankles. The main musculoskeletal findings were painless contractures of the large and small joints of the upper and lower limbs, osteochondromas, and osteopenia. Patient was diagnosed with B-cell lymphoma at age 18. Patient CD8+ T-cells show impaired polyfunctionality, and the patient had an accumulation of non-functional memory CD4+ T-cells. TFH cell function was also impaired. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.137 | PIK3C2B | Zornitza Stark Marked gene: PIK3C2B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.136 | CCDC155 | Zornitza Stark Marked gene: CCDC155 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.136 | CCDC155 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: CCDC155 were changed from Non-obstructive azoospermia; Premature ovarian insufficiency to Non-obstructive azoospermia; Premature ovarian insufficiency; Infertility disorder, MONDO:0005047, CCDC155-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.134 | PIK3C2B |
Krithika Murali gene: PIK3C2B was added gene: PIK3C2B was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: PIK3C2B was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: PIK3C2B were set to PMID:35786744 Phenotypes for gene: PIK3C2B were set to familial partial epilepsy - MONDO#0017704 Review for gene: PIK3C2B was set to AMBER Added comment: No OMIM gene disease association. Gozzelino et al.(2022) Brain - report enrichment of ultra-rare PIK3C2B variants in focal epilepsy cohorts, including one variant shown to be de novo (G1294Q). Segregation data not provided for all cases. The p.G1345S variant was inherited from an affected father. The p.K584* variant was inherited from an unaffected father suggesting incomplete penetrance. Functional studies supported a LoF mechanism and mouse model studies suggestive of mTORC1 pathway hyperactivation. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.134 | CCDC155 |
Melanie Marty gene: CCDC155 was added gene: CCDC155 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: CCDC155 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: CCDC155 were set to 35674372; 35708642; 29790874; 35587281 Phenotypes for gene: CCDC155 were set to Non-obstructive azoospermia; Premature ovarian insufficiency Review for gene: CCDC155 was set to GREEN Added comment: Current HGNC name is KASH5 Summary: 4 families reported with non-obstructive azoospermia or premature ovarian insufficiency. Functional studies have been performed and mouse models recapitulate the phenotype. PMID: 35674372 CNV and frameshift variants in KASH5 were identified in a non-obstructive azoospermia affected patient and in his infertile sister by whole-exome sequencing and CNV array. Kash5 knockout mouse displayed similar phenotypes, including a meiotic arrest at a zygotene-like stage and impaired pairing and synapsis. PMID: 35708642 Hom splice identified in KASH5 in 2 sisters with premature ovarian insufficiency. In vitro studies found the variant disturbed the nuclear membrane localization of KASH5 and its binding with SUN1. Moreover, the Kash5 C-terminal deleted mice revealed defective meiotic homolog pairing and accelerated depletion of oocytes. PMID: 29790874 2 brothers with non-obstructive azoospermia with hom missense in CCDC155 35587281 2 siblings with hom missense in CCDC155 non-obstructive azoospermia and premature ovarian insufficiency. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.134 | SLC30A7 | Alison Yeung Marked gene: SLC30A7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.130 | SLC30A7 |
Naomi Baker gene: SLC30A7 was added gene: SLC30A7 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: SLC30A7 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: SLC30A7 were set to PMID: 35751429 Phenotypes for gene: SLC30A7 were set to Joubert syndrome (MONDO:0018772), SLC30A7-related Review for gene: SLC30A7 was set to AMBER Added comment: PMID: 35751429: Two individuals reported with de novo variants, one missense and one delins resulting in missense. The first individual is a female with history of unilateral postaxial polydactyly, classic molar tooth sign on MRI, macrocephaly, ataxia, ocular motor apraxia, neurodevelopmental delay, and precocious puberty. The second individual had bilateral postaxial polydactyly, molar tooth sign, macrocephaly, developmental delay, and an extra oral frenulum. No functional studies reported. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.130 | CHMP3 | Zornitza Stark Marked gene: CHMP3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.129 | PABPC1 | Elena Savva Marked gene: PABPC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.128 | PABPC1 |
Elena Savva gene: PABPC1 was added gene: PABPC1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: PABPC1 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown Publications for gene: PABPC1 were set to PMID: 35511136 Phenotypes for gene: PABPC1 were set to Neurodevelopmental disorder, PABPC1-related (MONDO#0700092) Review for gene: PABPC1 was set to GREEN Added comment: PMID: 35511136 - 4 probands with an overlapping phenotype of DD, expressive speech delay, and autistic features and heterozygous de novo variants that cluster in the PABP domain of PABPC1. Electroporation of mouse embryo brains showed that Pabpc1 knockdown decreases the proliferation of neural progenitor cells. Wild-type Pabpc1 could rescue this disturbance, whereas 3 of the 4 variants did not. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.127 | WNK3 | Zornitza Stark Marked gene: WNK3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.126 | CHMP3 |
Chern Lim gene: CHMP3 was added gene: CHMP3 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: CHMP3 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: CHMP3 were set to PMID: 35710109 Phenotypes for gene: CHMP3 were set to Hereditary spastic paraplegia (MONDO:0019064), CHMP3-related Review for gene: CHMP3 was set to AMBER gene: CHMP3 was marked as current diagnostic Added comment: PMID: 35710109 - Single large family with consanguinity, homozygous missense variant in 5 affected individuals with intellectual and progressive motor disabilities, seizures and spastic quadriplegia. - Functional studies showed reduced CHMP3 protein in patient's fibroblasts, lenti-rescue study showed improved cellular phenotypes associated with impaired autophagy. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.126 | WNK3 |
Lucy Spencer gene: WNK3 was added gene: WNK3 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: WNK3 was set to X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females Publications for gene: WNK3 were set to 35678782 Phenotypes for gene: WNK3 were set to Neurodevelopmental disorder, WNK3-related (MONDO#0700092) Added comment: 6 maternally inherited hemizygous variants, 3 missense, 2 canonical splice, and a nonsense. Seen in 14 individuals from 6 families, all 14 are male who inherited hemizygous variants from their unaffected heterozygous mothers. The variants cosegregated with disease in 3 families with multiple affected individuals. All 14 patients have ID, 11 have speech delay, 10 have facial abnormalities, 5 have seizures, 6 with microcephaly and 7 with anomalies in brain imaging. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.126 | WNT7B | Zornitza Stark Marked gene: WNT7B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.125 | WNT7B |
Zornitza Stark gene: WNT7B was added gene: WNT7B was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: WNT7B was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: WNT7B were set to 35790350 Phenotypes for gene: WNT7B were set to Pulmonary hypoplasia, Diaphragmatic anomalies, Anophthalmia/microphthalmia and Cardiac defects syndrome; Multiple congenital anomalies/dysmorphic features syndrome MONDO:0043005, WNT7B-related Review for gene: WNT7B was set to GREEN Added comment: Three families reported with fetuses with multiple congenital anomalies and bi-allelic LoF variants. Two of the families had at the same variant. Supportive zebrafish model. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.123 | TMEM63C |
Elena Savva gene: TMEM63C was added gene: TMEM63C was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: TMEM63C was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: TMEM63C were set to PMID: 35718349 Phenotypes for gene: TMEM63C were set to Hereditary spastic paraplegia, MONDO:0019064, TMEM63C-related Review for gene: TMEM63C was set to GREEN Added comment: PMID: 35718349 - Four NMD PTCs observed in at least 3 unrelated patients. Two segregated strongly in highly consanguineous families. Common clinical details include mild ID, spastic paraplegia, hypereflexia, spasticity, delayed motor development. Single patient was microcephalic Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.122 | MAL | Zornitza Stark Marked gene: MAL as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.121 | MAL |
Zornitza Stark gene: MAL was added gene: MAL was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: MAL was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: MAL were set to 35217805 Phenotypes for gene: MAL were set to Leukodystrophy MONDO:0019046, MAL-related Review for gene: MAL was set to AMBER Added comment: Single family with two affected siblings reported, with homozygous missense variant, some functional data. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.119 | RELN | Zornitza Stark edited their review of gene: RELN: Added comment: PMID 35769015: 13 individuals from seven families with monoallelic (heterozygous) variants of RELN and frontotemporal or temporal-predominant lissencephaly variant. Some individuals with monoallelic variants had moderate frontotemporal lissencephaly, but with normal cerebellar structure and intellectual disability with severe behavioural dysfunction. However, one adult had abnormal MRI with normal intelligence and neurological profile. Additional 7 individuals from 4 families with bi-allelic variants.; Changed publications: 35769015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.119 | TAF8 |
Zornitza Stark changed review comment from: 8 individuals reported from 5 families, four of which were consanguineous. Clinical features included severe psychomotor retardation with almost absent development, feeding problems, microcephaly, growth retardation, spasticity and epilepsy. Six had the c.781-1G > A variant in homozygous state. This is likely to be a founder variant. One family with different compound heterozygous variants. Sources: Literature; to: 8 individuals reported from 5 families, four of which were consanguineous. Clinical features included severe psychomotor retardation with almost absent development, feeding problems, microcephaly, growth retardation, spasticity and epilepsy. Six had the c.781-1G > A variant in homozygous state. Unclear if this is a founder variant, families of different ethnicities. One family with different compound heterozygous variants. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.119 | TAF8 | Zornitza Stark Marked gene: TAF8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.118 | TAF8 |
Zornitza Stark gene: TAF8 was added gene: TAF8 was added to Mendeliome. Sources: Literature founder tags were added to gene: TAF8. Mode of inheritance for gene: TAF8 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: TAF8 were set to 29648665; 35759269 Phenotypes for gene: TAF8 were set to Neurodevelopmental disorder, MONDO:0700092, TAF8-related Review for gene: TAF8 was set to GREEN Added comment: 8 individuals reported from 5 families, four of which were consanguineous. Clinical features included severe psychomotor retardation with almost absent development, feeding problems, microcephaly, growth retardation, spasticity and epilepsy. Six had the c.781-1G > A variant in homozygous state. This is likely to be a founder variant. One family with different compound heterozygous variants. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.117 | PNPT1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PNPT1 were changed from Combined oxidative phosphorylation deficiency 13 (MIM#614932); Deafness, autosomal recessive 70 (MIM#614934) to Combined oxidative phosphorylation deficiency 13 (MIM#614932); Deafness, autosomal recessive 70 (MIM#614934); Spinocerebellar ataxia 25, MIM# 608703 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.114 | PNPT1 | Zornitza Stark edited their review of gene: PNPT1: Added comment: Three families reported with heterozygous variants and SCA25. Incomplete penetrance in one of the families. In the third family, the variant was inherited from an asymptomatic 80+ year old. Note bi-allelic variants in this gene cause a mitochondrial disorder. Exact mechanism through which mono-allelic variants cause SCA25 not elucidated: authors speculate abnormal accumulation of mitochondrial RNA with subsequent leakage into the cytosol that may trigger a type 1 interferon response leading to neuroinflammation with neuronal dysfunction or neuronal loss.; Changed rating: AMBER; Changed publications: 35411967; Changed phenotypes: Spinocerebellar ataxia 25, MIM# 608703; Changed mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.114 | TTC25 | Arina Puzriakova reviewed gene: TTC25: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27486780, 31765523, 33715250, 33746037, 34215651; Phenotypes: Ciliary dyskinesia, primary, 35, OMIM:617092; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.113 | RHOG | Zornitza Stark Marked gene: RHOG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.111 | TNFSF13 | Zornitza Stark Marked gene: TNFSF13 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.111 | TNFSF13 |
Zornitza Stark gene: TNFSF13 was added gene: TNFSF13 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: TNFSF13 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: TNFSF13 were set to 32298700 Phenotypes for gene: TNFSF13 were set to Hypogammaglobulinaemia, MONDO:0015977, TNSF13-related Review for gene: TNFSF13 was set to RED Added comment: Single individual, consanguineous parents. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.110 | POU2AF1 | Zornitza Stark Marked gene: POU2AF1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.110 | POU2AF1 |
Zornitza Stark gene: POU2AF1 was added gene: POU2AF1 was added to Mendeliome. Sources: Expert Review Mode of inheritance for gene: POU2AF1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: POU2AF1 were set to 33571536 Phenotypes for gene: POU2AF1 were set to Agammaglobulinaemia, MONDO:0015977, POU2AF1-related Review for gene: POU2AF1 was set to RED Added comment: Single individual from consanguineous parents lacking immunoglobulins despite normal total B-cell numbers. Sources: Expert Review |
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| Mendeliome v1.109 | CD28 | Zornitza Stark Marked gene: CD28 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.108 | CD28 |
Zornitza Stark changed review comment from: Rare homozygous CD28 variant segregates with severe verrucosis in three relatives and supportive functional data. Sources: Expert Review; to: Rare homozygous CD28 variant segregates with severe verrucosis in three relatives and supportive functional data. CD28-deficient mice are susceptible to cutaneous infections with the mouse papillomavirus MmuPV1. Sources: Expert Review |
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| Mendeliome v1.108 | CD28 |
Zornitza Stark gene: CD28 was added gene: CD28 was added to Mendeliome. Sources: Expert Review Mode of inheritance for gene: CD28 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: CD28 were set to 34214472 Phenotypes for gene: CD28 were set to Hereditary predisposition to infections, MONDO:0015979, CD28-related; isolated susceptibility to cutaneous α- and γ-HPVs Review for gene: CD28 was set to RED Added comment: Rare homozygous CD28 variant segregates with severe verrucosis in three relatives and supportive functional data. Sources: Expert Review |
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| Mendeliome v1.106 | IKZF3 | Zornitza Stark edited their review of gene: IKZF3: Added comment: Additional multigenerational family where novel missense variant segregated with disease in 4 individuals.; Changed rating: GREEN; Changed publications: 34155405, 34694366 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.106 | COPG1 | Zornitza Stark Marked gene: COPG1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.105 | COPG1 |
Zornitza Stark gene: COPG1 was added gene: COPG1 was added to Mendeliome. Sources: Expert Review Mode of inheritance for gene: COPG1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: COPG1 were set to 33529166 Phenotypes for gene: COPG1 were set to Combined immunodeficiency MONDO:0015131, COPG1-related Review for gene: COPG1 was set to RED Added comment: Five Omani siblings, born to consanguineous parents, homozygous missense. Homozygous Copg1K652E mice had increased ER stress in activated T and B cells, poor antibody responses, and normal numbers of T cells that proliferated normally, but underwent increased apoptosis upon activation. Exposure of the mutants to pet store mice caused weight loss, lymphopenia, and defective T cell proliferation that recapitulated the findings in the patients. The ER stress-relieving agent tauroursodeoxycholic acid corrected the immune defects of the mutants and reversed the phenotype they acquired following exposure to pet store mice. Sources: Expert Review |
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| Mendeliome v1.104 | TSPAN7 |
Zornitza Stark edited their review of gene: TSPAN7: Added comment: Two families reported with LoF variants and ID: Abidi FE et al. 2002 Jun (PMID:12070254); Zemni R et al. 2000 Feb (PMID:10655063) Assessed as MODERATE by ClinGen.; Changed rating: AMBER; Changed publications: 12070254, 10655063 |
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| Mendeliome v1.104 | IFNAR2 | Zornitza Stark Publications for gene: IFNAR2 were set to 26424569 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.103 | IFNAR2 | Zornitza Stark Classified gene: IFNAR2 as Green List (high evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.103 | IFNAR2 | Zornitza Stark Gene: ifnar2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.102 | IFNAR2 | Zornitza Stark edited their review of gene: IFNAR2: Added comment: Five children from Greenland, Canada, and Alaska presenting with viral diseases, including life-threatening COVID-19 or influenza, in addition to meningoencephalitis and/or hemophagocytic lymphohistiocytosis following live-attenuated viral vaccination; Changed rating: GREEN; Changed publications: 26424569, 35442417 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.102 | IFNAR1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: IFNAR1 were changed from Severe disease caused by Yellow Fever vaccine and Measles vaccine to Immunodeficiency 106, susceptibility to viral infections, MIM# 619935; Severe disease caused by Yellow Fever vaccine and Measles vaccine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.101 | IFNAR1 | Zornitza Stark Publications for gene: IFNAR1 were set to 31270247 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.100 | IFNAR1 | Zornitza Stark Classified gene: IFNAR1 as Green List (high evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.100 | IFNAR1 | Zornitza Stark Gene: ifnar1 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.99 | IFNAR1 | Zornitza Stark edited their review of gene: IFNAR1: Changed rating: GREEN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.99 | IFNAR1 | Zornitza Stark edited their review of gene: IFNAR1: Added comment: Seven children from five unrelated kindreds; Changed publications: 31270247, 35442418; Changed phenotypes: Immunodeficiency 106, susceptibility to viral infections, MIM# 619935, Severe disease caused by Yellow Fever vaccine and Measles vaccine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.96 | NEK8 | Zornitza Stark edited their review of gene: NEK8: Added comment: ESHG 2022: 12 families with paediatric renal cystic disease (enlarged kidneys, kidney cysts, ESKF <20yrs) -3 recurrent HTZ variants in NEK8 kinase domain (Arg45Trp, Ile150Met, Lys157Gln) -suspected dominant negative effect -patient fibroblasts show normal ciliogenesis and normal localisation and expression of NEK8 (Note carriers of AR-NEK8 disease do not show renal manifestations, as variants are LOF); Changed phenotypes: Renal-hepatic-pancreatic dysplasia 2, MIM# 615415, MONDO:0014174, Familial renal cystic disease MONDO:0019741, NEK8-related, dominant; Changed mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.89 | DDR2 |
Zornitza Stark changed review comment from: Bi-allelic variants in this gene are associated with a severe perinatal skeletal dysplasia. Mono-allelic variants cause Warburg-Cinotti syndrome, which is characterized by progressive corneal neovascularization, keloid formation, chronic skin ulcers, wasting of subcutaneous tissue, flexion contractures of the fingers, and acroosteolysis. Four unrelated families reported with missense variants, which were activating.; to: Bi-allelic variants in this gene are associated with a severe perinatal skeletal dysplasia. LoF. Mono-allelic variants cause Warburg-Cinotti syndrome, which is characterized by progressive corneal neovascularization, keloid formation, chronic skin ulcers, wasting of subcutaneous tissue, flexion contractures of the fingers, and acroosteolysis. Four unrelated families reported with missense variants, which were activating. GoF. |
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| Mendeliome v1.85 | EPHA2 | Elena Savva reviewed gene: EPHA2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 34638995, 19005574, 19649315, 19306328, 33671840; Phenotypes: Early-Onset Cataract, cataract 6 multiple types MONDO:0007288; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.82 | GRIA1 | Zornitza Stark edited their review of gene: GRIA1: Added comment: Single individual reported with bi-allelic LoF variant. RED/AMBER for bi-allelic variants.; Changed publications: 28628100, 23033978, 26350204, 24896178, 35675825; Changed mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.81 | MSH5 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MSH5 were changed from Premature ovarian failure 13, MIM#617442; Premature ovarian failure 13, MIM#617442 to Spermatogenic failure 74, MIM# 619937; Premature ovarian failure 13, MIM#617442 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.80 | MSH5 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MSH5 were changed from Premature ovarian failure 13 MIM#617442 to Premature ovarian failure 13, MIM#617442; Premature ovarian failure 13, MIM#617442 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.79 | GCH1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GCH1 were changed from Hyperphenylalaninemia, BH4-deficient, B, MIM# 233910; Dystonia, DOPA-responsive, with or without hyperphenylalaninemia, MIM# 128230 to Hyperphenylalaninemia, BH4-deficient, B, MIM# 233910; Dystonia, DOPA-responsive, with or without hyperphenylalaninemia, MIM# 128230; Hereditary spastic paraplegia MONDO:0019064, GCH1-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.77 | GCH1 | Zornitza Stark reviewed gene: GCH1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 21935284, 24509643, 33713342; Phenotypes: Hereditary spastic paraplegia MONDO:0019064, GCH1-related; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.75 | KCNA5 | Zornitza Stark edited their review of gene: KCNA5: Added comment: Multiple families reported. At least one with LoF variant, rest missense. The missense variants are present in the population, ranging from 2 to 40 individuals in gnomad, which raises doubt about their pathogenicity.; Changed rating: AMBER | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.74 | GATA1 | Zornitza Stark edited their review of gene: GATA1: Added comment: Variants in GATA1 are associated with a number of haematological disorders, which probably represent a spectrum rather than distinct entities.; Changed phenotypes: Thrombocytopaenia, X-linked, with or without dyserythropoietic anaemia, MIM# 300367, Haemolytic anaemia due to elevated adenosine deaminase, MIM# 301083, Anemia, X-linked, with/without neutropenia and/or platelet abnormalities, MIM# 300835 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.74 | NR4A2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NR4A2 were changed from Intellectual disability; epilepsy to Intellectual developmental disorder with language impairment and early-onset DOPA-responsive dystonia-parkinsonism, MIM# 619911 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.73 | NR4A2 | Zornitza Stark edited their review of gene: NR4A2: Changed phenotypes: Intellectual developmental disorder with language impairment and early-onset DOPA-responsive dystonia-parkinsonism, MIM# 619911 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.69 | KCNJ1 | Zornitza Stark reviewed gene: KCNJ1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 8841184, 19096086, 7635463, 12086641, 9580661, 12122007; Phenotypes: Bartter syndrome, type 2, MIM#241200; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.68 | PRDM13 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PRDM13 were changed from Chorioretinal atrophy, progressive bifocal, MIM# 600790; Cerebellar dysfunction, impaired intellectual development, and hypogonadotropic hypogonadism, MIM# 619761 to Chorioretinal atrophy, progressive bifocal, MIM# 600790; Pontocerebellar hypoplasia, type 17, MIM# 619909; Cerebellar dysfunction, impaired intellectual development, and hypogonadotropic hypogonadism, MIM# 61976 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.66 | PRDM13 | Zornitza Stark edited their review of gene: PRDM13: Added comment: Note only single family reported with Cerebellar dysfunction, impaired intellectual development, and hypogonadotropic hypogonadism, MIM# 61976 -- this likely lies on the same spectrum as Pontocerebellar hypoplasia, type 17, MIM# 619909 rather than being a distinct disorder.; Changed publications: 30710461, 34730112; Changed phenotypes: Retinal dystrophy, Chorioretinal atrophy, progressive bifocal, MIM# 600790, Pontocerebellar hypoplasia, type 17, MIM# 619909, Cerebellar dysfunction, impaired intellectual development, and hypogonadotropic hypogonadism, MIM# 61976; Changed mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.65 | RBFOX2 |
Chern Lim changed review comment from: - PMID: 26785492: Analysed CHD (1213 congenital heart disease trios) and control (autism spectrum disorder) trios for de novo mutations. Found RBFOX2 gene had significantly more damaging de novo variants than expected: 3 de novo LoF variants (eg. nonsense, frameshift, or canonical splice disruptions). All 3 probands have hypoplastic left heart syndrome (HLHS). No further patient-specific clinical or variant info were available. Same cohort later included in PMID: 32368696, listed 4 de novo variants in this gene, in patients with left ventricular outflow tract obstruction (LVOTO) or conotruncal defects (CTDs). - PMID: 27670201: RNA expression study showed the silenced allele harbours a nonsense RBFOX2 variant (Arg287*), CHD patient heart tissue sample, same patient published in PMID: 26785492. - PMID: 27485310: Functional studies using heart tissue sample from HLHS patient with NM_001031695.2:c.859C>T p.(Arg287*) showed subcellular mislocalisation, impacting its nuclear function in RNA splicing. - PMID: 25205790: De novo 111.3kb del chr22:36038076-36149338 (hg19) which includes APOL5,APOL6,RBFOX2, in a patient with HLHS. - PMID: 35137168: Rbfox2 conditional knockout mouse model recapitulated several molecular and phenotypic features of HLHS.; to: - PMID: 26785492: Analysed CHD (1213 congenital heart disease trios) and control (autism spectrum disorder) trios for de novo mutations. Found RBFOX2 gene had significantly more damaging de novo variants than expected: 3 de novo LoF variants (1x nonsense, 1x frameshift, 1x canonical splice variants). All 3 probands have hypoplastic left heart syndrome (HLHS) and no extra-cardiac features. Same cohort later included in PMID: 32368696, listed one additional de novo variant in this gene (missense variant) in a patient with conotruncal defects (CTDs). - PMID: 27670201: RNA expression study showed the silenced allele harbours a nonsense RBFOX2 variant (Arg287*), CHD patient heart tissue sample, same patient published in PMID: 26785492. - PMID: 27485310: Functional studies using heart tissue sample from HLHS patient with NM_001031695.2:c.859C>T p.(Arg287*) showed subcellular mislocalisation, impacting its nuclear function in RNA splicing. - PMID: 25205790: De novo 111.3kb del chr22:36038076-36149338 (hg19) which includes APOL5,APOL6,RBFOX2, in a patient with HLHS. - PMID: 35137168: Rbfox2 conditional knockout mouse model recapitulated several molecular and phenotypic features of HLHS. |
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| Mendeliome v1.52 | RRM1 | Seb Lunke Marked gene: RRM1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.52 | BUB1 | Zornitza Stark Marked gene: BUB1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.52 | RRM1 | Seb Lunke Added comment: Comment on list classification: 3 families but only 2 Hom variants, not convinced they are definitely unrelated. 4th probed inconclusive. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.50 | PAN2 | Zornitza Stark Marked gene: PAN2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.49 | RRM1 |
Daniel Flanagan gene: RRM1 was added gene: RRM1 was added to Mendeliome. Sources: Expert list Mode of inheritance for gene: RRM1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: RRM1 were set to 35617047 Phenotypes for gene: RRM1 were set to Multiple mitochondrial DNA deletion syndrome (MONDO:0016797) Review for gene: RRM1 was set to GREEN Added comment: Homozygous missense were identified in 4 four probands (p.Arg381Cys or p.Arg381His) from three families, who presented with ptosis and ophthalmoplegia, plus other manifestations and multiple mtDNA deletions in muscle. Heterozygous carriers were unaffected. An additional proband was heterozygous for a different RRM1 missense (p.Asn427Lys), another variant not identified. Sources: Expert list |
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| Mendeliome v1.49 | LMOD2 | Seb Lunke Marked gene: LMOD2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.49 | LMOD2 | Seb Lunke Phenotypes for gene: LMOD2 were changed from Dilated cardiomyopathy to Dilated cardiomyopathy, MONDO:0005021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.48 | ATOH1 | Zornitza Stark Marked gene: ATOH1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.47 | PAN2 |
Naomi Baker gene: PAN2 was added gene: PAN2 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: PAN2 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: PAN2 were set to PMID:35304602; 29620724 Phenotypes for gene: PAN2 were set to Neurodevelopmental disorder, MONDO:0700092, PAN2-related Review for gene: PAN2 was set to GREEN Added comment: PMID:35304602 reports five individuals from 3 families with biallelic (homozygous) loss-of-function variants. Clinical presentation incudes mild-moderate intellectual disability, hypotonia, sensorineural hearing loss, EEG abnormalities, congenital heart defects (tetralogy of Fallot, septal defects, dilated aortic root), urinary tract malformations, ophthalmological anomalies, short stature with other skeletal anomalies, and craniofacial features including flat occiput, ptosis, long philtrum, and short neck. PMID:29620724 reports one individual with biallelic (homozygous) loss-of-function variant who presented with global developmental delay, mild hypotonia, craniosynostosis, severe early-onset scoliosis, imperforate anus, and double urinary collecting system. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.47 | ATOH1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ATOH1 were changed from Pontocerebellar hypoplasia; developmental delay; hearing loss to Pontocerebellar hypoplasia MONDO:0020135, ATOH1-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.46 | PTPN13 | Ain Roesley Marked gene: PTPN13 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.45 | PTPN13 |
Ain Roesley gene: PTPN13 was added gene: PTPN13 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: PTPN13 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: PTPN13 were set to 35643866 Phenotypes for gene: PTPN13 were set to bone marrow failure syndrome MONDO#0000159, PTPN13-related Review for gene: PTPN13 was set to AMBER gene: PTPN13 was marked as current diagnostic Added comment: 2 families Family A: 3 affecteds only 2 sequenced. Hom for a missense 3/3 Anaemia, 1x thrombocytopaenia, 1x severe neutropaenia, bone marrow with pure red cell aplasia noted that the sibling who wasn't sequenced had normal bone marrow morphology Family B: Chet for a missense and inframe del of 1 amino acid Persistent hypogammaglobulinemia after transplant (at least 14 months after) with normal blood counts and Pre-B ALL with MLL rearrangement In vitro studies of individual variants were LoF, including defective erythroid and megakaryocytic differentiation, consistent with anaemia and thrombocytopaenia reported in family A Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.44 | ATOH1 |
Chloe Stutterd gene: ATOH1 was added gene: ATOH1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: ATOH1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: ATOH1 were set to 35518571 Phenotypes for gene: ATOH1 were set to Pontocerebellar hypoplasia; developmental delay; hearing loss Penetrance for gene: ATOH1 were set to unknown Review for gene: ATOH1 was set to AMBER Added comment: Single report of novel homozygous missense variant in functional domain segregating with disease in two affected siblings with pontocerebellar hypoplasia, developmental delay and hearing loss. Similar phenotype previously reported in animal model with biallelic missense variant affecting same functional domain. Homology modelling predicts this missense variant affects binding capability of the bHLH domain to the DNA. Gene encodes a core transcription factor in developing cerebellum, brainstem, dorsal spinal cord and ear. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.44 | BUB1 |
Paul De Fazio gene: BUB1 was added gene: BUB1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: BUB1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: BUB1 were set to 35044816; 19772675; 19117986; 23209306 Phenotypes for gene: BUB1 were set to Intellectual disability and microcephaly Review for gene: BUB1 was set to GREEN gene: BUB1 was marked as current diagnostic Added comment: 2 unrelated patients with ID, microcephaly, short stature, dysmorphic features reported with biallelic variants: P1 (3yo male): homozygous start-loss variant (2 hets and 0 hom in gnomAD). Functional testing showed a small amount of full-length protein was translated, and BUB1 recruitment to kinetochores was nearly undetectable. P2 (16yo female): compound heterozygous for a canonical splice variant (1 het and no hom in gnomAD) and an NMD-predicted frameshift variant (absent from gnomAD). The splice variant was shown to result in an in-frame deletion of 54 amino acids in the kinase domain. P2 cells have reduced protein levels but essentially no kinase activity. BUB1 patient cells have impaired mitotic fidelity. Homozygous Bub1 disruption in mice is embryonic lethal (PMID:19772675). A hypomorphic mouse is viable with increased tumourigenesis with ageing and aneuploidy (PMID:19117986). A kinase-dead mouse does not show increased tumourigenesis but does have a high frequency of aneuploid cells (PMID:23209306) Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.44 | LMOD2 |
Melanie Marty gene: LMOD2 was added gene: LMOD2 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: LMOD2 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: LMOD2 were set to PMID: 31517052; PMID: 34888509; PMID: 35082396; PMID: 35188328; PMID: 26487682 Phenotypes for gene: LMOD2 were set to Dilated cardiomyopathy Review for gene: LMOD2 was set to GREEN Added comment: 4 unrelated families with early onset dilated cardiomyopathy, autosomal recessive inheritance, functional studies showing loss of protein and a mouse model reported. PMID: 31517052 1 x neonate with DCM, homozygous nonsense variant identified. PMID: 34888509 2 x neonatal deaths (from 1 family) related to dilated cardiomyopathy (DCM), compound heterozygous loss-of-function variants identified. PMID:35082396 2 x siblings with DCM who died shortly after birth due to heart failure, homozygous canonical splice variant identified. Functional studies show loss of donor site and loss of protein. PMID: 35188328 1 x child (9 months) with DCM, with homozygous frameshift variant. Functional studies showed absence of LMOD2 protein (western blot). PMID: 26487682 Lmod2 null (knockout) mice present with short cardiac thin filaments and die at ~3 weeks due to dysfunctional, dilated hearts Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.40 | SEMA6B |
Dean Phelan commented on gene: SEMA6B: PMID: 35604360 - 14 heterozygous variants were observed in 16 unrelated individuals referred for intellectual disability. Majority of the variants 9/14 were PTCs in the last exon and predicted to escape NMD. Functional studies of selected variants and shRNA knock down studies showed mislocalisation and abnormal protein function. |
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| Mendeliome v1.40 | GIMAP6 | Elena Savva Marked gene: GIMAP6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.38 | HEATR3 | Zornitza Stark Marked gene: HEATR3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.37 | IREB2 | Lucy Spencer reviewed gene: IREB2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 35602653; Phenotypes: Neurodegeneration, early-onset, with choreoathetoid movements and microcytic anemia, MIM#618451; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.37 | HEATR3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HEATR3 were changed from Bone marrow failure, short stature, facial and acromelic dysmorphic features, and mild intellectual disability to DiMONDO:0015253 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.35 | GIMAP6 |
Elena Savva gene: GIMAP6 was added gene: GIMAP6 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: GIMAP6 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: GIMAP6 were set to PMID: 35551368; 33328581 Phenotypes for gene: GIMAP6 were set to Autophagy, immune competence and inflammation Review for gene: GIMAP6 was set to AMBER Added comment: PMID: 35551368, PMID: 33328581 - K/O mice show autophagy, redox regulation, and polyunsaturated fatty acid (PUFA)–containing lipids and die prematurely from microangiopathic glomerulosclerosis with immunodeficiency. - 2 unrelated families (3 patients) w/ a homozygous missense (p.Gly153Val) and nonsense (p.Trp86*). All unaffected siblings were heterozygous. Patient 1 (missense) presented with Coombs-positive hemolytic anemia, hepatosplenomegaly, Cranial MRI showed bilateral effusions, sulcal hyperintensity, and lateral parietal subcortical acute focal ischemic lesions. Patient 2 (nonsense) presented with recurrent purulent otitis media and a chronic wet cough, persistent jaundice, recurrent chest and ear infections, lingular consolidation, mild bronchiectasis, bibasilar bronchial wall thickening, right peribronchial consolidation, right lower lobe bronchiectasis, bilateral axillary lymphadenopathy, and splenomegaly. Patient 3 (nonsense) presented with suffered headaches, abdomen pain, mouth ulcers, and recurrent infections - Functional studies show patient 1 (missense) with reduced protein expression on western blot, and patient 2/3 (nonsense) with no protein expression. T cells of Pt 1 were similar to mouse K/O model (elevated basal LC3-II, reduced autophagic flux). gnomAD: 0 homozygous PTCs, but a very common canonical splice which is present in the non-canonical transcript Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.34 | HEATR3 |
Chern Lim gene: HEATR3 was added gene: HEATR3 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: HEATR3 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: HEATR3 were set to PMID: 35213692 Phenotypes for gene: HEATR3 were set to Bone marrow failure, short stature, facial and acromelic dysmorphic features, and mild intellectual disability Review for gene: HEATR3 was set to GREEN gene: HEATR3 was marked as current diagnostic Added comment: PMID: 35213692: - 4 unrelated individuals with biallelic HEATR3 variants (missense and splice site variants), exhibiting bone marrow failure, short stature, facial and acromelic dysmorphic features, and mild intellectual disability. - Functional analysis showed HEATR3 variants destabilised the protein, resulting in a reduction of nuclear uL18 and impaired ribosome biogenesis. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.34 | TRIM47 | Zornitza Stark Marked gene: TRIM47 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.34 | TRIM47 |
Zornitza Stark gene: TRIM47 was added gene: TRIM47 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: TRIM47 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: TRIM47 were set to 35511193 Phenotypes for gene: TRIM47 were set to Genetic cerebral small vessel disease MONDO:0018787 Review for gene: TRIM47 was set to RED Added comment: GWAS data: Combined evidence from summary-based Mendelian randomization studies and profiling of human loss-of-function allele carriers showed an inverse relation between TRIM47 expression in the brain and blood vessels and extensive small vessel disease severity. Observed significant enrichment of Trim47 in isolated brain vessel preparations compared to total brain fraction in mice, in line with the literature showing Trim47 enrichment in brain endothelial cells at single cell level. Functional evaluation of TRIM47 by small interfering RNAs-mediated knockdown in human brain endothelial cells showed increased endothelial permeability, an important hallmark of cerebral small vessel disease pathology. Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.33 | PRDM13 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PRDM13 were changed from Retinal dystrophy; Chorioretinal atrophy, progressive bifocal, MIM# 600790; intellectual disability, MONDO:0001071, PRDM13-associated; ataxia with cerebellar hypoplasia, MONDO:0016054, PRDM13-associated; congenital hypogonadotropic hypogonadism, MONDO:0015770 to Chorioretinal atrophy, progressive bifocal, MIM# 600790; Cerebellar dysfunction, impaired intellectual development, and hypogonadotropic hypogonadism, MIM# 619761 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.31 | MESP1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MESP1 were changed from Congenital heart disease to Congenital heart disease MONDO:0005453 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.29 | SPTAN1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SPTAN1 were changed from Developmental and epileptic encephalopathy 5, MIM# 613477; hereditary motor neuropathy to Developmental and epileptic encephalopathy 5, MIM# 613477; Hereditary spastic paraplegia MONDO:0019064, SPTAN1-related; hereditary motor neuropathy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.28 | SPTAN1 | Zornitza Stark edited their review of gene: SPTAN1: Added comment: Leveille et al (2019) - 2 patients with HSP with biallelic missense SPTAN1 variants Previously described zebrafish, mouse, and rat animal models of SPTAN1 deficiency, all consistently showing axonal degeneration, fitting the pathological features of HSP in humans. Xie et al (2022) - 1 patient with complicated HSP and homozygous SPTAN1 mutation. Healthy parents and sister all carried the heterozygous mutation. Van de Vondel et al (2022) - 22 patients from 14 families with five novel heterozygous SPTAN1 variants. Presentations ranged from cerebellar ataxia, intellectual disability, epilepsy, and spastic paraplegia. A recurrent missense mutation (p.Arg19Trp) in 15 patients with spastic paraplegia. Through protein modeling they showed that mutated amino acids are located at crucial interlinking positions, interconnecting the three-helix bundle of a spectrin repeat.; Changed publications: 20493457, 22258530, 32811770, 35150594, 34526651, 31515523; Changed phenotypes: Developmental and epileptic encephalopathy 5, MIM# 613477, Hereditary spastic paraplegia MONDO:0019064, SPTAN1-related; Changed mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.18 | TULP3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TULP3 were changed from progressive degenerative liver fibrosis with variable fibrocystic kidney disease; hypertrophic cardiomyopathy MONDO:0005045 to Hepatorenocardiac degenerative fibrosis, MIM# 619902 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.17 | TULP3 | Zornitza Stark reviewed gene: TULP3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Hepatorenocardiac degenerative fibrosis, MIM# 619902; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.15 | IKBKG |
Zornitza Stark edited their review of gene: IKBKG: Added comment: X-linked systemic autoinflammatory disease (SAIDX) is characterized by the onset of systemic autoinflammation in the first months of life. Features include lymphadenopathy, hepatosplenomegaly, fever, panniculitis, and nodular skin rash. Additional manifestations may include inflammation of the optic nerve, intracranial hemorrhage, and lipodystrophy. Laboratory studies show hypogammaglobulinemia, increased or decreased white blood cell count, autoimmune cytopenias, elevated serum inflammatory markers, and a type I interferon signature. 6 unrelated boys and a girl reported. All variants resulted in absence of the domain encoded by exon 5 (NEMOdelEx5). Note variants in this gene are associated with immunodeficiency +/- ectodermal features and with IP.; Changed phenotypes: Ectodermal dysplasia and immunodeficiency 1, MIM# 300291, Immunodeficiency 33 , MIM#300636, Incontinentia pigmenti, MIM# 308300, Autoinflammatory disease, systemic, X-linked, MIM# 301081 |
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| Mendeliome v1.14 | MYO9A | Zornitza Stark edited their review of gene: MYO9A: Added comment: This gene-disease association has been reviewed as part of GenCC discordance resolution: note at least two of the variants reported have homozygotes with gnomad, which would be out of keeping for a severe paediatric disorder.; Changed rating: AMBER | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.12 | FAT2 | Elena Savva reviewed gene: FAT2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 33884300, 29053796; Phenotypes: Spinocerebellar ataxia 45, MIM#617769; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.11 | COPB2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: COPB2 were changed from Microcephaly 19, primary, autosomal recessive, MIM# 617800; Osteoporosis and developmental delay to Microcephaly 19, primary, autosomal recessive, MIM# 617800; Osteoporosis, childhood- or juvenile-onset, with developmental delay, MIM# 619884 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.10 | ATP13A3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ATP13A3 were changed from Pulmonary arterial hypertension to Primary pulmonary hypertension 5, MIM#265400 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.9 | ATP13A3 | Zornitza Stark edited their review of gene: ATP13A3: Changed phenotypes: Primary pulmonary hypertension 5, MIM#265400 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.9 | RBFOX2 | Zornitza Stark Marked gene: RBFOX2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.9 | RBFOX2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: RBFOX2 were changed from Hypoplastic left heart syndrome (HLHS) to Hypoplastic left heart syndrome (HLHS) MONDO:0004933 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.7 | PROSER1 | Zornitza Stark Marked gene: PROSER1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.7 | PROSER1 |
Zornitza Stark gene: PROSER1 was added gene: PROSER1 was added to Mendeliome. Sources: Expert Review founder tags were added to gene: PROSER1. Mode of inheritance for gene: PROSER1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: PROSER1 were set to 35229282 Phenotypes for gene: PROSER1 were set to Syndromic disease MONDO:0002254, PROSER1-related Review for gene: PROSER1 was set to RED Added comment: 4 children from 3 related families with developmental delay, hypotonia, seizures, failure-to-thrive, strabismus, drooling, recurrent otitis media, hearing impairment, genitourinary malformations, and common facial features (arched eyebrows, prominent eyes, broad nasal bridge, low-hanging columella, open mouth, thick lower lip, protruding tongue, large low-set ears, and parietal bossing). WES revealed a homozygous frame-shift variant (p.Thr612Glnfs*22) in PROSER1. This encodes the proline and serine rich protein 1, part of the histone methyltransferases KMT2C/KMT2D complexes. PROSER1 stabilizes TET2, a member of the TET family of DNA demethylases which is involved in recruiting the enhancer-associated KMT2C/KMT2D complexes and mediating DNA demethylation, activating gene expression. Therefore, PROSER1 may play vital and potentially general roles in gene regulation. No functional assays and 3 related families, likely founder effect. Sources: Expert Review |
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| Mendeliome v1.6 | SPATA22 | Zornitza Stark Marked gene: SPATA22 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.5 | SPATA22 |
Zornitza Stark gene: SPATA22 was added gene: SPATA22 was added to Mendeliome. Sources: Expert Review Mode of inheritance for gene: SPATA22 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: SPATA22 were set to 35285020 Phenotypes for gene: SPATA22 were set to Premature ovarian insufficiency and nonobstructive azoospermia; Genetic infertility MONDO:0017143 Review for gene: SPATA22 was set to AMBER Added comment: 1 consanguineous family with two premature ovarian insufficiency (POI) and two nonobstructive azoospermia (NOA) patients. WES identified a homozygous variant in SPATA22 (c.400C>T:p.R134X). Histological analysis and spermatocyte spreading assay demonstrated that the spermatogenesis was arrested at a zygotene-like stage in the proband with NOA. 2nd patient found with idiopathic POI and compound heterozygous variants in SPATA22 (c.900+1G>A and c.31C>T:p.R11X). Sources: Expert Review |
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| Mendeliome v1.3 | RDH11 | Zornitza Stark edited their review of gene: RDH11: Added comment: 2nd case reported: 1 Chinese patient with retinitis pigmentosa, juvenile cataracts, intellectual disability, and myopathy. Trio-based WES and whole genomic CNV detection found compound heterozygous variants in RDH11 (p.Leu313Pro and c.75-3C>A) with biparental inheritance. Variant c.75-3C>A was confirmed to be a splice-site mutation by cDNA sequencing. It caused exon 2 skipping, resulting in a frameshift mutation and premature translation termination (p.Lys26Serfs*38). They found mislocalization of RDH11 protein in muscle cells of the patient by using immunofluorescence staining. Retinol dehydrogenase 11 (RDH11) is an 11-cis-retinol dehydrogenase that has a well-characterized, albeit auxiliary role in the retinoid cycle. Diseases caused by mutations in the RDH11 gene are very rare, and only one affected family with eye and intelligence involvement has been reported.; Changed rating: AMBER; Changed publications: 24916380, 15634683, 30731079, 18326732, 34988992 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.3 | ETV2 |
Ain Roesley changed review comment from: 1 family with 4 fetus-es, cHet for a fs (NMD-predicted) and a missense 3/4 vertebral malformations 2/4 Tetralogy of Fallot 1/4 arterial septal defect 1/4 ventricular septal defect, aortic dilatation 1/4 pre-axial polydactyly Sources: Literature; to: 1 family with 4 fetus-es all cHet for a fs (NMD-predicted) and a missense 3/4 vertebral malformations 2/4 Tetralogy of Fallot 1/4 arterial septal defect 1/4 ventricular septal defect, aortic dilatation 1/4 pre-axial polydactyly Sources: Literature |
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| Mendeliome v1.2 | ZNF526 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ZNF526 were changed from Intellectual disability; Microcephaly; Cataracts; Epilepsy; Hypertonia; Dystonia to Dentici-Novelli neurodevelopmental syndrome, MIM# 619877 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.1 | POLR3F | Zornitza Stark Phenotypes for gene: POLR3F were changed from Severe VZV infection to Immunodeficiency 101 (varicella zoster virus-specific), MIM# 619872 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v1.0 | POLR3F | Zornitza Stark edited their review of gene: POLR3F: Changed phenotypes: Immunodeficiency 101 (varicella zoster virus-specific), MIM# 619872 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14798 | GLRX3 | Zornitza Stark Marked gene: GLRX3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14797 | DNM1L | Zornitza Stark Marked gene: DNM1L as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14797 | DNM1L | Zornitza Stark Phenotypes for gene: DNM1L were changed from to Encephalopathy, lethal, due to defective mitochondrial peroxisomal fission 1 - MIM#614388 (AD, AR); Optic atrophy 5 - MIM#610708 (AD) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14795 | DNASE1L3 | Zornitza Stark Marked gene: DNASE1L3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14794 | DNASE1 | Zornitza Stark Marked gene: DNASE1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14791 | DNAJC6 | Zornitza Stark Marked gene: DNAJC6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14791 | DNAJC6 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: DNAJC6 were changed from to Parkinson disease 19a, juvenile-onset - MIM#615528; Parkinson disease 19b, early-onset - MIM#615528 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14786 | DNAJC5 | Zornitza Stark Marked gene: DNAJC5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14784 | DNAJC3 | Zornitza Stark Marked gene: DNAJC3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14784 | DNAJC3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: DNAJC3 were changed from to Ataxia, combined cerebellar and peripheral, with hearing loss and diabetes mellitus - MIM#616192 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14781 | DNAJC21 | Zornitza Stark Marked gene: DNAJC21 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14781 | DNAJC21 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: DNAJC21 were changed from to Bone marrow failure syndrome 3 - MIM#617052 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14779 | DNM2 | Zornitza Stark Marked gene: DNM2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14779 | DNM2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: DNM2 were changed from to Charcot-Marie-Tooth disease, axonal type 2M, MIM# 606482; Charcot-Marie-Tooth disease, dominant intermediate B, MIM# 606482; MONDO:0011674 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14775 | DPY19L2 | Zornitza Stark Marked gene: DPY19L2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14774 | AVPR2 | Zornitza Stark Marked gene: AVPR2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14773 | AVP | Zornitza Stark Marked gene: AVP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14772 | DRAM2 | Zornitza Stark Marked gene: DRAM2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14767 | DRD2 | Zornitza Stark Marked gene: DRD2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14767 | ATP6V1E1 | Zornitza Stark Marked gene: ATP6V1E1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14764 | DRD3 | Zornitza Stark Marked gene: DRD3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14763 | DRD3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: DRD3 were changed from to {Essential tremor, hereditary, 1} - MIM#190300; {Schizophrenia, susceptibility to} - MIM#181500 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14760 | ATP2A1 | Zornitza Stark Marked gene: ATP2A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14758 | DSC3 | Zornitza Stark Marked gene: DSC3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14755 | ADD1 | Zornitza Stark Marked gene: ADD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14753 | DSCAM | Zornitza Stark Marked gene: DSCAM as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14748 | DSE | Zornitza Stark Marked gene: DSE as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14745 | DSG4 | Zornitza Stark Marked gene: DSG4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14742 | DSPP | Zornitza Stark Marked gene: DSPP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14740 | DUOX2 | Zornitza Stark Marked gene: DUOX2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14738 | GDNF | Elena Savva Marked gene: GDNF as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14738 | DUOXA2 | Zornitza Stark Marked gene: DUOXA2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14736 | ENPP1 | Zornitza Stark Marked gene: ENPP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14736 | EPOR | Zornitza Stark Marked gene: EPOR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14736 | EPRS | Zornitza Stark Marked gene: EPRS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14736 | EPS8 | Zornitza Stark Marked gene: EPS8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14736 | EPS8 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: EPS8 were changed from to Autosomal recessive nonsyndromic hearing loss 102 MONDO:0014428 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14733 | ETFB | Zornitza Stark Marked gene: ETFB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14732 | EXT1 | Zornitza Stark Marked gene: EXT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14732 | EXT1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: EXT1 were changed from to hereditary multiple osteochondromas MONDO:0005508; exostoses, multiple, type 1 MONDO:0007585 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14731 | EYA4 | Zornitza Stark Marked gene: EYA4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14731 | EYS | Zornitza Stark Marked gene: EYS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14728 | FXR1 | Zornitza Stark Marked gene: FXR1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14728 | ETV2 | Ain Roesley Marked gene: ETV2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14728 | ETV2 |
Ain Roesley gene: ETV2 was added gene: ETV2 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: ETV2 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: ETV2 were set to 33359164 Phenotypes for gene: ETV2 were set to multiple fetal anomalies; congenital heart disease MONDO:000545, ETV2-related; vertebral malformations Review for gene: ETV2 was set to RED gene: ETV2 was marked as current diagnostic Added comment: 1 family with 4 fetus-es, cHet for a fs (NMD-predicted) and a missense 3/4 vertebral malformations 2/4 Tetralogy of Fallot 1/4 arterial septal defect 1/4 ventricular septal defect, aortic dilatation 1/4 pre-axial polydactyly Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.14727 | GABRB2 | Zornitza Stark Marked gene: GABRB2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14726 | GALNT2 | Zornitza Stark Marked gene: GALNT2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14725 | GALNT3 | Zornitza Stark Marked gene: GALNT3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14722 | GALT | Zornitza Stark Marked gene: GALT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14719 | GAMT | Zornitza Stark Marked gene: GAMT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14716 | GAN | Zornitza Stark Marked gene: GAN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14713 | GBA2 | Zornitza Stark Marked gene: GBA2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14713 | GBA2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GBA2 were changed from to Spastic paraplegia 46, autosomal recessive, MIM# 614409; MONDO:0013737 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14710 | GCDH | Zornitza Stark Marked gene: GCDH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14710 | GCDH | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GCDH were changed from to Glutaric aciduria, type I MIM#231670; Organic acidurias | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14707 | GCH1 | Zornitza Stark Marked gene: GCH1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14704 | GCK | Zornitza Stark Marked gene: GCK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14704 | GCK | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GCK were changed from to Diabetes mellitus, noninsulin-dependent, late onset, AD (MIM#125853); Diabetes mellitus, permanent neonatal 1, AR (MIM#606176); Hyperinsulinemic hypoglycemia, familial, 3, AD (MIM#602485); MODY, type II, AD (MIM#125851) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14701 | GCNT2 | Zornitza Stark Marked gene: GCNT2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14700 | GCNT2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GCNT2 were changed from to Cataract 13 with adult i phenotype, OMIM # 116700 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14697 | GDAP1 | Zornitza Stark Marked gene: GDAP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14697 | GDAP1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GDAP1 were changed from to Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2K 607831, MIM# Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, with vocal cord paresis, MIM# 607706; Charcot-Marie-Tooth disease, recessive intermediate, A, MIM# 608340; Charcot-Marie-Tooth disease, type 4A, MIM# 214400 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14695 | GATAD1 | Elena Savva Phenotypes for gene: GATAD1 were changed from to ?Cardiomyopathy, dilated, 2B MIM#614672 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14694 | GATAD1 | Elena Savva Marked gene: GATAD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14693 | FBXW4 | Elena Savva Marked gene: FBXW4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14692 | AURKC | Elena Savva Marked gene: AURKC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14691 | ATPAF2 | Elena Savva Marked gene: ATPAF2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14691 | ATP2C2 | Elena Savva Marked gene: ATP2C2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14691 | AHSG | Elena Savva Marked gene: AHSG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14689 | GDF2 | Zornitza Stark Marked gene: GDF2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14689 | GDF2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GDF2 were changed from to Telangiectasia, hereditary hemorrhagic, type 5 OMIM # 615506; pulmonary arteriovenous malformations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14686 | GDF9 | Zornitza Stark Marked gene: GDF9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14686 | GDF9 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GDF9 were changed from to Premature ovarian failure 14, OMIM# 618014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14683 | GEMIN4 | Zornitza Stark Marked gene: GEMIN4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14683 | GEMIN4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GEMIN4 were changed from to Neurodevelopmental disorder with microcephaly, cataracts, and renal abnormalities, MIM# 617913 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14680 | GFM2 | Zornitza Stark Marked gene: GFM2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14677 | GIF | Zornitza Stark Marked gene: GIF as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14672 | SLC26A1 | Elena Savva Marked gene: SLC26A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14670 | PRKAG3 | Elena Savva Marked gene: PRKAG3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14670 | GINS1 | Zornitza Stark Marked gene: GINS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14667 | U2AF2 | Elena Savva Marked gene: U2AF2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14667 | TDP1 | Elena Savva Marked gene: TDP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14666 | TIA1 | Elena Savva Marked gene: TIA1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14666 | PLD3 | Elena Savva Marked gene: PLD3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14666 | RBM7 | Elena Savva Marked gene: RBM7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14666 | MFAP5 | Elena Savva Marked gene: MFAP5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14666 | MMGT1 | Elena Savva Marked gene: MMGT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14666 | FRA12A | Elena Savva Marked STR: FRA12A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14666 | GIGYF2 | Elena Savva Marked gene: GIGYF2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14666 | FRA12A | Elena Savva Phenotypes for STR: FRA12A were changed from Mental retardation, FRA12A type MIM#136630 to Intellectual developmental disorder, autosomal dominant, FRA12A type MIM#136630 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14665 | MEPE | Elena Savva Marked gene: MEPE as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14665 | LRIF1 | Elena Savva Marked gene: LRIF1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14665 | GIGYF2 | Elena Savva Phenotypes for gene: GIGYF2 were changed from to {Parkinson disease 11} MIM#607688 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14663 | DMGDH | Elena Savva Marked gene: DMGDH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14663 | DMGDH | Elena Savva Phenotypes for gene: DMGDH were changed from to Dimethylglycine dehydrogenase deficiency MIM#605850; Disorders and variants of other enzymes that oxidise xenobiotics | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14662 | DCAF8 | Elena Savva Marked gene: DCAF8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14662 | CCT5 | Elena Savva Marked gene: CCT5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14662 | ATG5 | Elena Savva Marked gene: ATG5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14662 | USP8 | Elena Savva Marked gene: USP8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14662 | LRP5 | Krithika Murali reviewed gene: LRP5: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Exudative vitreoretinopathy 4 - MIM#601813 (AD, AR), Hyperostosis, endosteal - MIM#144750 (AD), Osteopetrosis, autosomal dominant 1 - MIM#607634(AD), Osteoporosis-pseudoglioma syndrome - MIM#259770 (AR), Osteosclerosis - #144750 (AD), Polycystic liver disease 4 with or without kidney cysts - MIM#617875 (AD), van Buchem disease, type 2 - MIM#607636; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14660 | LYRM7 | Krithika Murali reviewed gene: LYRM7: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Mitochondrial complex III deficiency, nuclear type 8 - MIM#615838; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14659 | MSX1 | Elena Savva Marked gene: MSX1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14657 | GJA1 | Zornitza Stark Marked gene: GJA1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14654 | GJA5 | Zornitza Stark Marked gene: GJA5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14651 | LRP2 |
Chirag Patel commented on gene: LRP2: Donnai-Barrow syndrome (DBS) was first described as a distinct disorder characterized by diaphragmatic hernia, exomphalos, absent corpus callosum, myopia, agenesis of the corpus callosum and proteinuria, and sensorineural deafness. Kantarci et al. (2007) identified biallelic LRP2 mutations in 6 families with Donnai-Barrow syndrome and one family with facio-oculo-acoustico-renal syndrome. |
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| Mendeliome v0.14651 | LRP2 | Chirag Patel reviewed gene: LRP2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 17632512; Phenotypes: Donnai-Barrow syndrome, MIM#222448; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14651 | ATPAF2 | Krithika Murali reviewed gene: ATPAF2: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 14757859; Phenotypes: ?Mitochondrial complex V (ATP synthase) deficiency, nuclear type 1 - MIM#604273; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14650 | ADD1 |
Chirag Patel gene: ADD1 was added gene: ADD1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: ADD1 was set to BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: ADD1 were set to PMID: 34906466 Phenotypes for gene: ADD1 were set to Intellectual disability, corpus callosum dysgenesis, and ventriculomegaly; no OMIM # Review for gene: ADD1 was set to GREEN Added comment: 4 unrelated individuals affected by ID and/or complete or partial agenesis of corpus callosum, and enlarged lateral ventricles. WES found loss-of-function variants - 1 recessive missense variant and 3 de novo variants. The recessive variant is associated with ACC and enlarged lateral ventricles, and the de novo variants were associated with complete or partial agenesis of corpus callosum, mild ID and attention deficit. Human variants impair ADD1 protein expression and/or dimerization with ADD2. Add1 knockout mice recapitulate corpus callosum dysgenesis and ventriculomegaly phenotypes. Three adducin genes (ADD1, ADD2, and ADD3) encode cytoskeleton proteins that are critical for osmotic rigidity and cell shape. ADD1, ADD2, and ADD3 form heterodimers (ADD1/ADD2, ADD1/ADD3), which further form heterotetramers. Adducins interconnect spectrin and actin filaments to form polygonal scaffolds beneath the cell membranes and form ring-like structures in neuronal axons. Adducins regulate mouse neural development, but their function in the human brain is unknown Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.14647 | ATPAF2 | Chirag Patel reviewed gene: ATPAF2: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 14757859; Phenotypes: ?Mitochondrial complex V (ATP synthase) deficiency, nuclear type 1, OMIM# 604273; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14647 | GJA5 |
Chirag Patel commented on gene: GJA5: Gollob et al. (2006) presented evidence that tissue-specific mutations in the GJA5 gene may predispose the atria to fibrillation. They identified a heterozygous missense mutation in blood and cardiac tissue in patient with AF. They also found 3 heterozygous missense mutations in cardiac tissue only in 3 other patients, indicating a somatic source of the genetic defects Yang et al. (2010) identified a heterozygous nonsense mutationin a 64-year-old female patient who was diagnosed with paroxysmal AF at 32 years of age. The mutation was detected in 6 additional affected family members, but was not found in 6 unaffected family members or in 200 ethnically matched controls. Yang et al. (2010) identified 3 heterozygous missense mutations in 3 probands with AF. The mutations segregated with disease in all 3 families and were not found in 200 ethnically matched controls. Sun et al. (2013) identified a heterozygous missense mutation in a 42-year-old woman who had been diagnosed with AF at age 40 years. The mutation was also detected in her father, who had been diagnosed with lone AF at 41 years of age, but it was not found in unaffected family members, in 200 controls, or in the dbSNP database. Functional analysis demonstrated that the I75F mutant is unable to form functional gap junction channels and also impairs coupling when expressed with wildtype CX40 or CX43. |
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| Mendeliome v0.14647 | GEMIN4 | Chirag Patel reviewed gene: GEMIN4: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 25558065, 30237576, 27878435; Phenotypes: Neurodevelopmental disorder with microcephaly, cataracts, and renal abnormalities, MIM# 617913; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14647 | GJB2 | Zornitza Stark Marked gene: GJB2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14647 | GJB2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GJB2 were changed from to Bart-Pumphrey syndrome, MIM#149200; Deafness, autosomal dominant 3A, MIM#601544; Deafness, autosomal recessive 1A, MIM#220290; Hystrix-like ichthyosis with deafness, MIM#602540; Keratitis-ichthyosis-deafness syndrome, MIM#148210; Keratoderma, palmoplantar, with deafness, MIM#148350; Vohwinkel syndrome, MIM# 124500 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14644 | GJB3 | Zornitza Stark Marked gene: GJB3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14644 | GJB3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GJB3 were changed from to Erythrokeratodermia variabilis et progressiva 1, MIM# 133200 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14642 | GJB2 | Chirag Patel reviewed gene: GJB2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 11179004, 9529365, 14985372, 19941053, 11354642; Phenotypes: Bart-Pumphrey syndrome, MIM#149200, Deafness, autosomal dominant 3A, MIM#601544, Deafness, autosomal recessive 1A, MIM#220290, Hystrix-like ichthyosis with deafness, MIM#602540, Keratitis-ichthyosis-deafness syndrome, MIM#148210, Keratoderma, palmoplantar, with deafness, MIM#148350, Vohwinkel syndrome, MIM# 124500; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14640 | GJB3 | Zornitza Stark reviewed gene: GJB3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 9843209, 10594760, 10798362, 12019212; Phenotypes: Erythrokeratodermia variabilis et progressiva 1, MIM# 133200; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14640 | GJB3 | Chirag Patel reviewed gene: GJB3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 9843209, 10798362, 10594760, 17446259, 9843210; Phenotypes: Erythrokeratodermia variabilis et progressiva 1, OMIM #133200, Deafness, autosomal dominant 2B, OMIM # 612644; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14640 | GNB5 | Chirag Patel reviewed gene: GNB5: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 27523599, 27677260, 28697420, 29368331; Phenotypes: Intellectual developmental disorder with cardiac arrhythmia, OMIM #617173, Language delay and ADHD/cognitive impairment with or without cardiac arrhythmia, OMIM # 617182, Early infantile epileptic encephalopathy (EIEE); Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14640 | GJB4 | Zornitza Stark Marked gene: GJB4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14640 | GJB4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GJB4 were changed from to Erythrokeratodermia variabilis et progressiva 2, MIM# 617524 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14637 | GJB4 | Zornitza Stark reviewed gene: GJB4: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 11017804, 12648223, 19291775; Phenotypes: Erythrokeratodermia variabilis et progressiva 2, MIM# 617524; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14637 | GJB6 | Zornitza Stark Marked gene: GJB6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14634 | GK | Zornitza Stark Marked gene: GK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14631 | GLCCI1 | Zornitza Stark Marked gene: GLCCI1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14628 | GLE1 | Zornitza Stark Marked gene: GLE1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14625 | GLIS3 | Zornitza Stark Marked gene: GLIS3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14622 | GLUL | Zornitza Stark Marked gene: GLUL as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14619 | GLYCTK | Zornitza Stark Marked gene: GLYCTK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14616 | GMPPA | Zornitza Stark Marked gene: GMPPA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14616 | GMPPA | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GMPPA were changed from to Alacrima, achalasia, and mental retardation syndrome, MIM# 615510 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14613 | GMPPA | Zornitza Stark reviewed gene: GMPPA: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24035193, 28574218; Phenotypes: Alacrima, achalasia, and mental retardation syndrome, MIM# 615510; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14613 | GMPPB | Zornitza Stark Marked gene: GMPPB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14613 | GMPPB | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GMPPB were changed from to Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies), type A, 14 615350; Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with mental retardation), type B, 14 615351; Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle), type C, 14 615352 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14611 | GMPPB | Zornitza Stark reviewed gene: GMPPB: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies), type A, 14 615350, Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with mental retardation), type B, 14 615351, Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle), type C, 14 615352; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14611 | GNAS | Zornitza Stark Marked gene: GNAS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14611 | GNAS | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GNAS were changed from to Osseous heteroplasia, progressive (166350) AD; Pituitary adenoma 3, multiple types, somatic (617686); Pseudohypoparathyroidism Ia (103580) AD; Pseudohypoparathyroidism Ib (603233) AD; Pseudohypoparathyroidism Ic (612462) AD; Pseudopseudohypoparathyroidism (612463) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14609 | GNAS | Zornitza Stark reviewed gene: GNAS: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Osseous heteroplasia, progressive (166350) AD, Pituitary adenoma 3, multiple types, somatic (617686), Pseudohypoparathyroidism Ia (103580) AD, Pseudohypoparathyroidism Ib (603233) AD, Pseudohypoparathyroidism Ic (612462) AD, Pseudopseudohypoparathyroidism (612463); Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14609 | GNAT1 | Zornitza Stark Marked gene: GNAT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14609 | GNAT1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GNAT1 were changed from to Night blindness, congenital stationary, autosomal dominant 3, MIM# 610444; Night blindness, congenital stationary, type 1G, MIM# 616389 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14606 | GNAT1 | Zornitza Stark reviewed gene: GNAT1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 8673138, 17584859, 22190596, 26472407, 11095744, 11095744, 30051303; Phenotypes: Night blindness, congenital stationary, autosomal dominant 3, MIM# 610444, Night blindness, congenital stationary, type 1G, MIM# 616389; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14606 | GNB3 | Zornitza Stark Marked gene: GNB3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14606 | GNB3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GNB3 were changed from to Night blindness, congenital stationary, type 1H, MIM# 617024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14603 | GNB3 | Zornitza Stark reviewed gene: GNB3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27063057, 17065478; Phenotypes: Night blindness, congenital stationary, type 1H, MIM# 617024; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14603 | GNMT | Zornitza Stark Marked gene: GNMT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14600 | GOSR2 | Zornitza Stark Marked gene: GOSR2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14597 | GOT1 | Zornitza Stark Marked gene: GOT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14597 | GOT1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GOT1 were changed from to Aspartate aminotransferase, serum level of, QTL1, MIM# 614419 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14595 | GOT1 | Zornitza Stark reviewed gene: GOT1: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Aspartate aminotransferase, serum level of, QTL1, MIM# 614419; Mode of inheritance: None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14595 | GPC4 | Zornitza Stark Marked gene: GPC4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14592 | GPNMB | Krithika Murali reviewed gene: GPNMB: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31226264, 29336782, 31260093, 34551863, 33687658; Phenotypes: Amyloidosis, primary localized cutaneous, 3 - MIM#617920; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14592 | GDF2 | Chirag Patel reviewed gene: GDF2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 23972370, 27081547, 32573726, 32992168, 34611981, 33834622, 32669404, 26056270, 23972370; Phenotypes: Telangiectasia, hereditary hemorrhagic, type 5 OMIM # 615506, pulmonary arteriovenous malformations; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14592 | GCNT2 | Chirag Patel reviewed gene: GCNT2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 15161861, 27936067, 12424189, 28224043; Phenotypes: Cataract 13 with adult i phenotype, OMIM # 116700; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14592 | GCK | Chirag Patel reviewed gene: GCK: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 19790256; Phenotypes: Diabetes mellitus, noninsulin-dependent, late onset, AD (MIM#125853), Diabetes mellitus, permanent neonatal 1, AR (MIM#606176), Hyperinsulinemic hypoglycemia, familial, 3, AD (MIM#602485), MODY, type II, AD (MIM#125851); Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14591 | GDF9 | Chirag Patel reviewed gene: GDF9: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 29044499, 8849725, 33036707; Phenotypes: Premature ovarian failure 14, OMIM# 618014; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14589 | GIGYF2 | Chirag Patel reviewed gene: GIGYF2: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 18358451; Phenotypes: {Parkinson disease 11} , OMIM # 607688; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14589 | HEY2 | Zornitza Stark Marked gene: HEY2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14589 | HEY2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HEY2 were changed from congenital heart defects and thoracic aortic aneurysms to congenital heart disease MONDO:0005453; thoracic aortic aneurysms | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14588 | IL18BP | Zornitza Stark Marked gene: IL18BP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14588 | ITPKB | Zornitza Stark Marked gene: ITPKB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14587 | MUC7 | Zornitza Stark Marked gene: MUC7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14585 | MYF6 | Zornitza Stark Marked gene: MYF6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14585 | MYF6 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MYF6 were changed from to Centronuclear myopathy, MONDO:0018947 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14582 | PDCD6IP | Zornitza Stark Marked gene: PDCD6IP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14580 | POU5F1 | Zornitza Stark Marked gene: POU5F1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14580 | GBA2 | Chirag Patel reviewed gene: GBA2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 23332916, 23332917, 29524657; Phenotypes: Spastic paraplegia 46, autosomal recessive, MIM# 614409, MONDO:0013737; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14579 | SGK3 | Zornitza Stark Marked gene: SGK3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14579 | GATAD1 | Chirag Patel reviewed gene: GATAD1: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 21965549; Phenotypes: ?Cardiomyopathy, dilated, 2B, OMIM # 614672; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14579 | DMPK | Zornitza Stark Marked gene: DMPK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14579 | NOP56 | Zornitza Stark Marked gene: NOP56 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14579 | GPD1 | Zornitza Stark Marked gene: GPD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14576 | GPHN | Zornitza Stark Marked gene: GPHN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14575 | GPNMB | Zornitza Stark Marked gene: GPNMB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14575 | GPNMB | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GPNMB were changed from to Amyloidosis, primary localized cutaneous, 3, MIM# 617920 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14572 | GPNMB | Zornitza Stark reviewed gene: GPNMB: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 29336782; Phenotypes: Amyloidosis, primary localized cutaneous, 3, MIM# 617920; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14572 | GREM1 | Zornitza Stark Marked gene: GREM1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14568 | MRAP | Zornitza Stark Marked gene: MRAP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14565 | MPZL2 | Zornitza Stark Marked gene: MPZL2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14562 | MPZ | Zornitza Stark Marked gene: MPZ as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14562 | MPZ | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MPZ were changed from to Charcot Marie Tooth disease, dominant intermediate D, 60779; Neuropathy, congenital hypomyelinating, 605253; Charcot Marie Tooth disease, type 2J, 607736; Dejerine Sottas disease, 145900; Charcot Marie Tooth disease, type 1B, 118200; Charcot Marie Tooth disease, type 2I, 607677; HMSN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14559 | MPV17 | Zornitza Stark Marked gene: MPV17 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14559 | MPV17 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MPV17 were changed from to Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2EE, MIM# 618400 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14556 | MPO | Zornitza Stark Marked gene: MPO as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14553 | MPC1 | Zornitza Stark Marked gene: MPC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14553 | MPC1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MPC1 were changed from to Mitochondrial pyruvate carrier deficiency, MIM# 614741 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14550 | MPC1 | Zornitza Stark reviewed gene: MPC1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 22628558, 34873722; Phenotypes: Mitochondrial pyruvate carrier deficiency, MIM# 614741; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14550 | MOG | Zornitza Stark Marked gene: MOG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14550 | MOG | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MOG were changed from to Narcolepsy 7 , MIM# 614250 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14546 | MOG | Zornitza Stark reviewed gene: MOG: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 21907016; Phenotypes: Narcolepsy 7 , MIM# 614250; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14546 | MOCS3 | Zornitza Stark Marked gene: MOCS3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14542 | MOCS1 | Zornitza Stark Marked gene: MOCS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14541 | MNX1 | Zornitza Stark Marked gene: MNX1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14541 | MNX1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MNX1 were changed from to Currarino syndrome, MIM# 176450 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14538 | MMP2 | Zornitza Stark Marked gene: MMP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14538 | MMP2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MMP2 were changed from to Multicentric osteolysis, nodulosis, and arthropathy, MIM# 259600 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14535 | MMP2 | Zornitza Stark reviewed gene: MMP2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 11431697, 15691365, 17059372, 17400654; Phenotypes: Multicentric osteolysis, nodulosis, and arthropathy, MIM# 259600; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14533 | ATP6V1A | Elena Savva Marked gene: ATP6V1A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14532 | ATP6AP2 | Elena Savva Phenotypes for gene: ATP6AP2 were changed from ?Parkinsonism with spasticity, X-linked MIM#300911; Congenital disorder of glycosylation, type IIr MIM#301045; Intellectual developmental disorder, X-linked, syndromic, Hedera type MIM#300423 to ?Parkinsonism with spasticity, X-linked MIM#300911; Congenital disorder of glycosylation, type IIr MIM#301045; Intellectual developmental disorder, X-linked, syndromic, Hedera type MIM#300423 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14531 | ATP6AP2 | Elena Savva Marked gene: ATP6AP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14531 | ATP6AP2 | Elena Savva Phenotypes for gene: ATP6AP2 were changed from to ?Parkinsonism with spasticity, X-linked MIM#300911; Congenital disorder of glycosylation, type IIr MIM#301045; Intellectual developmental disorder, X-linked, syndromic, Hedera type MIM#300423 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14530 | ATP6AP2 | Elena Savva reviewed gene: ATP6AP2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: Other; Publications: PMID: 23595882; Phenotypes: ?Parkinsonism with spasticity, X-linked MIM#300911, Congenital disorder of glycosylation, type IIr MIM#301045, Intellectual developmental disorder, X-linked, syndromic, Hedera type MIM#300423; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14530 | MMADHC | Zornitza Stark Marked gene: MMADHC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14530 | MMADHC | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MMADHC were changed from to Homocystinuria, cblD type, variant 1 MIM#277410; Methylmalonic aciduria and homocystinuria, cblD type MIM#277410; Methylmalonic aciduria, cblD type, variant 2 MIM#277410; Disorders of cobalamin absorption, transport and metabolism | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14527 | MMACHC | Zornitza Stark Marked gene: MMACHC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14524 | MMAB | Zornitza Stark Marked gene: MMAB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14522 | MMAA | Zornitza Stark Marked gene: MMAA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14520 | MLPH | Zornitza Stark Marked gene: MLPH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14517 | MITF | Zornitza Stark Marked gene: MITF as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14517 | MITF | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MITF were changed from to COMMAD syndrome, MIM# 617306; Tietz albinism-deafness syndrome, MIM# 103500; Waardenburg syndrome, type 2A, MIM# 193510 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14514 | MITF | Zornitza Stark reviewed gene: MITF: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27889061, 32541011; Phenotypes: COMMAD syndrome, MIM# 617306, Tietz albinism-deafness syndrome, MIM# 103500, Waardenburg syndrome, type 2A, MIM# 193510; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14514 | MIR936 | Zornitza Stark Marked gene: MIR936 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14513 | MIR184 | Zornitza Stark Marked gene: MIR184 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14510 | MIR183 | Zornitza Stark Marked gene: MIR183 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14506 | ATP2C1 | Elena Savva Marked gene: ATP2C1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14505 | ATP6V0A1 | Elena Savva Marked gene: ATP6V0A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14505 | MIR182 | Zornitza Stark Marked gene: MIR182 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14504 | MIP | Zornitza Stark Marked gene: MIP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14504 | MIP | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MIP were changed from to Cataract 15, multiple types, MIM# 615274 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14501 | MIP | Zornitza Stark reviewed gene: MIP: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 10802646, 16564824, 33530927, 30214549; Phenotypes: Cataract 15, multiple types, MIM# 615274; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14501 | MIF | Zornitza Stark Marked gene: MIF as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14500 | MIF | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MIF were changed from to {Rheumatoid arthritis, systemic juvenile, susceptibility to}, MIM# 604302 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14498 | MIF | Zornitza Stark reviewed gene: MIF: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: {Rheumatoid arthritis, systemic juvenile, susceptibility to}, MIM# 604302; Mode of inheritance: None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14498 | MGME1 | Zornitza Stark Marked gene: MGME1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14495 | MFN2 | Zornitza Stark Marked gene: MFN2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14494 | MFF | Zornitza Stark Marked gene: MFF as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14491 | METTL23 | Zornitza Stark Marked gene: METTL23 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14488 | MET | Zornitza Stark Marked gene: MET as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14488 | MET | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MET were changed from to Renal cell carcinoma, papillary, 1, familial and somatic, MIM# 605074; Papillary renal cell carcinoma MONDO:0017884 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14486 | MET | Zornitza Stark edited their review of gene: MET: Changed phenotypes: Renal cell carcinoma, papillary, 1, familial and somatic, MIM# 605074, Papillary renal cell carcinoma MONDO:0017884 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14486 | MET | Zornitza Stark reviewed gene: MET: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Papillary renal cell carcinoma MONDO:0017884; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14486 | ATG16L1 | Elena Savva Marked gene: ATG16L1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14486 | MERTK | Zornitza Stark Marked gene: MERTK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14483 | MEIS1 | Zornitza Stark Marked gene: MEIS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14482 | ATP1A1 | Elena Savva Phenotypes for gene: ATP1A1 were changed from Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2DD MIM#618036; Hypomagnesemia, seizures, and mental retardation 2 MIM#618314 to Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2DD MIM#618036; Hypomagnesemia, seizures, and mental retardation 2 MIM#618314 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14481 | ATP2A2 | Elena Savva Marked gene: ATP2A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14479 | ATL3 | Elena Savva Phenotypes for gene: ATL3 were changed from Neuropathy, hereditary sensory, type IF, MIM# 615632 to Neuropathy, hereditary sensory, type IF, MIM# 615632 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14478 | ATP2A2 | Elena Savva Phenotypes for gene: ATP2A2 were changed from to Acrokeratosis verruciformis MIM#101900; Darier disease MIM#124200 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14476 | ATP1A1 | Elena Savva Phenotypes for gene: ATP1A1 were changed from to Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2DD MIM#618036; Hypomagnesemia, seizures, and mental retardation 2 MIM#618314 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14475 | ATP1A1 | Elena Savva Marked gene: ATP1A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14475 | ATL3 | Elena Savva Phenotypes for gene: ATL3 were changed from to Neuropathy, hereditary sensory, type IF, MIM# 615632 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14474 | ATL3 | Elena Savva Marked gene: ATL3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14474 | ATP2A2 | Elena Savva reviewed gene: ATP2A2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 24336169; Phenotypes: Acrokeratosis verruciformis MIM#101900, Darier disease MIM#124200; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14472 | ATF1 | Elena Savva Marked gene: ATF1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14471 | MEIOB | Zornitza Stark Marked gene: MEIOB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14471 | ASPN | Elena Savva Marked gene: ASPN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14471 | MEGF8 | Zornitza Stark Marked gene: MEGF8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14471 | MEGF8 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MEGF8 were changed from to Carpenter syndrome, MIM#614976 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14468 | MEGF8 | Zornitza Stark reviewed gene: MEGF8: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23063620; Phenotypes: Carpenter syndrome, MIM#614976; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14468 | MEFV | Zornitza Stark Marked gene: MEFV as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14465 | MED23 | Zornitza Stark Marked gene: MED23 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14462 | MED13 | Zornitza Stark Marked gene: MED13 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14459 | MECP2 | Zornitza Stark Marked gene: MECP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14456 | MCM9 | Zornitza Stark Marked gene: MCM9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14456 | MCM9 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MCM9 were changed from to Ovarian dysgenesis 4, MIM# 616185 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14453 | MCM9 | Zornitza Stark reviewed gene: MCM9: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25480036, 26771056, 33538981, 33095795; Phenotypes: Ovarian dysgenesis 4, MIM# 616185; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14453 | MCM8 | Zornitza Stark Marked gene: MCM8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14453 | ASPN | Elena Savva Phenotypes for gene: ASPN were changed from {Lumbar disc degeneration} MIM#603932; {Osteoarthritis susceptibility 3} MIM#607850 to {Lumbar disc degeneration} MIM#603932; {Osteoarthritis susceptibility 3} MIM#607850 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14453 | ASPN | Elena Savva Phenotypes for gene: ASPN were changed from to {Lumbar disc degeneration} MIM#603932; {Osteoarthritis susceptibility 3} MIM#607850 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14451 | ARV1 | Elena Savva Marked gene: ARV1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14451 | ARV1 | Elena Savva Gene: arv1 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14450 | ARV1 | Elena Savva Phenotypes for gene: ARV1 were changed from to DEVELOPMENTAL AND EPILEPTIC ENCEPHALOPATHY 38 MIM#61720; Dilated cardiomyopathy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14449 | ARV1 | Elena Savva Publications for gene: ARV1 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14449 | ARV1 | Elena Savva Mode of inheritance for gene: ARV1 was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14448 | MCM8 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MCM8 were changed from to Premature ovarian failure 10, MIM# 612885 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14445 | MCM8 | Zornitza Stark reviewed gene: MCM8: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25437880, 25873734; Phenotypes: Premature ovarian failure 10, MIM# 612885; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14445 | MCM6 | Zornitza Stark Marked gene: MCM6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14442 | OAS1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: OAS1 were changed from Autoinflammatory immunodeficiency; infantile-onset pulmonary alveolar proteinosis; hypogammaglobulinaemia to Immunodeficiency 100 with pulmonary alveolar proteinosis and hypogammaglobulinaemia, MIM#618042 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14441 | OAS1 | Zornitza Stark edited their review of gene: OAS1: Changed phenotypes: Immunodeficiency 100 with pulmonary alveolar proteinosis and hypogammaglobulinaemia, MIM#618042 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14441 | MCEE | Zornitza Stark Marked gene: MCEE as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14438 | MCCC2 | Zornitza Stark Marked gene: MCCC2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14438 | MCCC2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MCCC2 were changed from to 3-Methylcrotonyl-CoA carboxylase 2 deficiency MIM#210210; Organic acidurias | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14435 | MCCC2 | Zornitza Stark reviewed gene: MCCC2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31730530; Phenotypes: 3-Methylcrotonyl-CoA carboxylase 2 deficiency MIM#210210, Organic acidurias; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14435 | MCCC1 | Zornitza Stark Marked gene: MCCC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14435 | MCCC1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MCCC1 were changed from to 3-Methylcrotonyl-CoA carboxylase 1 deficiency MIM#210200; Organic acidurias | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14432 | MCCC1 | Zornitza Stark reviewed gene: MCCC1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31730530; Phenotypes: 3-Methylcrotonyl-CoA carboxylase 1 deficiency MIM#210200, Organic acidurias; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14432 | MC3R | Zornitza Stark Marked gene: MC3R as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14429 | MC2R | Zornitza Stark Marked gene: MC2R as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14426 | MBL2 | Zornitza Stark Marked gene: MBL2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14422 | MATR3 | Zornitza Stark Marked gene: MATR3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14419 | MAP3K1 | Zornitza Stark Marked gene: MAP3K1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14416 | MAK | Zornitza Stark Marked gene: MAK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14413 | MAGT1 | Zornitza Stark Marked gene: MAGT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14413 | MAGT1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MAGT1 were changed from to Congenital disorder of glycosylation, type Icc (MIM# 301031); Immunodeficiency, X-linked, with magnesium defect, Epstein-Barr virus infection and neoplasia (MIM# 300853) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14410 | MAGT1 | Zornitza Stark reviewed gene: MAGT1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31036665, 31714901; Phenotypes: Congenital disorder of glycosylation, type Icc (MIM# 301031), Immunodeficiency, X-linked, with magnesium defect, Epstein-Barr virus infection and neoplasia (MIM# 300853); Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14410 | GREM1 | Krithika Murali reviewed gene: GREM1: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 22561515, 26493165, 21128281, 29804199; Phenotypes: hereditary mixed polyposis syndrome; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14410 | MNX1 | Abhijit Kulkarni reviewed gene: MNX1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 32571425, 33836786 , 11528505; Phenotypes: Currarino syndrome, MIM# 176450; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14410 | MAGI2 | Zornitza Stark Marked gene: MAGI2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14407 | MYO3A | Zornitza Stark Marked gene: MYO3A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14407 | OPHN1 | Zornitza Stark Marked gene: OPHN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14407 | OPHN1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: OPHN1 were changed from to Mental retardation, X-linked, with cerebellar hypoplasia and distinctive facial appearance, MIM#300486 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14404 | OPHN1 | Zornitza Stark commented on gene: OPHN1: OPHN1 variants cause cerebellar hypoplasia and distinctive facial appearance, macrocephaly is a feature. At least 8 families reported. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14404 | PAH | Zornitza Stark Marked gene: PAH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14401 | PCDH12 | Zornitza Stark Marked gene: PCDH12 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14398 | PEPD | Zornitza Stark Marked gene: PEPD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14395 | PEX10 | Zornitza Stark Marked gene: PEX10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14392 | PCK1 | Zornitza Stark Marked gene: PCK1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14392 | PCK1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PCK1 were changed from to Phosphoenolpyruvate carboxykinase deficiency, cytosolic MIM#261680; Disorders of gluconeogenesis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14389 | QDPR | Zornitza Stark Marked gene: QDPR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14389 | REEP1 | Zornitza Stark Marked gene: REEP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14389 | REEP1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: REEP1 were changed from to Neuronopathy, distal hereditary motor, type VB MIM#614751; Spastic paraplegia 31, autosomal dominant MIM#610250; Charcot-Marie-Tooth; severe congenital distal SMA with diaphragmatic paralysis; congenital axonal neuropathy and diaphragmatic palsy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14386 | RLBP1 | Zornitza Stark Marked gene: RLBP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14383 | RMND1 | Zornitza Stark Marked gene: RMND1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14381 | RNASEH1 | Zornitza Stark Marked gene: RNASEH1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14379 | RBFOX2 |
Chern Lim edited their review of gene: RBFOX2: Added comment: - PMID: 26785492: Analysed CHD (1213 congenital heart disease trios) and control (autism spectrum disorder) trios for de novo mutations. Found RBFOX2 gene had significantly more damaging de novo variants than expected: 3 de novo LoF variants (eg. nonsense, frameshift, or canonical splice disruptions). All 3 probands have hypoplastic left heart syndrome (HLHS). No further patient-specific clinical or variant info were available. Same cohort later included in PMID: 32368696, listed 4 de novo variants in this gene, in patients with left ventricular outflow tract obstruction (LVOTO) or conotruncal defects (CTDs). - PMID: 27670201: RNA expression study showed the silenced allele harbours a nonsense RBFOX2 variant (Arg287*), CHD patient heart tissue sample, same patient published in PMID: 26785492. - PMID: 27485310: Functional studies using heart tissue sample from HLHS patient with NM_001031695.2:c.859C>T p.(Arg287*) showed subcellular mislocalisation, impacting its nuclear function in RNA splicing. - PMID: 25205790: De novo 111.3kb del chr22:36038076-36149338 (hg19) which includes APOL5,APOL6,RBFOX2, in a patient with HLHS. - PMID: 35137168: Rbfox2 conditional knockout mouse model recapitulated several molecular and phenotypic features of HLHS.; Changed publications: PMID: 26785492, 27670201, 27485310, 25205790, 35137168, 26785492 |
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| Mendeliome v0.14378 | RNASEH2A | Zornitza Stark Marked gene: RNASEH2A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14378 | RNASEH2A | Zornitza Stark Phenotypes for gene: RNASEH2A were changed from to Aicardi-Goutieres syndrome 4 MIM#610333 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14375 | RNF139 | Zornitza Stark Marked gene: RNF139 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14375 | RNF139 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: RNF139 were changed from to Renal cell carcinoma MIM#144700 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14371 | RP1 | Zornitza Stark Marked gene: RP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14368 | RP2 | Zornitza Stark Marked gene: RP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14365 | RP9 | Zornitza Stark Marked gene: RP9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14360 | RYR1 | Zornitza Stark Marked gene: RYR1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14360 | RYR1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: RYR1 were changed from to {Malignant hyperthermia susceptibility 1} MIM#145600; Central core disease, MIM# 117000; King-Denborough syndrome , MIM#619542; Minicore myopathy with external ophthalmoplegia , MIM#255320; Neuromuscular disease, congenital, with uniform type 1 fiber, MIM# 117000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14357 | RYR1 | Zornitza Stark reviewed gene: RYR1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Central core disease, MIM# 117000, King-Denborough syndrome , MIM#619542, Minicore myopathy with external ophthalmoplegia , MIM#255320, Neuromuscular disease, congenital, with uniform type 1 fiber, MIM# 117000; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14357 | SACS | Zornitza Stark Marked gene: SACS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14357 | SACS | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SACS were changed from to Spastic ataxia, Charlevoix-Saguenay type MIM#270550 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14355 | SCN11A | Zornitza Stark Marked gene: SCN11A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14355 | SCN11A | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SCN11A were changed from to Neuropathy, hereditary sensory and autonomic, type VII, MIM# 615548; Episodic pain syndrome, familial, 3, MIM# 615552 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14352 | SCN11A | Zornitza Stark edited their review of gene: SCN11A: Changed phenotypes: Neuropathy, hereditary sensory and autonomic, type VII, MIM# 615548, Episodic pain syndrome, familial, 3, MIM# 615552 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14352 | TMC8 | Zornitza Stark Marked gene: TMC8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14345 | RBFOX2 |
Chern Lim gene: RBFOX2 was added gene: RBFOX2 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: RBFOX2 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: RBFOX2 were set to PMID: 26785492; 27670201; 27485310; 25205790; 35137168 Phenotypes for gene: RBFOX2 were set to Hypoplastic left heart syndrome (HLHS) Review for gene: RBFOX2 was set to AMBER gene: RBFOX2 was marked as current diagnostic Added comment: - PMID: 26785492: Analysed CHD (1213 congenital heart disease trios) and control (autism spectrum disorder) trios for de novo mutations. Found RBFOX2 gene had significantly more damaging de novo variants than expected: 3 de novo LoF variants (eg. nonsense, frameshift, or canonical splice disruptions). All 3 probands have hypoplastic left heart syndrome (HLHS). No further patient-specific clinical or variant info were available. - PMID: 27670201: RNA expression study showed the silenced allele harbours a nonsense RBFOX2 variant (Arg287*), CHD patient heart tissue sample, same patient published in PMID: 26785492. - PMID: 27485310: Functional studies using heart tissue sample from HLHS patient with NM_001031695.2:c.859C>T p.(Arg287*) showed subcellular mislocalisation, impacting its nuclear function in RNA splicing. - PMID: 25205790: De novo 111.3kb del chr22:36038076-36149338 (hg19) which includes APOL5,APOL6,RBFOX2, in a patient with HLHS. - PMID: 35137168: Rbfox2 conditional knockout mouse model recapitulated several molecular and phenotypic features of HLHS. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.14345 | GRIA4 | Ain Roesley Marked gene: GRIA4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14344 | GRID2 | Ain Roesley Marked gene: GRID2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14344 | GRID2 | Ain Roesley Phenotypes for gene: GRID2 were changed from to Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 18 MIM#616204 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14343 | GRID2 | Ain Roesley reviewed gene: GRID2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 32622959, 32170608; Phenotypes: Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 18 MIM#616204; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14343 | GRIN2D | Ain Roesley Marked gene: GRIN2D as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14341 | ARV1 | Abhijit Kulkarni reviewed gene: ARV1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 35227294, 27270415, 25558065; Phenotypes: DEVELOPMENTAL AND EPILEPTIC ENCEPHALOPATHY 38 ( MIM:61720) Dilated cardiomyopathy; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14341 | UGT1A1 | Zornitza Stark Marked gene: UGT1A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14341 | UGT1A1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: UGT1A1 were changed from to Bilirubin UDP-glucuronosyltransferase 1 deficiency (Disorders of bile acid metabolism and transport); Crigler-Najjar syndrome, type I 218800; Crigler-Najjar syndrome, type II 606785 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14339 | UNC13D | Zornitza Stark Marked gene: UNC13D as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14339 | UNG | Zornitza Stark Marked gene: UNG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14337 | UQCC2 | Zornitza Stark Marked gene: UQCC2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14337 | UQCC2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: UQCC2 were changed from to Mitochondrial complex III deficiency, nuclear type 7 - MIM#615824 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14334 | UQCRB | Zornitza Stark Marked gene: UQCRB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14334 | UQCRB | Zornitza Stark Phenotypes for gene: UQCRB were changed from to Mitochondrial complex III deficiency, nuclear type 3, MIM# 615158 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14331 | UROD | Zornitza Stark Marked gene: UROD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14331 | UROD | Zornitza Stark Phenotypes for gene: UROD were changed from to Porphyria cutanea tarda; Porphyria, hepatoerythropoietic (MIM#176100) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14328 | MAGED2 | Zornitza Stark Marked gene: MAGED2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14328 | MAGED2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MAGED2 were changed from to Bartter syndrome, type 5, antenatal, transient, MIM# 300971 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14325 | MAGED2 | Zornitza Stark reviewed gene: MAGED2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27120771; Phenotypes: Bartter syndrome, type 5, antenatal, transient, MIM# 300971; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14325 | MRPS2 | Zornitza Stark Marked gene: MRPS2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14322 | MSH3 | Zornitza Stark Marked gene: MSH3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14319 | MSRB3 | Zornitza Stark Marked gene: MSRB3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14316 | MTAP | Zornitza Stark Marked gene: MTAP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14316 | MTAP | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MTAP were changed from to Diaphyseal medullary stenosis with malignant fibrous histiocytoma, MIM# 112250 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14312 | MTAP | Zornitza Stark reviewed gene: MTAP: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 22464254; Phenotypes: Diaphyseal medullary stenosis with malignant fibrous histiocytoma, MIM# 112250; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14312 | MTFMT | Zornitza Stark Marked gene: MTFMT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14312 | MTFMT | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MTFMT were changed from to Combined oxidative phosphorylation deficiency 15, MIM# 614947; Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 27, MIM# 618248 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14309 | MTFMT | Zornitza Stark reviewed gene: MTFMT: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 21907147, 23499752, 24461907, 22499348; Phenotypes: Combined oxidative phosphorylation deficiency 15, MIM# 614947, Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 27, MIM# 618248; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14309 | MTHFD1 | Zornitza Stark Marked gene: MTHFD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14305 | MTHFR | Zornitza Stark Marked gene: MTHFR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14302 | MTM1 | Zornitza Stark Marked gene: MTM1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14302 | MTM1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MTM1 were changed from to Myopathy, centronuclear, X-linked, MIM# 310400 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14299 | MTM1 | Zornitza Stark reviewed gene: MTM1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 10790201; Phenotypes: Myopathy, centronuclear, X-linked, MIM# 310400; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14299 | MTO1 | Zornitza Stark Marked gene: MTO1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14295 | MTOR | Zornitza Stark Marked gene: MTOR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14291 | DNAJC6 | Krithika Murali reviewed gene: DNAJC6: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 22563501, 23211418, 26528954; Phenotypes: Parkinson disease 19a, juvenile-onset - MIM#615528, Parkinson disease 19b, early-onset - MIM#615528; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14291 | DNAJC3 | Krithika Murali changed review comment from: Well-established association with monogenic diabetes with growth restriction, hypothyroidism, neuropathy, sensorineural hearing loss and cerebellar ataxia also reported affected individuals (PMID 33486469 Lytrvi et al 2021 report 2 additional families and summarise the phenotypic features of 4 previously reported families).; to: Well-established association with monogenic diabetes. Growth restriction, hypothyroidism, neuropathy, sensorineural hearing loss and cerebellar ataxia also reported in affected individuals (PMID 33486469 Lytrvi et al 2021 report 2 additional families and summarise the phenotypic features of 4 previously reported families). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14291 | DNAJC3 | Krithika Murali reviewed gene: DNAJC3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 33486469, 34630333, 34654017, 32738013; Phenotypes: ?Ataxia, combined cerebellar and peripheral, with hearing loss and diabetes mellitus - MIM#616192; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14291 | DNAJC21 | Krithika Murali reviewed gene: DNAJC21: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 29700810, 28062395, 27346687; Phenotypes: Bone marrow failure syndrome 3 - MIM#617052; Mode of inheritance: None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14291 | DNM1L | Krithika Murali reviewed gene: DNM1L: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Encephalopathy, lethal, due to defective mitochondrial peroxisomal fission 1 - MIM#614388 (AD, AR), Optic atrophy 5 - MIM#610708 (AD); Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14291 | DRD3 | Krithika Murali reviewed gene: DRD3: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: {Essential tremor, hereditary, 1} - MIM#190300, {Schizophrenia, susceptibility to} - MIM#181500; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14291 | DSCAM |
Krithika Murali edited their review of gene: DSCAM: Added comment: No OMIM gene disease association. Variants predominantly identified from large cohort studies with limited phenotypic information. Associations with ID, ASD, Hirschsprung disease reported. One homozygous splice site variant reported with no parental phenotypes provided. PMID 34253863 Lim et al 2021 - 12 yo proband with severe autism spectrum disorder diagnosed age 3, de novo heterozygous c.2051 del p.(L684X) variant identified (absent from gnomAD). Skin fibroblast human iPSC cells generated from proband and healthy controls. Forebrain-like induced neuronal cells showed reduced mRNA expression for NMDA-R subunits. PMID 28600779 Monies et al 2017 - Homozygous splice site variant identified in proband from consanguineous Saudi family. Proband had growth restriction, microcephaly, developmental delay. Parental phenotype not provided. PMID 30095639 and PMID 23671607 - report association between DSCAM polymorphisms and Hirschsprung disease in Chinese and European populations. PMID 27824329 Wang et al 2016 - 2 denovo mutations in mixed ID/ASD cohort of 1,045; including comparison of previously published cases 6 LOF out of 4,998 cases. PMID 28191889 2 denovo LOF in 13,407 mixed ID/ASD cases plus 4 previosly published cases our ot 6158; conclude denovo LOF enriched in cases vs controls PMID 21904980; mouse model – het LOF mice show hydrocephalus, decreased motor function and impaired motor learning ability, Evidence for missense lacking currently; Changed publications: 34253863, 32807774, 28600779, 21904980, 28191889, 27824329, 30095639, 23671607 |
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| Mendeliome v0.14291 | MTTP | Zornitza Stark Marked gene: MTTP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14288 | MUT | Zornitza Stark Marked gene: MUT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14285 | MVK | Zornitza Stark Marked gene: MVK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14282 | MXI1 | Zornitza Stark Marked gene: MXI1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14281 | MYD88 | Zornitza Stark Marked gene: MYD88 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14278 | MYH14 | Zornitza Stark Marked gene: MYH14 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14278 | MYH14 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MYH14 were changed from to Deafness, autosomal dominant 4A, MIM# 600652; Peripheral neuropathy, myopathy, hoarseness, and hearing loss 614369 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14275 | MYH14 | Zornitza Stark reviewed gene: MYH14: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 15015131, 25719458, 31045651, 28221712, 34681017, 21480433, 31653586, 31631044, 31231018; Phenotypes: Deafness, autosomal dominant 4A, MIM# 600652, Peripheral neuropathy, myopathy, hoarseness, and hearing loss 614369; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14275 | MYH3 | Zornitza Stark Marked gene: MYH3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14275 | MYH3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MYH3 were changed from to Arthrogryposis, distal, type 2A (Freeman-Sheldon) 193700; Arthrogryposis, distal, type 2B3 (Sheldon-Hall) 618436; Contractures, pterygia, and spondylocarpostarsal fusion syndrome 1A 178110; Contractures, pterygia, and spondylocarpotarsal fusion syndrome 1B 618469 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14272 | MYH3 | Zornitza Stark reviewed gene: MYH3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25957469, 26544689, 21531865, 18695058; Phenotypes: Arthrogryposis, distal, type 2A (Freeman-Sheldon) 193700, Arthrogryposis, distal, type 2B3 (Sheldon-Hall) 618436, Contractures, pterygia, and spondylocarpostarsal fusion syndrome 1A 178110, Contractures, pterygia, and spondylocarpotarsal fusion syndrome 1B 618469; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14272 | MYO1E | Zornitza Stark Marked gene: MYO1E as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14269 | WNT1 | Zornitza Stark Marked gene: WNT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14266 | WNK4 | Zornitza Stark Marked gene: WNK4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14263 | WNK1 | Zornitza Stark Marked gene: WNK1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14263 | WNK1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: WNK1 were changed from to Neuropathy, hereditary sensory and autonomic, type II, MIM# 201300; MONDO:0024309; Pseudohypoaldosteronism, type IIC, MIM# 614492 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14260 | WNK1 |
Zornitza Stark changed review comment from: Well established gene-disease association. Note mono-allelic variants are associated with pseudohypoaldosteronism; to: Well established gene-disease associations. |
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| Mendeliome v0.14260 | WNK1 | Zornitza Stark edited their review of gene: WNK1: Changed phenotypes: Neuropathy, hereditary sensory and autonomic, type II, MIM# 201300, MONDO:0024309, Pseudohypoaldosteronism, type IIC, MIM# 614492; Changed mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14260 | WDR4 | Zornitza Stark Marked gene: WDR4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14256 | WDR36 |
Zornitza Stark changed review comment from: Multiple individuals reported. However, note one of the earliest reported variants p.Asp658Gly is present in >1,000 individuals in gnomad, and another, p.Ala449Thr is present in >2000.; to: Multiple individuals reported. Adult-onset. However, note one of the earliest reported variants p.Asp658Gly is present in >1,000 individuals in gnomad, and another, p.Ala449Thr is present in >2000. |
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| Mendeliome v0.14256 | WDR36 |
Zornitza Stark changed review comment from: Multiple individuals reported. However, note one of the earliest reported variants p.Asp658Gly is present in >1,000 individuals in gnomad.; to: Multiple individuals reported. However, note one of the earliest reported variants p.Asp658Gly is present in >1,000 individuals in gnomad, and another, p.Ala449Thr is present in >2000. |
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| Mendeliome v0.14256 | WDR36 | Zornitza Stark Marked gene: WDR36 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14253 | WASHC5 | Zornitza Stark Marked gene: WASHC5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14253 | WASHC5 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: WASHC5 were changed from to Ritscher-Schinzel syndrome 1, MIM# 220210; Spastic paraplegia 8, autosomal dominant, MIM# 603563 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14250 | WASHC5 | Zornitza Stark reviewed gene: WASHC5: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 17160902, 23455931, 30778698, 24065355, 33456446; Phenotypes: Ritscher-Schinzel syndrome 1, MIM# 220210, Spastic paraplegia 8, autosomal dominant, MIM# 603563; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14250 | WASF1 | Zornitza Stark Marked gene: WASF1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14250 | WASF1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: WASF1 were changed from to Neurodevelopmental disorder with absent language and variable seizures , MIM#618707 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14247 | WASF1 | Zornitza Stark reviewed gene: WASF1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 29961568, 34845217, 34478686, 34356165; Phenotypes: Neurodevelopmental disorder with absent language and variable seizures , MIM#618707; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14247 | WAC | Zornitza Stark Marked gene: WAC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14244 | FXYD2 | Bryony Thompson Marked gene: FXYD2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14239 | RIPPLY2 | Zornitza Stark Marked gene: RIPPLY2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14236 | FXN | Bryony Thompson Marked gene: FXN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14236 | MYOC | Zornitza Stark Marked gene: MYOC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14236 | MYOC | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MYOC were changed from to Glaucoma 1A, primary open angle, MIM# 137750 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14233 | MYOC | Zornitza Stark reviewed gene: MYOC: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 9005853, 9535666, 15108121; Phenotypes: Glaucoma 1A, primary open angle, MIM# 137750; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14232 | MYOCD |
Zornitza Stark changed review comment from: Congenital megabladder (MGBL) is characterized by a massively dilated bladder with disrupted smooth muscle in the bladder wall. MGBL is a sex-limited trait with 95% male predominance, likely the result of differences in urethra and bladder development and length differences in urethra between males and females. Seven affected males from three families. Five females and one male with the variant were unaffected, suggesting incomplete penetrance. Additional family in PMID 35005812 as part of a large prenatal renal cohort.; to: Congenital megabladder (MGBL) is characterized by a massively dilated bladder with disrupted smooth muscle in the bladder wall. MGBL is a sex-limited trait with 95% male predominance, likely the result of differences in urethra and bladder development and length differences in urethra between males and females. Seven affected males from three families. Five females and one male with the variant were unaffected, suggesting incomplete penetrance. Additional family in PMID 35005812 as part of a large prenatal renal cohort. Mono allelic disease in males (megabladder), bi-allelic disease in males and females (megabladder and congenital heart disease). Mouse models. |
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| Mendeliome v0.14232 | MYOCD | Zornitza Stark Marked gene: MYOCD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14229 | MYOT | Zornitza Stark Marked gene: MYOT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14229 | MYOT | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MYOT were changed from to Myopathy, myofibrillar, 3, MIM# 609200; Myopathy, spheroid body, MIM# 182920 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14226 | MYOT | Zornitza Stark reviewed gene: MYOT: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 10958653, 15111675, 16380616, 33250842, 32509353, 29924655; Phenotypes: Myopathy, myofibrillar, 3, MIM# 609200, Myopathy, spheroid body, MIM# 182920; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14223 | FXN | Bryony Thompson edited their review of gene: FXN: Added comment: Well-established gene-disease association. 96% of cases are caused by biallelic intronic GAA triplet repeat expansion and 4% are attributable to biallelic single nucleotide variants and small indels. Loss of function is the mechanism of disease.; Changed rating: GREEN; Changed publications: 20301458, 26704351; Changed phenotypes: Friedreich ataxia MONDO:0100339; Changed mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Set current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14223 | RNF139 | Belinda Chong reviewed gene: RNF139: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 9689122; Phenotypes: Renal cell carcinoma MIM#144700; Mode of inheritance: Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14223 | FUT8 | Bryony Thompson Marked gene: FUT8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14220 | FUT1 | Bryony Thompson Marked gene: FUT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14219 | FUT1 | Bryony Thompson Added comment: Comment on list classification: Biallelic loss of function variants produce the Bombay blood group, which is a recessive H-deficient red blood cell phenotype. Bombay and para-Bombay individuals display no apparent deleterious phenotype except in circumstances requiring blood transfusion. No evidence for Mendelian disease associated with this gene. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14217 | FUT1 | Bryony Thompson Added comment: Comment on list classification: Biallelic loss of function variants cause Bombay phenotype, which is a recessive H-deficient red blood cell phenotype. Bombay and para-Bombay individuals display no apparent deleterious phenotype except in circumstances requiring blood transfusion. No evidence for Mendelian disease associated with this gene. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14215 | FSHR | Bryony Thompson Marked gene: FSHR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14215 | FTO | Bryony Thompson Marked gene: FTO as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14214 | FTO | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FTO were changed from to Growth retardation, developmental delay, facial dysmorphism MIM#612938 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14212 | FTO | Bryony Thompson reviewed gene: FTO: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 19234441, 19559399, 26378117, 26697951, 26378117, 26740239; Phenotypes: Growth retardation, developmental delay, facial dysmorphism MIM#612938; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14212 | RIMS1 | Zornitza Stark Marked gene: RIMS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14209 | RHEB | Zornitza Stark Marked gene: RHEB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14209 | FSHR | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FSHR were changed from to Ovarian dysgenesis 1 MONDO:0024463; Ovarian hyperstimulation syndrome MONDO:0011972 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14203 | FSHR | Bryony Thompson reviewed gene: FSHR: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 16630814, 7553856, 9020851, 9769327, 20087398, 9854118, 12930928, 12930927, 17721928, 26911863; Phenotypes: Ovarian dysgenesis 1 MONDO:0024463, Ovarian hyperstimulation syndrome MONDO:0011972; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14203 | RHCE | Zornitza Stark Marked gene: RHCE as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14200 | RGS9BP | Zornitza Stark Marked gene: RGS9BP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14197 | RGS9 | Zornitza Stark Marked gene: RGS9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14194 | RFX6 | Zornitza Stark Marked gene: RFX6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14191 | FXYD6 | Bryony Thompson Marked gene: FXYD6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14188 | FZD2 | Bryony Thompson Marked gene: FZD2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14186 | FBP2 | Zornitza Stark Marked gene: FBP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14185 | FBP2 |
Zornitza Stark gene: FBP2 was added gene: FBP2 was added to Mendeliome. Sources: Expert list Mode of inheritance for gene: FBP2 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: FBP2 were set to 33977262 Phenotypes for gene: FBP2 were set to Leukodystrophy, childhood-onset, remitting, MIM# 619864 Review for gene: FBP2 was set to AMBER Added comment: 8 individuals from 3 generations in a single family reported with a variant in this gene. The children presented with episode of regression and leukodystrophy in early childhood, from which they made a slow recovery. The adults had a broad range of neurobehavioural phenotypes but also had leukodystrophy on imaging. Some functional data presented (in vitro). Sources: Expert list |
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| Mendeliome v0.14181 | MOV10L1 | Zornitza Stark Marked gene: MOV10L1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14178 | RFC2 | Zornitza Stark Marked gene: RFC2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14177 | REST | Zornitza Stark Marked gene: REST as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14174 | REEP6 | Zornitza Stark Marked gene: REEP6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14171 | RCBTB1 | Zornitza Stark Marked gene: RCBTB1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14171 | RCBTB1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: RCBTB1 were changed from to Retinal dystrophy with or without extraocular anomalies, MIM# 617175 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14168 | RCBTB1 | Zornitza Stark reviewed gene: RCBTB1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27486781, 35057699, 33624564, 33104391; Phenotypes: Retinal dystrophy with or without extraocular anomalies, MIM# 617175; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14167 | FSHB | Bryony Thompson Marked gene: FSHB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14164 | FRZB | Bryony Thompson Marked gene: FRZB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14164 | FRZB | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FRZB were changed from to {Osteoarthritis susceptibility 1} MIM#165720 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14163 | FRRS1L | Bryony Thompson Marked gene: FRRS1L as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14158 | FRZB | Bryony Thompson reviewed gene: FRZB: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 15210948; Phenotypes: {Osteoarthritis susceptibility 1} MIM#165720; Mode of inheritance: Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14158 | FOXN1 | Bryony Thompson Marked gene: FOXN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14158 | RBPJ | Zornitza Stark Marked gene: RBPJ as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14152 | FOXI1 | Bryony Thompson Marked gene: FOXI1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14152 | FOXI1 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FOXI1 were changed from to autosomal recessive distal renal tubular acidosis MONDO:0018440 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14149 | FOXI1 | Bryony Thompson reviewed gene: FOXI1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 9843211, 12642503, 29242249, 17503324, 30268946, 27997596, 22285650, 23965030, 24860705, 32447495, 19204907; Phenotypes: autosomal recessive distal renal tubular acidosis MONDO:0018440; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14149 | FOXD3 | Bryony Thompson Marked gene: FOXD3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14146 | FMR1 | Bryony Thompson Marked gene: FMR1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14145 | RBP3 | Zornitza Stark Marked gene: RBP3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14142 | RBM28 | Zornitza Stark Marked gene: RBM28 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14138 | RASGRP2 | Zornitza Stark Marked gene: RASGRP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14135 | SCN2A | Zornitza Stark Marked gene: SCN2A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14131 | SCN9A | Zornitza Stark Marked gene: SCN9A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14131 | SCN9A | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SCN9A were changed from to Erythermalgia, primary, MIM# 133020; Insensitivity to pain, congenital, MIM# 243000; Neuropathy, hereditary sensory and autonomic, type IID, MIM# 243000; Paroxysmal extreme pain disorder, MIM# 167400; Small fiber neuropathy,MIM# 133020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14129 | SLC22A5 | Zornitza Stark Marked gene: SLC22A5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14129 | SLC22A5 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC22A5 were changed from to Carnitine deficiency, systemic primary, MIM# 212140, MONDO:0008919 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14126 | SLC22A12 | Zornitza Stark Marked gene: SLC22A12 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14123 | SLC1A2 | Zornitza Stark Marked gene: SLC1A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14119 | SLC1A1 | Zornitza Stark Marked gene: SLC1A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14119 | SLC1A1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC1A1 were changed from to Dicarboxylic aminoaciduria, MIM# 222730 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14115 | SLC1A1 | Zornitza Stark reviewed gene: SLC1A1: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 21123949; Phenotypes: Dicarboxylic aminoaciduria, MIM# 222730; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14115 | SLC19A3 | Zornitza Stark Marked gene: SLC19A3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14112 | SLC17A8 | Zornitza Stark Marked gene: SLC17A8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14109 | SLC17A3 | Zornitza Stark Marked gene: SLC17A3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14105 | SLC16A1 | Zornitza Stark Marked gene: SLC16A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14105 | SLC16A1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC16A1 were changed from to Erythrocyte lactate transporter defect, MIM# 245340; Hyperinsulinemic hypoglycaemia, familial, 7, MIM# 610021; Monocarboxylate transporter 1 deficiency, MIM# 616095 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14102 | SLC16A1 | Zornitza Stark reviewed gene: SLC16A1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25390740, 32170320; Phenotypes: Erythrocyte lactate transporter defect, MIM# 245340, Hyperinsulinemic hypoglycaemia, familial, 7, MIM# 610021, Monocarboxylate transporter 1 deficiency, MIM# 616095; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14102 | SLC11A2 | Zornitza Stark Marked gene: SLC11A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14099 | SH2D1A | Zornitza Stark Marked gene: SH2D1A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14096 | SGCG | Zornitza Stark Marked gene: SGCG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14096 | SGCG | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SGCG were changed from to Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 5 MIM#253700; autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy MONDO:0015152 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14092 | FLVCR1 | Bryony Thompson Marked gene: FLVCR1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14091 | FLNC | Bryony Thompson Marked gene: FLNC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14088 | FLNC | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FLNC were changed from to Myofibrillar myopathy MONDO:0018943; Dilated cardiomyopathy MONDO:0005021; distal myopathy with posterior leg and anterior hand involvement MONDO:0013550 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14085 | FLNC | Bryony Thompson reviewed gene: FLNC: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 15929027, 32112656; Phenotypes: Myofibrillar myopathy MONDO:0018943, Dilated cardiomyopathy MONDO:0005021, distal myopathy with posterior leg and anterior hand involvement MONDO:0013550; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14085 | FLNB | Bryony Thompson edited their review of gene: FLNB: Changed phenotypes: spondylocarpotarsal synostosis syndrome MONDO:0010094, filamin-related bone disorder MONDO:0019690 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14085 | FLNB | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FLNB were changed from spondylocarpotarsal synostosis syndrome MONDO:0010094; osteochondrodysplasia MONDO:0005516 to spondylocarpotarsal synostosis syndrome MONDO:0010094; filamin-related bone disorder MONDO:0019690 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14084 | FLNB | Bryony Thompson Marked gene: FLNB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14084 | FLNB | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FLNB were changed from to spondylocarpotarsal synostosis syndrome MONDO:0010094; osteochondrodysplasia MONDO:0005516 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14081 | FLNB | Bryony Thompson reviewed gene: FLNB: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 14991055, 17360453, 20301736, 29566257, 16801345, 22190451; Phenotypes: spondylocarpotarsal synostosis syndrome MONDO:0010094, osteochondrodysplasia MONDO:0005516; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14081 | FLI1 | Bryony Thompson Marked gene: FLI1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14078 | FLG | Bryony Thompson Marked gene: FLG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14078 | ASS1 | Elena Savva Marked gene: ASS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14078 | FLG | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FLG were changed from to Ichthyosis vulgaris MONDO:0024304 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14074 | ASTN1 | Elena Savva Marked gene: ASTN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14072 | FLG | Bryony Thompson reviewed gene: FLG: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 16444271, 19349982, 34608691; Phenotypes: Ichthyosis vulgaris MONDO:0024304; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14070 | FKTN | Bryony Thompson Marked gene: FKTN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14070 | FKTN | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FKTN were changed from to Muscular dystrophy-dystroglycanopathy MONDO:0018276 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14067 | FKTN | Bryony Thompson reviewed gene: FKTN: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 9690476, 19017726, 20301385, 28680109; Phenotypes: Muscular dystrophy-dystroglycanopathy MONDO:0018276; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14067 | GSN | Zornitza Stark Marked gene: GSN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14064 | GSN |
Zornitza Stark changed review comment from: The Finnish type of systemic amyloidosis is characterized clinically by a unique constellation of features including lattice corneal dystrophy, and cranial neuropathy, bulbar signs, and skin changes. Some patients may develop peripheral neuropathy and renal failure. The disorder is usually inherited in an autosomal dominant pattern; however, homozygotes with a more severe phenotype have also been reported. Multiple families with same founder variant.; to: The Finnish type of systemic amyloidosis is characterized clinically by a unique constellation of features including lattice corneal dystrophy, and cranial neuropathy, bulbar signs, and skin changes. Some patients may develop peripheral neuropathy and renal failure. The disorder is usually inherited in an autosomal dominant pattern; however, homozygotes with a more severe phenotype have also been reported. Multiple families with same founder variant, p.Asp187Asn, though other variants also reported. |
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| Mendeliome v0.14064 | GSS | Zornitza Stark Marked gene: GSS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14061 | GTF3C3 | Zornitza Stark Marked gene: GTF3C3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14058 | GUCA1A | Zornitza Stark Marked gene: GUCA1A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14054 | ASB10 | Elena Savva Marked gene: ASB10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14053 | FKRP | Bryony Thompson Marked gene: FKRP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14053 | FKRP | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FKRP were changed from to Muscular dystrophy-dystroglycanopathy MONDO:0018276 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14050 | ART4 | Elena Savva Phenotypes for gene: ART4 were changed from {Macular degeneration, age-related, 8} MIM#613778 to {Macular degeneration, age-related, 8} MIM#613778 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14050 | ART4 | Elena Savva Mode of inheritance for gene: ART4 was changed from BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14049 | FKRP | Bryony Thompson reviewed gene: FKRP: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 11592034, 11741828, 14647208, 19299310, 19155270; Phenotypes: Muscular dystrophy-dystroglycanopathy MONDO:0018276; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14049 | ART4 | Elena Savva Phenotypes for gene: ART4 were changed from to {Macular degeneration, age-related, 8} MIM#613778 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14048 | ART4 | Elena Savva Mode of inheritance for gene: ART4 was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14048 | ART4 | Elena Savva Marked gene: ART4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14048 | ART4 | Elena Savva Gene: art4 has been classified as Amber List (Moderate Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14048 | ART4 | Elena Savva Publications for gene: ART4 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14048 | ART4 | Elena Savva Classified gene: ART4 as Amber List (moderate evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14048 | ART4 | Elena Savva Gene: art4 has been classified as Amber List (Moderate Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14047 | ART4 | Elena Savva reviewed gene: ART4: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 33675039, 33206405; Phenotypes: {Macular degeneration, age-related, 8} MIM#613778; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14047 | FHL1 | Bryony Thompson Marked gene: FHL1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14047 | FHL1 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FHL1 were changed from to Reducing body myopathy MONDO:0019948; X-linked Emery-Dreifuss muscular dystrophy MONDO:0010680 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14045 | ASPA | Elena Savva Marked gene: ASPA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14044 | ARMS2 | Elena Savva Phenotypes for gene: ARMS2 were changed from {Macular degeneration, age-related, 8} MIM#613778 to {Macular degeneration, age-related, 8} MIM#613778 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14041 | ASH1L | Elena Savva Phenotypes for gene: ASH1L were changed from Mental retardation, autosomal dominant 52, MIM#617796 to Mental retardation, autosomal dominant 52, MIM#617796 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14040 | ARMS2 | Elena Savva Phenotypes for gene: ARMS2 were changed from to {Macular degeneration, age-related, 8} MIM#613778 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14040 | ARMS2 | Elena Savva Classified gene: ARMS2 as Red List (low evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14040 | ARMS2 | Elena Savva Gene: arms2 has been classified as Red List (Low Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14039 | ARMS2 | Elena Savva Marked gene: ARMS2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14039 | ARMS2 | Elena Savva Gene: arms2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14039 | FHL1 | Bryony Thompson reviewed gene: FHL1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 19716112, 20186852, 20301609, 18179901, 25274776, 34366191, 18274675, 19181672; Phenotypes: Reducing body myopathy MONDO:0019948, X-linked Emery-Dreifuss muscular dystrophy MONDO:0010680; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, monoallelic mutations in females may cause disease (may be less severe, later onset than males); Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14039 | ASH1L | Elena Savva Phenotypes for gene: ASH1L were changed from to Mental retardation, autosomal dominant 52, MIM#617796 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14038 | ASH1L | Elena Savva Marked gene: ASH1L as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14037 | ARMS2 | Elena Savva reviewed gene: ARMS2: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: {Macular degeneration, age-related, 8} MIM#613778; Mode of inheritance: Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14037 | ARL2BP | Elena Savva Publications for gene: ARL2BP were set to PMID: 23849777; 27790702; 29718757 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14036 | ARL2BP | Elena Savva Publications for gene: ARL2BP were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14035 | ARL2BP | Elena Savva Marked gene: ARL2BP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14035 | ARL2BP | Elena Savva Gene: arl2bp has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14035 | ARL2BP | Elena Savva Phenotypes for gene: ARL2BP were changed from to Retinitis pigmentosa with or without situs inversus MIM#615434 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14035 | ARL2BP | Elena Savva Mode of inheritance for gene: ARL2BP was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14034 | ARL2BP | Elena Savva reviewed gene: ARL2BP: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Retinitis pigmentosa with or without situs inversus MIM#615434; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14034 | FH | Bryony Thompson Marked gene: FH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14034 | FH | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FH were changed from to hereditary leiomyomatosis and renal cell cancer MONDO:0007888; fumaric aciduria MONDO:0011730 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14031 | FH | Bryony Thompson changed review comment from: Well established gene-disease associations. Loss of function is the mechanism of disease. Monoallelic variants associated with decreased fumarate hydratase enzyme activity cause FH tumour predisposition syndrome (also known as HLRCC; PMID: 11865300, 28300276). FH deficiency (also known as fumarase deficiency or fumaric aciduria) caused by biallelic variants results in severe neonatal and early infantile encephalopathy (PMID: 8200987, 20549362, 31746132). FH encodes for both mitochondrial and cytosolic FH enzyme isoforms, which catalyze hydration of fumarate to malate.; to: Well established gene-disease associations. Loss of function is the mechanism of disease. Monoallelic variants associated with decreased fumarate hydratase enzyme activity cause FH tumour predisposition syndrome (also known as HLRCC; PMID: 11865300, 28300276, 20301430). FH deficiency (also known as fumarase deficiency or fumaric aciduria) caused by biallelic variants results in severe neonatal and early infantile encephalopathy (PMID: 8200987, 20549362, 31746132, 20301679). FH encodes for both mitochondrial and cytosolic FH enzyme isoforms, which catalyze hydration of fumarate to malate. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14031 | FH | Bryony Thompson reviewed gene: FH: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 11865300, 28300276, 8200987, 20549362, 31746132; Phenotypes: hereditary leiomyomatosis and renal cell cancer MONDO:0007888, fumaric aciduria MONDO:0011730; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14031 | ARID1B | Elena Savva Phenotypes for gene: ARID1B were changed from to Coffin-Siris syndrome 1 MIM#135900 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14030 | ARID1B | Elena Savva Marked gene: ARID1B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14030 | ARID1B | Elena Savva Gene: arid1b has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14030 | ARID1B | Elena Savva Mode of inheritance for gene: ARID1B was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14029 | ARID1B | Elena Savva reviewed gene: ARID1B: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Coffin-Siris syndrome 1 MIM#135900; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14029 | FGG | Bryony Thompson Marked gene: FGG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14027 | ARHGDIA | Elena Savva Phenotypes for gene: ARHGDIA were changed from Nephrotic syndrome, type 8 MIM#615244 to Nephrotic syndrome, type 8 MIM#615244 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14026 | ARHGDIA | Elena Savva Publications for gene: ARHGDIA were set to PMID: 23867502; 35060086 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14026 | ARHGDIA | Elena Savva Mode of inheritance for gene: ARHGDIA was changed from BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14025 | ARHGEF18 | Elena Savva Marked gene: ARHGEF18 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14025 | ARHGEF18 | Elena Savva Gene: arhgef18 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14024 | FGFR3 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FGFR3 were changed from achondroplasia MONDO:0007037; Thanatophoric dysplasia type 1 MONDO:0008546; Thanatophoric dysplasia type 2 MONDO:0008547; hypochondroplasia MONDO:0007793; Muenke syndrome MONDO:0011274; FGFR3-related chondrodysplasia MONDO:0019685; severe achondroplasia-developmental delay-acanthosis nigricans syndrome MONDO:0014658; camptodactyly-tall stature-scoliosis-hearing loss syndrome MONDO:0012504; Crouzon syndrome-acanthosis nigricans syndrome MONDO:0012833 to achondroplasia MONDO:0007037; Thanatophoric dysplasia type 1 MONDO:0008546; Thanatophoric dysplasia type 2 MONDO:0008547; hypochondroplasia MONDO:0007793; Muenke syndrome MONDO:0011274; FGFR3-related chondrodysplasia MONDO:0019685; severe achondroplasia-developmental delay-acanthosis nigricans syndrome MONDO:0014658; Crouzon syndrome-acanthosis nigricans syndrome MONDO:0012833; camptodactyly-tall stature-scoliosis-hearing loss syndrome MONDO:0012504 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14020 | FGFR3 |
Bryony Thompson changed review comment from: FGFR3 has many well-established gene-disease associations with various skeletal dysplasia phenotypes. Gain-of-function is the main mechanism of disease for these disorders, except camptodactyly-tall stature-scoliosis-hearing loss syndrome where bialellic loss-of-function is the expected mechanism of disease. Specific monoallelic variants cause different phenotypes: >99% achondroplasia is caused by variants leading to the missense change p.Gly380Arg; Cysteine substitutions and stop-loss protein elongation variants are highly specific for Thanatophoric dysplasia (TD) type 1; p.Lys650Glu is associated with TD type 2; p.Ala391Glu causes Crouzon syndrome with acanthosis nigricans; and p.Pro250Arg causes Muenke syndrome.; to: FGFR3 has many well-established gene-disease associations with various skeletal dysplasia phenotypes. Gain-of-function is the main mechanism of disease for these disorders, except camptodactyly-tall stature-scoliosis-hearing loss syndrome (CATSHL syndrome, see separate curation below). Specific monoallelic variants cause different phenotypes: >99% achondroplasia is caused by variants leading to the missense change p.Gly380Arg; Cysteine substitutions and stop-loss protein elongation variants are highly specific for Thanatophoric dysplasia (TD) type 1; p.Lys650Glu is associated with TD type 2; p.Ala391Glu causes Crouzon syndrome with acanthosis nigricans; and p.Pro250Arg causes Muenke syndrome. Moderate evidence for CATSHL syndrome, AD & AR: PMID: 8630492, 17033969, 27139183, 24864036, 32641982 - 2 apparently unrelated families segregating the same missense, p.Arg621His. One consanguineous family with 2 affected brothers with homozygous p.Thr546Lys. Heterozygous individuals in the family were unaffected. No functional assays were conducted for either missense to demonstrate loss of function. Null mouse and zebrafish models are similar to the human CATSHL syndrome phenotype. |
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| Mendeliome v0.14020 | GUCA1B |
Zornitza Stark changed review comment from: Single founder variant identified in several Japanese individuals.; to: Single founder variant identified in several Japanese individuals. No other P/LP variants in ClinVar. |
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| Mendeliome v0.14020 | GUCA1B | Zornitza Stark Marked gene: GUCA1B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14016 | FGFR3 | Bryony Thompson edited their review of gene: FGFR3: Changed mode of pathogenicity: Other; Changed publications: 8630492, 32641982, 27139183, 24864036, 17033969, 20301331, 20301540, 20301650, 20301628; Changed phenotypes: achondroplasia MONDO:0007037, Thanatophoric dysplasia type 1 MONDO:0008546, Thanatophoric dysplasia type 2 MONDO:0008547, hypochondroplasia MONDO:0007793, Muenke syndrome MONDO:0011274, FGFR3-related chondrodysplasia MONDO:0019685, severe achondroplasia-developmental delay-acanthosis nigricans syndrome MONDO:0014658, Crouzon syndrome-acanthosis nigricans syndrome MONDO:0012833, camptodactyly-tall stature-scoliosis-hearing loss syndrome MONDO:0012504; Changed mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14016 | GUCY1A3 | Zornitza Stark Marked gene: GUCY1A3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14013 | GYG1 | Zornitza Stark Marked gene: GYG1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14010 | GUCY2D | Zornitza Stark Marked gene: GUCY2D as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14010 | GUCY2D | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GUCY2D were changed from to Cone-rod dystrophy 6, MIM# 601777; Leber congenital amaurosis 1, MIM# 204000; Night blindness, congenital stationary, type 1I, MIM# 618555 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14007 | GUCY2D | Zornitza Stark reviewed gene: GUCY2D: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 35314386, 35205358; Phenotypes: Cone-rod dystrophy 6, MIM# 601777, Leber congenital amaurosis 1, MIM# 204000, Night blindness, congenital stationary, type 1I, MIM# 618555; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14007 | HPRT1 | Zornitza Stark Marked gene: HPRT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14006 | ARHGEF18 | Elena Savva Phenotypes for gene: ARHGEF18 were changed from to Retinitis pigmentosa 78 MIM#617433 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14005 | ARHGEF18 | Elena Savva Publications for gene: ARHGEF18 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14005 | ARHGEF18 | Elena Savva Mode of inheritance for gene: ARHGEF18 was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14004 | ARHGEF18 | Elena Savva reviewed gene: ARHGEF18: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 28132693; Phenotypes: Retinitis pigmentosa 78 MIM#617433; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14004 | ARHGDIA | Elena Savva Publications for gene: ARHGDIA were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14004 | ARHGDIA | Elena Savva Phenotypes for gene: ARHGDIA were changed from to Nephrotic syndrome, type 8 MIM#615244 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14004 | ARHGDIA | Elena Savva Mode of inheritance for gene: ARHGDIA was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14003 | ARHGDIA | Elena Savva Marked gene: ARHGDIA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14003 | ARHGDIA | Elena Savva Gene: arhgdia has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14003 | ARHGDIA | Elena Savva reviewed gene: ARHGDIA: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 23867502, 35060086; Phenotypes: Nephrotic syndrome, type 8 MIM#615244; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14003 | ARHGAP31 | Elena Savva Marked gene: ARHGAP31 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14003 | ARHGAP31 | Elena Savva Gene: arhgap31 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14003 | ARHGAP31 | Elena Savva Phenotypes for gene: ARHGAP31 were changed from to Adams-Oliver syndrome 1, MIM#100300 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14002 | ARHGAP31 | Elena Savva Publications for gene: ARHGAP31 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14001 | ARHGAP31 | Elena Savva Mode of inheritance for gene: ARHGAP31 was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14000 | ARHGAP31 | Elena Savva reviewed gene: ARHGAP31: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 33655927, 29924900; Phenotypes: Adams-Oliver syndrome 1, MIM#100300; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.14000 | ANXA5 | Elena Savva Marked gene: ANXA5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13997 | AR | Elena Savva Marked gene: AR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13997 | AR | Elena Savva Gene: ar has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13997 | GYPA | Zornitza Stark Marked gene: GYPA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13994 | GYPB | Zornitza Stark Marked gene: GYPB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13991 | HAAO | Zornitza Stark reviewed gene: HAAO: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 33942433; Phenotypes: Vertebral, cardiac, renal, and limb defects syndrome 1 MIM#617660; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13991 | LZTS1 | Alison Yeung Marked gene: LZTS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13991 | LZTS1 | Alison Yeung Phenotypes for gene: LZTS1 were changed from to Esophageal squamous cell carcinoma, somatic, MIM# 133239 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13989 | LZTS1 | Alison Yeung reviewed gene: LZTS1: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Esophageal squamous cell carcinoma, somatic, MIM# 133239; Mode of inheritance: Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13989 | LYZ | Alison Yeung Marked gene: LYZ as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13986 | LYST | Alison Yeung Marked gene: LYST as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13984 | LYRM7 | Alison Yeung Marked gene: LYRM7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13984 | LYRM7 | Alison Yeung Phenotypes for gene: LYRM7 were changed from to Mitochondrial complex III deficiency, nuclear type 8, MIM#615838 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13982 | LYN | Alison Yeung Marked gene: LYN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13982 | LYN | Alison Yeung Added comment: Comment when marking as ready: No human disease association published. Mouse models suggest role in auto inflammatory pathways. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13981 | LTC4S | Alison Yeung Marked gene: LTC4S as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13978 | LTA | Alison Yeung Marked gene: LTA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13978 | LTA | Alison Yeung Added comment: Comment when marking as ready: Not associated with Mendelian disease | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13978 | LTA | Alison Yeung Phenotypes for gene: LTA were changed from to Myocardial infarction, susceptibility to, MIM# 608446 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13975 | LTA | Alison Yeung reviewed gene: LTA: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Myocardial infarction, susceptibility to, MIM# 608446; Mode of inheritance: Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13975 | LRP6 | Alison Yeung Marked gene: LRP6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13973 | LRP5 | Alison Yeung Marked gene: LRP5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13971 | LRP2 | Alison Yeung Marked gene: LRP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13971 | LRP2 | Alison Yeung Phenotypes for gene: LRP2 were changed from to Donnai-Barrow syndrome, MIM# 222448 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13970 | LRIG2 | Alison Yeung Marked gene: LRIG2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13967 | FGFR3 | Bryony Thompson Marked gene: FGFR3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13967 | FGFR3 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FGFR3 were changed from to achondroplasia MONDO:0007037; Thanatophoric dysplasia type 1 MONDO:0008546; Thanatophoric dysplasia type 2 MONDO:0008547; hypochondroplasia MONDO:0007793; Muenke syndrome MONDO:0011274; FGFR3-related chondrodysplasia MONDO:0019685; severe achondroplasia-developmental delay-acanthosis nigricans syndrome MONDO:0014658; camptodactyly-tall stature-scoliosis-hearing loss syndrome MONDO:0012504; Crouzon syndrome-acanthosis nigricans syndrome MONDO:0012833 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13964 | FGFR3 | Bryony Thompson reviewed gene: FGFR3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26740388, 20301331, 20301540, 20301650, 20301628, 24864036, 17033969; Phenotypes: achondroplasia MONDO:0007037, Thanatophoric dysplasia type 1 MONDO:0008546, Thanatophoric dysplasia type 2 MONDO:0008547, hypochondroplasia MONDO:0007793, Muenke syndrome MONDO:0011274, FGFR3-related chondrodysplasia MONDO:0019685, severe achondroplasia-developmental delay-acanthosis nigricans syndrome MONDO:0014658, camptodactyly-tall stature-scoliosis-hearing loss syndrome MONDO:0012504, Crouzon syndrome-acanthosis nigricans syndrome MONDO:0012833; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13964 | DNAJB6 | Ain Roesley Marked gene: DNAJB6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13964 | DNAJB6 | Ain Roesley Phenotypes for gene: DNAJB6 were changed from to Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal dominant 1 MIM#603511 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13962 | DNAJB6 | Ain Roesley reviewed gene: DNAJB6: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26847086, 26338452, 24170373; Phenotypes: Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal dominant 1 MIM#603511; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13962 | DNAH1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: DNAH1 were changed from Spermatogenic failure 18 MIM#617576 to primary ciliary dyskinesia,37 MIM#617577; Spermatogenic failure 18 MIM#617576 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13961 | DNAH1 | Ain Roesley Marked gene: DNAH1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13958 | DNAH1 | Ain Roesley reviewed gene: DNAH1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31507630, 31765523, 25927852, 24360805, 33577779; Phenotypes: primary ciliary dyskinesia,37 MIM#617577, Spermatogenic failure 18 MIM#617576; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13958 | DNA2 | Ain Roesley Marked gene: DNA2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13956 | DMP1 | Ain Roesley Marked gene: DMP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13954 | AQP3 | Elena Savva Marked gene: AQP3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13954 | DMD | Ain Roesley Marked gene: DMD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13954 | DMD | Ain Roesley Phenotypes for gene: DMD were changed from to Becker muscular dystrophy MIM@300376 XLR; Cardiomyopathy, dilated, 3B MIM#302045 XL; Duchenne muscular dystrophy MIM#310200 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13952 | DMD | Ain Roesley reviewed gene: DMD: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20301298; Phenotypes: Becker muscular dystrophy MIM@300376 XLR, Cardiomyopathy, dilated, 3B MIM#302045 XL, Duchenne muscular dystrophy MIM#310200; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, monoallelic mutations in females may cause disease (may be less severe, later onset than males); Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13952 | DLX3 | Ain Roesley Marked gene: DLX3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13951 | DLAT | Ain Roesley Marked gene: DLAT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13949 | DISC1 | Ain Roesley Marked gene: DISC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13948 | LPL | Alison Yeung Marked gene: LPL as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13946 | DHTKD1 | Ain Roesley Marked gene: DHTKD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13946 | DHTKD1 | Ain Roesley Added comment: Comment when marking as ready: green for AR, amber for AD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13945 | DHTKD1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: DHTKD1 were changed from to Alpha-aminoadipic and alpha-ketoadipic aciduria MIM#204750, AR; Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2Q, MIM#615025 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13943 | LPAR6 | Alison Yeung Marked gene: LPAR6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13943 | LPAR6 | Alison Yeung Gene: lpar6 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13943 | LPAR6 | Alison Yeung Phenotypes for gene: LPAR6 were changed from to Woolly hair, autosomal recessive 1, with or without hypotrichosis, MIM# 609239 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13942 | LPAR6 | Alison Yeung Mode of inheritance for gene: LPAR6 was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13941 | LPAR6 | Alison Yeung reviewed gene: LPAR6: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Woolly hair, autosomal recessive 1, with or without hypotrichosis, MIM# 609239; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13941 | DHH | Ain Roesley Marked gene: DHH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13941 | DHH | Ain Roesley Phenotypes for gene: DHH were changed from 46XY partial gonadal dysgenesis, with minifascicular neuropathy, MIM# 607080 to 46XY gonadal dysgenesis with minifascicular neuropathy MIM#607080; 46XY sex reversal 7 MIM#233420 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13940 | LOXL1 | Alison Yeung Marked gene: LOXL1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13937 | LMF1 | Alison Yeung Marked gene: LMF1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13935 | LMBRD1 | Alison Yeung Marked gene: LMBRD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13932 | LMBR1 | Alison Yeung Marked gene: LMBR1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13930 | SLC22A5 | Manny Jacobs reviewed gene: SLC22A5: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 9916797, 10072434, 10051646, 10425211, 10480371, 10679939, 9837751, 23379544, 31399326; Phenotypes: Carnitine deficiency, systemic primary, MIM# 212140, MONDO:0008919; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13930 | CYP27B1 | Ain Roesley Marked gene: CYP27B1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13928 | CYP51A1 | Ain Roesley Marked gene: CYP51A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13928 | CYP51A1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CYP51A1 were changed from to congenital cataract-severe neonatal hepatopathy-global developmental delay syndrome MONDO#0033853 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13926 | CYP4V2 | Ain Roesley Marked gene: CYP4V2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13924 | CYP2R1 | Ain Roesley Marked gene: CYP2R1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13922 | CYP2D6 | Ain Roesley Marked gene: CYP2D6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13919 | CYP2C19 |
Ain Roesley changed review comment from: Voriconazole: Improved time to target concentration with genotype directed dosing (PMID 26616742), reduced underexposure (PMID: 31549389) (PMID 31549386) (PMID:27981572) Voriconazole, moderate strength. Poor metabolizer: "Higher dose-adjusted trough concentrations of voriconazole and may increase probability of adverse events." Ultrarapid metabolizer: "probability of attainment of therapeutic voriconazole concentrations is small with standard dosing."; to: Pharmacogenomics gene Voriconazole: Improved time to target concentration with genotype directed dosing (PMID 26616742), reduced underexposure (PMID: 31549389) (PMID 31549386) (PMID:27981572) Voriconazole, moderate strength. Poor metabolizer: "Higher dose-adjusted trough concentrations of voriconazole and may increase probability of adverse events." Ultrarapid metabolizer: "probability of attainment of therapeutic voriconazole concentrations is small with standard dosing." |
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| Mendeliome v0.13919 | DGUOK | Zornitza Stark Marked gene: DGUOK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13916 | DGKE | Zornitza Stark Marked gene: DGKE as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13913 | DES | Zornitza Stark Marked gene: DES as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13913 | DES | Zornitza Stark Phenotypes for gene: DES were changed from to Cardiomyopathy, dilated, 1I, MIM# 604765; Myopathy, myofibrillar, 1 , MIM#601419; Arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13911 | DES | Zornitza Stark reviewed gene: DES: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20718792, 19879535, 20423733, 24200904, 22395865, 29212896, 23168288, 20829228, 10430757, 11728149, 17325244, 23300193, 31514951, 26724190, 23349452, 25557463, 33947203; Phenotypes: Cardiomyopathy, dilated, 1I, MIM# 604765, Myopathy, myofibrillar, 1 , MIM#601419, Arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13911 | DEPDC5 | Zornitza Stark Marked gene: DEPDC5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13911 | DEPDC5 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: DEPDC5 were changed from to Epilepsy, familial focal, with variable foci 1, MIM#604364 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13908 | DEPDC5 | Zornitza Stark reviewed gene: DEPDC5: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31444548, 23542697, 23542701; Phenotypes: Epilepsy, familial focal, with variable foci 1 MIM#604364; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13908 | DECR1 | Zornitza Stark Marked gene: DECR1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13907 | DDIT3 | Zornitza Stark Marked gene: DDIT3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13906 | DDHD2 | Zornitza Stark Marked gene: DDHD2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13906 | DDHD2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: DDHD2 were changed from to Spastic paraplegia 54, autosomal recessive, MIM# 615033 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13903 | DDHD2 | Zornitza Stark reviewed gene: DDHD2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23486545, 24482476, 23176823, 31302745; Phenotypes: Spastic paraplegia 54, autosomal recessive, MIM# 615033; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13903 | DDC | Zornitza Stark Marked gene: DDC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13903 | DDC | Zornitza Stark Phenotypes for gene: DDC were changed from to Aromatic L-amino acid decarboxylase deficiency, MIM# 608643 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13900 | DDC | Zornitza Stark reviewed gene: DDC: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20505134, 30952622; Phenotypes: Aromatic L-amino acid decarboxylase deficiency, MIM# 608643; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13900 | DDB2 | Zornitza Stark Marked gene: DDB2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13895 | DCTN1 | Zornitza Stark Marked gene: DCTN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13895 | DCTN1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: DCTN1 were changed from to Neuronopathy, distal hereditary motor, type VIIB, MIM# 607641; MONDO:0011879; Perry syndrome, MIM# 168605 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13892 | DCTN1 | Zornitza Stark edited their review of gene: DCTN1: Changed phenotypes: Neuronopathy, distal hereditary motor, type VIIB, MIM# 607641, MONDO:0011879, Perry syndrome, MIM# 168605 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13892 | AQP5 | Elena Savva Phenotypes for gene: AQP5 were changed from Palmoplantar keratoderma, Bothnian type MIM#600231 to Palmoplantar keratoderma, Bothnian type MIM#600231 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13892 | AQP5 | Elena Savva Phenotypes for gene: AQP5 were changed from to Palmoplantar keratoderma, Bothnian type MIM#600231 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13891 | AQP5 | Elena Savva Marked gene: AQP5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13890 | AQP5 | Elena Savva reviewed gene: AQP5: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 35014096, 23830519; Phenotypes: Palmoplantar keratoderma, Bothnian type MIM#600231; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13890 | AR | Elena Savva Phenotypes for gene: AR were changed from to Hypospadias 1, X-linked MIM#30063; Androgen insensitivity MIM#300068; Androgen insensitivity, partial, with or without breast cancer MIM#312300; Spinal and bulbar muscular atrophy of Kennedy MIM#313200 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13890 | AR | Elena Savva Publications for gene: AR were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13889 | AR | Elena Savva Mode of inheritance for gene: AR was changed from Unknown to X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13888 | AR | Elena Savva reviewed gene: AR: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 22334387; Phenotypes: Hypospadias 1, X-linked MIM#30063, Androgen insensitivity MIM#300068, Androgen insensitivity, partial, with or without breast cancer MIM#312300, Spinal and bulbar muscular atrophy of Kennedy MIM#313200; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13888 | DCLRE1C | Zornitza Stark Marked gene: DCLRE1C as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13885 | ARCN1 | Elena Savva Marked gene: ARCN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13885 | ARCN1 | Elena Savva Gene: arcn1 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13884 | DCHS1 | Zornitza Stark Marked gene: DCHS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13879 | APPL1 | Elena Savva Marked gene: APPL1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13879 | AQP1 | Elena Savva Phenotypes for gene: AQP1 were changed from Pulmonary arterial hypertension to Pulmonary arterial hypertension | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13878 | APRT | Elena Savva Marked gene: APRT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13878 | AQP1 | Elena Savva Phenotypes for gene: AQP1 were changed from to Pulmonary arterial hypertension | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13877 | AQP1 | Elena Savva Marked gene: AQP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13875 | AQP1 | Elena Savva reviewed gene: AQP1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID:22683574, 29650961; Phenotypes: Pulmonary arterial hypertension; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13873 | APOC4-APOC2 | Elena Savva Marked gene: APOC4-APOC2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13870 | APOC2 | Elena Savva Marked gene: APOC2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13868 | APOC3 | Elena Savva Marked gene: APOC3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13864 | ACTL6B | Zornitza Stark edited their review of gene: ACTL6B: Changed phenotypes: Epileptic encephalopathy, early infantile, 76, MIM# 618468, Intellectual developmental disorder with severe speech and ambulation defects, MIM# 618470; Changed mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13862 | MAPKAPK5 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MAPKAPK5 were changed from Developmental delay, variable brain anomalies, congenital heart defects, dysmorphic to Neurocardiofaciodigital syndrome, MIM# 619869 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13861 | MAPKAPK5 | Zornitza Stark edited their review of gene: MAPKAPK5: Changed phenotypes: Neurocardiofaciodigital syndrome, MIM# 619869 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13860 | DCAF17 | Zornitza Stark Marked gene: DCAF17 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13857 | CYP2C19 | Ain Roesley Marked gene: CYP2C19 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13856 | CYP2B6 | Ain Roesley Marked gene: CYP2B6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13854 | DAZ4 | Zornitza Stark Marked gene: DAZ4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13853 | DAZ3 | Zornitza Stark Marked gene: DAZ3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13852 | CYP2A6 | Ain Roesley Marked gene: CYP2A6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13852 | CYP2A6 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CYP2A6 were changed from to Coumarin resistance MIM#122700 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13851 | CYP2A6 | Ain Roesley reviewed gene: CYP2A6: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Coumarin resistance MIM#122700; Mode of inheritance: None; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13851 | DAZ2 | Zornitza Stark Marked gene: DAZ2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13850 | DAZ1 | Zornitza Stark Marked gene: DAZ1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13848 | CYP27A1 | Ain Roesley Marked gene: CYP27A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13846 | DARS2 | Zornitza Stark Marked gene: DARS2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13846 | DARS2 | Zornitza Stark Gene: dars2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13846 | DARS2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: DARS2 were changed from to Leukoencephalopathy with brain stem and spinal cord involvement and lactate elevation, MIM# 611105 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13845 | CYP26C1 | Ain Roesley Marked gene: CYP26C1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13845 | DARS2 | Zornitza Stark Publications for gene: DARS2 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13844 | DARS2 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: DARS2 was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13843 | DARS2 | Zornitza Stark changed review comment from: Slowly progressive disorder with variable age of onset, multiple families reported.; to: Leukoencephalopathy with brainstem and spinal cord involvement and lactate elevation (LBSL) is defined on the basis of a highly characteristic constellation of abnormalities observed by magnetic resonance imaging and spectroscopy (Scheper et al., 2007). Affected individuals develop slowly progressive cerebellar ataxia, spasticity, and dorsal column dysfunction, sometimes with a mild cognitive deficit or decline. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13842 | DARS2 | Zornitza Stark reviewed gene: DARS2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 17384640, 15002045, 16788019; Phenotypes: Leukoencephalopathy with brain stem and spinal cord involvement and lactate elevation, MIM# 611105; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13842 | D2HGDH | Zornitza Stark Marked gene: D2HGDH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13842 | D2HGDH | Zornitza Stark Phenotypes for gene: D2HGDH were changed from to D-2-hydroxyglutaric aciduria MIM#600721 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13839 | D2HGDH | Zornitza Stark reviewed gene: D2HGDH: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25778941, 31349060, 15609246, 20020533; Phenotypes: D-2-hydroxyglutaric aciduria MIM#600721; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13839 | CYP7B1 | Zornitza Stark Marked gene: CYP7B1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13839 | CYP7B1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: CYP7B1 were changed from to Bile acid synthesis defect, congenital, 3 MIM#613812; Spastic paraplegia 5A, autosomal recessive MIM#270800; Disorders of bile acid biosynthesis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13836 | CYP1A2 | Ain Roesley Marked gene: CYP1A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13835 | KLF4 | Zornitza Stark Marked gene: KLF4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13834 | CYP19A1 | Ain Roesley Marked gene: CYP19A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13834 | CYP19A1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CYP19A1 were changed from to Aromatase deficiency (MIM#613546), AR; Aromatase excess syndrome (MIM#139300), AD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13832 | CYP19A1 | Ain Roesley reviewed gene: CYP19A1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 17164303, 25264451; Phenotypes: Aromatase deficiency (MIM#613546), AR, Aromatase excess syndrome (MIM#139300), AD; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13832 | CYCS | Ain Roesley Marked gene: CYCS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13828 | CYC1 | Ain Roesley Marked gene: CYC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13828 | CYC1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CYC1 were changed from to Mitochondrial complex III deficiency, nuclear type 6 MIM#615453 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13826 | CYC1 | Ain Roesley reviewed gene: CYC1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23910460, 34252606; Phenotypes: Mitochondrial complex III deficiency, nuclear type 6 MIM#615453; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13825 | HNRNPA2B1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HNRNPA2B1 were changed from Inclusion body myopathy with early-onset Paget disease with or without frontotemporal dementia 2 MIM#615422 to oculopharyngeal muscular dystrophy, MONDO:0008116; Inclusion body myopathy with early-onset Paget disease with or without frontotemporal dementia 2 MIM#615422 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13820 | KCNH5 | Zornitza Stark Marked gene: KCNH5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13820 | CREB1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: CREB1 were changed from corpus callosum agenesis; thyroid follicular hypoplasia to Agenesis of corpus callosum, MONDO:0009022 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13819 | SLC16A12 | Zornitza Stark Marked gene: SLC16A12 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13819 | SLC16A12 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC16A12 were changed from to Cataract 47, juvenile, with microcornea, MIM# 612018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13816 | SLC14A1 | Zornitza Stark Marked gene: SLC14A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13812 | SLC12A5 | Zornitza Stark Marked gene: SLC12A5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13809 | CORIN | Zornitza Stark Marked gene: CORIN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13809 | DUSP6 | Zornitza Stark Marked gene: DUSP6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13805 | DYRK1B | Zornitza Stark Marked gene: DYRK1B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13798 | KLF4 |
Elena Savva gene: KLF4 was added gene: KLF4 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: KLF4 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown Publications for gene: KLF4 were set to PMID: 35168889; 10431239 Phenotypes for gene: KLF4 were set to Hereditary palmoplantar keratoderma MONDO:0019272, KFL4-related Review for gene: KLF4 was set to GREEN Added comment: PMID: 35168889 - 3 patients from 2 unrelated families with palmoplantar keratoderma. Two variants found, fs and a missense. Functional studies on patient skin biopsy shows "slightly but significantly decreased" protein expression in both children. Gene was shown to bind the DSG1 promoter and regulate expression. Transfected cells showed reduced DSG1 expression. PMID: 10431239 - mouse K/O died shortly after birth due to loss of skin barrier function gnomAD: single het fs in the population Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.13797 | CTR9 | Zornitza Stark Marked gene: CTR9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13797 | HNRNPA2B1 | Naomi Baker reviewed gene: HNRNPA2B1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID:35484142; Phenotypes: oculopharyngeal muscular dystrophy, MONDO:0008116; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13796 | P3H2 | Daniel Flanagan reviewed gene: P3H2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 35499085; Phenotypes: Myopia, high, with cataract and vitreoretinal degeneration (MIM# 614292); Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13796 | CDH4 | Ain Roesley Marked gene: CDH4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13796 | DNAH14 | Zornitza Stark Marked gene: DNAH14 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13796 | CDH4 |
Ain Roesley gene: CDH4 was added gene: CDH4 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: CDH4 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: CDH4 were set to 35034853 Phenotypes for gene: CDH4 were set to coloboma MONDO#0001476, CDH4-related Review for gene: CDH4 was set to RED gene: CDH4 was marked as current diagnostic Added comment: 1x family with AD coloboma Also presented with ID and post natal microcephaly zebrafish KO model Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.13793 | CD164 | Alison Yeung Marked gene: CD164 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13792 | CD164 |
Alison Yeung gene: CD164 was added gene: CD164 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: CD164 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: CD164 were set to 26197441; 35254497; 26197441 Phenotypes for gene: CD164 were set to Deafness, autosomal dominant 66, MIM# 616969 Review for gene: CD164 was set to GREEN Added comment: p.(Arg192Ter), a truncating variant that results in loss of 6 amino acids, was detected in two families (one Polish and one Korean) with hearing loss. Four affected (heterozygous) and two unaffected (neg) were tested, however 14 members had been diagnosed with HL in a large multi generational family (gene panel 237 genes). The second family (WES) had two affected heterozygous and no unaffected were tested. This same variant had previously been reported in a Danish family (12 affected heterozygous and 13 unaffected negative, but one younger member unaffected are heterozygous) with hearing loss (PMID: 26197441), for which functional studies in HEK cells demonstrated that the truncated protein was almost completely retained on the plasma cell membrane in contrast to the wild-type protein, which targeted primarily to the endo-lysosomal compartments. The YHTL motif, deleted by the c.574C>T nonsense mutation, is a canonical sorting motif known to be recognized by specific adaptor proteins in the cytosol, leading to subcellular trafficking of the transmembrane protein to endosomes and lysosomes. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.13791 | CTR9 |
Dean Phelan gene: CTR9 was added gene: CTR9 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: CTR9 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: CTR9 were set to PMID: 35499524 Phenotypes for gene: CTR9 were set to Neurodevelopmental disorder (MONDO:0700092), CTR9 related; Intellectual disability (MONDO:0001071); hypotonia (HP:0001252); joint hyperlaxity (HP:0001388); speech delay; coordination problems; tremor (HP:0001337); autism spectrum disorder (MONDO:0005258) Review for gene: CTR9 was set to GREEN Added comment: PMID: 35499524 - Thirteen individuals with variables degrees of intellectual disability, hypotonia, joint hyperlaxity, speech delay, coordination problems, tremor, autism spectrum disorder. Mild dysmorphism and cardiac anomalies were less frequent. Eleven of the variants were shown to be de novo. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.13791 | TULP3 | Zornitza Stark Marked gene: TULP3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13789 | DNAH14 |
Chern Lim gene: DNAH14 was added gene: DNAH14 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: DNAH14 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: DNAH14 were set to PMID: 35438214 Phenotypes for gene: DNAH14 were set to Neurodevelopmental disorder, DNAH14-related (MONDO#0700092) Review for gene: DNAH14 was set to GREEN gene: DNAH14 was marked as current diagnostic Added comment: PMID: 35438214: - Three previously unreported patients with compound heterozygous DNAH14 variants, including one nonsense, one frameshift, and four missense variants. A spectrum of neurological and developmental phenotypes was observed, including seizures, global developmental delay, microcephaly, and hypotonia. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.13789 | ANK3 | Ain Roesley Phenotypes for gene: ANK3 were changed from Mental retardation, autosomal recessive, 37 615493; Intellectual disability, autosomal dominant; coloboma MONDO#0001476, ANK3-related to Mental retardation, autosomal recessive, 37 615493; Intellectual disability, autosomal dominant; coloboma MONDO#0001476, ANK3-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13788 | PRDM13 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PRDM13 were changed from Retinal dystrophy; Chorioretinal atrophy, progressive bifocal, MIM# 600790; intellectual disability, MONDO:0001071, PRDM13-associated; ataxia with cerebellar hypoplasia, MONDO:0016054, PRDM13-associated; congenital hypogonadotropic hypogonadism, MONDO:0015770 to Retinal dystrophy; Chorioretinal atrophy, progressive bifocal, MIM# 600790; intellectual disability, MONDO:0001071, PRDM13-associated; ataxia with cerebellar hypoplasia, MONDO:0016054, PRDM13-associated; congenital hypogonadotropic hypogonadism, MONDO:0015770 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13788 | ANK3 | Ain Roesley Phenotypes for gene: ANK3 were changed from Mental retardation, autosomal recessive, 37 615493; Intellectual disability, autosomal dominant to Mental retardation, autosomal recessive, 37 615493; Intellectual disability, autosomal dominant; coloboma MONDO#0001476, ANK3-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13787 | TULP3 |
Anna Ritchie gene: TULP3 was added gene: TULP3 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: TULP3 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: TULP3 were set to PMID: 35397207 Phenotypes for gene: TULP3 were set to progressive degenerative liver fibrosis with variable fibrocystic kidney disease; hypertrophic cardiomyopathy MONDO:0005045 Review for gene: TULP3 was set to GREEN Added comment: 15 individuals from eight unrelated families with bi-allelic variants in TULP3 were detected. The affected individuals reported are mostly adults, in the 3rd through 7th decades of life, and presented with progressive degenerative liver fibrosis with variable fibrocystic kidney disease and hypertrophic cardiomyopathy. The human phenotype was ecapitulated in adult zebrafish and confirmed disruption of critical ciliary cargo composition in several primary cell lines derived from affected individuals Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.13786 | DROSHA | Zornitza Stark Marked gene: DROSHA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13784 | PRDM13 | Dean Phelan reviewed gene: PRDM13: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 35390279; Phenotypes: Pontocerebellar hypoplasia (MONDO:0020135), PRDM13 related; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13784 | DROSHA |
Lucy Spencer gene: DROSHA was added gene: DROSHA was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: DROSHA was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown Publications for gene: DROSHA were set to 35405010 Phenotypes for gene: DROSHA were set to Neurodevelopmental disorder (MONDO#0700092), DROSHA-related Review for gene: DROSHA was set to AMBER Added comment: 2 individuals with profound intellectual disability, epilepsy, white matter atrophy, microcephaly, and dysmorphic features, who carry damaging de novo heterozygous variants in DROSHA. Both variants are missense, absent from gnomad. Both individuals noted to have Rett-like features. Functional studies in patient fibroblasts showed one of the missense altered the expression of mature miRNA. Fruit fly models with homozygous LOF variants die during larval stages. introduction of the missense seen in the patients was able to partially rescue this phenotype suggesting LOF is not the mechanism. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.13784 | KCNH5 |
Elena Savva gene: KCNH5 was added gene: KCNH5 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: KCNH5 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown Publications for gene: KCNH5 were set to https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.04.26.22274147v1 Phenotypes for gene: KCNH5 were set to Neurodevelopmental disorders Mode of pathogenicity for gene: KCNH5 was set to Other Review for gene: KCNH5 was set to GREEN Added comment: Happ (2022), preprint: Screen of 893 patients with DEE found 17 patients with missense variants (16/17 de novo, 1/17 inherited). GOF mechanism suggested. Patient phenotypes included focal/generalized seizures, Cognitive outcome for the ten individuals >5 years ranged from normal (3/10) to mild (3/10), moderate (2/10), severe (1/10) and profound (1/10) intellectual disability (ID) p.Arg327His (7 probands), p.Arg333His (4 probands) were recurring Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.13783 | PPFIBP1 | Zornitza Stark Marked gene: PPFIBP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13783 | STX1A | Ain Roesley Marked gene: STX1A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13782 | STX1A |
Ain Roesley changed review comment from: Preprint: 8 individuals - 2x hom (related) and 6x hets (all de novo except 1x unknown) 7 unrelated since the 2 siblings share similar features: 7/7 ID, 7/7 motor delay, 4/7 epilepsy, 5/7 neonatal hypotonia 2/7 regression, 2/7 ASD excluding 1 with features but did not meet criteria Sources: Literature; to: Preprint: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.04.20.22274073v1 8 individuals - 2x hom (related) and 6x hets (all de novo except 1x unknown) 7 unrelated since the 2 siblings share similar features: 7/7 ID, 7/7 motor delay, 4/7 epilepsy, 5/7 neonatal hypotonia 2/7 regression, 2/7 ASD excluding 1 with features but did not meet criteria Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.13781 | PPFIBP1 |
Zornitza Stark gene: PPFIBP1 was added gene: PPFIBP1 was added to Mendeliome. Sources: Expert Review Mode of inheritance for gene: PPFIBP1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: PPFIBP1 were set to https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.04.04.22273309v1 Phenotypes for gene: PPFIBP1 were set to Neurodevelopmental disorder, MONDO:0700092 Review for gene: PPFIBP1 was set to GREEN Added comment: 16 individuals from 10 unrelated families reported with moderate to profound developmental delay, often refractory early-onset epilepsy and progressive microcephaly. Drosophila model. Sources: Expert Review |
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| Mendeliome v0.13778 | STX1A |
Ain Roesley gene: STX1A was added gene: STX1A was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: STX1A was set to BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal Review for gene: STX1A was set to GREEN gene: STX1A was marked as current diagnostic Added comment: Preprint: 8 individuals - 2x hom (related) and 6x hets (all de novo except 1x unknown) 7 unrelated since the 2 siblings share similar features: 7/7 ID, 7/7 motor delay, 4/7 epilepsy, 5/7 neonatal hypotonia 2/7 regression, 2/7 ASD excluding 1 with features but did not meet criteria Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.13777 | HYDIN | Zornitza Stark Marked gene: HYDIN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13777 | HYDIN | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HYDIN were changed from to Ciliary dyskinesia, primary, 5 (MIM#608647) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13774 | HYDIN | Zornitza Stark reviewed gene: HYDIN: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23022101, 23849777, 28441829, 31116566; Phenotypes: Ciliary dyskinesia, primary, 5 (MIM#608647); Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13774 | HTRA2 | Zornitza Stark Marked gene: HTRA2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13771 | HTR1A | Zornitza Stark Marked gene: HTR1A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13767 | HSPD1 | Zornitza Stark Marked gene: HSPD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13767 | HSPD1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HSPD1 were changed from to Leukodystrophy, hypomyelinating, 4, MIM# 612233; Spastic paraplegia 13, autosomal dominant, MIM# 605280 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13764 | HSPD1 | Zornitza Stark reviewed gene: HSPD1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 18571143, 27405012, 32532876, 28377887, 27405012, 11898127, 17420924; Phenotypes: Leukodystrophy, hypomyelinating, 4, MIM# 612233, Spastic paraplegia 13, autosomal dominant, MIM# 605280; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13764 | HSD3B7 | Zornitza Stark Marked gene: HSD3B7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13761 | HSD3B2 | Zornitza Stark Marked gene: HSD3B2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13758 | CPN1 | Ain Roesley changed review comment from: only 1 probed reported thus far; to: only 1 proband reported thus far | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13758 | CUBN | Ain Roesley Marked gene: CUBN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13758 | CUBN | Ain Roesley Phenotypes for gene: CUBN were changed from to Imerslund-Grasbeck syndrome 1 MIM#261100 AR; [Proteinuria, chronic benign] MIM#618884 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13755 | CUBN | Ain Roesley reviewed gene: CUBN: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31613795, 21903995, 31497480; Phenotypes: Imerslund-Grasbeck syndrome 1 MIM#261100 AR, [Proteinuria, chronic benign] MIM#618884; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13755 | CTSF | Ain Roesley Marked gene: CTSF as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13753 | CTSC | Ain Roesley Marked gene: CTSC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13750 | CTNS | Ain Roesley Marked gene: CTNS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13750 | CTNS | Ain Roesley Phenotypes for gene: CTNS were changed from to Cystinosis, atypical nephropathic MIM#219800; Cystinosis, late-onset juvenile or adolescent nephropathic MIM#219900; Cystinosis, nephropathic MIM#219800; Cystinosis, ocular nonnephropathic MIM#219750 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13747 | CTNS | Ain Roesley reviewed gene: CTNS: Rating: ; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20301574, 9537412, 31068690; Phenotypes: Cystinosis, atypical nephropathic MIM#219800, Cystinosis, late-onset juvenile or adolescent nephropathic MIM#219900, Cystinosis, nephropathic MIM#219800, Cystinosis, ocular nonnephropathic MIM#219750; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13747 | CTNNA1 | Ain Roesley Marked gene: CTNNA1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13747 | CTNNA1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CTNNA1 were changed from to Macular dystrophy, butterfly-shaped pigmentary, 2, MIM# 608970; Familial exudative vitreoretinopathy MONDO#0019516, CTNNA1-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13745 | CTNNA1 | Ain Roesley reviewed gene: CTNNA1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26691986, 33497368; Phenotypes: Macular dystrophy, butterfly-shaped pigmentary, 2, MIM# 608970, Familial exudative vitreoretinopathy MONDO#0019516, CTNNA1-related; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13745 | CTHRC1 | Ain Roesley Marked gene: CTHRC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13745 | CTHRC1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CTHRC1 were changed from to Barrett esophagus/esophageal adenocarcinoma MIM#614266 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13743 | CTHRC1 | Ain Roesley reviewed gene: CTHRC1: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 21791690; Phenotypes: Barrett esophagus/esophageal adenocarcinoma MIM#614266; Mode of inheritance: None; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13743 | CSRP3 | Ain Roesley Marked gene: CSRP3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13743 | CSRP3 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CSRP3 were changed from to hypertrophic cardiomyopathy12 MIM#612124; dilated cardiomyopathy 1M MIM#607482 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13741 | CSRP3 | Ain Roesley reviewed gene: CSRP3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 18505755, 30681346, 12507422, 14567970, 19412328; Phenotypes: hypertrophic cardiomyopathy12 MIM#612124, dilated cardiomyopathy 1M MIM#607482; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13741 | CRYGS | Ain Roesley Marked gene: CRYGS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13741 | CRYGS | Ain Roesley Phenotypes for gene: CRYGS were changed from to Cataract 20, multiple types MIM#116100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13739 | CRYGS | Ain Roesley reviewed gene: CRYGS: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34014271, 16141006, 18587492, 19262743; Phenotypes: Cataract 20, multiple types MIM#116100; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13739 | CRYGB | Ain Roesley Marked gene: CRYGB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13739 | CRYGB | Ain Roesley Phenotypes for gene: CRYGB were changed from to Cataract 39, multiple types, autosomal dominant MIM#615188 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13737 | CRYGB | Ain Roesley reviewed gene: CRYGB: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23288985; Phenotypes: Cataract 39, multiple types, autosomal dominant MIM#615188; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13737 | CRYAB | Ain Roesley Marked gene: CRYAB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13737 | CRYAB | Ain Roesley Phenotypes for gene: CRYAB were changed from to Cataract 16, multiple types MIM#613763 AD, AR; Myopathy, myofibrillar, 2 MIM#608810 AD; Myopathy, myofibrillar, fatal infantile hypertonic, alpha-B crystallin-related MIM#613869 AR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13735 | CRYAB | Ain Roesley reviewed gene: CRYAB: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31215171, 21337604, 21130652, 32420686, 33272090; Phenotypes: Cataract 16, multiple types MIM#613763 AD, AR, Myopathy, myofibrillar, 2 MIM#608810 AD, Myopathy, myofibrillar, fatal infantile hypertonic, alpha-B crystallin-related MIM#613869 AR; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13735 | CRX | Ain Roesley Marked gene: CRX as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13732 | CREB1 | Ain Roesley Marked gene: CREB1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13732 | CREB1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CREB1 were changed from to corpus callosum agenesis; thyroid follicular hypoplasia | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13729 | CREB1 | Ain Roesley reviewed gene: CREB1: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 22267179; Phenotypes: corpus callosum agenesis, thyroid follicular hypoplasia; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13729 | SLC16A12 | Samantha Ayres reviewed gene: SLC16A12: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20181839, 21778275, 18304496, 29088427, 34126080; Phenotypes: Cataract 47, juvenile, with microcornea, MIM# 612018; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13729 | CRBN | Ain Roesley Marked gene: CRBN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13727 | CRB1 | Ain Roesley Marked gene: CRB1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13727 | CRB1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CRB1 were changed from to Leber congenital amaurosis 8 MIM#613835; Pigmented paravenous chorioretinal atrophy MIM#172870; Retinitis pigmentosa-12 MIM#600105 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13725 | CRB1 | Ain Roesley reviewed gene: CRB1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 30285347, 32922261, 31884620, 15459956; Phenotypes: Leber congenital amaurosis 8 MIM#613835, Pigmented paravenous chorioretinal atrophy MIM#172870, Retinitis pigmentosa-12 MIM#600105; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13725 | CPT1A | Ain Roesley Marked gene: CPT1A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13723 | CPS1 | Ain Roesley Marked gene: CPS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13722 | CPS1 | Ain Roesley reviewed gene: CPS1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 8486760, 17310273, 21120950, 31268178; Phenotypes: Carbamoylphosphate synthetase I deficiency MIM#237300; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13722 | CPOX | Ain Roesley Marked gene: CPOX as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13722 | CPOX | Ain Roesley Phenotypes for gene: CPOX were changed from to Coproporphyria, MIM#121300; Harderoporphyria, MIM#121300 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13720 | CPOX | Ain Roesley reviewed gene: CPOX: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 30828546, 28349448, 23582006, 24156084; Phenotypes: Coproporphyria, MIM#121300, Harderoporphyria, MIM#121300; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13720 | CPN1 | Ain Roesley Marked gene: CPN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13720 | CPN1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CPN1 were changed from to Carboxypeptidase N deficiency MIM#212070 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13717 | CPN1 | Ain Roesley reviewed gene: CPN1: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 12560874, 7437116; Phenotypes: Carboxypeptidase N deficiency MIM#212070; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13717 | COMP | Ain Roesley Marked gene: COMP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13717 | HSD11B1 | Zornitza Stark Marked gene: HSD11B1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13713 | HRG | Zornitza Stark Marked gene: HRG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13710 | HP | Zornitza Stark Marked gene: HP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13708 | HOXD13 | Zornitza Stark Marked gene: HOXD13 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13705 | HOXA13 | Zornitza Stark Marked gene: HOXA13 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13702 | HOXA1 | Zornitza Stark Marked gene: HOXA1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13699 | HOXA1 |
Zornitza Stark changed review comment from: At least 10 families reported. 175-176insG is known as the Saudi Arabian variant, while 76C>T is known as the Native American variant. Features include: Conotruncal heart defects, Abnormalities of the internal carotid artery and other cerebral arteries, Abnormal skull base Biallelic variants in this gene cause a syndrome affecting hindbrain development, with BSAS and ABDS allelic disorders.; to: Biallelic variants in this gene cause a syndrome affecting hindbrain development, with BSAS and ABDS allelic disorders. At least 10 families reported. 175-176insG is known as the Saudi Arabian variant, while 76C>T is known as the Native American variant. Features include: Conotruncal heart defects, Abnormalities of the internal carotid artery and other cerebral arteries, Abnormal skull base |
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| Mendeliome v0.13699 | HNRNPA1 | Zornitza Stark Marked gene: HNRNPA1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13696 | HNF4A | Zornitza Stark Marked gene: HNF4A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13696 | HNF4A | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HNF4A were changed from to Fanconi renotubular syndrome 4, with maturity-onset diabetes of the young, OMIM #616026; MODY, type I, OMIM # 125850 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13693 | HNF4A | Zornitza Stark reviewed gene: HNF4A: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31875549, 24285859, 22802087, 30005691, 28458902; Phenotypes: Fanconi renotubular syndrome 4, with maturity-onset diabetes of the young, OMIM #616026, MODY, type I, OMIM # 125850; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13693 | HNF1A | Zornitza Stark Marked gene: HNF1A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13690 | HMX1 | Zornitza Stark Marked gene: HMX1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13690 | HMX1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HMX1 were changed from to Oculoauricular syndrome, MIM#612109 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13687 | HMX1 |
Zornitza Stark changed review comment from: Oculoauricular syndrome (OCACS) is characterized by complex ocular anomalies, including congenital cataract, anterior segment dysgenesis, iris coloboma, and early-onset retinal dystrophy, and dysplastic ears with abnormal external ear cartilage. At least two families and two animal models. Also evidence that duplication of long-range enhancer causes microbial.; to: Oculoauricular syndrome (OCACS) is characterized by complex ocular anomalies, including congenital cataract, anterior segment dysgenesis, iris coloboma, and early-onset retinal dystrophy, and dysplastic ears with abnormal external ear cartilage. At least two families and two animal models. Also evidence that duplication of long-range enhancer causes microtia. |
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| Mendeliome v0.13687 | HMX1 | Zornitza Stark reviewed gene: HMX1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 18423520, 25574057, 33465110, 32552830, 31691317; Phenotypes: Oculoauricular syndrome, MIM#612109; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13687 | COL9A1 | Ain Roesley Marked gene: COL9A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13683 | DUSP6 |
Krithika Murali changed review comment from: PMID: 23643382 Miraoui et al 2013 - - candidate gene study for genes in the FGFR1 pathway that may be associated with CHH, either as causative genes or disease modifiers. A cohort of 386 CHH individuals and 155 unaffected controls of European descent. A number of affected individuals included in this cohort already had known causative variants in CHH-associated genes. The coding exons and proximal introns (≥15 bp from splice sites) of FGF17, FGF18, IL17RD, DUSP6, SPRY2, SPRY4, and FLRT3 were amplified by PCR and determined by direct sequencing. Summary of DUSP6 variants identified in this study c.229 T>A p.(Phe77Ile) - absent gnomAD v2 and v3 c.545C>T p.(Ser182Phe) - 203 hets gnomad v2, 137 hets and 1 hom - v3 - identified in conjunction with FGFR1 variant in this individual c.566A>G p.Asn189Ser - v2 57 hets, v3 29 hets (another individual identified with this variant and an SPRY4 variant) c.1037C>T p.Thr346Met - 81 hets v2, 27 hets and 1 hom v3 (identified in conjunction with SPRY4 variant No segregation information provided. PMID: 23643382 - Dusp6 null mouse model reportedly has craniofacial defects and hearing defects, but no mention of hypogonadotropic hypogonadism. In 5 unrelated individuals with congenital hypogonadotropic hypogonadism 4 heterozygous missense were identified. In 3 of the probands, the DUSP6 mutation was accompanied by a heterozygous missense mutation in another HH-associated gene. 3 of the 4 variants have subpopulation allele frequencies in gnomAD v2.1 that are higher than expected for a dominant condition: p.Thr346Met (AJ AF 0.002797), p.Ser182Phe (NFE AF 0.001396), p.Asn189Ser (NFE AF 0.0003641). No functional assays were conducted. PMID: 32389901 - 6 unrelated male Chinese Kallman syndrome cases with 4 DUSP6 missense variants. 2 of 4 variants have East Asian allele frequencies in gnomAD v2.1 that are higher than expected for a dominant condition: p.Pro188Leu (EAS AF 0.001203), p.Arg83Gln (EAS AF 0.001129). No functional assays conducted.; to: PMID: 23643382 Miraoui et al 2013 - - candidate gene study for genes in the FGFR1 pathway that may be associated with CHH, either as causative genes or disease modifiers. A cohort of 386 CHH individuals and 155 unaffected controls of European descent. A number of affected individuals included in this cohort already had known causative variants in CHH-associated genes. The coding exons and proximal introns (≥15 bp from splice sites) of FGF17, FGF18, IL17RD, DUSP6, SPRY2, SPRY4, and FLRT3 were amplified by PCR and determined by direct sequencing. Summary of DUSP6 variants identified in this study c.229 T>A p.(Phe77Ile) - absent gnomAD v2 and v3 c.545C>T p.(Ser182Phe) - 203 hets gnomad v2, 137 hets and 1 hom - v3 - identified in conjunction with FGFR1 variant in this individual c.566A>G p.Asn189Ser - v2 57 hets, v3 29 hets (another individual identified with this variant and an SPRY4 variant) c.1037C>T p.Thr346Met - 81 hets v2, 27 hets and 1 hom v3 (identified in conjunction with SPRY4 variant No segregation information provided. Dusp6 null mouse model reportedly has craniofacial defects and hearing defects, but no mention of hypogonadotropic hypogonadism. PMID: 32389901 - 6 unrelated male Chinese Kallman syndrome cases with 4 DUSP6 missense variants. 2 of 4 variants have East Asian allele frequencies in gnomAD v2.1 that are higher than expected for a dominant condition: p.Pro188Leu (EAS AF 0.001203), p.Arg83Gln (EAS AF 0.001129). No functional assays conducted. |
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| Mendeliome v0.13683 | DUSP6 |
Krithika Murali changed review comment from: 1 study cited by OMIM (Miraoui et al 2013) - heterozygous variants in 5 unrelated individuals with congenital hypogonadotrophic hypogonadism (CHH). 4/5 variants highly prevalent in healthy population and/or in conjunction with variants in other genes either known to be associated with CHH or possibly associated. No additional studies published since this paper. PMID: 23643382 Miraoui et al 2013 - - candidate gene study for genes in the FGFR1 pathway that may be associated with CHH, either as causative genes or disease modifiers. A cohort of 386 CHH individuals and 155 unaffected controls of European descent. A number of affected individuals included in this cohort already had known causative variants in CHH-associated genes. The coding exons and proximal introns (≥15 bp from splice sites) of FGF17, FGF18, IL17RD, DUSP6, SPRY2, SPRY4, and FLRT3 were amplified by PCR and determined by direct sequencing. Summary of DUSP6 variants identified in this study c.229 T>A p.(Phe77Ile) - absent gnomAD v2 and v3 c.545C>T p.(Ser182Phe) - 203 hets gnomad v2, 137 hets and 1 hom - v3 - identified in conjunction with FGFR1 variant in this individual c.566A>G p.Asn189Ser - v2 57 hets, v3 29 hets (another individual identified with this variant and an SPRY4 variant) c.1037C>T p.Thr346Met - 81 hets v2, 27 hets and 1 hom v3 (identified in conjunction with SPRY4 variant No segregation information provided.; to: PMID: 23643382 Miraoui et al 2013 - - candidate gene study for genes in the FGFR1 pathway that may be associated with CHH, either as causative genes or disease modifiers. A cohort of 386 CHH individuals and 155 unaffected controls of European descent. A number of affected individuals included in this cohort already had known causative variants in CHH-associated genes. The coding exons and proximal introns (≥15 bp from splice sites) of FGF17, FGF18, IL17RD, DUSP6, SPRY2, SPRY4, and FLRT3 were amplified by PCR and determined by direct sequencing. Summary of DUSP6 variants identified in this study c.229 T>A p.(Phe77Ile) - absent gnomAD v2 and v3 c.545C>T p.(Ser182Phe) - 203 hets gnomad v2, 137 hets and 1 hom - v3 - identified in conjunction with FGFR1 variant in this individual c.566A>G p.Asn189Ser - v2 57 hets, v3 29 hets (another individual identified with this variant and an SPRY4 variant) c.1037C>T p.Thr346Met - 81 hets v2, 27 hets and 1 hom v3 (identified in conjunction with SPRY4 variant No segregation information provided. PMID: 23643382 - Dusp6 null mouse model reportedly has craniofacial defects and hearing defects, but no mention of hypogonadotropic hypogonadism. In 5 unrelated individuals with congenital hypogonadotropic hypogonadism 4 heterozygous missense were identified. In 3 of the probands, the DUSP6 mutation was accompanied by a heterozygous missense mutation in another HH-associated gene. 3 of the 4 variants have subpopulation allele frequencies in gnomAD v2.1 that are higher than expected for a dominant condition: p.Thr346Met (AJ AF 0.002797), p.Ser182Phe (NFE AF 0.001396), p.Asn189Ser (NFE AF 0.0003641). No functional assays were conducted. PMID: 32389901 - 6 unrelated male Chinese Kallman syndrome cases with 4 DUSP6 missense variants. 2 of 4 variants have East Asian allele frequencies in gnomAD v2.1 that are higher than expected for a dominant condition: p.Pro188Leu (EAS AF 0.001203), p.Arg83Gln (EAS AF 0.001129). No functional assays conducted. |
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| Mendeliome v0.13683 | COQ9 | Ain Roesley Marked gene: COQ9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13683 | COQ9 | Ain Roesley Phenotypes for gene: COQ9 were changed from to Coenzyme Q10 deficiency, primary, 5, MIM#614654 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13681 | COQ9 | Ain Roesley reviewed gene: COQ9: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 19375058, 26081641, 23255162, 31821167; Phenotypes: Coenzyme Q10 deficiency, primary, 5, MIM#614654; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13681 | COQ8B | Ain Roesley Marked gene: COQ8B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13680 | COQ8A | Ain Roesley Marked gene: COQ8A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13680 | COQ8A | Ain Roesley Phenotypes for gene: COQ8A were changed from to Coenzyme Q10 deficiency, primary, 4 MIM#612016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13679 | COQ8A | Ain Roesley reviewed gene: COQ8A: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 32337771; Phenotypes: Coenzyme Q10 deficiency, primary, 4 MIM#612016; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13679 | COQ7 | Ain Roesley Marked gene: COQ7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13679 | COQ7 | Ain Roesley Phenotypes for gene: COQ7 were changed from to Coenzyme Q10 deficiency, primary, 8 MIM#616733 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13678 | COQ7 | Ain Roesley reviewed gene: COQ7: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26084283, 31240163, 33215859, 28409910; Phenotypes: Coenzyme Q10 deficiency, primary, 8 MIM#616733; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13678 | COQ6 | Ain Roesley Marked gene: COQ6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13678 | COQ6 | Ain Roesley Phenotypes for gene: COQ6 were changed from to Coenzyme Q10 deficiency, primary, 6 MIM#614650 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13677 | COQ6 | Ain Roesley reviewed gene: COQ6: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28125198; Phenotypes: Coenzyme Q10 deficiency, primary, 6 MIM#614650; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13675 | COL9A2 | Ain Roesley Marked gene: COL9A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13674 | COL6A3 | Ain Roesley Marked gene: COL6A3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13674 | COL6A3 | Ain Roesley Phenotypes for gene: COL6A3 were changed from to Bethlem myopathy 1 MIM#158810; Dystonia 27 MIM#616411; Ullrich congenital muscular dystrophy 1 MIM#254090 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13673 | COL6A3 | Ain Roesley reviewed gene: COL6A3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20301676; Phenotypes: Bethlem myopathy 1 MIM#158810, Dystonia 27 MIM#616411, Ullrich congenital muscular dystrophy 1 MIM#254090; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13673 | COL6A2 |
Ain Roesley changed review comment from: GeneReviews PMID:20301676 AD variants typically occur near the N terminal of the triple helical (TH) domain, which contains a critical region of 10 to 15 Gly-X-Y triplets; in-frame exon-skipping variants and glycine substitutions in this region tend to result in more severe phenotypes AR variants are usually nonsense or fs, or biallelic variants located near the C-terminal end of the TH domain, where they will be excluded from assembly COL621 accounts for 44-46% of Collagen VI-Related Dystrophies cases; to: GeneReviews PMID:20301676 AD variants typically occur near the N terminal of the triple helical (TH) domain, which contains a critical region of 10 to 15 Gly-X-Y triplets; in-frame exon-skipping variants and glycine substitutions in this region tend to result in more severe phenotypes AR variants are usually nonsense or fs, or biallelic variants located near the C-terminal end of the TH domain, where they will be excluded from assembly COL6A2 accounts for 44-46% of Collagen VI-Related Dystrophies cases |
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| Mendeliome v0.13673 | COL6A2 | Ain Roesley Marked gene: COL6A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13673 | COL6A2 | Ain Roesley Phenotypes for gene: COL6A2 were changed from to Bethlem myopathy 1 MIM#158810; Ullrich congenital muscular dystrophy 1 MIM#254090 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13671 | COL6A2 | Ain Roesley reviewed gene: COL6A2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20301676; Phenotypes: Bethlem myopathy 1 MIM#158810, Ullrich congenital muscular dystrophy 1 MIM#254090; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13671 | COL6A1 |
Ain Roesley changed review comment from: Well established association Genereviews PMID:20301676 AD variants typically occur near the N terminal of the triple helical (TH) domain, which contains a critical region of 10 to 15 Gly-X-Y triplets; in-frame exon-skipping variants and glycine substitutions in this region tend to result in more severe phenotypes AR variants are usually nonsense or fs, or biallelic variants located near the C-terminal end of the TH domain, where they will be excluded from assembly; to: Well established association Genereviews PMID:20301676 AD variants typically occur near the N terminal of the triple helical (TH) domain, which contains a critical region of 10 to 15 Gly-X-Y triplets; in-frame exon-skipping variants and glycine substitutions in this region tend to result in more severe phenotypes AR variants are usually nonsense or fs, or biallelic variants located near the C-terminal end of the TH domain, where they will be excluded from assembly COL6A1 accounts for 35-38% of Collagen VI-Related Dystrophies cases |
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| Mendeliome v0.13671 | COL6A1 | Ain Roesley Marked gene: COL6A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13671 | COL6A1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: COL6A1 were changed from to Bethlem myopathy MIM#158810; Ullrich congenital muscular dystrophy MIM#254090 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13669 | COL6A1 |
Ain Roesley changed review comment from: Well established association Both loss-of-function and dominant negative mechanism has been reported for this gene. Mutations result in a spectrum of disease, ranging from the milder Bethlem myopathy (monoallelic) to the more severe Ullrich congenital muscular dystrophy (biallelic) (PMID: 29277723; 24443028). Sources: Literature; to: Well established association Genereviews PMID:20301676 AD variants typically occur near the N terminal of the triple helical (TH) domain, which contains a critical region of 10 to 15 Gly-X-Y triplets; in-frame exon-skipping variants and glycine substitutions in this region tend to result in more severe phenotypes AR variants are usually nonsense or fs, or biallelic variants located near the C-terminal end of the TH domain, where they will be excluded from assembly |
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| Mendeliome v0.13669 | COL6A1 | Ain Roesley reviewed gene: COL6A1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25535305, 15955946, 23738969, 29277723, 24443028; Phenotypes: Bethlem myopathy MIM#158810, Ullrich congenital muscular dystrophy MIM#254090; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13669 | COL5A2 | Ain Roesley Marked gene: COL5A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13668 | COL4A4 | Ain Roesley Marked gene: COL4A4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13666 | COL4A3 | Ain Roesley Marked gene: COL4A3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13665 | COL4A2 | Ain Roesley Marked gene: COL4A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13664 | COL4A1 | Ain Roesley Marked gene: COL4A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13664 | COL4A1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: COL4A1 were changed from to Angiopathy, hereditary, with nephropathy, aneurysms, and muscle cramps MIM#611773; Brain small vessel disease with or without ocular anomalies MIM#175780; Microangiopathy and leukoencephalopathy, pontine, autosomal dominant MIM#618564 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13662 | COL4A1 | Ain Roesley reviewed gene: COL4A1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24628545, 25719457, 21625620, 23225343, 23065703, 20818663, 20301768; Phenotypes: Angiopathy, hereditary, with nephropathy, aneurysms, and muscle cramps MIM#611773, Brain small vessel disease with or without ocular anomalies MIM#175780, Microangiopathy and leukoencephalopathy, pontine, autosomal dominant MIM#618564; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13662 | HMOX1 | Zornitza Stark Marked gene: HMOX1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13658 | COL27A1 | Ain Roesley Marked gene: COL27A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13656 | COL1A2 | Ain Roesley edited their review of gene: COL1A2: Changed phenotypes: Combined osteogenesis imperfecta and Ehlers-Danlos syndrome 2, MIM# 619120, Ehlers-Danlos syndrome, arthrochalasia type, 2, MIM# 617821, Ehlers-Danlos syndrome, cardiac valvular type, MIM# 225320, Osteogenesis imperfecta, type II, MIM# 166210, Osteogenesis imperfecta, type III, MIM# 259420, Osteogenesis imperfecta, type IV, MIM# 166220 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13656 | COL1A2 | Ain Roesley Marked gene: COL1A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13656 | COL1A2 | Ain Roesley Phenotypes for gene: COL1A2 were changed from to Combined osteogenesis imperfecta and Ehlers-Danlos syndrome 2, MIM# 619120; Ehlers-Danlos syndrome, arthrochalasia type, 2, MIM# 617821; Ehlers-Danlos syndrome, cardiac valvular type, MIM# 225320; Osteogenesis imperfecta, type II, MIM# 166210; Osteogenesis imperfecta, type III, MIM# 259420; Osteogenesis imperfecta, type IV, MIM# 166220 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13653 | COL1A2 | Ain Roesley reviewed gene: COL1A2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28306229, 32091183, 2993307, 30821104; Phenotypes: Ehlers-Danlos syndrome, arthrochalasia type, 2 MIM#617821, Ehlers-Danlos syndrome, cardiac valvular type MIM#225320; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13653 | COL1A1 |
Ain Roesley changed review comment from: COL1A1 is mostly associated with osteogenesis imperfecta however, substitutions of arginine by cysteine in the triple helical domain) have been reported in individuals w/classic EDS & aneurysm & dissection of large vessels (PMID: 20301422;20301667) The mild forms are usually caused by haploinsufficiency and result in a reduced amount of normal type I collagen, the severe and lethal forms result from dominant negative variants which produce structural defects in the collagen molecule (PMID:12362985).; to: COL1A1 is mostly associated with osteogenesis imperfecta however, substitutions of arginine by cysteine in the triple helical domain) have been reported in individuals w/classic EDS & aneurysm & dissection of large vessels (PMID: 20301422;20301667) For skeletal phenotypes: The mild forms are usually caused by haploinsufficiency and result in a reduced amount of normal type I collagen, the severe and lethal forms result from dominant negative variants which produce structural defects in the collagen molecule (PMID:12362985). |
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| Mendeliome v0.13653 | COL1A1 |
Ain Roesley changed review comment from: COL1A1 is mostly associated with osteogenesis imperfecta however, substitutions of arginine by cysteine in the triple helical domain) have been reported in individuals w/classic EDS & aneurysm & dissection of large vessels (PMID: 20301422;20301667); to: COL1A1 is mostly associated with osteogenesis imperfecta however, substitutions of arginine by cysteine in the triple helical domain) have been reported in individuals w/classic EDS & aneurysm & dissection of large vessels (PMID: 20301422;20301667) The mild forms are usually caused by haploinsufficiency and result in a reduced amount of normal type I collagen, the severe and lethal forms result from dominant negative variants which produce structural defects in the collagen molecule (PMID:12362985). |
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| Mendeliome v0.13653 | COL1A1 | Ain Roesley Marked gene: COL1A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13653 | COL1A1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: COL1A1 were changed from to Caffey disease MIM#114000; Combined osteogenesis imperfecta and Ehlers-Danlos syndrome 1 MIM#619115; Ehlers-Danlos syndrome, arthrochalasia type, 1 MIM#130060; Osteogenesis imperfecta, type I MIM#166200; Osteogenesis imperfecta, type II MIM#166210; Osteogenesis imperfecta, type III MIM#259420; Osteogenesis imperfecta, type IV MIM#166220 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13652 | COL1A1 | Ain Roesley reviewed gene: COL1A1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20301422, 20301667, 30071989, 28981071, 12362985, 28956891; Phenotypes: Caffey disease MIM#114000, Combined osteogenesis imperfecta and Ehlers-Danlos syndrome 1 MIM#619115, Ehlers-Danlos syndrome, arthrochalasia type, 1 MIM#130060, Osteogenesis imperfecta, type I MIM#166200, Osteogenesis imperfecta, type II MIM#166210, Osteogenesis imperfecta, type III MIM#259420, Osteogenesis imperfecta, type IV MIM#166220; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13652 | COL18A1 | Ain Roesley Marked gene: COL18A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13650 | COL17A1 | Ain Roesley Marked gene: COL17A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13649 | COL17A1 |
Ain Roesley commented on gene: COL17A1: For Epithelial recurrent erosion dystrophy, AD: Multiple families reported, c.3156C>T is recurrent. For EB, AR: well established association (GeneReviews PMID:20301304) |
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| Mendeliome v0.13649 | COL12A1 | Ain Roesley Marked gene: COL12A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13648 | COL12A1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: COL12A1 were changed from to Myopathic EDS; Bethlem myopathy 2 MIM#616471; Ullrich congenital muscular dystrophy 2 MIM#616470 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13647 | COL12A1 | Ain Roesley reviewed gene: COL12A1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28306229, 31273343, 24334604; Phenotypes: Myopathic EDS, Bethlem myopathy 2 MIM#616471, Ullrich congenital muscular dystrophy 2 MIM#616470; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13647 | COL11A2 | Ain Roesley Marked gene: COL11A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13645 | COG7 | Ain Roesley Marked gene: COG7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13643 | COASY | Ain Roesley Marked gene: COASY as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13643 | COASY | Ain Roesley Phenotypes for gene: COASY were changed from to Neurodegeneration with brain iron accumulation 6 MIM#615643; Pontocerebellar hypoplasia, type 12 MIM#v618266 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13642 | COASY |
Ain Roesley changed review comment from: Green for both NBIA and PCH; to: Green for both NBIA and PCH only 2 variants reported for PCH - a fs (c.1549_1550delAG) and c.1486-3C>G (Recurrent) |
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| Mendeliome v0.13642 | COASY | Ain Roesley reviewed gene: COASY: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 30089828, 28489334, 24360804, 35499143; Phenotypes: Neurodegeneration with brain iron accumulation 6 MIM#615643, Pontocerebellar hypoplasia, type 12 MIM#v618266; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13642 | HMBS | Zornitza Stark Marked gene: HMBS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13642 | HMBS | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HMBS were changed from to Porphyria, acute intermittent, MIM#176000; Porphyria, acute intermittent, non-erythroid variant, MIM#176000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13640 | HMBS | Zornitza Stark reviewed gene: HMBS: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Porphyria, acute intermittent, MIM#176000, Porphyria, acute intermittent, non-erythroid variant, MIM#176000; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13640 | HK1 | Zornitza Stark Marked gene: HK1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13640 | HK1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HK1 were changed from to Neuropathy, hereditary motor and sensory, Russe type , MIM#605285; Haemolytic anaemia due to hexokinase deficiency, MIM# 235700; Neurodevelopmental disorder with visual defects and brain anomalies, MIM# 618547; Retinitis pigmentosa 79, MIM# 617460 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13637 | HK1 |
Zornitza Stark changed review comment from: HMSNR is an autosomal recessive progressive complex peripheral neuropathy characterized by onset in the first decade of distal lower limb weakness and muscle atrophy resulting in walking difficulties. Distal impairment of the upper limbs usually occurs later, as does proximal lower limb weakness. There is distal sensory impairment, with pes cavus and areflexia. Laboratory studies suggest that it is a myelinopathy resulting in reduced nerve conduction velocities in the demyelinating range as well as a length-dependent axonopathy. Founder variant in the Roma, -3818-195G-C, AltT2 EXON in 5'UTR identified in multiple families. Note gene is associated with other phenotypes.; to: Bi-allelic variants and neuropathy: HMSNR is an autosomal recessive progressive complex peripheral neuropathy characterized by onset in the first decade of distal lower limb weakness and muscle atrophy resulting in walking difficulties. Distal impairment of the upper limbs usually occurs later, as does proximal lower limb weakness. There is distal sensory impairment, with pes cavus and areflexia. Laboratory studies suggest that it is a myelinopathy resulting in reduced nerve conduction velocities in the demyelinating range as well as a length-dependent axonopathy. Founder variant in the Roma, -3818-195G-C, AltT2 EXON in 5'UTR identified in multiple families. Note gene is associated with other phenotypes. |
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| Mendeliome v0.13637 | HK1 |
Zornitza Stark edited their review of gene: HK1: Added comment: Mono-allelic variants and ID: PMID30778173, 7 patients from 6 unrelated families with denovo missense variants in the N-terminal half of HK1 Mono-allelic variants and RP: Seven families reported with the same heterozygous missense variant, p.Glu847Lys and RP from different ethnicities. Some supportive evidence. Variant is present in 3 hets in gnomad. Bi-allelic variants and haemolytic anaemia: more than 10 families reported.; Changed publications: 19536174, 30778173, 25316723, 25190649, 31621442, 32814480, 7655856, 12393545, 33361148, 31119733, 27282571; Changed phenotypes: Neuropathy, hereditary motor and sensory, Russe type , MIM#605285, Haemolytic anaemia due to hexokinase deficiency, MIM# 235700, Neurodevelopmental disorder with visual defects and brain anomalies, MIM# 618547, Retinitis pigmentosa 79, MIM# 617460; Changed mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal |
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| Mendeliome v0.13636 | RPE65 | Zornitza Stark Marked gene: RPE65 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13633 | SLC24A1 | Zornitza Stark Marked gene: SLC24A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13633 | SLC24A1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC24A1 were changed from to Night blindness, congenital stationary (complete), 1D, autosomal recessive, MIM#613830, MONDO:0013450 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13630 | SLC25A1 | Zornitza Stark Marked gene: SLC25A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13630 | SLC25A1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC25A1 were changed from to Combined D-2- and L-2-hydroxyglutaric aciduria MIM#: 615182, MONDO:0014072; Myasthenic syndrome, congenital, 23, presynaptic, MIM#618197, MONDO:0032596 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13627 | RRAS | Zornitza Stark Marked gene: RRAS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13623 | SLC11A1 | Zornitza Stark Marked gene: SLC11A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13619 | SIL1 | Zornitza Stark Marked gene: SIL1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13619 | SIL1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SIL1 were changed from to Marinesco-Sjogren syndrome, MIM#248800; MONDO#0009567 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13616 | SLC24A1 | Manny Jacobs reviewed gene: SLC24A1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 35486108, 35446361, 20850105, 26822852; Phenotypes: Night blindness, congenital stationary (complete), 1D, autosomal recessive, MIM#613830, MONDO:0013450; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13616 | SIK1 | Zornitza Stark Marked gene: SIK1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13613 | SLC25A1 | Manny Jacobs reviewed gene: SLC25A1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 26870663, 31527857, 31808147, 23561848, 23393310; Phenotypes: Combined D-2- and L-2-hydroxyglutaric aciduria MIM#: 615182, MONDO:0014072, Myasthenic syndrome, congenital, 23, presynaptic, MIM#618197, MONDO:0032596; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13613 | RRAS |
Belinda Chong changed review comment from: Catts et al (2021) identified a 7-year-old boy with a history of craniosynostosis, congenital heart defect, and mild dysmorphic features who was incidentally found to have pediatric MDS with monosomy 7 in the context of previously unrecognized germline RRAS mutation. A heterozygous c.116_118dup (NM_006270.5) variant resulting in p.G39dup was identified and excluded in an unaffected sibling, and both parents. Two individuals reported. One de novo variant, the inheritance of the other variant uncertain. Some supportive functional data. Rated as LIMITED by ClinGen (reviewed 27/04/2018).; to: Catts et al (2021) identified a 7-year-old boy with a history of craniosynostosis, congenital heart defect, and mild dysmorphic features who was incidentally found to have pediatric MDS with monosomy 7 in the context of previously unrecognized germline RRAS mutation. A heterozygous c.116_118dup (NM_006270.5) variant resulting in p.G39dup was identified and excluded in an unaffected sibling, and both parents. Two individuals reported. One de novo variant, the inheritance of the other variant uncertain. Some supportive functional data. Rated as LIMITED by ClinGen (reviewed 27/04/2018). |
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| Mendeliome v0.13613 | HIBCH | Zornitza Stark Marked gene: HIBCH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13610 | HGF | Zornitza Stark Marked gene: HGF as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13607 | HGD | Zornitza Stark Marked gene: HGD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13604 | HFE | Zornitza Stark Marked gene: HFE as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13602 | HESX1 | Zornitza Stark Marked gene: HESX1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13602 | HESX1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HESX1 were changed from to Growth hormone deficiency with pituitary anomalies, MIM#182230; Pituitary hormone deficiency, combined, 5, MIM#182230; Septooptic dysplasia, MIM#182230 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13600 | HESX1 | Zornitza Stark reviewed gene: HESX1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Growth hormone deficiency with pituitary anomalies, MIM#182230, Pituitary hormone deficiency, combined, 5, MIM#182230, Septooptic dysplasia, MIM#182230; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13599 | HERC1 | Zornitza Stark Marked gene: HERC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13599 | HERC1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HERC1 were changed from to Macrocephaly, dysmorphic facies, and psychomotor retardation, MIM# 617011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13596 | HERC1 | Zornitza Stark reviewed gene: HERC1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28323226, 27108999, 26153217, 26138117, 20041218; Phenotypes: Macrocephaly, dysmorphic facies, and psychomotor retardation, MIM# 617011; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13596 | HEPACAM | Zornitza Stark Marked gene: HEPACAM as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13596 | HEPACAM | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HEPACAM were changed from to Megalencephalic leukoencephalopathy with subcortical cysts 2A, MIM# 613925; Megalencephalic leukoencephalopathy with subcortical cysts 2B, remitting, with or without mental retardation, MIM# 613926 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13593 | HEPACAM | Zornitza Stark reviewed gene: HEPACAM: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 21419380, 21419380; Phenotypes: Megalencephalic leukoencephalopathy with subcortical cysts 2A, MIM# 613925, Megalencephalic leukoencephalopathy with subcortical cysts 2B, remitting, with or without mental retardation, MIM# 613926; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13593 | LIPT2 | Alison Yeung Marked gene: LIPT2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13592 | SIL1 | Samantha Ayres reviewed gene: SIL1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24176978, 16282977, 20301371; Phenotypes: Marinesco-Sjogren syndrome, MIM#248800, MONDO#0009567; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13592 | DNASE2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: DNASE2 were changed from Auto-inflammatory disorder; splenomegaly; glomerulonephritis; liver fibrosis; arthritis; HLH to Autoinflammatory-pancytopaenia syndrome, MIM# 619858 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13589 | LIPH | Alison Yeung Marked gene: LIPH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13587 | LIPC | Alison Yeung Marked gene: LIPC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13585 | LIPC |
Alison Yeung Added comment: Comment on mode of inheritance: PMID: 1671786, 12777476, 1883393, 22798447 - 7 cases from 3 unrelated families with hepatic lipase deficiency and biallelic variants. PMID: 26423094 - null mouse had dyslipidemia on a high cholesterol and fat diet PMID: 23219720, 22464213 - 2 cases with hyperalphalipoproteinemia and heterozygous variants, with supporting in vitro funcitonal assays |
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| Mendeliome v0.13583 | LINS1 | Alison Yeung Marked gene: LINS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13581 | HCRT | Zornitza Stark Marked gene: HCRT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13581 | HCRT | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HCRT were changed from to Narcolepsy 1 , MIM# 161400 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13577 | LIM2 | Alison Yeung Marked gene: LIM2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13577 | HCRT | Zornitza Stark reviewed gene: HCRT: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 10973318, 11148249, 11723284; Phenotypes: Narcolepsy 1 , MIM# 161400; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13577 | LIM2 | Alison Yeung Phenotypes for gene: LIM2 were changed from to Cataract 19, multiple types, MIM# 615277 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13574 | LIM2 | Alison Yeung reviewed gene: LIM2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27814360, 11917274, 18596884, 33708862, 32202185, 21617753; Phenotypes: Cataract 19, multiple types, MIM# 615277; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13574 | HCN1 | Zornitza Stark Marked gene: HCN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13571 | HCCS | Zornitza Stark Marked gene: HCCS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13571 | HCCS | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HCCS were changed from to Linear skin defects with multiple congenital anomalies 1, MIM# 309801 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13568 | HCCS | Zornitza Stark reviewed gene: HCCS: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 17033964, 30068298, 24735900; Phenotypes: Linear skin defects with multiple congenital anomalies 1, MIM# 309801; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, monoallelic mutations in females may cause disease (may be less severe, later onset than males) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13568 | HBA2 | Zornitza Stark Marked gene: HBA2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13565 | HBA1 | Zornitza Stark Marked gene: HBA1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13563 | HAO1 | Zornitza Stark Marked gene: HAO1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13562 | HAMP | Zornitza Stark Marked gene: HAMP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13559 | HADHB | Zornitza Stark Marked gene: HADHB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13556 | HADHA | Zornitza Stark Marked gene: HADHA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13554 | HADH | Zornitza Stark Marked gene: HADH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13552 | HACD1 | Zornitza Stark Marked gene: HACD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13549 | HAAO | Zornitza Stark Marked gene: HAAO as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13549 | HAAO | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HAAO were changed from to Vertebral, cardiac, renal, and limb defects syndrome 1 MIM#617660; NAD deficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13546 | H6PD | Zornitza Stark Marked gene: H6PD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13543 | BUD23 | Zornitza Stark Marked gene: BUD23 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13542 | BTNL2 | Zornitza Stark Marked gene: BTNL2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13542 | BTNL2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: BTNL2 were changed from to {Sarcoidosis, susceptibility to, 2} 612387 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13539 | BTNL2 | Zornitza Stark reviewed gene: BTNL2: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: {Sarcoidosis, susceptibility to, 2} 612387; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13539 | BTK | Zornitza Stark Marked gene: BTK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13536 | BRIP1 | Zornitza Stark Marked gene: BRIP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13533 | BRAF | Zornitza Stark Marked gene: BRAF as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13533 | BRAF | Zornitza Stark Phenotypes for gene: BRAF were changed from to Noonan syndrome 7, MIM# 613706; Cardiofaciocutaneous syndrome, MIM# 115150 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13531 | BRAF | Zornitza Stark Mode of pathogenicity for gene: BRAF was changed from to Loss-of-function variants (as defined in pop up message) DO NOT cause this phenotype - please provide details in the comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13529 | BRAF | Zornitza Stark reviewed gene: BRAF: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: Loss-of-function variants (as defined in pop up message) DO NOT cause this phenotype - please provide details in the comments; Publications: 19206169, 18042262; Phenotypes: Noonan syndrome 7, MIM# 613706, Cardiofaciocutaneous syndrome, MIM# 115150; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13529 | BPGM | Zornitza Stark Marked gene: BPGM as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13525 | BMPR1A | Zornitza Stark Marked gene: BMPR1A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13522 | BLVRA | Zornitza Stark Marked gene: BLVRA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13518 | BLK | Zornitza Stark Marked gene: BLK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13518 | BLK | Zornitza Stark Phenotypes for gene: BLK were changed from to Common variable immunodeficiency, MONDO:0015517 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13514 | BLK | Zornitza Stark reviewed gene: BLK: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25926555; Phenotypes: Common variable immunodeficiency, MONDO:0015517; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13514 | BHLHE41 | Zornitza Stark Marked gene: BHLHE41 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13511 | BFSP1 | Zornitza Stark Marked gene: BFSP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13511 | BFSP1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: BFSP1 were changed from to Cataract 33, multiple types, MIM# 611391 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13508 | BFSP1 | Zornitza Stark reviewed gene: BFSP1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 17225135, 26694549, 24379646, 28450710, 31842807, 26694549; Phenotypes: Cataract 33, multiple types, MIM# 611391; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13508 | BCL2 | Zornitza Stark Marked gene: BCL2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13507 | BCKDK | Zornitza Stark Marked gene: BCKDK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13504 | BCL10 | Zornitza Stark Marked gene: BCL10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13501 | BCHE | Zornitza Stark Marked gene: BCHE as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13499 | BBS2 | Zornitza Stark Marked gene: BBS2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13499 | BBS2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: BBS2 were changed from to Bardet-Biedl syndrome 2, MIM# 615981; Retinitis pigmentosa 74, MIM# 616562 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13496 | BBS12 | Zornitza Stark Marked gene: BBS12 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13496 | BBS12 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: BBS12 were changed from to Bardet-Biedl syndrome 12, MIM# 615989 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13493 | BBS10 | Zornitza Stark Marked gene: BBS10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13493 | BBS10 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: BBS10 were changed from to Bardet-Biedl syndrome 10, MIM# 615987 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13490 | BBS1 | Zornitza Stark Marked gene: BBS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13490 | BBS1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: BBS1 were changed from to Bardet-Biedl syndrome 1, MIM# 209900 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13487 | BAG3 | Zornitza Stark Marked gene: BAG3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13487 | BAG3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: BAG3 were changed from to Cardiomyopathy, dilated, 1HH, MIM# 613881; Myopathy, myofibrillar, 6, MIM# 612954 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13484 | BAG3 | Zornitza Stark reviewed gene: BAG3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 21353195, 25008357, 25448463, 24623017, 27391596, 28211974, 30442290, 31983221, 28737513, 29323723, 33947203, 25208129, 32453099, 22734908; Phenotypes: Cardiomyopathy, dilated, 1HH, MIM# 613881, Myopathy, myofibrillar, 6, MIM# 612954; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13484 | BACH2 | Zornitza Stark Marked gene: BACH2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13481 | B4GALT1 | Zornitza Stark Marked gene: B4GALT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13478 | B4GALT1 |
Zornitza Stark changed review comment from: Intellectual disability is part of CDG, although non-neurological forms of this CDG have been described. Sources: Expert list; to: At least 3 unrelated families. Sources: Expert list |
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| Mendeliome v0.13478 | B4GALNT1 | Zornitza Stark Marked gene: B4GALNT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13478 | B4GALNT1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: B4GALNT1 were changed from to Spastic paraplegia 26, autosomal recessive (MIM #609195) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13474 | B4GALNT1 | Zornitza Stark reviewed gene: B4GALNT1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23746551 24103911; Phenotypes: Spastic paraplegia 26, autosomal recessive (MIM #609195); Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13474 | B3GLCT | Zornitza Stark Marked gene: B3GLCT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13471 | APOA5 | Zornitza Stark Marked gene: APOA5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13471 | AP1S2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: AP1S2 were changed from Mental retardation, X-linked syndromic 5, MIM#304340 to Pettigrew syndrome, MIM# 304340 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13469 | APCDD1 | Zornitza Stark Marked gene: APCDD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13466 | ANO10 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ANO10 were changed from Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 10 MIM#613728 to Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 10, MIM#613728 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13464 | ANO10 | Zornitza Stark reviewed gene: ANO10: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 21092923, 25182700; Phenotypes: Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 10, MIM#613728; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13464 | PHOX2B | Zornitza Stark Marked gene: PHOX2B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13461 | PEX26 | Zornitza Stark Marked gene: PEX26 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13458 | PEX2 | Zornitza Stark Marked gene: PEX2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13455 | PEX19 | Zornitza Stark Marked gene: PEX19 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13454 | PEX16 | Zornitza Stark Marked gene: PEX16 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13451 | PEX14 | Zornitza Stark Marked gene: PEX14 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13448 | PEX13 | Zornitza Stark Marked gene: PEX13 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13446 | PEX12 | Zornitza Stark Marked gene: PEX12 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13443 | ENTPD1 | Zornitza Stark commented on gene: ENTPD1: PMID 35471564: 27 individuals from 17 families published, expanding the phenotype to a complex neurodevelopmental disorder characterised by ID, white matter abnormalities and spastic paraplegia. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13443 | RSPH1 | Zornitza Stark Marked gene: RSPH1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13443 | RSPH1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: RSPH1 were changed from to Ciliary dyskinesia, primary, 24 MIM#615481 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13437 | APOA2 | Elena Savva Marked gene: APOA2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13435 | APOA1 | Elena Savva Marked gene: APOA1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13435 | APOA1 | Elena Savva Phenotypes for gene: APOA1 were changed from to Amyloidosis, 3 or more types MIM#105200; Hypoalphalipoproteinemia, primary, 2 MIM#618463; Hypoalphalipoproteinemia, primary, 2, intermediate MIM#619836 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13434 | APOA1 | Elena Savva reviewed gene: APOA1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Amyloidosis, 3 or more types MIM#105200, Hypoalphalipoproteinemia, primary, 2 MIM#618463, Hypoalphalipoproteinemia, primary, 2, intermediate MIM#619836; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13434 | AP1S2 | Elena Savva Marked gene: AP1S2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13434 | AP1S2 | Elena Savva Phenotypes for gene: AP1S2 were changed from to Mental retardation, X-linked syndromic 5, MIM#304340 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13432 | ANO10 | Elena Savva Phenotypes for gene: ANO10 were changed from Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 10 MIM#613728 to Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 10 MIM#613728 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13430 | ANO10 | Elena Savva Phenotypes for gene: ANO10 were changed from to Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 10 MIM#613728 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13430 | ANO10 | Elena Savva Marked gene: ANO10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13429 | DIO1 | Zornitza Stark Marked gene: DIO1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13422 | TUBA8 | Zornitza Stark changed review comment from: Two families reported initially (PMID 19896110). However, note that mouse model does not have a brain phenotype and WES in the original families identified homozygous, previously reported as pathogenic, LoF variant in SNAP29, which is much more likely to be causative (28388629).; to: Bi-allelic variants and cortical dysplasia: Two families reported initially (PMID 19896110). However, note that mouse model does not have a brain phenotype and WES in the original families identified homozygous, previously reported as pathogenic, LoF variant in SNAP29, which is much more likely to be causative (28388629). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13422 | TUBA8 | Zornitza Stark edited their review of gene: TUBA8: Added comment: Mono-allelic variants and macrothrombocytopaenia: 6 unrelated individuals with missense variants found in a large cohort of blood donors, some functional data. Individuals were generally asymptomatic.; Changed rating: AMBER; Changed publications: 34704371; Changed phenotypes: Macrothrombocytopaenia, isolated, 2, autosomal dominant, MIM# 619840; Changed mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13422 | NRCAM | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NRCAM were changed from neurodevelopmental disorder, NRCAM-related, MONDO:0700092 to Neurodevelopmental disorder with neuromuscular and skeletal abnormalities, MIM# 619833 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13421 | NRCAM | Zornitza Stark reviewed gene: NRCAM: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Neurodevelopmental disorder with neuromuscular and skeletal abnormalities, MIM# 619833; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13420 | PEX3 | Zornitza Stark Marked gene: PEX3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13417 | PEX5 | Zornitza Stark Marked gene: PEX5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13414 | PEX7 | Zornitza Stark Marked gene: PEX7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13411 | PFKM | Zornitza Stark Marked gene: PFKM as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13408 | PGAM2 | Zornitza Stark Marked gene: PGAM2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13405 | PHF11 | Zornitza Stark Marked gene: PHF11 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13404 | PHIP | Zornitza Stark Marked gene: PHIP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13401 | PHIP |
Zornitza Stark changed review comment from: Chung-Jansen syndrome (CHUJANS) is characterized by global developmental delay apparent from infancy, impaired intellectual development or learning difficulties, behavioral abnormalities, dysmorphic features, and obesity. More than 20 individuals reported.; to: Chung-Jansen syndrome (CHUJANS) is characterized by global developmental delay apparent from infancy, impaired intellectual development or learning difficulties, behavioural abnormalities, dysmorphic features, and obesity. More than 20 individuals reported. |
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| Mendeliome v0.13401 | PHKA2 | Zornitza Stark Marked gene: PHKA2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13398 | PIK3CA | Zornitza Stark Marked gene: PIK3CA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13398 | PIK3CA | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PIK3CA were changed from to Megalencephaly-capillary malformation (MCAP) syndrome , MIM#602501; CLAPO syndrome, somatic, MIM# 613089; CLOVE syndrome, somatic, MIM# 612918 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13396 | PIK3CA | Zornitza Stark reviewed gene: PIK3CA: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Megalencephaly-capillary malformation (MCAP) syndrome , MIM#602501, CLAPO syndrome, somatic, MIM# 613089, CLOVE syndrome, somatic, MIM# 612918; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13396 | PISD | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PISD were changed from to Liberfarb syndrome, MIM# 618889; Intellectual disability; cataracts; retinal degeneration; microcephaly; deafness; short stature; white matter abnormalities | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13393 | PISD | Zornitza Stark edited their review of gene: PISD: Changed phenotypes: Liberfarb syndrome, MIM# 618889, Intellectual disability, cataracts, retinal degeneration, microcephaly, deafness, short stature, white matter abnormalities | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13393 | PHYH | Zornitza Stark Marked gene: PHYH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13390 | PHYH |
Zornitza Stark edited their review of gene: PHYH: Added comment: Refsum disease is an autosomal recessive inborn error of lipid metabolism classically characterized by a tetrad of clinical abnormalities: retinitis pigmentosa, peripheral neuropathy, cerebellar ataxia, and elevated protein levels in the cerebrospinal fluid (CSF) without an increase in the number of cells. Well established gene-disease association.; Changed publications: 9326939, 9326940 |
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| Mendeliome v0.13390 | PIEZO2 | Zornitza Stark Marked gene: PIEZO2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13390 | PIEZO2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PIEZO2 were changed from to Marden-Walker syndrome (MIM#248700); Arthrogryposis, distal, type 3 (MIM#114300); Arthrogryposis, distal, type 5 (MIM#108145); Arthrogryposis, distal, with impaired proprioception and touch, MIM# 617146 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13387 | PIEZO2 |
Zornitza Stark changed review comment from: Bi-allelic variants: more than 5 unrelated families reported. Mono-allelic variants: DA5, more than 20 families reported. DA3, more than 10 families reported, R2686H is recurrent.; to: Bi-allelic variants: more than 5 unrelated families reported. Mono-allelic variants: DA5, more than 20 families reported. DA3, more than 10 families reported, R2686H is recurrent. Marden-Walker: 2 families reported. |
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| Mendeliome v0.13387 | PIEZO2 | Zornitza Stark edited their review of gene: PIEZO2: Changed phenotypes: Marden-Walker syndrome (MIM#248700), Arthrogryposis, distal, type 3 (MIM#114300), Arthrogryposis, distal, type 5 (MIM#108145), Arthrogryposis, distal, with impaired proprioception and touch, MIM# 617146 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13387 | PIEZO2 |
Zornitza Stark changed review comment from: Bi-allelic variants: more than 5 unrelated families reported. Mono-allelic variants: DA5, more than 20 families reported.; to: Bi-allelic variants: more than 5 unrelated families reported. Mono-allelic variants: DA5, more than 20 families reported. DA3, more than 10 families reported, R2686H is recurrent. |
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| Mendeliome v0.13387 | PIEZO2 |
Zornitza Stark changed review comment from: Bi-allelic variants: more than 5 unrelated families reported. Mono-allelic variants: DA3, more than 20 families reported.; to: Bi-allelic variants: more than 5 unrelated families reported. Mono-allelic variants: DA5, more than 20 families reported. |
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| Mendeliome v0.13387 | PIEZO2 |
Zornitza Stark changed review comment from: Bi-allelic variants: more than 5 unrelated families reported.; to: Bi-allelic variants: more than 5 unrelated families reported. Mono-allelic variants: DA3, more than 20 families reported. |
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| Mendeliome v0.13387 | RSPH1 | Belinda Chong reviewed gene: RSPH1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23993197; Phenotypes: Ciliary dyskinesia, primary, 24 MIM#615481; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13387 | PIEZO2 | Zornitza Stark reviewed gene: PIEZO2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27653382, 27607563, 27843126, 27974811; Phenotypes: Marden-Walker syndrome (MIM#248700), Arthrogryposis, distal, type 3 (MIM#114300), Arthrogryposis, distal, type 5 (MIM#108145); Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13387 | BSCL2 | Zornitza Stark Marked gene: BSCL2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13387 | BSCL2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: BSCL2 were changed from to Neuropathy, distal hereditary motor, type VC, MIM# 619112; Encephalopathy, progressive, with or without lipodystrophy, MIM#615924; Lipodystrophy, congenital generalized, type 2, MIM# 269700; Silver spastic paraplegia syndrome, MIM# 270685; Developmental and epileptic encephalopathy, BSCL2-related, dominant, MONDO:0100062 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13384 | BSCL2 |
Zornitza Stark edited their review of gene: BSCL2: Added comment: Multiple families reported with bi-allelic variants and isolated or syndromic lipodystrophy. Mono-allelic variants and DEE: Two families reported with de novo variants in PMIDs 31369919 and 35290466. We are aware of further three individuals identified as a result of clinical testing, so a total of 4 with a change at position p.Pro149; Changed publications: 14981520, 15732094, 11479539, 15181077, 15126564, 23564749, 31369919, 35290466 |
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| Mendeliome v0.13384 | BSCL2 | Zornitza Stark edited their review of gene: BSCL2: Changed phenotypes: Neuropathy, distal hereditary motor, type VC, MIM# 619112, Encephalopathy, progressive, with or without lipodystrophy, MIM#615924, Lipodystrophy, congenital generalized, type 2, MIM# 269700, Silver spastic paraplegia syndrome, MIM# 270685, Developmental and epileptic encephalopathy, BSCL2-related, dominant, MONDO:0100062; Changed mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13384 | CNNM2 | Ain Roesley Marked gene: CNNM2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13384 | CNNM2 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CNNM2 were changed from to Hypomagnesemia 6, renal MIM#613882; Hypomagnesemia, seizures, and mental retardation MIM#616418 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13382 | CNNM2 | Ain Roesley reviewed gene: CNNM2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34604137, 35170241; Phenotypes: Hypomagnesemia 6, renal MIM#613882, Hypomagnesemia, seizures, and mental retardation MIM#616418; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13382 | PIGC | Zornitza Stark Marked gene: PIGC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13379 | CNGB1 | Ain Roesley Marked gene: CNGB1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13377 | CNGA1 | Ain Roesley Marked gene: CNGA1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13375 | CLN8 | Ain Roesley Marked gene: CLN8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13375 | CLN8 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CLN8 were changed from to Ceroid lipofuscinosis, neuronal, 8, MIM# 600143; Ceroid lipofuscinosis, neuronal, 8, Northern epilepsy variant, MIM# 610003 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13374 | CLN8 | Ain Roesley reviewed gene: CLN8: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 10508524, 15024724, 16570191; Phenotypes: Ceroid lipofuscinosis, neuronal, 8, MIM# 600143, Ceroid lipofuscinosis, neuronal, 8, Northern epilepsy variant, MIM# 610003; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13374 | CLN6 | Ain Roesley Marked gene: CLN6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13372 | CLEC7A | Ain Roesley Marked gene: CLEC7A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13370 | PIGW | Zornitza Stark Marked gene: PIGW as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13367 | PIK3R2 | Zornitza Stark Marked gene: PIK3R2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13364 | PITX2 | Zornitza Stark Marked gene: PITX2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13361 | PITX3 | Zornitza Stark Marked gene: PITX3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13361 | PITX3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PITX3 were changed from Anterior segment dysgenesis 1, multiple subtypes, MIM# 107250; Cataract 11, multiple types, MIM# 610623; Microphthalmia to Anterior segment dysgenesis 1, multiple subtypes, MIM# 107250; Cataract 11, multiple types, MIM# 610623; Microphthalmia MONDO:0021129 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13360 | PITX3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PITX3 were changed from to Anterior segment dysgenesis 1, multiple subtypes, MIM# 107250; Cataract 11, multiple types, MIM# 610623; Microphthalmia | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13357 | PITX3 | Zornitza Stark reviewed gene: PITX3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 29405783; Phenotypes: Anterior segment dysgenesis 1, multiple subtypes, MIM# 107250, Cataract 11, multiple types, MIM# 610623, Microphthalmia; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13357 | CLDN19 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: CLDN19 were changed from Hypomagnesemia 5, renal, with ocular involvement, MIM#248190 to Hypomagnesaemia 5, renal, with ocular involvement, MIM#248190 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13356 | PEX11B | Zornitza Stark Marked gene: PEX11B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13356 | PEX11B | Zornitza Stark Added comment: Comment when marking as ready: Two published families and one International. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13353 | PER2 | Zornitza Stark Marked gene: PER2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13349 | PDZD7 | Zornitza Stark Marked gene: PDZD7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13346 | PDYN | Zornitza Stark Marked gene: PDYN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13346 | PDYN | Zornitza Stark Added comment: Comment when marking as ready: The presence of some of these variants in the population is concerning. However, functional data also supports gene-disease association. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13346 | PDYN | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PDYN were changed from to Spinocerebellar ataxia 23 - MIM#610245 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13343 | PDGFRA | Zornitza Stark Marked gene: PDGFRA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13340 | RSPH3 | Zornitza Stark Marked gene: RSPH3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13340 | RSPH3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: RSPH3 were changed from to Ciliary dyskinesia, primary, 32 MIM#616481 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13337 | RSPH4A | Zornitza Stark Marked gene: RSPH4A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13337 | RSPH4A | Zornitza Stark Phenotypes for gene: RSPH4A were changed from to Ciliary dyskinesia, primary, 11, OMIM#612649 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13334 | RSPH9 | Zornitza Stark Marked gene: RSPH9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13334 | RSPH9 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: RSPH9 were changed from to Ciliary dyskinesia, primary, 12, MIM#612650 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13331 | BVES | Zornitza Stark Marked gene: BVES as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13331 | BVES | Zornitza Stark Phenotypes for gene: BVES were changed from to Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 25, MIM# 616812 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13327 | BVES |
Zornitza Stark changed review comment from: PMID: 26642364 - 1 family (3 affecteds) with cardiac arrhythmia and limb-girdle muscular dystrophy. Supported by functional studies. The proband showed lower limb girdle weakness at ~40 years old with muscle biopsy proving dystrophic changes. His 2 affected grandchildren had onset in teenage years. PMID: 32528171 - 1 patient with limb girdle weakness. PMID: 31119192 - 3 families (4 affecteds) with limb-girdle muscular weakness and cardiac abnormalities/arrhythmia. All had onset in adulthood, with exercise intolerance or proximal weakness.; to: PMID: 26642364 - 1 family (3 affecteds) with cardiac arrhythmia and limb-girdle muscular dystrophy. Supported by functional studies: zebrafish model. The proband showed lower limb girdle weakness at ~40 years old with muscle biopsy proving dystrophic changes. His 2 affected grandchildren had onset in teenage years. PMID: 32528171 - 1 patient with limb girdle weakness. PMID: 31119192 - 3 families (4 affecteds) with limb-girdle muscular weakness and cardiac abnormalities/arrhythmia. All had onset in adulthood, with exercise intolerance or proximal weakness. |
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| Mendeliome v0.13327 | BVES | Zornitza Stark reviewed gene: BVES: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26642364, 32528171, 31119192; Phenotypes: Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 25, MIM# 616812; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13327 | FLII | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FLII were changed from Dilated cardiomyopathy to Dilated cardiomyopathy MONDO:0005021 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13326 | CLDN19 | Ain Roesley Marked gene: CLDN19 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13326 | CLDN19 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CLDN19 were changed from to Hypomagnesemia 5, renal, with ocular involvement, MIM#248190 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13324 | CLDN19 | Ain Roesley reviewed gene: CLDN19: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 17033971, 22422540, 27530400]; Phenotypes: Hypomagnesemia 5, renal, with ocular involvement, MIM#248190; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13324 | CLDN16 | Ain Roesley Marked gene: CLDN16 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13323 | CLDN1 | Ain Roesley Marked gene: CLDN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13322 | CLCNKB | Ain Roesley Marked gene: CLCNKB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13322 | CLCNKB | Ain Roesley Phenotypes for gene: CLCNKB were changed from to Bartter syndrome, type 3, MIM# 607364; Bartter syndrome, type 4b, digenic, MIM# 613090 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13320 | CLCNKB | Ain Roesley reviewed gene: CLCNKB: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 9326936, 15044642, 18310267; Phenotypes: Bartter syndrome, type 3, MIM# 607364, Bartter syndrome, type 4b, digenic, MIM# 613090; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13320 | CLCF1 | Ain Roesley Marked gene: CLCF1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13318 | CIT | Ain Roesley Marked gene: CIT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13317 | CIT | Ain Roesley Phenotypes for gene: CIT were changed from Microcephaly 17, primary, autosomal recessive (MIM#617090) to Microcephaly 17, primary, autosomal recessive (MIM#617090) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13317 | CIT | Ain Roesley Phenotypes for gene: CIT were changed from to Microcephaly 17, primary, autosomal recessive (MIM#617090) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13315 | CIT | Ain Roesley reviewed gene: CIT: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27453578, 27503289, 27453579; Phenotypes: Microcephaly 17, primary, autosomal recessive (MIM#617090); Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13315 | CISH | Ain Roesley Marked gene: CISH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13314 | CISD2 | Ain Roesley Marked gene: CISD2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13313 | CILP | Ain Roesley Marked gene: CILP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13312 | PDYN | Krithika Murali reviewed gene: PDYN: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20301317, 23471613, 23108490, 22243190, 22287014; Phenotypes: Spinocerebellar ataxia 23 - MIM#610245; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13312 | CIC | Ain Roesley Marked gene: CIC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13310 | CHST14 | Ain Roesley Marked gene: CHST14 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13308 | CHRNA2 | Ain Roesley Marked gene: CHRNA2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13306 | CHRM2 | Ain Roesley Marked gene: CHRM2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13306 | CHRM2 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CHRM2 were changed from to Familial Dilated Cardiomyopathy MONDO#0016333, CHRM2-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13304 | CHRM2 | Ain Roesley reviewed gene: CHRM2: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23743182, 18451336; Phenotypes: Familial Dilated Cardiomyopathy MONDO#0016333, CHRM2-related; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13304 | CHN1 | Ain Roesley Marked gene: CHN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13302 | CHN1 | Ain Roesley Mode of pathogenicity for gene: CHN1 was changed from to Loss-of-function variants (as defined in pop up message) DO NOT cause this phenotype - please provide details in the comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13301 | CHN1 | Ain Roesley reviewed gene: CHN1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: Loss-of-function variants (as defined in pop up message) DO NOT cause this phenotype - please provide details in the comments; Publications: 20301369; Phenotypes: Duane retraction syndrome 2,MIM#604356; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13301 | CHMP4B | Ain Roesley Marked gene: CHMP4B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13301 | CHMP4B | Ain Roesley Phenotypes for gene: CHMP4B were changed from to Cataract 31, multiple types MIM#605387 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13299 | CHMP4B | Ain Roesley reviewed gene: CHMP4B: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34722561, 17701905, 10682967, 30078984; Phenotypes: Cataract 31, multiple types MIM#605387; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13299 | CHM | Ain Roesley Marked gene: CHM as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13297 | CHIT1 | Ain Roesley Marked gene: CHIT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13297 | PDGFRA |
Krithika Murali changed review comment from: ?Suitability for Incidentalome versus Mendeliome based on adult age of diagnosis in reported cases. --- Six unrelated families reported with heterozygous germline variants associated with familial GIST and/or inflammatory fibroid polyps - IFP (benign lesions caused by excessive tissue proliferation and inflammatory cell infiltration into the lumen of the GI tract). Note that reported individuals diagnosed as adults. One individual reported with diagnosis of gastric mass/polyps age 22 (in 1977) raising the possibility of pre-symptomatic disease onset in adolescence. Green PanelApp England in the following panels: tumour predisposition - childhood onset; inherited predisposition to GIST; sarcoma cancer susceptibility. --- PMID 34107389 Hodan et al 2021 - report a 35 yo F with jejunal IFP and a heterozygous germline missense PDGFRA variant (c.1664A>G p.Y555C) . The variant segregated with 3 relatives with confirmed IFPs. Two obligate carriers were reported to have had a similar phenotype while at least one obligate male carrier had no reported history of IFPs. This variant was also reported in an unrelated family with multiple IFPs in 2006. PMID 29486293 Manley et al 2018 - proband is a 50 yo M with multiple ileal intusussceptions and IFPs and GIST. Heterozygous D846V germline variant identified. Variant identified in daughter and 2 siblings. Coarser face, coarser skin, broader hands and feet, unexplained premature loss of teeth requiring dentures in their 40s described in relatives with the variant, no polyps or tumour identified in screened family members. Pdgfra +/K mutant mice recapitulated the human phenotype. Mice with the constitutively activated mutant PDGFRA shown to have diffuse expansion of the gastrointestinal submucosa, which exhibits an increased number of spindled fibroblast-like cells and marked collagen deposition. Mutant mice also develop intestinal polyps morphologically similar to IFPs. The Pdgfra +/K mice also exhibit thickened skin due to excess collagen deposition within the dermis and subcutaneous tissues. PMID 25975287 Ricci et al 2015 - report a family with het germline P653L PDGFRA missense variant. The proband was a 67 yo M with multiple intra-abdominal GIST and gastric/colonic inflammatory fibroid polyps. Multiple adult relatives (youngest age 31) were diagnosed with IFPs/fibrous tumours with the variant segregating with disease. PMID: 18670346 Carney et al 2008 and PMID: 17566086 Pasini et al 2007 - heterozygous germline PDGFRA mutation (V561D) in an individual with GIST and multiple polyps, diagnosed initially aged 22 with multiple GIST/polyps. No other relatives available for genotyping and no other significant family history reported. PMID: 17087943 de Raedt et al 2006 - heterozygous PDGFRA(Y555C) variant reported in a family with multiple relatives affected by IFP, including one death from secondary bowel obstruction age 35. PMID: 14699510 Chompret et al 2004 - Heterozygous c.2675G>T D846Y germline variant detected in a French family with 5 relatives developing adult-onset GIST, variant segregated with disease. -- Gain of function somatic variants associated with sporadic GIST. Somatic chromosomal rearrangements resulting in PDGFRA and FIP1L1 gene fusion associated with idiopathic hypereosinophilic syndrome.; to: Six unrelated families reported with heterozygous germline variants associated with familial GIST and/or inflammatory fibroid polyps - IFP (benign lesions caused by excessive tissue proliferation and inflammatory cell infiltration into the lumen of the GI tract). Note that reported individuals diagnosed as adults. One individual reported with diagnosis of gastric mass/polyps age 22 (in 1977) raising the possibility of pre-symptomatic disease onset in adolescence. Green PanelApp England in the following panels: tumour predisposition - childhood onset; inherited predisposition to GIST; sarcoma cancer susceptibility. --- PMID 34107389 Hodan et al 2021 - report a 35 yo F with jejunal IFP and a heterozygous germline missense PDGFRA variant (c.1664A>G p.Y555C) . The variant segregated with 3 relatives with confirmed IFPs. Two obligate carriers were reported to have had a similar phenotype while at least one obligate male carrier had no reported history of IFPs. This variant was also reported in an unrelated family with multiple IFPs in 2006. PMID 29486293 Manley et al 2018 - proband is a 50 yo M with multiple ileal intusussceptions and IFPs and GIST. Heterozygous D846V germline variant identified. Variant identified in daughter and 2 siblings. Coarser face, coarser skin, broader hands and feet, unexplained premature loss of teeth requiring dentures in their 40s described in relatives with the variant, no polyps or tumour identified in screened family members. Pdgfra +/K mutant mice recapitulated the human phenotype. Mice with the constitutively activated mutant PDGFRA shown to have diffuse expansion of the gastrointestinal submucosa, which exhibits an increased number of spindled fibroblast-like cells and marked collagen deposition. Mutant mice also develop intestinal polyps morphologically similar to IFPs. The Pdgfra +/K mice also exhibit thickened skin due to excess collagen deposition within the dermis and subcutaneous tissues. PMID 25975287 Ricci et al 2015 - report a family with het germline P653L PDGFRA missense variant. The proband was a 67 yo M with multiple intra-abdominal GIST and gastric/colonic inflammatory fibroid polyps. Multiple adult relatives (youngest age 31) were diagnosed with IFPs/fibrous tumours with the variant segregating with disease. PMID: 18670346 Carney et al 2008 and PMID: 17566086 Pasini et al 2007 - heterozygous germline PDGFRA mutation (V561D) in an individual with GIST and multiple polyps, diagnosed initially aged 22 with multiple GIST/polyps. No other relatives available for genotyping and no other significant family history reported. PMID: 17087943 de Raedt et al 2006 - heterozygous PDGFRA(Y555C) variant reported in a family with multiple relatives affected by IFP, including one death from secondary bowel obstruction age 35. PMID: 14699510 Chompret et al 2004 - Heterozygous c.2675G>T D846Y germline variant detected in a French family with 5 relatives developing adult-onset GIST, variant segregated with disease. -- Gain of function somatic variants associated with sporadic GIST. Somatic chromosomal rearrangements resulting in PDGFRA and FIP1L1 gene fusion associated with idiopathic hypereosinophilic syndrome. |
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| Mendeliome v0.13296 | CHD1 | Ain Roesley Marked gene: CHD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13296 | CHD1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CHD1 were changed from to Pilarowski-Bjornsson syndrome, MIM#617682 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13294 | CHD1 | Ain Roesley reviewed gene: CHD1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28866611; Phenotypes: Pilarowski-Bjornsson syndrome, MIM#617682; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13294 | CFP | Ain Roesley Marked gene: CFP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13292 | CFI | Ain Roesley Marked gene: CFI as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13292 | CFI | Ain Roesley Marked gene: CFI as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13289 | RSPH3 | Belinda Chong reviewed gene: RSPH3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26073779; Phenotypes: Ciliary dyskinesia, primary, 32 MIM#616481; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13289 | HSPG2 |
Zornitza Stark changed review comment from: Allelic disorders with some phenotypic overlap. Schwartz-Jampel syndrome (SJS) is a rare autosomal recessive condition defined by the association of myotonia with chondrodysplasia; blepharophimosis is a key feature. More than 20 families reported. Silverman-Handmaker dyssegmental dysplasia (DDSH) is a lethal autosomal recessive skeletal dysplasia with anisospondyly and micromelia. Individuals with DDSH also have a flat face, micrognathia, cleft palate and reduced joint mobility, and frequently have an encephalocele. The endochondral growth plate is short, the calcospherites (spherical calcium-phosphorus crystals produced by hypertrophic chondrocytes) are unfused, and there is mucoid degeneration of the resting cartilage. Two families reported.; to: Allelic disorders with some phenotypic overlap. Schwartz-Jampel syndrome (SJS) is a rare autosomal recessive condition defined by the association of myotonia with chondrodysplasia; blepharophimosis is a key feature. More than 20 families reported. Silverman-Handmaker dyssegmental dysplasia (DDSH) is a lethal autosomal recessive skeletal dysplasia with anisospondyly and micromelia. Individuals with DDSH also have a flat face, micrognathia, cleft palate and reduced joint mobility, and frequently have an encephalocele. The endochondral growth plate is short, the calcospherites (spherical calcium-phosphorus crystals produced by hypertrophic chondrocytes) are unfused, and there is mucoid degeneration of the resting cartilage. Two families reported. Appears associated with null variants. |
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| Mendeliome v0.13289 | PKD1 | Zornitza Stark Marked gene: PKD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13287 | PKD2 | Zornitza Stark Marked gene: PKD2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13285 | PKLR | Zornitza Stark Marked gene: PKLR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13282 | PKP1 | Zornitza Stark Marked gene: PKP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13279 | PLA2G5 | Zornitza Stark Marked gene: PLA2G5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13276 | PLCE1 | Zornitza Stark Marked gene: PLCE1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13273 | PLCG2 | Zornitza Stark Marked gene: PLCG2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13273 | PLCG2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PLCG2 were changed from to Common variable immunodeficiency; Autoinflammation, antibody deficiency, and immune dysregulation syndrome MIM#614878 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13266 | PLEKHM1 | Zornitza Stark changed review comment from: Three individuals reported with mono allelic variants, and one with bi-allelic. Animal model.; to: Three individuals reported with mono allelic variants, and two with bi-allelic. Animal models. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13266 | PLEKHM1 | Zornitza Stark Marked gene: PLEKHM1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13263 | RSPH4A |
Belinda Chong changed review comment from: Radial spokes are regularly spaced along cilia, sperm, and flagella axonemes and have a multisubunit 'stalk' and 'head' that form a signal transduction scaffold between the central microtubule pair and dynein arms. RSPH4A is predicted to be a component of the radial spoke head based on homology with proteins in the biflagellate alga Chlamydomonas reinhardtii and other ciliates (Castleman et al., 2009; PMID19200523) 9 families with primary ciliary dyskinesia without situs inversus (Kott et al. 2013 (PMID:23993197), Castleman et al., 2009 (PMID19200523) and Daniels et al. 2013; (PMID:23798057)): - In affected members of 4 Pakistani families with CILD11, Castleman et al. (2009) identified a homozygous mutation in the RSPH4A gene. - In affected members of a family of northern European descent with CILD11, Castleman et al. (2009) identified compound heterozygosity for 2 mutations in the RSPH4A gene - Kott et al. (2013) identified pathogenic mutations in the RSPH4A gene in 7 (14%) of 48 families with a specific CILD. Common founder mutation: - Daniels et al. (2013) identified a common founder mutation in the RSPH4A gene in 9 patients with CILD11, all of whom had Puerto Rican ancestry. Multiple individuals in ClinVar with primary ciliary dyskinesia; to: Radial spokes are regularly spaced along cilia, sperm, and flagella axonemes and have a multisubunit 'stalk' and 'head' that form a signal transduction scaffold between the central microtubule pair and dynein arms. RSPH4A is predicted to be a component of the radial spoke head based on homology with proteins in the biflagellate alga Chlamydomonas reinhardtii and other ciliates (Castleman et al., 2009; PMID19200523) 9 families with primary ciliary dyskinesia without situs inversus (Kott et al. 2013 (PMID:23993197), Castleman et al., 2009 (PMID19200523) and Daniels et al. 2013; (PMID:23798057)): - In affected members of 4 Pakistani families with CILD11, Castleman et al. (2009) identified a homozygous mutation in the RSPH4A gene. - In affected members of a family of northern European descent with CILD11, Castleman et al. (2009) identified compound heterozygosity for 2 mutations in the RSPH4A gene - Kott et al. (2013) identified pathogenic mutations in the RSPH4A gene in 7 (14%) of 48 families with a specific CILD. Common founder mutation: - Daniels et al. (2013) identified a common founder mutation in the RSPH4A gene in 9 patients with CILD11, all of whom had Puerto Rican ancestry. Multiple individuals in ClinVar with primary ciliary dyskinesia PMID: 25789548; Frommer 2015: 8 PCD families reported, only 4 different variants identified. Functional studies performed. PMID: 22448264; Ziętkiewicz 2012: 4 additional families/variants reported. |
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| Mendeliome v0.13263 | RSPH4A | Belinda Chong reviewed gene: RSPH4A: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23798057, 23798057, 23798057; Phenotypes: Ciliary dyskinesia, primary, 11 OMIM#612649; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13263 | RSPH9 | Belinda Chong reviewed gene: RSPH9: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25789548, 22384920, 23993197, 19200523, 27626380; Phenotypes: Ciliary dyskinesia, primary, 12 MIM#612650; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13263 | PLN | Zornitza Stark Marked gene: PLN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13263 | PLN | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PLN were changed from to Cardiomyopathy, dilated, 1P, MIM# 609909; Cardiomyopathy, hypertrophic, 18 (MIM #613874) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13260 | PLN | Zornitza Stark reviewed gene: PLN: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 33947203; Phenotypes: Cardiomyopathy, dilated, 1P, MIM# 609909, Cardiomyopathy, hypertrophic, 18 (MIM #613874); Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13260 | PLOD1 | Zornitza Stark Marked gene: PLOD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13257 | PLOD2 | Zornitza Stark Marked gene: PLOD2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13254 | PMFBP1 | Zornitza Stark Marked gene: PMFBP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13251 | PMPCA | Zornitza Stark Marked gene: PMPCA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13251 | PMPCA | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PMPCA were changed from to Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 2, MIM# 213200 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13248 | PMPCA | Zornitza Stark reviewed gene: PMPCA: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25808372, 26657514, 33272776, 30617178; Phenotypes: Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 2, MIM# 213200; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13248 | PMPCB | Zornitza Stark Marked gene: PMPCB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13245 | PNPO | Zornitza Stark Marked gene: PNPO as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13242 | PODXL | Zornitza Stark Marked gene: PODXL as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13239 | POFUT1 | Zornitza Stark Marked gene: POFUT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13236 | POLG | Zornitza Stark Marked gene: POLG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13233 | POMGNT1 | Zornitza Stark Marked gene: POMGNT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13233 | POMGNT1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: POMGNT1 were changed from to Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies, type A, 8 MIM#614830; Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle) type C, 8 MIM#618135; Retinitis pigmentosa 76 617123 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13230 | POMGNT1 | Zornitza Stark reviewed gene: POMGNT1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27391550, 26908613, 30961548, 30937090; Phenotypes: Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies, type A, 8 MIM#614830, Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle) type C, 8 MIM#618135, Retinitis pigmentosa 76 617123; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13230 | POMGNT2 | Zornitza Stark Marked gene: POMGNT2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13230 | POMGNT2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: POMGNT2 were changed from to Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies, type A, 8, MIM# 614830; Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle) type C, 8, MIM# 618135 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13227 | POMGNT2 | Zornitza Stark reviewed gene: POMGNT2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34301702, 27066570, 26060116, 22958903; Phenotypes: Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies, type A, 8, MIM# 614830, Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle) type C, 8, MIM# 618135; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13227 | POMK | Zornitza Stark Marked gene: POMK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13227 | POMK | Zornitza Stark Phenotypes for gene: POMK were changed from to Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies), type A, 12, MIM# 615249; Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle), type C, 12, MIM# 616094 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13224 | POMK | Zornitza Stark reviewed gene: POMK: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 32907597, 31833209, 29910097, 28109637, 24925318, 24556084; Phenotypes: Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies), type A, 12, MIM# 615249, Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle), type C, 12, MIM# 616094; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13224 | RAX2 | Zornitza Stark Marked gene: RAX2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13221 | RASA1 | Zornitza Stark Marked gene: RASA1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13220 | PDX1 | Zornitza Stark Marked gene: PDX1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13220 | PDX1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PDX1 were changed from to Pancreatic agenesis 1 - MIM#260370 (AR); MODY, type IV - MIM#606392(AD) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13215 | PDP1 | Zornitza Stark Marked gene: PDP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13212 | PDHB | Zornitza Stark Marked gene: PDHB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13210 | RSPO1 | Zornitza Stark Marked gene: RSPO1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13210 | RSPO1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: RSPO1 were changed from to Palmoplantar hyperkeratosis with squamous cell carcinoma of skin and sex reversal MIM#610644; Palmoplantar hyperkeratosis and true hermaphroditism MIM#610644 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13203 | PDHA1 | Zornitza Stark Marked gene: PDHA1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13200 | PDE6H | Zornitza Stark Marked gene: PDE6H as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13197 | PDE6G | Zornitza Stark Marked gene: PDE6G as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13193 | PDE6C | Zornitza Stark Marked gene: PDE6C as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13190 | PDE6B | Zornitza Stark Marked gene: PDE6B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13190 | PDE6B | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PDE6B were changed from to Night blindness, congenital stationary, autosomal dominant 2 - MIM#163500; Retinitis pigmentosa-40 - MIM#613801 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13187 | PDE6A | Zornitza Stark Marked gene: PDE6A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13184 | PDE4D | Zornitza Stark Marked gene: PDE4D as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13181 | PDE3A | Zornitza Stark Marked gene: PDE3A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13179 | PDE11A | Zornitza Stark Marked gene: PDE11A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13179 | PDE11A | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PDE11A were changed from to Pigmented nodular adrenocortical disease, primary, 2 - MIM#610475 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13175 | SHH | Zornitza Stark Marked gene: SHH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13175 | SHH | Zornitza Stark Added comment: Comment when marking as ready: DISPUTED association with schizencephaly | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13175 | SHH | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SHH were changed from to Holoprosencephaly 3, MIM#142945; Microphthalmia with coloboma 5, MIM#611638; Single median maxillary central incisor, MIM#147250 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13172 | FAM111B | Zornitza Stark reviewed gene: FAM111B: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: hereditary sclerosing poikiloderma with tendon and pulmonary involvement MONDO:0014310; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13172 | SH3BP2 | Zornitza Stark commented on gene: SH3BP2: Cherubism is characterized by a loss of bone, restricted to the jaws, and by the replacement of this bone with fibrous tissues, leading to facial swelling. Involvement of the infraorbital rim and the orbital floor leads to the upward tilting of the eyeballs and consequent exposure of the inferior part of the sclerae, giving a 'cherubic' appearance. Submandibular lymph node enlargement is often reported. Functional impairment includes mastication and speech problems, tooth alterations, and loss of normal vision. Onset of the disease is usually between 14 months and 4 years of age. The disease progresses through puberty, then stabilizes, and in some cases regresses without treatment. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13172 | SH3BP2 | Zornitza Stark Marked gene: SH3BP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13170 | SH3BP2 | Zornitza Stark Mode of pathogenicity for gene: SH3BP2 was changed from to Loss-of-function variants (as defined in pop up message) DO NOT cause this phenotype - please provide details in the comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13168 | SH3BP2 | Zornitza Stark reviewed gene: SH3BP2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: Loss-of-function variants (as defined in pop up message) DO NOT cause this phenotype - please provide details in the comments; Publications: ; Phenotypes: Cherubism, MIM#118400; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13167 | TLR8 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TLR8 were changed from Immunodeficiency; bone marrow failure; Autoinflammatory syndrome MONDO:0019751 to Immunodeficiency 98 with autoinflammation, X-linked, MIM# 301078 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13159 | CDKN1B | Zornitza Stark Marked gene: CDKN1B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13158 | DNAJB11 | Elena Savva reviewed gene: DNAJB11: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 34177435, 29706351, 29777155, 33129895; Phenotypes: Polycystic kidney disease 6 with or without polycystic liver disease, MIM#618061, Ivermark II syndrome, Prenatal Polycystic Kidney Disease; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13157 | SLC12A3 | Zornitza Stark Marked gene: SLC12A3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13153 | PIDD1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PIDD1 were changed from Global developmental delay; Intellectual disability; Seizures; Autism; Behavioral abnormality; Psychosis; Pachygyria; Lissencephaly; Abnormality of the corpus callosum to Intellectual developmental disorder, autosomal recessive 75, with neuropsychiatric features and variant lissencephaly, MIM# 619827 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13152 | PIDD1 | Zornitza Stark edited their review of gene: PIDD1: Changed phenotypes: Intellectual developmental disorder, autosomal recessive 75, with neuropsychiatric features and variant lissencephaly, MIM# 619827 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13152 | SLC12A1 | Zornitza Stark Marked gene: SLC12A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13152 | SLC12A1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC12A1 were changed from to Bartter syndrome, type 1, MIM# 601678 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13149 | SLC12A1 | Zornitza Stark reviewed gene: SLC12A1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 8640224, 9355073, 28095294; Phenotypes: Bartter syndrome, type 1, MIM# 601678; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13149 | FGF23 | Bryony Thompson Marked gene: FGF23 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13147 | PDX1 | Krithika Murali reviewed gene: PDX1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 9326926, 10545531, 10720084, 12970316, 20009086, 19496967; Phenotypes: Pancreatic agenesis 1 - MIM#260370 (AR), MODY, type IV - MIM#606392(AD); Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13144 | FGF14 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FGF14 were changed from Spinocerebellar ataspinocerebellar ataxia type 27 MONDO:0012247; hereditary episodic ataxia MONDO:0016227xia 27 MIM#609307 to Spinocerebellar ataspinocerebellar ataxia type 27 MONDO:0012247; hereditary episodic ataxia MONDO:0016227 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13142 | FGF14 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FGF14 were changed from Spinocerebellar ataxia 27 MIM#609307 to Spinocerebellar ataspinocerebellar ataxia type 27 MONDO:0012247; hereditary episodic ataxia MONDO:0016227xia 27 MIM#609307 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13141 | FGF14 | Bryony Thompson edited their review of gene: FGF14: Added comment: 4 families with spinocerebellar ataxia and 7 families with episodic ataxia. Supporting animal models for both SCA and EA.; Changed publications: 12123606, 12489043, 15470364, 29253853, 30017992, 32112487, 32162847; Changed phenotypes: spinocerebellar ataxia type 27 MONDO:0012247, hereditary episodic ataxia MONDO:0016227; Set current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13141 | FGF10 | Bryony Thompson Marked gene: FGF10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13141 | FGF10 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FGF10 were changed from to congenital alveolar dysplasia due to FGF10 MONDO:0100090; acinar dysplasia caused by mutation in FGF10 MONDO:0600017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13138 | FGF10 | Bryony Thompson reviewed gene: FGF10: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 9916808, 15654336, 16501574, 16630169, 17213838, 33967277, 30639323; Phenotypes: congenital alveolar dysplasia due to FGF10 MONDO:0100090, acinar dysplasia caused by mutation in FGF10 MONDO:0600017; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13138 | FFAR4 | Bryony Thompson Marked gene: FFAR4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13138 | FFAR4 | Bryony Thompson Gene: ffar4 has been classified as Red List (Low Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13138 | FFAR4 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FFAR4 were changed from to {Obesity, susceptibility to} MIM#607514 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13137 | FFAR4 | Bryony Thompson Publications for gene: FFAR4 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13136 | FFAR4 | Bryony Thompson Classified gene: FFAR4 as Red List (low evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13136 | FFAR4 | Bryony Thompson Gene: ffar4 has been classified as Red List (Low Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13135 | FFAR4 | Bryony Thompson reviewed gene: FFAR4: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 22343897, 34043793; Phenotypes: {Obesity, susceptibility to} MIM#607514; Mode of inheritance: Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13135 | FDX2 | Bryony Thompson Marked gene: FDX2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13132 | FDFT1 | Bryony Thompson Marked gene: FDFT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13129 | FBXO7 | Bryony Thompson Marked gene: FBXO7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13129 | FBXO7 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FBXO7 were changed from to parkinsonian-pyramidal syndrome MONDO:0009830 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13125 | FBXO7 | Bryony Thompson reviewed gene: FBXO7: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 18513678, 19038853, 34781237; Phenotypes: parkinsonian-pyramidal syndrome MONDO:0009830; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13125 | RSPO1 | Belinda Chong reviewed gene: RSPO1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 17041600, 18085567, 18250098, 18250097; Phenotypes: Palmoplantar hyperkeratosis with squamous cell carcinoma of skin and sex reversal MIM#610644, Palmoplantar hyperkeratosis and true hermaphroditism MIM#610644; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13125 | FBP1 | Bryony Thompson Marked gene: FBP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13121 | FBP1 | Bryony Thompson changed review comment from: Well-established gene-disease association. Fructose-1,6-bisphosphatase (FBP1) deficiency is metabolic disorder characterised by episodic acute crises of lactic acidosis and ketotic hypoglycaemia, manifesting as hyperventilation, apneic spells, seizures, and/or coma. Both SNVs and CNVs have been reported.; to: Well-established gene-disease association. Fructose-1,6-bisphosphatase (FBP1) deficiency is a metabolic disorder characterised by episodic acute crises of lactic acidosis and ketotic hypoglycaemia, manifesting as hyperventilation, apneic spells, seizures, and/or coma. Both SNVs and CNVs have been reported. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13121 | CLPB | Zornitza Stark Phenotypes for gene: CLPB were changed from 3-methylglutaconic aciduria, type VII, with cataracts, neurologic involvement and neutropaenia, MIM# 616271; Neutropenia, severe congenital, 9, autosomal dominant, MIM# 619813 to 3-methylglutaconic aciduria, type VII, with cataracts, neurologic involvement and neutropaenia, MIM# 616271; 3-methylglutaconic aciduria, type VIIA, autosomal dominant, MIM# 619835; Neutropenia, severe congenital, 9, autosomal dominant, MIM# 619813 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13120 | CLPB | Zornitza Stark edited their review of gene: CLPB: Changed phenotypes: 3-methylglutaconic aciduria, type VII, with cataracts, neurologic involvement and neutropaenia, MIM# 616271, 3-methylglutaconic aciduria, type VIIA, autosomal dominant, MIM# 619835, Neutropenia, severe congenital, 9, autosomal dominant, MIM# 619813 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13120 | GLRA2 | Zornitza Stark Marked gene: GLRA2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13119 | GLRA2 |
Zornitza Stark gene: GLRA2 was added gene: GLRA2 was added to Mendeliome. Sources: Expert list Mode of inheritance for gene: GLRA2 was set to X-LINKED: hemizygous mutation in males, monoallelic mutations in females may cause disease (may be less severe, later onset than males) Publications for gene: GLRA2 were set to 26370147; 20479760; 35294868 Phenotypes for gene: GLRA2 were set to Intellectual developmental disorder, X-linked, syndromic, Pilorge type, MIM# 301076 Review for gene: GLRA2 was set to GREEN Added comment: More than 10 unrelated families reported. Both males and females affected, though some mothers are asymptomatic or mild. Zebrafish model. Sources: Expert list |
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| Mendeliome v0.13117 | FASTKD2 | Bryony Thompson Marked gene: FASTKD2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13115 | FASLG | Bryony Thompson Marked gene: FASLG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13112 | FAS | Bryony Thompson Marked gene: FAS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13109 | FARSB | Bryony Thompson Marked gene: FARSB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13109 | FARSB | Bryony Thompson Gene: farsb has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13109 | FARSB | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FARSB were changed from to Rajab interstitial lung disease with brain calcifications 1 MONDO:0100215 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13108 | FARSB | Bryony Thompson Publications for gene: FARSB were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13107 | FARSB | Bryony Thompson Mode of inheritance for gene: FARSB was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13106 | FARSB | Bryony Thompson reviewed gene: FARSB: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 29573043, 30014610, 29979980; Phenotypes: Rajab interstitial lung disease with brain calcifications 1 MONDO:0100215; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13106 | FARS2 | Bryony Thompson Marked gene: FARS2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13106 | FARS2 | Bryony Thompson Gene: fars2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13106 | FARS2 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FARS2 were changed from to combined oxidative phosphorylation defect type 14 MONDO:0013986; hereditary spastic paraplegia 77 MONDO:0014882 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13105 | FARS2 | Bryony Thompson Publications for gene: FARS2 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13104 | FARS2 | Bryony Thompson Mode of inheritance for gene: FARS2 was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13103 | FARS2 | Bryony Thompson reviewed gene: FARS2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 30250868, 30177229, 29126765, 28043061; Phenotypes: combined oxidative phosphorylation defect type 14 MONDO:0013986, hereditary spastic paraplegia 77 MONDO:0014882; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13103 | FAM58A | Bryony Thompson Marked gene: FAM58A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13100 | PDE6B | Krithika Murali reviewed gene: PDE6B: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 8394174, 8075643, 17044014, 7599633, 18854872; Phenotypes: Night blindness, congenital stationary, autosomal dominant 2 - MIM#163500, Retinitis pigmentosa-40 - MIM#613801; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13100 | FAM161A | Bryony Thompson Marked gene: FAM161A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13100 | PDE11A | Krithika Murali reviewed gene: PDE11A: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 16767104, 18559625, 21047926, 17178847; Phenotypes: Pigmented nodular adrenocortical disease, primary, 2 - MIM#610475; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13097 | FAM126A | Bryony Thompson Marked gene: FAM126A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13096 | SHH | Samantha Ayres reviewed gene: SHH: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 21976454, 12503095, 22791840, 19057928, 19533790; Phenotypes: Holoprosencephaly 3, MIM#142945, Microphthalmia with coloboma 5, MIM#611638, Schizencephaly, MIM#269160, Single median maxillary central incisor, MIM#147250; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13094 | FAM111B | Bryony Thompson Marked gene: FAM111B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13094 | FAM111B | Bryony Thompson Phenotypes for gene: FAM111B were changed from to hereditary sclerosing poikiloderma with tendon and pulmonary involvement MONDO:0014310 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13090 | FAM111B | Bryony Thompson reviewed gene: FAM111B: Rating: ; Mode of pathogenicity: Other; Publications: 24268661, 26471370, 26495788, 27406236; Phenotypes: hereditary sclerosing poikiloderma with tendon and pulmonary involvement MONDO:0014310; Mode of inheritance: None; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13090 | FAM111A | Bryony Thompson Marked gene: FAM111A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13086 | FADD | Bryony Thompson Marked gene: FADD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13085 | FAH | Bryony Thompson Marked gene: FAH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13080 | F12 | Bryony Thompson Marked gene: F12 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13080 | F12 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: F12 were changed from to Hereditary angioedema type 3 MONDO:0012526 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13078 | POMP | Zornitza Stark Marked gene: POMP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13078 | POMP | Zornitza Stark Phenotypes for gene: POMP were changed from to Keratosis linearis with ichthyosis congenita and sclerosing keratoderma MIM#601952; Proteasome-associated autoinflammatory syndrome 2, MIM# 618048 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13075 | POMP | Zornitza Stark reviewed gene: POMP: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20226437, 27503413, 29805043; Phenotypes: Keratosis linearis with ichthyosis congenita and sclerosing keratoderma MIM#601952, Proteasome-associated autoinflammatory syndrome 2, MIM# 618048; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13075 | POMT1 | Zornitza Stark Marked gene: POMT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13075 | POMT1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: POMT1 were changed from to Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies), type A, 1 236670; Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with mental retardation), type B, 1 613155; Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle), type C, 1 609308 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13073 | POMT1 | Zornitza Stark reviewed gene: POMT1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies), type A, 1 236670, Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with mental retardation), type B, 1 613155, Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle), type C, 1 609308; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13073 | POMT2 | Zornitza Stark Marked gene: POMT2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13073 | POMT2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: POMT2 were changed from to Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies), type A, 2 613150; Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with mental retardation), type B, 2 613156; Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle), type C, 2 613158 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13071 | POMT2 | Zornitza Stark edited their review of gene: POMT2: Changed phenotypes: Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies), type A, 2 613150, Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with mental retardation), type B, 2 613156, Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle), type C, 2 613158 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13071 | POMT2 | Zornitza Stark reviewed gene: POMT2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies), type A, 2 613150 Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with mental retardation), type B, 2 613156 Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle), type C, 2 613158; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13071 | PPARA | Zornitza Stark Marked gene: PPARA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13071 | PPARA | Zornitza Stark Gene: ppara has been classified as Red List (Low Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13071 | PPARA | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PPARA were changed from to {Hyperapobetalipoproteinemia, susceptibility to} | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13070 | PPARA | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: PPARA was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13069 | PPARA | Zornitza Stark Classified gene: PPARA as Red List (low evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13069 | PPARA | Zornitza Stark Gene: ppara has been classified as Red List (Low Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13068 | PPARA | Zornitza Stark reviewed gene: PPARA: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: {Hyperapobetalipoproteinemia, susceptibility to}; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13068 | PPM1K | Zornitza Stark Marked gene: PPM1K as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13068 | PPM1K | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PPM1K were changed from to Maple syrup urine disease, mild variant, MIM#615135 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13064 | PPM1K | Zornitza Stark reviewed gene: PPM1K: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23086801; Phenotypes: Maple syrup urine disease, mild variant, MIM#615135; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13064 | PPOX | Zornitza Stark Marked gene: PPOX as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13064 | PPOX | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PPOX were changed from to Porphyria variegata , MIM#176200 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13061 | PPOX | Zornitza Stark reviewed gene: PPOX: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 12357337, 32247286, 23324528, 27982422; Phenotypes: Porphyria variegata , MIM#176200; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13061 | PPP1R15B | Zornitza Stark Marked gene: PPP1R15B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13061 | SGCG | Samantha Ayres reviewed gene: SGCG: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 18285821, 8923014, 7481775, 8968757, 27708273; Phenotypes: Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 5 MIM#253700, autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy MONDO:0015152; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13061 | CFHR5 | Ain Roesley Marked gene: CFHR5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13059 | CFH | Ain Roesley Marked gene: CFH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13059 | CFH | Ain Roesley Phenotypes for gene: CFH were changed from to Basal laminar drusen MIM#126700; Complement factor H deficiency MIM#609814; {Hemolytic uremic syndrome, atypical, susceptibility to, 1} MIMI#235400 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13058 | CFH | Ain Roesley reviewed gene: CFH: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27572114, 25814826, 20301541, 9312129, 10803850, 29888403, 30905644; Phenotypes: Basal laminar drusen MIM#126700, Complement factor H deficiency MIM#609814, {Hemolytic uremic syndrome, atypical, susceptibility to, 1} MIMI#235400; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13054 | PPP1R3A | Zornitza Stark Marked gene: PPP1R3A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13050 | PRCD | Zornitza Stark Marked gene: PRCD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13047 | PRDM16 | Zornitza Stark Marked gene: PRDM16 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13047 | PRDM16 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PRDM16 were changed from to Cardiomyopathy, dilated, 1LL MIM#615373; Left ventricular noncompaction 8 MIM#615373 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13043 | PRDM16 | Zornitza Stark reviewed gene: PRDM16: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23768516, 29367541, 34915728, 31965688, 29367541; Phenotypes: Cardiomyopathy, dilated, 1LL MIM#615373, Left ventricular noncompaction 8 MIM#615373; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13043 | CFD | Ain Roesley Marked gene: CFD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13040 | CEP78 | Ain Roesley Marked gene: CEP78 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13040 | CEP78 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CEP78 were changed from to Cone-rod dystrophy and hearing loss MIM#617236 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13038 | CEP78 | Ain Roesley reviewed gene: CEP78: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28005958, 27588451, 27588452, 27627988; Phenotypes: Cone-rod dystrophy and hearing loss MIM#617236; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13038 | CEBPA | Ain Roesley Marked gene: CEBPA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13037 | CEACAM16 | Ain Roesley Marked gene: CEACAM16 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13036 | CDKN2A | Ain Roesley Marked gene: CDKN2A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13033 | CDK4 | Ain Roesley Marked gene: CDK4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13031 | CDK10 | Ain Roesley changed review comment from: >5 families; to: 6 families thus far | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13031 | CDK10 | Ain Roesley Marked gene: CDK10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13030 | CDHR1 | Ain Roesley Marked gene: CDHR1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13028 | CDC73 | Ain Roesley Marked gene: CDC73 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13028 | CDC73 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CDC73 were changed from to Hyperparathyroidism-jaw tumour syndrome, MIM# 145001; Hyperparathyroidism, familial primary, MIM# 145000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13027 | CDC73 | Ain Roesley reviewed gene: CDC73: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 12434154; Phenotypes: Hyperparathyroidism-jaw tumour syndrome, MIM# 145001, Hyperparathyroidism, familial primary, MIM# 145000; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13025 | CDC42 | Ain Roesley Marked gene: CDC42 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13024 | CDC14A | Ain Roesley Marked gene: CDC14A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13022 | CD79B | Ain Roesley Marked gene: CD79B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13020 | PRDM5 | Zornitza Stark Marked gene: PRDM5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13017 | PREPL | Zornitza Stark Marked gene: PREPL as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13014 | PRG4 | Zornitza Stark Marked gene: PRG4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13014 | PRG4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PRG4 were changed from to Camptodactyly-arthropathy-coxa vara-pericarditis syndrome, MIM# 208250 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13011 | PRG4 | Zornitza Stark reviewed gene: PRG4: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 10545950, 29397575; Phenotypes: Camptodactyly-arthropathy-coxa vara-pericarditis syndrome, MIM# 208250; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13010 | PRICKLE1 | Zornitza Stark Marked gene: PRICKLE1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13007 | PRKAR1A | Zornitza Stark Marked gene: PRKAR1A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13007 | PRKAR1A | Zornitza Stark Gene: prkar1a has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13007 | PRKAR1A | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PRKAR1A were changed from to Acrodysostosis 1, with or without hormone resistance, MIM# 101800; Carney complex, type 1, MIM# 160980; Myxoma, intracardiac, MIM# 255960; Pigmented nodular adrenocortical disease, primary, 1, MIM# 610489 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13006 | PRKAR1A | Zornitza Stark Publications for gene: PRKAR1A were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13005 | PRKAR1A | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: PRKAR1A was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13004 | PRKAR1A | Zornitza Stark reviewed gene: PRKAR1A: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 10973256, 11115848, 12424709, 21651393; Phenotypes: Acrodysostosis 1, with or without hormone resistance, MIM# 101800, Carney complex, type 1, MIM# 160980, Myxoma, intracardiac, MIM# 255960, Pigmented nodular adrenocortical disease, primary, 1, MIM# 610489; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13004 | PRKCG | Zornitza Stark Marked gene: PRKCG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13004 | PRKCG | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PRKCG were changed from to Spinocerebellar ataxia 14, MIM# 605361 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13001 | PRKCG | Zornitza Stark reviewed gene: PRKCG: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 12644968, 14676051, 14694043, 16193476, 33739604, 34292398; Phenotypes: Spinocerebellar ataxia 14, MIM# 605361; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.13001 | PRKG1 | Zornitza Stark Marked gene: PRKG1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12998 | PRMT7 | Zornitza Stark Marked gene: PRMT7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12995 | PRODH | Zornitza Stark Marked gene: PRODH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12992 | PROK2 | Zornitza Stark Marked gene: PROK2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12989 | PROM1 | Zornitza Stark Marked gene: PROM1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12989 | PROM1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PROM1 were changed from to Inherited retinal dystrophy, MONDO:0019118; Cone-rod dystrophy 12, MIM# 612657; Macular dystrophy, retinal, 2, MI# 608051; Retinitis pigmentosa 41, MIM# 612095; Stargardt disease 4, MIM# 603786 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12986 | PROM1 | Zornitza Stark reviewed gene: PROM1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 10587575, 17605048, 18654668, 29416601, 31576780, 34664634, 32820593; Phenotypes: Inherited retinal dystrophy, MONDO:0019118, Cone-rod dystrophy 12, MIM# 612657, Macular dystrophy, retinal, 2, MI# 608051, Retinitis pigmentosa 41, MIM# 612095, Stargardt disease 4, MIM# 603786; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12986 | PROS1 | Zornitza Stark Marked gene: PROS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12983 | PRPF3 | Zornitza Stark Marked gene: PRPF3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12980 | PRPF4 | Zornitza Stark Marked gene: PRPF4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12977 | PRPF6 | Zornitza Stark Marked gene: PRPF6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12973 | PRPH | Zornitza Stark Marked gene: PRPH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12969 | PRSS1 | Zornitza Stark Marked gene: PRSS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12969 | PRSS1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PRSS1 were changed from to Pancreatitis, hereditary, MIM# 167800 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12966 | PRSS1 | Zornitza Stark reviewed gene: PRSS1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 8841182, 10204851, 10529393, 11097832, 11702203, 15776435, 16791840, 18461367, 17072318; Phenotypes: Pancreatitis, hereditary, MIM# 167800; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12966 | PRSS12 | Zornitza Stark Marked gene: PRSS12 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12962 | PSMC2 | Zornitza Stark Marked gene: PSMC2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12961 | PSMC3IP | Zornitza Stark Marked gene: PSMC3IP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12961 | PSMC3IP | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PSMC3IP were changed from to Ovarian dysgenesis 3, MIM# 614324 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12958 | PSMC3IP | Zornitza Stark reviewed gene: PSMC3IP: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 21963259, 35352317, 34878148, 30406445, 29240891; Phenotypes: Ovarian dysgenesis 3, MIM# 614324; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12958 | PSMD12 | Zornitza Stark Marked gene: PSMD12 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12955 | PSPH | Zornitza Stark Marked gene: PSPH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12952 | PSTPIP1 | Zornitza Stark Marked gene: PSTPIP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12952 | PSTPIP1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PSTPIP1 were changed from to Pyogenic sterile arthritis, pyoderma gangrenosum, and acne, MIM# 604416; PSTPIP1-associated myeloid-related proteinemia inflammatory (PAMI) syndrome | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12949 | PSTPIP1 | Zornitza Stark reviewed gene: PSTPIP1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 11971877, 34938582, 34778321, 34745107, 34492165, 34047005; Phenotypes: Pyogenic sterile arthritis, pyoderma gangrenosum, and acne, MIM# 604416, PSTPIP1-associated myeloid-related proteinemia inflammatory (PAMI) syndrome; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12949 | PTGDR | Zornitza Stark Marked gene: PTGDR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12946 | PTH | Zornitza Stark Marked gene: PTH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12946 | PTH | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PTH were changed from to Hypoparathyroidism, familial isolated 1, MIM# 146200 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12943 | PTH | Zornitza Stark reviewed gene: PTH: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 2212001, 1302009, 10523031, 35165722, 32421798; Phenotypes: Hypoparathyroidism, familial isolated 1, MIM# 146200; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12943 | PTH1R | Zornitza Stark Marked gene: PTH1R as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12943 | PTH1R | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PTH1R were changed from to Failure of tooth eruption, primary MIM#125350; Eiken syndrome MIM#600002; Metaphyseal chondrodysplasia, Murk Jansen type MIM#156400; Chondrodysplasia, Blomstrand type MIM#215045 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12940 | PTH1R | Zornitza Stark reviewed gene: PTH1R: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Failure of tooth eruption, primary MIM#125350, Eiken syndrome MIM#600002, Metaphyseal chondrodysplasia, Murk Jansen type MIM#156400, Chondrodysplasia, Blomstrand type MIM#215045; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12940 | PTHLH | Zornitza Stark Marked gene: PTHLH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12937 | PTPN14 | Zornitza Stark Marked gene: PTPN14 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12934 | CLPB | Zornitza Stark Phenotypes for gene: CLPB were changed from 3-methylglutaconic aciduria, type VII, with cataracts, neurologic involvement and neutropaenia, MIM# 616271 to 3-methylglutaconic aciduria, type VII, with cataracts, neurologic involvement and neutropaenia, MIM# 616271; Neutropenia, severe congenital, 9, autosomal dominant, MIM# 619813 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12933 | CLPB | Zornitza Stark edited their review of gene: CLPB: Changed phenotypes: 3-methylglutaconic aciduria, type VII, with cataracts, neurologic involvement and neutropaenia, MIM# 616271, Neutropenia, severe congenital, 9, autosomal dominant, MIM# 619813 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12933 | GCNA | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GCNA were changed from primary spermatogenic failure to Spermatogenic failure, X-linked, 4, MIM# 301077 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12930 | PTPN22 | Zornitza Stark Marked gene: PTPN22 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12928 | PTPRO | Zornitza Stark Marked gene: PTPRO as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12925 | PTRH2 | Zornitza Stark Marked gene: PTRH2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12922 | PTRH2 |
Zornitza Stark commented on gene: PTRH2: Infantile-onset multisystem neurologic, endocrine, and pancreatic disease-1 (IMNEPD1) is an autosomal recessive multisystemic disorder with variable expressivity. The core features usually include global developmental delay with impaired intellectual development and speech delay, ataxia, sensorineural hearing loss, and pancreatic insufficiency. Additional features may include peripheral neuropathy, postnatal microcephaly, dysmorphic facial features, and cerebellar atrophy. More than 5 unrelated families reported. The Q85P missense variant is reported in several families, likely founder effect. |
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| Mendeliome v0.12922 | PTS | Zornitza Stark Marked gene: PTS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12920 | PUM1 | Zornitza Stark Marked gene: PUM1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12920 | PUM1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PUM1 were changed from to Spinocerebellar ataxia 47, MIM# 617931; Neurodevelopmental disorder, MONDO:0700092, PUM1-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12917 | PUM1 | Zornitza Stark reviewed gene: PUM1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 29474920, 25768905, 30903679, 31859446; Phenotypes: Spinocerebellar ataxia 47, MIM# 617931, Neurodevelopmental disorder, MONDO:0700092, PUM1-related; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12917 | PYCR2 | Zornitza Stark Marked gene: PYCR2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12913 | PYROXD1 | Zornitza Stark Marked gene: PYROXD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12913 | PYROXD1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PYROXD1 were changed from to Myopathy, myofibrillar, 8 , MIM#617258 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12910 | F12 | Bryony Thompson commented on gene: F12: Also associated with FXII deficiency - PMID: 29383625, 20022356, 18024408, 20386432, 26709783, 21264442, 28007010, 15205584, 30700128 - Biallalelic loss-of-function variants are a well-established cause of FXII deficiency. FXII deficiency is not associated with bleeding risk unlike other coagulation factors, it is either asymptomatic or characterized by a prolonged activated partial thromboplastin time. DEFINITIVE gene-disease validity classification by the ClinGen Hemostasis Thrombosis VCEP, Classification - 01/22/2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12910 | PYROXD1 | Zornitza Stark reviewed gene: PYROXD1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27745833; Phenotypes: Myopathy, myofibrillar, 8 , MIM#617258; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12910 | F12 | Bryony Thompson reviewed gene: F12: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: Other; Publications: 26193639, 16638441, 17381464, 21849258, 17186468, 19178938, 30463937, 23994767; Phenotypes: Hereditary angioedema type 3 MONDO:0012526; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12910 | SGCD | Zornitza Stark Marked gene: SGCD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12910 | SGCD | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SGCD were changed from to Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 6, MIM# 601287; autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy MONDO:0015152 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12907 | SGCD | Zornitza Stark reviewed gene: SGCD: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 8841194, 19259135, 20623375, 10838250, 10735275, 9832045, 30733730; Phenotypes: Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 6, MIM# 601287, autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy MONDO:0015152; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12907 | SGCB | Zornitza Stark Marked gene: SGCB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12907 | SGCB | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SGCB were changed from to Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 4 MIM#604286; autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy, MONDO:0015152 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12904 | SGCA | Zornitza Stark Marked gene: SGCA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12904 | SGCA | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SGCA were changed from to Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 3 MIM#608099; autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy, MONDO:0015152 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12901 | SFXN4 | Zornitza Stark Marked gene: SFXN4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12898 | SFRP4 | Zornitza Stark Marked gene: SFRP4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12895 | RASGRP1 | Zornitza Stark Marked gene: RASGRP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12892 | PDCD1 | Zornitza Stark Marked gene: PDCD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12887 | PCK2 | Zornitza Stark Marked gene: PCK2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12883 | PCCB | Zornitza Stark Marked gene: PCCB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12880 | PCCA | Zornitza Stark Marked gene: PCCA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12874 | PC | Zornitza Stark Marked gene: PC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12874 | PC | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PC were changed from to Pyruvate carboxylase deficiency - MIM#266150 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12871 | PAX9 | Zornitza Stark Marked gene: PAX9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12866 | SET | Zornitza Stark Marked gene: SET as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12863 | SERPING1 | Zornitza Stark Marked gene: SERPING1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12863 | SERPING1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SERPING1 were changed from to Angioedema, hereditary, 1 and 2, MIM#106100; Complement component 4, partial deficiency of, MIM#120790 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12859 | SGCD |
Samantha Ayres edited their review of gene: SGCD: Added comment: Variants identified in multiple cases of cardiomyopathy, however most are too common in the general population to explain the disease. First described in the literature with potential association to cardiomyopathy in 2000 (Tsubata et al 10974018). Case-control study by Mazzarotto et al 2020, did not identify enrichment of SGCD in DCM cohort. Animal models demonstrate mild cardiomyopathy phenotype. Curated as 'limited' gene-disease association by ClinGen; Changed rating: RED; Changed publications: 10974018, 31983221, 23695275; Changed phenotypes: Cardiomyopathy, dilated, 1L, MIM#606685, dilated cardiomyopathy MONDO:0005021; Changed mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted |
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| Mendeliome v0.12859 | SGCD | Samantha Ayres reviewed gene: SGCD: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 8841194, 30733730, 10838250; Phenotypes: autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy MONDO:0015152, Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 6, MIM#601287; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12859 | SGCB | Samantha Ayres reviewed gene: SGCB: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 18285821; Phenotypes: Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 4 MIM#604286, autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy, MONDO:0015152; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12859 | SGCA | Samantha Ayres reviewed gene: SGCA: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 30007747, 9192266, 34404573; Phenotypes: Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 3 MIM#608099, autosomal recessive limb-girdle muscular dystrophy, MONDO:0015152; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12859 | SERPIND1 | Zornitza Stark Marked gene: SERPIND1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12859 | SERPIND1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SERPIND1 were changed from to heparin cofactor 2 deficiency, MONDO:0012876; Thrombophilia 10 due to heparin cofactor II deficiency, MIM#612356 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12855 | PDCD1 |
Krithika Murali changed review comment from: No OMIM gene disease association. 1 individual from a consanguineous family reported with PDCD1 deficiency. PMID: 34183838 (Nat Medicine 2021) - proband is the son of consanguineous Turkish parents. He was diagnosed with type 1 diabetes (T1D), hypothyroidism, and juvenile idiopathic arthritis (JIA) at the age of three years. He developed abdominal TB age 10 and died from pulmonary alveolar haemorrhage age 11. WES identified homozygous intragenic PDCD1 gene duplication (c.105dupC p.T36Hfs*70). Absent from population databases and unaffected parents confirmed to be heterozygous. Supportive in vitro studies showing absent expression or function of PD-1 protein. Proband's older brother died at the age of 3 from unexplained pneumonitis and had a history of T1DM and juvenile idiopathic arthritis.; to: No OMIM gene disease association. 1 individual from a consanguineous family reported with PDCD1 deficiency. PMID: 34183838 (Nat Medicine 2021) - proband is the son of consanguineous Turkish parents. He was diagnosed with type 1 diabetes (T1D), hypothyroidism, and juvenile idiopathic arthritis (JIA) at the age of three years. He developed abdominal TB age 10 and died from pulmonary alveolar haemorrhage age 11. WES identified homozygous intragenic PDCD1 gene duplication (c.105dupC p.T36Hfs*70). Absent from population databases and unaffected parents confirmed to be heterozygous. Supportive in vitro studies showing absent expression or function of PD-1 protein. Proband's older brother died at the age of 3 from unexplained pneumonitis and had a history of T1DM and juvenile idiopathic arthritis. |
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| Mendeliome v0.12855 | CD79A | Ain Roesley Marked gene: CD79A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12853 | CD70 | Ain Roesley Marked gene: CD70 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12851 | CD55 | Ain Roesley Marked gene: CD55 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12849 | CD46 | Ain Roesley Marked gene: CD46 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12848 | PC | Krithika Murali reviewed gene: PC: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 9585612, 12112657; Phenotypes: Pyruvate carboxylase deficiency - MIM#266150; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12848 | CD40 | Ain Roesley Marked gene: CD40 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12846 | CD36 | Ain Roesley Marked gene: CD36 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12846 | CD36 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CD36 were changed from to Platelet glycoprotein IV deficiency MIM#608404; {Malaria, cerebral, reduced risk of} MIM#611162; {Malaria, cerebral, susceptibility to} MIM#611162 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12844 | CD36 | Ain Roesley reviewed gene: CD36: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 7686693, 11950861, 10890433, 24960640, 10890433; Phenotypes: Platelet glycoprotein IV deficiency MIM#608404, {Malaria, cerebral, reduced risk of} MIM#611162, {Malaria, cerebral, susceptibility to} MIM#611162; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12844 | CD36 | Ain Roesley reviewed gene: CD36: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 7533783, 11950861, 10890433, 12506336; Phenotypes: {Malaria, cerebral, reduced risk of} MIM#611162, {Malaria, cerebral, susceptibility to} MIM#611162, Platelet glycoprotein IV deficiency MIM#608404; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12844 | CD209 | Ain Roesley Marked gene: CD209 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12843 | CD151 | Ain Roesley Marked gene: CD151 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12841 | CCR5 | Ain Roesley Marked gene: CCR5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12838 | CCR2 | Ain Roesley changed review comment from: Currently no mendelian gene-disease association; to: Vall64Ile has been associated with reduction in the progression to AIDS. Mutant results in normal expression levels of the CCR2 receptor and has no effect on the incidence of HIV infection. However, in contrast to normal CCR2 peptides, the mutant protein preferentially dimerizes with the CXCR4 polypeptide, isolating it in the endoplasmic reticulum. It is also thought that the inhibitory effect is dependent on the stages of HIV-1 infection and interactions with other genetic variants. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12836 | CCR2 | Ain Roesley Marked gene: CCR2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12836 | SLC25A12 | Zornitza Stark Marked gene: SLC25A12 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12833 | SLC25A13 | Zornitza Stark Marked gene: SLC25A13 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12830 | SLC25A15 | Zornitza Stark Marked gene: SLC25A15 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12827 | SLC25A19 | Zornitza Stark Marked gene: SLC25A19 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12824 | SLC25A22 | Zornitza Stark Marked gene: SLC25A22 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12821 | TRPM1 | Zornitza Stark Marked gene: TRPM1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12821 | TRPM1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TRPM1 were changed from to Night blindness, congenital stationary (complete), 1C, autosomal recessive, MIM# 613216 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12818 | TRPM1 | Zornitza Stark reviewed gene: TRPM1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 19878917, 19896113, 19896109; Phenotypes: Night blindness, congenital stationary (complete), 1C, autosomal recessive, MIM# 613216; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12818 | TRPC6 | Zornitza Stark Marked gene: TRPC6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12815 | TRAPPC2 | Zornitza Stark Marked gene: TRAPPC2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12815 | TRAPPC2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TRAPPC2 were changed from to Spondyloepiphyseal dysplasia tarda, MIM# 313400 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12812 | TRAPPC2 | Zornitza Stark reviewed gene: TRAPPC2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 10431248, 14755465, 33726005, 20301324, 32953644; Phenotypes: Spondyloepiphyseal dysplasia tarda, MIM# 313400; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12812 | TRAPPC12 | Zornitza Stark Marked gene: TRAPPC12 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12812 | TRAPPC11 | Zornitza Stark Marked gene: TRAPPC11 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12812 | TRAPPC11 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TRAPPC11 were changed from to Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 18, MIM# 615356 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12809 | TRAPPC11 | Zornitza Stark reviewed gene: TRAPPC11: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23830518, 26322222, 29855340, 30105108; Phenotypes: Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 18, MIM# 615356; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12809 | TRAK1 | Zornitza Stark Marked gene: TRAK1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12806 | TPMT | Zornitza Stark Marked gene: TPMT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12804 | TRNT1 | Zornitza Stark Marked gene: TRNT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12801 | TRMU | Zornitza Stark Marked gene: TRMU as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12798 | TRMT5 | Zornitza Stark Marked gene: TRMT5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12793 | ETV1 | Bryony Thompson Marked gene: ETV1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12793 | EXT1 | Bryony Thompson reviewed gene: EXT1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 7550340, 8981950, 20534475; Phenotypes: hereditary multiple osteochondromas MONDO:0005508, exostoses, multiple, type 1 MONDO:0007585; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12790 | EXOC3L2 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: EXOC3L2 were changed from Dandy-Walker malformation; renal dysplasia; bone marrow failure to Dandy-Walker malformation, MONDO:0009072; renal dysplasia; bone marrow failure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12789 | ETFDH | Bryony Thompson Marked gene: ETFDH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12787 | SERPING1 | Samantha Ayres reviewed gene: SERPING1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 35386643, 31517426, 29753808; Phenotypes: Angioedema, hereditary, 1 and 2, MIM#106100, Complement component 4, partial deficiency of, MIM#120790; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12787 | SERPIND1 | Samantha Ayres reviewed gene: SERPIND1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 2863444, 8902986, 2647747, 15337701, 31064749, 11204559, 8562924, 29296762; Phenotypes: heparin cofactor 2 deficiency, MONDO:0012876, Thrombophilia 10 due to heparin cofactor II deficiency, MIM#612356; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12787 | TRMT10C | Zornitza Stark Marked gene: TRMT10C as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12784 | PDHA2 | Zornitza Stark Marked gene: PDHA2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12784 | PDHA2 |
Zornitza Stark gene: PDHA2 was added gene: PDHA2 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: PDHA2 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: PDHA2 were set to 29581481; 35172124 Phenotypes for gene: PDHA2 were set to Spermatogenic failure-70, MIM#619828 Review for gene: PDHA2 was set to RED Added comment: Three individuals reported from different families with same homozygous missense variant. Same ethnic background, likely founder effect. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.12783 | TRDN | Zornitza Stark Marked gene: TRDN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12783 | TRDN | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TRDN were changed from to Cardiac arrhythmia syndrome, with or without skeletal muscle weakness, MIM# 615441 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12780 | TRDN | Zornitza Stark reviewed gene: TRDN: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31983240, 25922419, 30649896, 22422768; Phenotypes: Cardiac arrhythmia syndrome, with or without skeletal muscle weakness, MIM# 615441; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12780 | TRHR | Zornitza Stark Marked gene: TRHR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12777 | TRIM37 | Zornitza Stark Marked gene: TRIM37 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12774 | TRIM32 | Zornitza Stark Marked gene: TRIM32 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12774 | TRIM32 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TRIM32 were changed from to Bardet-Biedl syndrome 11, MIM# 615988; Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 8 MIM#254110 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12771 | TRIM32 | Zornitza Stark edited their review of gene: TRIM32: Added comment: >3 unrelated cases with myopathy, adult onset reported; Changed rating: GREEN; Changed publications: 16606853, 31309175, 11822024; Changed phenotypes: Bardet-Biedl syndrome 11, MIM# 615988, Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 8 MIM#254110 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12771 | TRPM4 | Zornitza Stark Marked gene: TRPM4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12771 | TRPM4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TRPM4 were changed from to Progressive familial heart block, type IB, MIM# 604559; Erythrokeratodermia variabilis et progressiva 6, MIM# 618531 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12767 | TRPM4 | Zornitza Stark reviewed gene: TRPM4: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 19726882, 20562447, 21887725, 20562447, 35205305, 34897640, 30528822; Phenotypes: Progressive familial heart block, type IB, MIM# 604559, Erythrokeratodermia variabilis et progressiva 6 618531; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12767 | TRPV4 | Zornitza Stark Marked gene: TRPV4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12767 | TRPV4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TRPV4 were changed from to Hereditary motor and sensory neuropathy, type IIc, MIM# 606071; Neuronopathy, distal hereditary motor, type VIII, MIM# 600175 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12765 | TTPA | Zornitza Stark Marked gene: TTPA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12762 | TTC19 | Zornitza Stark Marked gene: TTC19 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12762 | TTC19 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TTC19 were changed from to Mitochondrial complex III deficiency, nuclear type 2, MIM#615157 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12759 | TTC19 |
Zornitza Stark edited their review of gene: TTC19: Added comment: Mitochondrial complex III deficiency nuclear type 2 is an autosomal recessive severe neurodegenerative disorder that usually presents in childhood, but may show later onset, even in adulthood. Affected individuals have motor disability, with ataxia, apraxia, dystonia, and dysarthria, associated with necrotic lesions throughout the brain. Most patients also have cognitive impairment and axonal neuropathy and become severely disabled later in life. The disorder may present clinically as spinocerebellar ataxia or Leigh syndrome, or with psychiatric disturbances. At least 4 unrelated families reported.; Changed publications: 21278747, 23532514, 24368687, 24397319 |
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| Mendeliome v0.12759 | TSFM | Zornitza Stark Marked gene: TSFM as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12756 | TSFM | Zornitza Stark changed review comment from: Ataxia is a reported feature of this mitochondrial disorder.; to: At least 5 families reported, however 3 had the same homozygous variant, ?founder. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12756 | TPK1 | Zornitza Stark Marked gene: TPK1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12753 | TP63 | Zornitza Stark Marked gene: TP63 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12753 | TP63 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TP63 were changed from to ADULT syndrome, OMIM #103285; Ectrodactyly, ectodermal dysplasia, and cleft lip/palate syndrome 3, OMIM #604292; Hay-Wells syndrome, OMIM #106260; Limb-mammary syndrome, OMIM #603543; Orofacial cleft 8, OMIM #618149; Rapp-Hodgkin syndrome, OMIM #129400; Split-hand/foot malformation 4, OMIM #605289 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12750 | TP63 | Zornitza Stark reviewed gene: TP63: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20556892; Phenotypes: ADULT syndrome, OMIM #103285, Ectrodactyly, ectodermal dysplasia, and cleft lip/palate syndrome 3, OMIM #604292, Hay-Wells syndrome, OMIM #106260, Limb-mammary syndrome, OMIM #603543, Orofacial cleft 8, OMIM #618149, Rapp-Hodgkin syndrome, OMIM #129400, Split-hand/foot malformation 4, OMIM #605289; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12750 | TOR1A | Zornitza Stark Marked gene: TOR1A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12750 | TOR1A | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TOR1A were changed from to Arthrogryposis multiplex congenita, MIM#618947; Dystonia-1, torsion, MIM#128100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12747 | TOR1A | Zornitza Stark reviewed gene: TOR1A: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 30244176, 9288096, 19955557, 18477710, 32243914, 31583275, 31347572; Phenotypes: Arthrogryposis multiplex congenita, MIM#618947, Dystonia-1, torsion, MIM#128100; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12747 | TNXB | Zornitza Stark Marked gene: TNXB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12744 | TNPO3 | Zornitza Stark Marked gene: TNPO3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12744 | TNPO3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TNPO3 were changed from to Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal dominant 2, MIM# 608423 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12741 | TNPO3 | Zornitza Stark reviewed gene: TNPO3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23667635, 23543484, 31071488, 31192305; Phenotypes: Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal dominant 2, MIM# 608423; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12741 | RSPO2 | Zornitza Stark Marked gene: RSPO2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12738 | PIGA | Zornitza Stark changed review comment from: PIGA 34875027: variants in PIGA causing a neurodevelopment disorder and a juvenile form of hereditary hemochromatosis reported in > three unrelated patients. All patients had increased serum iron, ferritin and transferrin saturation levels, high ALP and low hepcidin. All patients had generalised seizures and intellectual disability. A subpopulation of patient blood cells showed a slight reduction of GPI-anchored proteins, suggesting that the mutations were hypomorphic and retained some residual activity. CRISPR/Cas12a-mediated knockdown of PIGA in Hep3B liver cells eliminated the cell surface expression of GPI-anchored proteins CD59 and hemojuvelin (HJV; 608374), as well as caused decreased expression of hepcidin (606464) compared to controls. These hypomorphic alleles could explain the milder neurologic phenotype, which allowed for sufficiently long survival for the iron overload phenotype to manifest.; to: PMID 34875027: variants in PIGA causing a neurodevelopment disorder and a juvenile form of hereditary hemochromatosis reported in > three unrelated patients. All patients had increased serum iron, ferritin and transferrin saturation levels, high ALP and low hepcidin. All patients had generalised seizures and intellectual disability. A subpopulation of patient blood cells showed a slight reduction of GPI-anchored proteins, suggesting that the mutations were hypomorphic and retained some residual activity. CRISPR/Cas12a-mediated knockdown of PIGA in Hep3B liver cells eliminated the cell surface expression of GPI-anchored proteins CD59 and hemojuvelin (HJV; 608374), as well as caused decreased expression of hepcidin (606464) compared to controls. These hypomorphic alleles could explain the milder neurologic phenotype, which allowed for sufficiently long survival for the iron overload phenotype to manifest. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12737 | PIGA | Zornitza Stark edited their review of gene: PIGA: Added comment: PIGA 34875027: variants in PIGA causing a neurodevelopment disorder and a juvenile form of hereditary hemochromatosis reported in > three unrelated patients. All patients had increased serum iron, ferritin and transferrin saturation levels, high ALP and low hepcidin. All patients had generalised seizures and intellectual disability. A subpopulation of patient blood cells showed a slight reduction of GPI-anchored proteins, suggesting that the mutations were hypomorphic and retained some residual activity. CRISPR/Cas12a-mediated knockdown of PIGA in Hep3B liver cells eliminated the cell surface expression of GPI-anchored proteins CD59 and hemojuvelin (HJV; 608374), as well as caused decreased expression of hepcidin (606464) compared to controls. These hypomorphic alleles could explain the milder neurologic phenotype, which allowed for sufficiently long survival for the iron overload phenotype to manifest.; Changed publications: 22305531, 24357517, 24706016, 26545172, 33333793, 32694024, 34875027; Changed phenotypes: Multiple congenital anomalies-hypotonia-seizures syndrome 2, MIM# 300868, MONDO:0010466, Neurodevelopmental disorder with epilepsy and haemochromatosis, MIM# 301072 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12733 | TNNC1 | Zornitza Stark Marked gene: TNNC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12733 | CACNA2D1 | Alison Yeung Marked gene: CACNA2D1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12731 | TTC21B | Dean Phelan edited their review of gene: TTC21B: Added comment: Correcting typographical error; Changed phenotypes: Glomerular disorder (MONDO:0019722), TTC21B-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12731 | CACNA2D1 |
Michelle Torres gene: CACNA2D1 was added gene: CACNA2D1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: CACNA2D1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: CACNA2D1 were set to 35293990 Phenotypes for gene: CACNA2D1 were set to developmental and epileptic encephalopathy disorder MONDO:0100062 CACNA2D1-related Review for gene: CACNA2D1 was set to GREEN Added comment: PMID 35293990: WES of 2x unrelated individuals with early-onset developmental epileptic encephalopathy, microcephaly, severe hypotonia, absent speech, spasticity, choreiform movements, orofacial dyskinesia, and 2 cortical visual impairment, corpus callosum hypoplasia and progressive volume loss. Patient 2 also had a tiny patent foramen ovale. Patient 1 is homozygous for p.(Ser275Asnfs*13). mRNA and protein expression were reduced to ~10% of WT in fibroblasts Patient 2 is cHet for p.(Leu9Alafs*5) and p.(Gly209Asp). mRNA expression in patients fibroblasts was similar to controls, and protein expression reduced to 31-38%. Functional of the p.(Gly209Asp) showed impaired localization and mutagenesis showed complete loss of channel function. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.12731 | TTC21B | Dean Phelan edited their review of gene: TTC21B: Added comment: Updated to include additional publications linking glomerular disorder.; Changed rating: GREEN; Changed publications: PMID: 35289079, 26940125, 28124483, 31208513, 34805047; Changed phenotypes: Glomerular disorder (MONOD:0019722), TTC21B-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12731 | TRAPPC10 | Zornitza Stark Marked gene: TRAPPC10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12730 | TNNC1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TNNC1 were changed from to Cardiomyopathy, dilated, 1Z, MIM# 611879; Cardiomyopathy, hypertrophic, 13 (MIM# 613243) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12729 | TTC21B | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TTC21B were changed from Nephronophthisis 12, MIM# 613820; Short-rib thoracic dysplasia 4 with or without polydactyly, MIM# 613819; Joubert syndrome to Nephronophthisis 12, MIM# 613820; Short-rib thoracic dysplasia 4 with or without polydactyly, MIM# 613819; Joubert syndrome; Glomerular disorder MONDO:0019722, TTC21B-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12728 | TRAPPC10 |
Naomi Baker gene: TRAPPC10 was added gene: TRAPPC10 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: TRAPPC10 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: TRAPPC10 were set to PMID: 35298461; 30167849 Phenotypes for gene: TRAPPC10 were set to neurodevelopmental disorder (MONDO:0700092), TRAPPC10-related Review for gene: TRAPPC10 was set to GREEN Added comment: PMID: 35298461 – two Pakistani families reported with homozygous variants. Family 1 has frameshift variant in 8 affected individual and family 2 has missense variant in 2 affected individuals. Patients present with microcephaly, short stature, hypotonia, severe ID and behavioural abnormalities. Seizures also reported in 4/10 individuals. Paper also reported brain abnormalities in null mouse model and other functional in transfected cell lines. PMID: 30167849 – initial report of family 2 above. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.12726 | TNNI1 | Zornitza Stark Marked gene: TNNI1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12725 | TNNI1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TNNI1 were changed from arthrogryposis; joint contractures to Arthrogryposis MONDO:0008779, TNNI1-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12724 | SLC35B2 | Alison Yeung Marked gene: SLC35B2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12723 | ATP2B1 | Zornitza Stark Marked gene: ATP2B1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12722 | SLC35B2 |
Melanie Marty changed review comment from: 2 x individuals with homozygous variants (c.1218_1220del and c.1224_1225del) in SLC35B2. Phenotypes included pre- and postnatal growth retardation, scoliosis, severe motor and intellectual disabilities and hypomyelinating leukodystrophy. Functional analysis on patient cells showed that the variants result in a decreased expression of mRNA and affect protein subcellular localization leading to functional impairment of the protein. Sources: Literature; to: 2 x individuals with homozygous variants (c.1218_1220del and c.1224_1225del) in SLC35B2. Phenotypes included pre- and postnatal growth retardation, scoliosis, severe motor and intellectual disabilities and hypomyelinating leukodystrophy. Functional analysis on patient cells showed that the variants result in a decreased expression of mRNA and affect protein subcellular localization leading to functional impairment of the protein. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.12721 | ADAM22 | Alison Yeung Phenotypes for gene: ADAM22 were changed from Epileptic encephalopathy, early infantile, 61, MIM# 617933 to Developmental and epileptic encephalopathy 61 (MIM#617933) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12720 | MDFIC | Zornitza Stark Marked gene: MDFIC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12720 | TTC21B | Dean Phelan reviewed gene: TTC21B: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 35289079; Phenotypes: early onset hypertension, proteinuria, progressive kidney disease; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12720 | FUZ | Anna Ritchie changed review comment from: Novel missense p.(Arg284Pro) mutation in FUZ identified in twins presenting with craniosynostosis. Loss of Fuz resulted in increased mineralisation in both in vitro embryonic primary osteoblast cultures and in fibroblasts undergoing an osteogenic challenge. No previous reports have implicated changes in human FUZ in craniosynostosis. However, variations in FUZ have been found in patients with neural tube defects.; to: Novel missense p.(Arg284Pro) mutation in FUZ identified in twins presenting with craniosynostosis. Loss of Fuz resulted in increased mineralisation in both in vitro embryonic primary osteoblast cultures and in fibroblasts undergoing an osteogenic challenge. No previous reports have implicated changes in human FUZ in craniosynostosis. However, variations in FUZ have been found in patients with neural tube defects. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12714 | TNNI1 |
Krithika Murali gene: TNNI1 was added gene: TNNI1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: TNNI1 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: TNNI1 were set to 34934811 Phenotypes for gene: TNNI1 were set to arthrogryposis; joint contractures Review for gene: TNNI1 was set to AMBER Added comment: No OMIM gene disease association reported PMID 34934811 Nishimori et al report 2 individuals from a Japanese family with joint contractures, elevated CK and a novel heterozygous TNNI1 variant. The proband was born with clasped thumbs (gestational age not stated) requiring surgical correction at 5 months of age. At age 14 was diagnosed with contractures of the neck, trunk, hip and knee with elevated serum CK (1689 IU/L). No muscle weakness noted. Muscle biopsy showed moth-eaten appearance of type I fibres and electron microscopy showed type 1 fibre Z disk streaming. Trio exome sequencing identified a paternally heterozygous nonsense TNNI1 variant (c.523A>T p.K175*). The proband's father and paternal grandfather (not genotyped) also have a history of joint contractures with elevated CK. The affected amino acid residue is in the tropomyosin binding site near the C-terminus and is highly conserved. The variant is absent from gnomAD. rt-PCR products of mRNA from the patient's muscle biopsy showed presence of both mutated and normal transcripts. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.12714 | TNNC1 | Zornitza Stark reviewed gene: TNNC1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 33947203, 31983221, 17977476, 19808376, 11385718, 8572189, 21262074, 22815480, 26779504; Phenotypes: Cardiomyopathy, dilated, 1Z, MIM# 611879, Cardiomyopathy, hypertrophic, 13 (MIM# 613243); Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12714 | SLC35B2 |
Melanie Marty gene: SLC35B2 was added gene: SLC35B2 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: SLC35B2 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: SLC35B2 were set to PMID: 35325049 Phenotypes for gene: SLC35B2 were set to chondrodysplasia with hypomyelinating leukodystrophy, intellectual disability Review for gene: SLC35B2 was set to AMBER Added comment: 2 x individuals with homozygous variants (c.1218_1220del and c.1224_1225del) in SLC35B2. Phenotypes included pre- and postnatal growth retardation, scoliosis, severe motor and intellectual disabilities and hypomyelinating leukodystrophy. Functional analysis on patient cells showed that the variants result in a decreased expression of mRNA and affect protein subcellular localization leading to functional impairment of the protein. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.12714 | AHSG |
Elena Savva gene: AHSG was added gene: AHSG was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: AHSG was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: AHSG were set to PMID: 28054173; 9395485; 31288248; 17389622 Phenotypes for gene: AHSG were set to ?Alopecia-intellectual disability syndrome 1 MIM#203650; infantile cortical hyperostosis Review for gene: AHSG was set to RED Added comment: PMID: 28054173 - 7 relatives within a large consanguinous fam w/ alopecia and ID, and a hom missense (p.Arg317His). Modelling predicts this variant to be a phosphorylation site, functional studies show a difference in protein size. Unclear biological significance. Alt change with stronger GS (p.(Arg317Cys)) is a common poly with 19 homozygotes in gnomAD. No hom PTCs in gnomAD PMID: 9395485 - K/O mouse model shows no gross anatomical abnormalities, were fertile and "healthy". No mentioned of ID, alopecia PMID: 17389622 - K/O mouse model on the calcification resistant genetic background C57BL/6, shows uraemia and phosphate challenge. No mentioned of ID, alopecia PMID: 31288248 - 1 hom infant (p.K2*, within 5' NMD escape region) with infantile cortical hyperostosis, loss of enzyme in patient serum shown by ELISA. No mentioned of ID, alopecia Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.12713 | VPS16 | Ain Roesley Phenotypes for gene: VPS16 were changed from Dystonia 30, MIM#619291 to Dystonia 30, MIM#619291; mucopolysaccharidosis-like disorder, VPS16-related MONDO#0100365 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12711 | MDFIC |
Belinda Chong gene: MDFIC was added gene: MDFIC was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: MDFIC was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: MDFIC were set to 35235341 Phenotypes for gene: MDFIC were set to Central conducting lymphatic anomaly with lymphedema Review for gene: MDFIC was set to GREEN Added comment: Central conducting lymphatic anomaly (CCLA), characterized by the dysfunction of core collecting lymphatic vessels including the thoracic duct and cisterna chyli, and presenting as chylothorax, pleural effusions, chylous ascites, and lymphedema, is a severe disorder often resulting in fetal or perinatal demise. Seven individuals with CCLA from six independent families. Clinical manifestations of affected fetuses and children included nonimmune hydrops fetalis (NIHF), pleural and pericardial effusions, and lymphedema. Generation of a mouse model of human MDFIC truncation variants revealed that homozygous mutant mice died perinatally exhibiting chylothorax. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.12711 | ATP2B1 |
Daniel Flanagan gene: ATP2B1 was added gene: ATP2B1 was added to Mendeliome. Sources: Expert list Mode of inheritance for gene: ATP2B1 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: ATP2B1 were set to PMID: 35358416 Phenotypes for gene: ATP2B1 were set to Neurodevelopmental delay; autism; seizures; distal limb abnormalities Review for gene: ATP2B1 was set to GREEN Added comment: 12 unrelated individuals with variants in ATP2B1 and an overlapping phenotype of mild to moderate global development delay. Additional common symptoms include autism (5), dissimilar forms of seizures (6), and distal limb abnormalities (4). 9 variants proven to be de novo, other 3 variants had unknown inheritance. 9 missense and 3 nonsense reported. Supporting functional analysis for missense. Sources: Expert list |
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| Mendeliome v0.12711 | VPS16 |
Ain Roesley changed review comment from: for AR MPS: 3 unrelated families - 2x hom c.2272‐18C>A and 1x hom p.Trp180Cys RNA and functional studies done on the splice variant for AD see review below; to: for AR MPS: 3 unrelated families - 2x hom c.2272‐18C>A and 1x hom p.Trp180Cys RNA and functional studies done on the splice variant for AD see review below PMID:34901436 suggests dystonia is transcript specific |
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| Mendeliome v0.12711 | VPS16 |
Ain Roesley changed review comment from: for AR MPS: 3 unrelated families - 2x hom c.2272‐18C>A and 1x het p.Trp180Cys RNA and functional studies done on the splice variant for AD see review below; to: for AR MPS: 3 unrelated families - 2x hom c.2272‐18C>A and 1x hom p.Trp180Cys RNA and functional studies done on the splice variant for AD see review below |
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| Mendeliome v0.12711 | TNFSF4 | Zornitza Stark Marked gene: TNFSF4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12711 | TNFSF4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TNFSF4 were changed from to {Myocardial infarction, susceptibility to} 608446 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12709 | VPS16 | Ain Roesley reviewed gene: VPS16: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 33938619, 34013567; Phenotypes: mucopolysaccharidosis-like disorder, VPS16-related MONDO#0100365; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12708 | TNFSF4 | Zornitza Stark reviewed gene: TNFSF4: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: {Myocardial infarction, susceptibility to} 608446; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12708 | TNFSF11 | Zornitza Stark Marked gene: TNFSF11 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12705 | TNFRSF11B | Zornitza Stark Marked gene: TNFRSF11B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12702 | TMEM240 | Zornitza Stark Marked gene: TMEM240 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12702 | TMEM240 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TMEM240 were changed from to Spinocerebellar ataxia 21, MIM# 607454 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12699 | TMEM127 | Zornitza Stark Marked gene: TMEM127 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12697 | TMEM126B | Zornitza Stark Marked gene: TMEM126B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12697 | TMEM126B | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TMEM126B were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 29, MIM# 618250 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12694 | TMEM126B | Zornitza Stark reviewed gene: TMEM126B: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27374774, 27374773; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 29, MIM# 618250; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12694 | TMEM106B | Zornitza Stark Marked gene: TMEM106B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12691 | TMEM106B |
Zornitza Stark changed review comment from: Cerebellar signs including ataxia prominent.; to: Hypomyelinating leukodystrophy-16 is an autosomal dominant neurologic disorder characterized by onset of hypotonia, nystagmus, and mildly delayed motor development in infancy. Affected individuals have motor disabilities, including ataxic or broad-based gait, hyperreflexia, intention tremor, dysmetria, and a mild pyramidal syndrome. Some patients have cognitive impairment, whereas others may have normal cognition or mild intellectual disability with speech difficulties. Brain imaging typically shows hypomyelination, leukodystrophy, and thin corpus callosum. At least 5 unrelated individuals reported. |
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| Mendeliome v0.12691 | RAPSN | Zornitza Stark Marked gene: RAPSN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12688 | RAD51C | Zornitza Stark Marked gene: RAD51C as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12686 | LIG3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: LIG3 were changed from gut dysmotility; spasticity; ataxia; repetitive behaviours; neurogenic bladder; macular degeneration; leukoencephalopathy; cerebellar atrophy to Mitochondrial DNA depletion syndrome 20 (MNGIE type), MIM# 619780 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12684 | SLC25A26 | Zornitza Stark Marked gene: SLC25A26 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12684 | GGN | Zornitza Stark Marked gene: GGN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12679 | SLC25A3 | Zornitza Stark Marked gene: SLC25A3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12678 | SLC25A3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC25A3 were changed from to Mitochondrial phosphate carrier deficiency, MIM# 610773 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12676 | SLC25A3 | Zornitza Stark reviewed gene: SLC25A3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 17273968, 21763135, 25681081; Phenotypes: Mitochondrial phosphate carrier deficiency, MIM# 610773; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12676 | SLC25A4 | Zornitza Stark Marked gene: SLC25A4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12676 | SLC25A4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC25A4 were changed from to Mitochondrial DNA depletion syndrome 12A (cardiomyopathic type) AD, MIM#617184; Mitochondrial DNA depletion syndrome 12B (cardiomyopathic type) AR, MIM#615418; Progressive external ophthalmoplegia with mitochondrial DNA deletions, autosomal dominant 2, MIM#609283 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12673 | SLC25A4 | Zornitza Stark reviewed gene: SLC25A4: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 30046662, 30013777, 29654543, 28823815; Phenotypes: Mitochondrial DNA depletion syndrome 12A (cardiomyopathic type) AD, MIM#617184, Mitochondrial DNA depletion syndrome 12B (cardiomyopathic type) AR, MIM#615418, Progressive external ophthalmoplegia with mitochondrial DNA deletions, autosomal dominant 2, MIM#609283; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12673 | SLC25A42 | Zornitza Stark Marked gene: SLC25A42 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12673 | SLC25A42 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC25A42 were changed from to Metabolic crises, recurrent, with variable encephalomyopathic features and neurologic regression , MIM#618416 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12670 | SLC25A42 | Zornitza Stark reviewed gene: SLC25A42: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26541337, 29327420, 29923093, 34258143; Phenotypes: Metabolic crises, recurrent, with variable encephalomyopathic features and neurologic regression , MIM#618416; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12670 | SLC2A10 | Zornitza Stark Marked gene: SLC2A10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12670 | SLC2A10 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC2A10 were changed from to Arterial tortuosity syndrome, MIM# 208050 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12667 | SLC2A10 | Zornitza Stark reviewed gene: SLC2A10: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 30071989, 16550171, 17935213; Phenotypes: Arterial tortuosity syndrome, MIM# 208050; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12667 | SLC2A2 |
Zornitza Stark changed review comment from: Fanconi-Bickel syndrome is a rare but well-defined clinical entity, inherited in an autosomal recessive mode and characterized by hepatorenal glycogen accumulation, proximal renal tubular dysfunction, and impaired utilization of glucose and galactose. > 5 patients previously reported with the associated condition, which is a glycogen storage disease. SLC2A2 encodes for the glucose transporter, GLUT2.; to: Fanconi-Bickel syndrome is characterized by hepatorenal glycogen accumulation, proximal renal tubular dysfunction, and impaired utilization of glucose and galactose. > 5 patients previously reported with the associated condition, which is a glycogen storage disease. SLC2A2 encodes for the glucose transporter, GLUT2. |
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| Mendeliome v0.12667 | SLC2A2 | Zornitza Stark Marked gene: SLC2A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12664 | SLC2A3 | Zornitza Stark Marked gene: SLC2A3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12663 | SLC2A4 | Zornitza Stark Marked gene: SLC2A4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12662 | SORT1 | Zornitza Stark Marked gene: SORT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12659 | SOX10 | Zornitza Stark Marked gene: SOX10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12659 | SOX10 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SOX10 were changed from to Kallman syndrome; PCWH syndrome (MIM#609136); Waardenburg syndrome, type 2E, with or without neurologic involvement (MIM#611584); Waardenburg syndrome, type 4C (MIM#613266) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12656 | SOX10 | Zornitza Stark reviewed gene: SOX10: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23643381, 24845202; Phenotypes: Kallman syndrome, PCWH syndrome (MIM#609136), Waardenburg syndrome, type 2E, with or without neurologic involvement (MIM#611584), Waardenburg syndrome, type 4C (MIM#613266); Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12656 | SOX17 | Zornitza Stark Marked gene: SOX17 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12656 | SOX17 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SOX17 were changed from to Vesicoureteral reflux 3 MIM#613674; Pulmonary arterial hypertension, MONDO:0015924 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12653 | SOX17 | Zornitza Stark reviewed gene: SOX17: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 29650961, 31406341, 20960469; Phenotypes: Vesicoureteral reflux 3 MIM#613674, Pulmonary arterial hypertension, MONDO:0015924; Mode of inheritance: None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12653 | SOX18 | Zornitza Stark Marked gene: SOX18 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12650 | SOX5 | Zornitza Stark Marked gene: SOX5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12647 | SOX9 | Zornitza Stark Marked gene: SOX9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12644 | NKX2-1 | Zornitza Stark reviewed gene: NKX2-1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Choreoathetosis, hypothyroidism, and neonatal respiratory distress MIM#610978, Chorea, hereditary benign MIM#118700; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12644 | SP7 | Zornitza Stark Marked gene: SP7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12641 | SPAG7 | Zornitza Stark Marked gene: SPAG7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12641 | SPAG7 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SPAG7 were changed from to Periodic fever, aphthous stomatitis, pharyngitis and adenopathy (PFAPA) syndrome, MONDO:0018540 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12637 | SPAG7 | Zornitza Stark reviewed gene: SPAG7: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24452265; Phenotypes: Periodic fever, aphthous stomatitis, pharyngitis and adenopathy (PFAPA) syndrome; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12637 | SPATA5 | Zornitza Stark Marked gene: SPATA5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12637 | SPATA5 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SPATA5 were changed from to Neurodevelopmental disorder with hearing loss, seizures, and brain abnormalities, MIM# 616577 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12634 | SPATA5 | Zornitza Stark reviewed gene: SPATA5: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 30009132, 29343804; Phenotypes: Neurodevelopmental disorder with hearing loss, seizures, and brain abnormalities, MIM# 616577; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12634 | SPECC1L | Zornitza Stark Marked gene: SPECC1L as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12631 | SSR4 | Zornitza Stark Marked gene: SSR4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12628 | SRY | Zornitza Stark Marked gene: SRY as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12625 | SRP54 | Zornitza Stark Marked gene: SRP54 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12622 | SRD5A2 | Zornitza Stark Marked gene: SRD5A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12619 | SPRY1 | Zornitza Stark Marked gene: SPRY1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12618 | SPINK5 | Zornitza Stark Marked gene: SPINK5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12615 | SPINK1 | Zornitza Stark Marked gene: SPINK1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12615 | SPINK1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SPINK1 were changed from to Tropical calcific pancreatitis, MIM# 608189; Pancreatitis, hereditary, MIM# 167800 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12612 | SPINK1 | Zornitza Stark reviewed gene: SPINK1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 10835640, 11355022, 11938439, 16823394, 17274009, 27535533; Phenotypes: Tropical calcific pancreatitis, MIM# 608189, Pancreatitis, hereditary, MIM# 167800; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12612 | SPG7 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SPG7 were changed from Spastic paraplegia 7, autosomal recessive, MIM# 607259 to Spastic paraplegia 7, autosomal recessive, MIM# 607259; Autosomal dominant optic atrophy, MONDO:0020250 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12610 | SPG7 |
Zornitza Stark changed review comment from: SPG7 mutations most often lead to spastic paraparesis (HSP) and/or hereditary cerebellar ataxia (HCA), frequently with mixed phenotypes. Well established for bi-allelic variants. Enrichment of mono-allelic variants reported in a couple of cohorts, although a recent one suggests digenic inheritance.; to: SPG7 mutations most often lead to spastic paraparesis (HSP) and/or hereditary cerebellar ataxia (HCA), frequently with mixed phenotypes. Well established for bi-allelic variants. Enrichment of mono-allelic variants reported in a couple of cohorts, although a recent one suggests digenic inheritance. Association with OA: 7 families reported for AD OA, including 5 missense and 2 frameshift variants, PMID 32548275 |
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| Mendeliome v0.12610 | SPG7 | Zornitza Stark edited their review of gene: SPG7: Changed publications: 9635427, 9635427, 16534102, 18799786, 22571692, 34500365, 33598982, 32548275; Changed phenotypes: Spastic paraplegia 7, autosomal recessive, MIM# 607259, Autosomal dominant optic atrophy, MONDO:0020250; Changed mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12610 | SPG7 | Zornitza Stark Marked gene: SPG7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12610 | SPG7 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SPG7 were changed from to Spastic paraplegia 7, autosomal recessive, MIM# 607259 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12607 | SPG7 | Zornitza Stark reviewed gene: SPG7: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 9635427, 9635427, 16534102, 18799786, 22571692, 34500365, 33598982; Phenotypes: Spastic paraplegia 7, autosomal recessive, MIM# 607259; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12607 | RSPO4 | Zornitza Stark Marked gene: RSPO4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12604 | RTN4IP1 | Zornitza Stark Marked gene: RTN4IP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12604 | RTN4IP1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: RTN4IP1 were changed from to Optic atrophy 10 with or without ataxia, mental retardation, and seizures, MIM#616732 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12601 | RUNX1 | Zornitza Stark Marked gene: RUNX1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12598 | PAX6 | Zornitza Stark Marked gene: PAX6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12598 | PAX6 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PAX6 were changed from to Coloboma of optic nerve - MIM# 120430; Coloboma, ocular - MIM#120200; Morning glory disc anomaly - MIM#120430; Aniridia - MIM#106210; Anterior segment dysgenesis 5, multiple subtypes - MIM#604229; Cataract with late-onset corneal dystrophy - MIM#106210; Foveal hypoplasia 1- MIM#136520; Keratitis - MIM#148190; Optic nerve hypoplasia - MIM#165550 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12595 | PAX2 | Zornitza Stark Marked gene: PAX2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12592 | TSEN15 | Zornitza Stark Marked gene: TSEN15 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12592 | TSEN15 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TSEN15 were changed from to Pontocerebellar hypoplasia, type 2F, MIM # 617026, MONDO:0014874 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12589 | TSEN15 | Zornitza Stark reviewed gene: TSEN15: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Pontocerebellar hypoplasia, type 2F, MIM # 617026, MONDO:0014874; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12589 | RAB33B | Zornitza Stark Marked gene: RAB33B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12586 | RAB28 | Zornitza Stark Marked gene: RAB28 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12583 | PAM16 | Zornitza Stark Marked gene: PAM16 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12583 | PAM16 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PAM16 were changed from to Spondylometaphyseal dysplasia, Megarbane-Dagher-Melike type, OMIM # 613320 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12580 | PALLD | Zornitza Stark Marked gene: PALLD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12578 | AMPD3 | Zornitza Stark Marked gene: AMPD3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12573 | RTN4IP1 | Belinda Chong reviewed gene: RTN4IP1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26593267, 31077085; Phenotypes: Optic atrophy 10 with or without ataxia, mental retardation, and seizures, MIM#616732; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12573 | PAX6 | Krithika Murali reviewed gene: PAX6: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31700164, 30986449, 29930474, 22171686; Phenotypes: ?Coloboma of optic nerve - MIM# 120430, ?Coloboma, ocular - MIM#120200, ?Morning glory disc anomaly - MIM#120430, Aniridia - MIM#106210, Anterior segment dysgenesis 5, multiple subtypes - MIM#604229, Cataract with late-onset corneal dystrophy - MIM#106210, Foveal hypoplasia 1- MIM#136520, Keratitis - MIM#148190, Optic nerve hypoplasia - MIM#165550; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12573 | TSEN15 | Manny Jacobs reviewed gene: TSEN15: Rating: ; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 25558065, 27392077; Phenotypes: Pontocerebellar hypoplasia, type 2F, MIM # 617026, MONDO:0014874; Mode of inheritance: None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12571 | SERPINC1 | Zornitza Stark Marked gene: SERPINC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12571 | SERPINC1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SERPINC1 were changed from to hereditary antithrombin deficiency MONDO:0013144; Thrombophilia 7 due to antithrombin III deficiency, MIM#613118 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12568 | SERPINB8 | Zornitza Stark Marked gene: SERPINB8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12565 | SERPINB6 | Zornitza Stark Marked gene: SERPINB6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12561 | PAM16 | Krithika Murali reviewed gene: PAM16: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24786642, 27354339; Phenotypes: Spondylometaphyseal dysplasia, Megarbane-Dagher-Melike type, OMIM # 613320; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12561 | CCM2 | Ain Roesley Marked gene: CCM2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12559 | CCL2 | Ain Roesley Marked gene: CCL2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12557 | CCDC88A | Ain Roesley Marked gene: CCDC88A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12555 | ANK1 | Elena Savva Marked gene: ANK1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12554 | ANKH | Elena Savva Marked gene: ANKH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12554 | CCDC50 | Ain Roesley Marked gene: CCDC50 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12553 | ANKLE2 | Elena Savva Phenotypes for gene: ANKLE2 were changed from Microcephaly 16, primary, autosomal recessive, MIM# 616681 to Microcephaly 16, primary, autosomal recessive, MIM# 616681 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12552 | ANKLE2 | Elena Savva Phenotypes for gene: ANKLE2 were changed from Microcephaly 16, primary, autosomal recessive, MIM# 616681 to Microcephaly 16, primary, autosomal recessive, MIM# 616681 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12548 | ANKLE2 | Elena Savva Phenotypes for gene: ANKLE2 were changed from to Microcephaly 16, primary, autosomal recessive, MIM# 616681 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12547 | ANKLE2 | Elena Savva Marked gene: ANKLE2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12546 | CAV3 | Ain Roesley Marked gene: CAV3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12542 | CATSPER2 | Ain Roesley Marked gene: CATSPER2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12541 | CATSPER2 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CATSPER2 were changed from to spermatogenic failure; non-syndromic hearing loss | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12539 | CATSPER2 | Ain Roesley reviewed gene: CATSPER2: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 17098888, 30629171, 12825070; Phenotypes: spermatogenic failure, non-syndromic hearing loss; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12539 | ANGPTL3 | Elena Savva Marked gene: ANGPTL3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12536 | CATSPER1 | Ain Roesley Marked gene: CATSPER1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12534 | ETFA | Bryony Thompson Marked gene: ETFA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12533 | ERLIN2 | Bryony Thompson Marked gene: ERLIN2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12532 | TSHB | Zornitza Stark Marked gene: TSHB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12531 | ERLIN2 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: ERLIN2 were changed from to hereditary spastic paraplegia 18 MONDO:0012639 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12528 | TSHR | Zornitza Stark Marked gene: TSHR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12525 | CAT | Ain Roesley Marked gene: CAT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12523 | TSPAN7 | Zornitza Stark Marked gene: TSPAN7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12519 | TSPAN7 |
Zornitza Stark changed review comment from: The P172H missense, which is reported in two families, is present at a high frequency in gnomad, including 66 hemizygotes.; to: The P172H missense, which is reported in two families, is present at a high frequency in gnomad, including 66 hemizygotes. Most variants in ClinVar are either VOUS or LB. |
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| Mendeliome v0.12518 | ERLIN2 | Bryony Thompson reviewed gene: ERLIN2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23109145, 21330303, 21796390, 29528531, 32094424, 34734492; Phenotypes: hereditary spastic paraplegia 18 MONDO:0012639; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12518 | AMT | Elena Savva Marked gene: AMT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12518 | EPX | Bryony Thompson Marked gene: EPX as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12516 | AMHR2 | Elena Savva Marked gene: AMHR2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12514 | ALX4 | Elena Savva Marked gene: ALX4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12512 | ALX4 | Elena Savva Phenotypes for gene: ALX4 were changed from to Frontonasal dysplasia 2 MIM# 613451; Parietal foramina 2 MIM# 609597; {Craniosynostosis 5, susceptibility to} MIM#615529 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12510 | ALX4 | Elena Savva reviewed gene: ALX4: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 22829454, 34586326; Phenotypes: Frontonasal dysplasia 2 MIM# 613451, Parietal foramina 2 MIM# 609597, {Craniosynostosis 5, susceptibility to} MIM#615529; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12508 | ALMS1 | Elena Savva Marked gene: ALMS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12508 | ALDH6A1 | Elena Savva Marked gene: ALDH6A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12508 | ALDH18A1 | Elena Savva Phenotypes for gene: ALDH18A1 were changed from Cutis laxa, autosomal recessive, type IIIA MIM#219150; Spastic paraplegia 9A, autosomal dominant MIM#601162; Spastic paraplegia 9B, autosomal recessive MIM#616586; Cutis laxa, autosomal dominant 3 MIM#616603; disorders of ornithine or proline metabolism to Cutis laxa, autosomal recessive, type IIIA MIM#219150; Spastic paraplegia 9A, autosomal dominant MIM#601162; Spastic paraplegia 9B, autosomal recessive MIM#616586; Cutis laxa, autosomal dominant 3 MIM#616603; disorders of ornithine or proline metabolism | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12505 | ALDH18A1 | Elena Savva Phenotypes for gene: ALDH18A1 were changed from to Cutis laxa, autosomal recessive, type IIIA MIM#219150; Spastic paraplegia 9A, autosomal dominant MIM#601162; Spastic paraplegia 9B, autosomal recessive MIM#616586; Cutis laxa, autosomal dominant 3 MIM#616603; disorders of ornithine or proline metabolism | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12504 | ALDH18A1 | Elena Savva Marked gene: ALDH18A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12503 | SERPINC1 | Samantha Ayres reviewed gene: SERPINC1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31359133, 30356112, 23910795, 28317092, 29747524, 11018075, 14590998; Phenotypes: hereditary antithrombin deficiency MONDO:0013144, Thrombophilia 7 due to antithrombin III deficiency, MIM#613118; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12503 | CASR | Ain Roesley Marked gene: CASR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12503 | CASR | Ain Roesley Phenotypes for gene: CASR were changed from to Hyperparathyroidism, neonatal MIM#239200; Hypocalcemia, autosomal dominant MIM#601198; Hypocalcemia autosomal dominant, with Bartter syndrome MIM#601198; hypercalcemia, type I MIM#145980 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12501 | CASR | Ain Roesley reviewed gene: CASR: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 7916660, 7726161, 8675635, 17698911, 22620673, 26646938, 22422767; Phenotypes: Hyperparathyroidism, neonatal MIM#239200, Hypocalcemia, autosomal dominant MIM#601198, Hypocalcemia autosomal dominant, with Bartter syndrome MIM#601198, hypercalcemia, type I MIM#145980; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12500 | CASQ1 | Ain Roesley Marked gene: CASQ1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12500 | CASQ1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CASQ1 were changed from to Myopathy, vacuolar, with CASQ1 aggregates MIM#616231 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12498 | CASQ1 | Ain Roesley reviewed gene: CASQ1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26136523, 30258016; Phenotypes: Myopathy, vacuolar, with CASQ1 aggregates MIM#616231; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12498 | TMEM98 | Zornitza Stark Marked gene: TMEM98 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12495 | TMEM70 | Zornitza Stark Marked gene: TMEM70 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12495 | TMEM70 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TMEM70 were changed from to Mitochondrial complex V (ATP synthase) deficiency, nuclear type 2, MIM# 614052 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12492 | TMEM70 | Zornitza Stark reviewed gene: TMEM70: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 18953340, 21147908, 30950220; Phenotypes: Mitochondrial complex V (ATP synthase) deficiency, nuclear type 2, MIM# 614052; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12492 | TMEM38B | Zornitza Stark Marked gene: TMEM38B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12489 | TMEM199 | Zornitza Stark Marked gene: TMEM199 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12486 | TMEM173 | Zornitza Stark Marked gene: TMEM173 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12483 | TMC6 | Zornitza Stark Marked gene: TMC6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12480 | TLR5 | Zornitza Stark Marked gene: TLR5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12479 | TLR3 | Zornitza Stark Marked gene: TLR3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12476 | TLR2 | Zornitza Stark Marked gene: TLR2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12475 | FTCD | Zornitza Stark Marked gene: FTCD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12472 | FTCD | Zornitza Stark Marked gene: FTCD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12469 | FGF14 | Zornitza Stark Marked gene: FGF14 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12469 | FGF14 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: FGF14 were changed from to Spinocerebellar ataxia 27 MIM#609307 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12467 | FAT4 | Zornitza Stark Marked gene: FAT4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12464 | ERLIN1 | Zornitza Stark Marked gene: ERLIN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12464 | ERCC6 | Zornitza Stark Marked gene: ERCC6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12460 | SLC30A2 | Zornitza Stark Marked gene: SLC30A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12457 | SLC2A9 | Zornitza Stark Marked gene: SLC2A9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12453 | EPOR | Bryony Thompson Phenotypes for gene: EPOR were changed from to primary familial polycythemia due to EPO receptor mutation MONDO:0007572 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12451 | EPS8 | Bryony Thompson reviewed gene: EPS8: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24741995, 27344577, 30303587, 34637946, 21526224; Phenotypes: Autosomal recessive nonsyndromic hearing loss 102 MONDO:0014428; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12449 | EPOR | Bryony Thompson reviewed gene: EPOR: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: Other; Publications: 8506290, 11559951, 17488692, 18492694, 30507031; Phenotypes: primary familial polycythemia due to EPO receptor mutation MONDO:0007572; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12449 | SLC30A8 | Zornitza Stark Marked gene: SLC30A8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12445 | SLC34A1 |
Zornitza Stark changed review comment from: Infantile hypercalcaemia and bi-allelic variants: More than 5 unrelated families reported. Nephrolithiasis and mono-allelic variants: multiple families reported.; to: Infantile hypercalcaemia and bi-allelic variants: More than 5 unrelated families reported. Nephrolithiasis and mono-allelic variants: multiple families reported. Single family reported with renal Fanconi and homozygous variant. |
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| Mendeliome v0.12445 | SLC34A1 | Zornitza Stark Marked gene: SLC34A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12442 | SLC34A2 | Zornitza Stark Marked gene: SLC34A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12442 | SLC34A2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC34A2 were changed from to Pulmonary alveolar microlithiasis, MIM# 265100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12439 | SLC34A2 | Zornitza Stark reviewed gene: SLC34A2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 16960801, 34581165, 33884208, 32328294, 31941744; Phenotypes: Pulmonary alveolar microlithiasis, MIM# 265100; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12439 | SLC35A1 | Zornitza Stark Marked gene: SLC35A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12439 | EPO | Bryony Thompson Marked gene: EPO as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12435 | SLC39A13 | Zornitza Stark Marked gene: SLC39A13 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12432 | SLC39A5 | Zornitza Stark Marked gene: SLC39A5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12430 | EPO |
Bryony Thompson changed review comment from: PMID: 27651169, 29514032, 25985138 - At least 4 families reported with heterozygous variants segregating with erythrocytosis. Mechanism of disease is gain-of-function. Frameshift variants identified (c.32delG, c.19delC) use of an alternative promoter (P2) in intron 1 causing the production of functional transcripts and increased amounts of biologically active EPO compared to controls, and 5’UTR conserved variant (c.‐136G>A) and expected to have a similar mechanism. PMID: 28283061 - single proband from a consanguineous family with severe anaemia (Diamond-Blackfan anaemia phenotype) reported with a homozygous missense (R150Q) showing a mild reduction in its affinity for the EPO receptor; to: PMID: 27651169, 29514032, 25985138 - At least 4 families reported with heterozygous variants segregating with erythrocytosis. Mechanism of disease is gain-of-function. Frameshift variants identified (c.32delG, c.19delC) use of an alternative promoter (P2) in intron 1 causing the production of functional transcripts and increased amounts of biologically active EPO compared to controls, and 5’UTR conserved variant (c.‐136G>A) expected to have a similar mechanism. PMID: 28283061 - single proband from a consanguineous family with severe anaemia (Diamond-Blackfan anaemia phenotype) reported with a homozygous missense (R150Q) showing a mild reduction in its affinity for the EPO receptor |
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| Mendeliome v0.12426 | EPM2A | Bryony Thompson Marked gene: EPM2A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12422 | EPHA3 | Bryony Thompson Marked gene: EPHA3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12421 | EPHA2 | Bryony Thompson Marked gene: EPHA2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12421 | EPHA2 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: EPHA2 were changed from to cataract 6 multiple types MONDO:0007288 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12420 | SLC40A1 | Zornitza Stark Marked gene: SLC40A1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12415 | EPHA2 | Bryony Thompson reviewed gene: EPHA2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 19005574, 19649315, 19306328, 33671840; Phenotypes: cataract 6 multiple types MONDO:0007288; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12415 | SLC4A11 | Zornitza Stark Marked gene: SLC4A11 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12413 | SLC4A4 | Zornitza Stark Marked gene: SLC4A4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12413 | SLC4A4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC4A4 were changed from to Renal tubular acidosis, proximal, with ocular abnormalities, MIM# 604278; Hemiplegic migraine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12410 | SLC4A4 | Zornitza Stark reviewed gene: SLC4A4: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 10545938, 11274232, 35260236, 33439394, 29914390; Phenotypes: Renal tubular acidosis, proximal, with ocular abnormalities, MIM# 604278, Hemiplegic migraine; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12410 | ENO3 | Bryony Thompson Marked gene: ENO3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12407 | ENG | Bryony Thompson Marked gene: ENG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12407 | ENG | Bryony Thompson Phenotypes for gene: ENG were changed from to hereditary hemorrhagic telangiectasia MONDO:0019180 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12404 | ENG | Bryony Thompson reviewed gene: ENG: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34012068, 30336550, 7894484, 10751092, 20414677, 30763665, 17384219, 20364125; Phenotypes: hereditary hemorrhagic telangiectasia MONDO:0019180; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12404 | EMP2 | Bryony Thompson Marked gene: EMP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12400 | ELP2 | Bryony Thompson Marked gene: ELP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12397 | ELOVL4 | Bryony Thompson Marked gene: ELOVL4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12397 | ELOVL5 | Bryony Thompson Marked gene: ELOVL5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12397 | ELOVL5 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: ELOVL5 were changed from to spinocerebellar ataxia type 38 MONDO:0014417 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12396 | ELOVL4 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: ELOVL4 were changed from to congenital ichthyosis-intellectual disability-spastic quadriplegia syndrome MONDO:0013760; spinocerebellar ataxia type 34 MONDO:0007574; Stargardt disease MONDO:0019353 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12390 | ELOVL4 | Bryony Thompson reviewed gene: ELOVL4: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 11138005, 15028284, 11726641, 17208947, 22100072, 24566826, 34227061, 24571530, 26010696; Phenotypes: congenital ichthyosis-intellectual disability-spastic quadriplegia syndrome MONDO:0013760, spinocerebellar ataxia type 34 MONDO:0007574, Stargardt disease MONDO:0019353; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12390 | ELN | Bryony Thompson Marked gene: ELN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12390 | ELN | Bryony Thompson Phenotypes for gene: ELN were changed from to cutis laxa, autosomal dominant 1 MONDO:0007411; supravalvular aortic stenosis MONDO:0008504 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12387 | ELN | Bryony Thompson reviewed gene: ELN: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 8132745, 9580666, 9873040, 10190324, 10190538, 22573328, 28383366; Phenotypes: cutis laxa, autosomal dominant 1 MONDO:0007411, supravalvular aortic stenosis MONDO:0008504; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12387 | ARPC4 | Bryony Thompson Publications for gene: ARPC4 were set to DOI:https://doi.org/10.1016/j.xhgg.2021.100072 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12386 | ARPC4 | Bryony Thompson edited their review of gene: ARPC4: Changed publications: 35047857; Set current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12386 | SLC52A2 | Zornitza Stark Marked gene: SLC52A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12384 | SLC52A3 | Zornitza Stark Marked gene: SLC52A3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12382 | DVL2 | Bryony Thompson Marked gene: DVL2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12381 | SLC5A2 | Zornitza Stark Marked gene: SLC5A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12381 | DVL2 |
Bryony Thompson gene: DVL2 was added gene: DVL2 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: DVL2 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: DVL2 were set to 35047859; 33599851; 30521570 Phenotypes for gene: DVL2 were set to Robinow syndrome MONDO:0019978 Review for gene: DVL2 was set to AMBER Added comment: A single case with Robinow syndrome identified with a de novo frameshift variant in the last exon of the gene (c.2105dupC, p.Pro703Serfs*103). Also, a canine DVL2 frameshift variant has been associated with a Robinow-like syndrome in dogs, contributing to the brachycephalic phenotype and caudal vertebral anomalies. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.12379 | SLC6A17 | Zornitza Stark Marked gene: SLC6A17 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12379 | TAMM41 | Bryony Thompson Marked gene: TAMM41 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12378 | TAMM41 |
Bryony Thompson gene: TAMM41 was added gene: TAMM41 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: TAMM41 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: TAMM41 were set to 35321494; 29253589 Phenotypes for gene: TAMM41 were set to inborn mitochondrial metabolism disorder MONDO:0004069; hypotonia; developmental delay; myopathy; ptosis Review for gene: TAMM41 was set to GREEN Added comment: Three unrelated individuals with mitochondrial disease that share clinical features, including lethargy at birth, hypotonia, developmental delay, myopathy, and ptosis with biallelic variants. Tissue-specific observations on OXPHOS were identified, cardiolipin levels were unchanged in subject fibroblasts but significantly decreased in the skeletal muscle of affected individuals. The missense variants identified were defective in yeast models. In an in vitro cell model knockdown of TAMM41 resulted in decreased mitochondrial CDP diacylglycerol synthase activity, decreased cardiolipin levels and a decrease in oxygen consumption. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.12377 | SLC6A17 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC6A17 were changed from to Mental retardation, autosomal recessive 48, MIM# 616269 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12373 | SLC6A17 | Zornitza Stark reviewed gene: SLC6A17: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25704603, 23672601; Phenotypes: Mental retardation, autosomal recessive 48, MIM# 616269; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12373 | SLC6A19 | Zornitza Stark Marked gene: SLC6A19 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12373 | SLC6A19 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC6A19 were changed from to Hartnup disorder, MIM# 234500; Hyperglycinuria, MIM# 138500; Iminoglycinuria, MIM# 242600 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12371 | BNIP1 | Bryony Thompson Marked gene: BNIP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12370 | BNIP1 |
Bryony Thompson gene: BNIP1 was added gene: BNIP1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: BNIP1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: BNIP1 were set to 35266227; 31344970 Phenotypes for gene: BNIP1 were set to spondyloepiphyseal dysplasia MONDO:0016761 Review for gene: BNIP1 was set to AMBER Added comment: Two apparently unrelated cases with spondyloepiphyseal dysplasia from India were identified with the same variant (c.84+3A>T). The kindred coefficient comparison of the 2 cases exome data suggested they were unrelated, however there was a stretch of shared homozygosity suggesting remote consanguinity. ~80% aberrantly spliced BNIP1 pre-mRNAs, reduced BNIP1 mRNA level to ~80%, and BNIP1 protein level reduction by ~50% were detected in one of the cases fibroblasts. A block at the terminal stage of autolysosome formation and/or clearance in patient fibroblasts was suggested based on the data. A drosophila model of the BNIP1 orthologue Sec20 also demonstrated defective autolysosome formation. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.12369 | EIF4E | Bryony Thompson Marked gene: EIF4E as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12366 | TLL1 | Zornitza Stark Marked gene: TLL1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12365 | TK2 | Zornitza Stark Marked gene: TK2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12362 | TJP2 | Zornitza Stark Marked gene: TJP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12359 | TIMP3 | Zornitza Stark Marked gene: TIMP3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12356 | TIMM50 | Zornitza Stark Marked gene: TIMM50 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12353 | TIMM44 | Zornitza Stark Marked gene: TIMM44 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12352 | TICAM1 | Zornitza Stark Marked gene: TICAM1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12349 | TTBK2 | Zornitza Stark Marked gene: TTBK2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12349 | TTBK2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TTBK2 were changed from to Spinocerebellar ataxia 11, MIM# 604432, MONDO:0011464 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12346 | TTBK2 | Zornitza Stark reviewed gene: TTBK2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20301723; Phenotypes: Spinocerebellar ataxia 11, MIM# 604432, MONDO:0011464; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12346 | TTLL5 | Zornitza Stark Marked gene: TTLL5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12343 | TTR | Zornitza Stark Marked gene: TTR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12343 | TTR | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TTR were changed from to Amyloidosis, hereditary, transthyretin-related, MIM #105210; Carpal tunnel syndrome, familial, MIM# 115430 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12339 | EIF2B4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: EIF2B4 were changed from leukoencephalopathy with vanishing white matter MONDO:0011380; ataxia; spasticity; optic atrophy; primary ovarian failure to Leukoencephalopathy with vanishing white matter, MIM# 603896; leukoencephalopathy with vanishing white matter MONDO:0011380; ataxia; spasticity; optic atrophy; primary ovarian failure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12338 | PADI6 | Zornitza Stark Marked gene: PADI6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12335 | PADI3 | Zornitza Stark Marked gene: PADI3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12332 | PACS2 | Zornitza Stark Marked gene: PACS2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12329 | PABPN1 | Zornitza Stark Marked gene: PABPN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12329 | PABPN1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PABPN1 were changed from to Oculopharyngeal muscular dystrophy - MIM#164300 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12326 | AGK | Zornitza Stark Marked gene: AGK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12326 | AGK | Zornitza Stark Phenotypes for gene: AGK were changed from to Sengers syndrome, MIM#212350; Cataract 38 MIM#614691 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12323 | TTBK2 | Manny Jacobs reviewed gene: TTBK2: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 18037885, 31485862, 20667868, 27165044; Phenotypes: Spinocerebellar ataxia 11, MIM# 604432, MONDO:0011464; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12323 | EIF2B5 | Bryony Thompson Marked gene: EIF2B5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12323 | TTR | Manny Jacobs reviewed gene: TTR: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: Other; Publications: PMID:1570831, 1626570, 16115295, 16194874, 26537620; Phenotypes: Amyloidosis, hereditary, transthyretin-related, MIM #105210, Carpal tunnel syndrome, familial, MIM# 115430; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12323 | EIF2B5 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: EIF2B5 were changed from to leukoencephalopathy with vanishing white matter MONDO:0011380; ataxia; spasticity; optic atrophy; primary ovarian failure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12321 | P3H2 | Zornitza Stark Marked gene: P3H2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12321 | P3H2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: P3H2 were changed from to Myopia, high, with cataract and vitreoretinal degeneration - MIM#614292 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12316 | AKT3 | Elena Savva Marked gene: AKT3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12316 | EIF2B4 | Bryony Thompson Marked gene: EIF2B4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12314 | EIF2B4 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: EIF2B4 were changed from to leukoencephalopathy with vanishing white matter MONDO:0011380; ataxia; spasticity; optic atrophy; primary ovarian failure | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12311 | EIF2B3 | Bryony Thompson Marked gene: EIF2B3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12311 | AFP | Zornitza Stark Marked gene: AFP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12311 | AFP | Zornitza Stark Added comment: Comment when marking as ready: Raised or low levels of AFP are observed in some medical conditions, kept Amber due to possible phenotypic overlap. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12311 | AFP | Zornitza Stark Phenotypes for gene: AFP were changed from to Alpha-fetoprotein deficiency MIM#615969; [Hereditary persistence of alpha-fetoprotein] MIM#615970 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12304 | AHCY | Elena Savva Marked gene: AHCY as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12302 | EIF2B1 | Bryony Thompson Marked gene: EIF2B1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12302 | AGL | Elena Savva Marked gene: AGL as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12298 | EIF2AK3 | Bryony Thompson Marked gene: EIF2AK3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12293 | THSD1 | Zornitza Stark Marked gene: THSD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12289 | EFNA4 | Bryony Thompson Marked gene: EFNA4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12288 | RBMX | Zornitza Stark Marked gene: RBMX as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12287 | RBMX |
Zornitza Stark gene: RBMX was added gene: RBMX was added to Mendeliome. Sources: Expert Review Mode of inheritance for gene: RBMX was set to X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females Publications for gene: RBMX were set to 25256757; 34260915 Phenotypes for gene: RBMX were set to Intellectual developmental disorder, syndromic 11, Shashi type, MIM#300238 Review for gene: RBMX was set to AMBER Added comment: Hemizygous truncating variant reported segregating in multiple affected individuals in a single family. Some supportive functional data. Sources: Expert Review |
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| Mendeliome v0.12284 | EHBP1 | Bryony Thompson Marked gene: EHBP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12284 | EHBP1 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: EHBP1 were changed from to {Prostate cancer, hereditary, 12} MIM#611868 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12282 | EHBP1 | Bryony Thompson reviewed gene: EHBP1: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 18264098; Phenotypes: {Prostate cancer, hereditary, 12} MIM#611868; Mode of inheritance: None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12282 | PABPN1 | Krithika Murali reviewed gene: PABPN1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 19080757, 33805441; Phenotypes: Oculopharyngeal muscular dystrophy - MIM#164300; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12282 | AGK | Elena Savva reviewed gene: AGK: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 22415731, 25208612; Phenotypes: Sengers syndrome, MIM#212350, Cataract 38 MIM#614691; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12282 | EDNRB | Bryony Thompson Marked gene: EDNRB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12281 | P3H2 | Krithika Murali reviewed gene: P3H2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 21885030, 24172257, 25469533; Phenotypes: Myopia, high, with cataract and vitreoretinal degeneration - MIM#614292; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12281 | AFP | Elena Savva reviewed gene: AFP: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 15280901, 18854864; Phenotypes: Alpha-fetoprotein deficiency MIM#615969, [Hereditary persistence of alpha-fetoprotein] MIM#615970; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12281 | ADRB2 | Elena Savva Marked gene: ADRB2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12279 | THRB | Zornitza Stark Marked gene: THRB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12279 | THRB | Zornitza Stark Phenotypes for gene: THRB were changed from to Thyroid hormone resistance, MIM# 188570; Thyroid hormone resistance, autosomal recessive, MIM# 274300; Thyroid hormone resistance, selective pituitary, MIM# 145650 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12276 | THRB | Zornitza Stark reviewed gene: THRB: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25135573, 31590893; Phenotypes: Thyroid hormone resistance, MIM# 188570, Thyroid hormone resistance, autosomal recessive, MIM# 274300, Thyroid hormone resistance, selective pituitary, MIM# 145650; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12276 | SLC6A2 | Zornitza Stark Marked gene: SLC6A2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12272 | SMARCAD1 | Zornitza Stark Marked gene: SMARCAD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12272 | SMARCAD1 | Zornitza Stark Gene: smarcad1 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12272 | SMARCAD1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SMARCAD1 were changed from Huriez syndrome, OMIM #181600; Basan syndrome, MIM# 129200; Adermatoglyphia, MIM# 136000 to Huriez syndrome, OMIM #181600; Basan syndrome, MIM# 129200; Adermatoglyphia, MIM# 136000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12272 | SMARCAD1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SMARCAD1 were changed from to Huriez syndrome, OMIM #181600; Basan syndrome, MIM# 129200; Adermatoglyphia, MIM# 136000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12271 | SMARCAD1 | Zornitza Stark Publications for gene: SMARCAD1 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12270 | SMARCAD1 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: SMARCAD1 was changed from MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12269 | SMARCAD1 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: SMARCAD1 was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12268 | SMARCAD1 | Zornitza Stark reviewed gene: SMARCAD1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 29409814; Phenotypes: Huriez syndrome, OMIM #181600, Basan syndrome, MIM# 129200, Adermatoglyphia, MIM# 136000; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12268 | SMARCB1 | Zornitza Stark Marked gene: SMARCB1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12268 | SMARCB1 | Zornitza Stark Gene: smarcb1 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12268 | SMARCB1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SMARCB1 were changed from to Coffin-Siris syndrome 3, MIM# 614608 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12267 | SMARCB1 | Zornitza Stark Publications for gene: SMARCB1 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12266 | SMARCB1 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: SMARCB1 was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12265 | SMARCB1 | Zornitza Stark reviewed gene: SMARCB1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34205270, 31530938, 25168959; Phenotypes: Coffin-Siris syndrome 3, MIM# 614608; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12265 | SMN2 | Zornitza Stark Marked gene: SMN2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12265 | SMN2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SMN2 were changed from to {Spinal muscular atrophy, type III, modifier of} 253400 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12262 | SMN2 | Zornitza Stark reviewed gene: SMN2: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: {Spinal muscular atrophy, type III, modifier of} 253400; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12262 | OTOG | Zornitza Stark Marked gene: OTOG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12261 | EDNRB | Bryony Thompson Phenotypes for gene: EDNRB were changed from to Waardenburg syndrome type 4A MONDO:0010192; sensorineural hearing loss; pigmentary abnormalities; Hirschsprung disease | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12258 | EDNRB | Bryony Thompson reviewed gene: EDNRB: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28502583, 25852447, 21373256, 16237557, 11773966, 11891690, 8001158, 10528251, 10528251, 19764031, 28236341; Phenotypes: Waardenburg syndrome type 4A (MONDO:0010192); Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12255 | OTC | Zornitza Stark Marked gene: OTC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12255 | OTC | Zornitza Stark Phenotypes for gene: OTC were changed from to Ornithine transcarbamylase deficiency - MIM#311250 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12253 | OSTM1 | Zornitza Stark Marked gene: OSTM1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12250 | OSMR | Zornitza Stark Marked gene: OSMR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12250 | OSMR | Zornitza Stark Phenotypes for gene: OSMR were changed from to Amyloidosis, primary localized cutaneous, 1 - MIM#105250 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12247 | OSBPL2 | Zornitza Stark Marked gene: OSBPL2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12244 | OR2J3 | Zornitza Stark Marked gene: OR2J3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12243 | OPN1SW | Zornitza Stark Marked gene: OPN1SW as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12240 | OPN1MW | Zornitza Stark Marked gene: OPN1MW as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12236 | OPN1LW | Zornitza Stark Marked gene: OPN1LW as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12230 | SERPINA6 | Zornitza Stark Marked gene: SERPINA6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12227 | SERPINA1 | Zornitza Stark Marked gene: SERPINA1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12224 | OTC | Krithika Murali reviewed gene: OTC: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Ornithine transcarbamylase deficiency - MIM#311250; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, monoallelic mutations in females may cause disease (may be less severe, later onset than males) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12224 | OSMR | Krithika Murali reviewed gene: OSMR: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 19375894, 19528426, 25054142, 20507362, 19690585; Phenotypes: Amyloidosis, primary localized cutaneous, 1 - MIM#105250; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12224 | SERPINA1 |
Samantha Ayres changed review comment from: Well established gene-disease relationship Rated as C by babyseq due to low penetrance in childhood. Can cause hepatic dysfunction in infancy. Identification would prevent further investigation and potentially lead to optimising respiratory health due to adult onset respiratory involvement.; to: Well established gene-disease relationship Rated as C by babyseq due to low penetrance in childhood. Can cause hepatic dysfunction in infancy. Identification would prevent further investigation and potentially lead to optimising respiratory health due to adult onset respiratory involvement. MUTATIONAL & CLINICAL SPECTRUM ZZ genotype: 2% have severe, neonatal/early-onset liver disease (potentially fatal/requiring liver transplantation), up to 6% have childhood onset liver disease. Also associated with adult-onset lung disease particularly emphysema (50%+ penetrance) - smoking is an important risk factor (close to 100% penetrance). TREATMENT There is no specific treatment for liver disease beyond transplant. There is treatment (AAT augmentation therapy) available to delay progression of lung disease phenotype. |
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| Mendeliome v0.12224 | THRA | Zornitza Stark Marked gene: THRA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12221 | TGM1 | Zornitza Stark Marked gene: TGM1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12218 | TGM3 | Zornitza Stark Marked gene: TGM3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12214 | OAT | Zornitza Stark Marked gene: OAT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12211 | NUP93 | Zornitza Stark Marked gene: NUP93 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12208 | NUP62 | Zornitza Stark Marked gene: NUP62 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12204 | ADH1B | Zornitza Stark Marked gene: ADH1B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12203 | CASP8 | Zornitza Stark Marked gene: CASP8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12203 | CASP8 | Zornitza Stark Added comment: Comment when marking as ready: Amber in view of the functional data. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12198 | ADCY3 | Zornitza Stark Marked gene: ADCY3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12194 | TGFB3 | Zornitza Stark Marked gene: TGFB3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12191 | TGFB2 | Zornitza Stark Marked gene: TGFB2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12189 | TGFB1 | Zornitza Stark Marked gene: TGFB1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12186 | TG | Zornitza Stark Marked gene: TG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12183 | OAT | Krithika Murali edited their review of gene: OAT: Added comment: Biallelic variants associated with deficiency of mitochondrial enzyme ornithine aminotransferase and elevation of plasma ornithine levels without elevation of ammonia. Characterized by ocular anomalies; however, neurological and muscular features may also be present.; Changed mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12183 | ADRB1 | Elena Savva Phenotypes for gene: ADRB1 were changed from [Resting heart rate] MIM#607276; [Short sleep, familial natural, 2] MIM#618591 to [Resting heart rate] MIM#607276; [Short sleep, familial natural, 2] MIM#618591 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12182 | ADRB1 | Elena Savva Phenotypes for gene: ADRB1 were changed from to [Resting heart rate] MIM#607276; [Short sleep, familial natural, 2] MIM#618591 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12181 | ADRB1 | Elena Savva Marked gene: ADRB1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12180 | ADRB1 | Elena Savva reviewed gene: ADRB1: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 31473062, 34716504; Phenotypes: [Resting heart rate] MIM#607276, [Short sleep, familial natural, 2] MIM#618591; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12180 | NTN1 | Zornitza Stark Marked gene: NTN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12177 | NSD1 | Zornitza Stark Marked gene: NSD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12174 | NRCAM | Zornitza Stark Marked gene: NRCAM as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12174 | NR4A3 | Zornitza Stark Marked gene: NR4A3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12173 | NKX2-5 | Zornitza Stark Marked gene: NKX2-5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12172 | NKX2-5 | Zornitza Stark reviewed gene: NKX2-5: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25742962, 26805889; Phenotypes: Ventricular septal defect 3 (MIM#614432), Tetralogy of Fallot (MIM#187500); Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12172 | NKX2-5 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NKX2-5 were changed from to Atrial septal defect 7, with or without AV conduction defects, MIM# 108900; Ventricular septal defect 3 (MIM#614432); Tetralogy of Fallot (MIM#187500) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12169 | NKX2-1 | Zornitza Stark Marked gene: NKX2-1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12169 | NKX2-1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NKX2-1 were changed from to Choreoathetosis, hypothyroidism, and neonatal respiratory distress MIM#610978; Chorea, hereditary benign MIM#118700 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12166 | NDUFAF5 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFAF5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12166 | NDUFAF5 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFAF5 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 3 MIM#618224 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12163 | NDUFS4 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFS4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12163 | NDUFS4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFS4 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 1 - MIM#252010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12160 | NDUFV2 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFV2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12160 | NDUFV2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFV2 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 7 - MIM#618229 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12154 | CA2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: CA2 were changed from to Osteopetrosis, autosomal recessive 3, with renal tubular acidosis, MIM#259730 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12152 | CASP8 |
Ain Roesley changed review comment from: Boderline red/amber 1 family (the 2nd family reported in PMID:25814141 was found to be distantly related to the one in PMID:12353035) Mice with targeted T cell and B cell caspase-8 deficiency present normal thymocyte development but a marked decrease in peripheral blood T-cells. Besides, when challenged with the lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV), these animals showed a significantly impaired immune response to the infection that included impaired CD8 cell expansion and an abrogated ability to generate virus-specific CD8+ cytotoxic T-cells.; to: Borderline red/amber 1 family (the 2nd family reported in PMID:25814141 was found to be distantly related to the one in PMID:12353035) Mice with targeted T cell and B cell caspase-8 deficiency present normal thymocyte development but a marked decrease in peripheral blood T-cells. Besides, when challenged with the lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV), these animals showed a significantly impaired immune response to the infection that included impaired CD8 cell expansion and an abrogated ability to generate virus-specific CD8+ cytotoxic T-cells. |
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| Mendeliome v0.12151 | ADGRV1 | Elena Savva Marked gene: ADGRV1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12149 | CASP10 | Ain Roesley Marked gene: CASP10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12148 | NUBPL | Zornitza Stark Marked gene: NUBPL as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12148 | NUBPL | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NUBPL were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 21 - MIM#618242 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12145 | NTRK1 | Zornitza Stark Marked gene: NTRK1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12142 | NTF4 | Zornitza Stark Marked gene: NTF4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12139 | CASK | Ain Roesley Phenotypes for gene: CASK were changed from FG syndrome 4 MIM#300422; Intellectual developmental disorder and microcephaly with pontine and cerebellar hypoplasia MIM#300749; Mental retardation, with or without nystagmus MIM#300422 to FG syndrome 4 MIM#300422; Intellectual developmental disorder and microcephaly with pontine and cerebellar hypoplasia MIM#300749; Mental retardation, with or without nystagmus MIM#300422 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12138 | CASK | Ain Roesley Phenotypes for gene: CASK were changed from to FG syndrome 4 MIM#300422; Intellectual developmental disorder and microcephaly with pontine and cerebellar hypoplasia MIM#300749; Mental retardation, with or without nystagmus MIM#300422 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12137 | CASK | Ain Roesley Marked gene: CASK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12137 | CASK | Ain Roesley Marked gene: CASK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12135 | NSUN2 | Zornitza Stark Marked gene: NSUN2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12135 | NSUN2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NSUN2 were changed from to Mental retardation, autosomal recessive 5 - MIM#611091 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12134 | CASK | Ain Roesley reviewed gene: CASK: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24278995; Phenotypes: FG syndrome 4 MIM#300422, Intellectual developmental disorder and microcephaly with pontine and cerebellar hypoplasia MIM#300749, Mental retardation, with or without nystagmus MIM#300422; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, monoallelic mutations in females may cause disease (may be less severe, later onset than males); Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12132 | NSUN2 | Zornitza Stark reviewed gene: NSUN2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 22541559, 22541562, 21063731, 22577224, 35126837; Phenotypes: Mental retardation, autosomal recessive 5 - MIM#611091; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12132 | NRXN1 | Zornitza Stark Marked gene: NRXN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12129 | CARD11 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CARD11 were changed from Immunodeficiency 11A, autosomal recessive, MIM# 615206; Immunodeficiency 11B with atopic dermatitis, autosomal dominant, MIM# 617638 to Immunodeficiency 11A, autosomal recessive, MIM# 615206; Immunodeficiency 11B with atopic dermatitis, autosomal dominant, MIM# 617638 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12128 | CARD11 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CARD11 were changed from to Immunodeficiency 11A, autosomal recessive, MIM# 615206; Immunodeficiency 11B with atopic dermatitis, autosomal dominant, MIM# 617638 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12128 | CARD11 | Ain Roesley Marked gene: CARD11 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12128 | CARD11 | Ain Roesley Gene: card11 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12128 | CARD11 | Ain Roesley Publications for gene: CARD11 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12128 | CARD11 | Ain Roesley Mode of inheritance for gene: CARD11 was changed from Unknown to BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12127 | CARD11 | Ain Roesley reviewed gene: CARD11: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23561803, 12818158, 23374270, 28628108; Phenotypes: Immunodeficiency 11A, autosomal recessive, MIM# 615206, Immunodeficiency 11B with atopic dermatitis, autosomal dominant, MIM# 617638; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12127 | CALM3 | Ain Roesley Marked gene: CALM3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12126 | CALM2 | Ain Roesley Marked gene: CALM2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12124 | CALM1 | Ain Roesley Marked gene: CALM1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12124 | CALM1 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CALM1 were changed from to Long QT syndrome 14 MIM#616247; Ventricular tachycardia, catecholaminergic polymorphic, 4 MIM#614916 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12122 | CALM1 | Ain Roesley reviewed gene: CALM1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31170290; Phenotypes: Long QT syndrome 14 MIM#616247, Ventricular tachycardia, catecholaminergic polymorphic, 4 MIM#614916; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12122 | NRL | Zornitza Stark Marked gene: NRL as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12118 | CACNA2D4 | Ain Roesley Marked gene: CACNA2D4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12117 | NR2F2 | Zornitza Stark Marked gene: NR2F2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12117 | NR2F2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NR2F2 were changed from to 46,XX sex reversal 5 - MIM#618901; Congenital heart defects, multiple types, 4 - MIM#615779 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12115 | SERAC1 | Zornitza Stark Marked gene: SERAC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12112 | SEMA3A | Zornitza Stark Marked gene: SEMA3A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12112 | SEMA3A | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SEMA3A were changed from to Hypogonadotropic hypogonadism 16 with or without anosmia - MIM#614897; congenital heart disease; short stature | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12109 | SCP2 | Zornitza Stark Marked gene: SCP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12107 | CACNA2D2 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CACNA2D2 were changed from Cerebellar atrophy with seizures and variable developmental delay MIM#618501 to Cerebellar atrophy with seizures and variable developmental delay MIM#618501 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12105 | CACNA2D2 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CACNA2D2 were changed from Cerebellar atrophy with seizures and variable developmental delay MIM#618501 to Cerebellar atrophy with seizures and variable developmental delay MIM#618501 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12104 | CACNA2D2 | Ain Roesley Phenotypes for gene: CACNA2D2 were changed from to Cerebellar atrophy with seizures and variable developmental delay MIM#618501 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12103 | CACNA2D2 | Ain Roesley Marked gene: CACNA2D2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12101 | CACNA2D2 | Ain Roesley edited their review of gene: CACNA2D2: Changed publications: 23339110, 24358150, 30410802, 29997391, 31402629, 11487633, 11756448, 4177347, 14660671, 15331424; Changed phenotypes: Cerebellar atrophy with seizures and variable developmental delay MIM#618501 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12100 | CACNA2D2 | Ain Roesley reviewed gene: CACNA2D2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: Cerebellar atrophy with seizures and variable developmental delay MIM#618501; Phenotypes: 23339110, 24358150, 30410802, 29997391, 31402629, 11487633, 11756448, 4177347, 14660671, 15331424; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12099 | CACNA1F | Ain Roesley Marked gene: CACNA1F as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12099 | TUBB1 | Zornitza Stark Marked gene: TUBB1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12099 | CACNA1F | Ain Roesley Phenotypes for gene: CACNA1F were changed from to Aland Island eye disease MIM#300600; Cone-rod dystrophy, X-linked, 3 MIM#300476; Night blindness, congenital stationary (incomplete), 2A, X-linked MIM#300071 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12097 | CACNA1F | Ain Roesley reviewed gene: CACNA1F: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 17525176, 16505158, 23776498, 24124559, 26075273, 25999675; Phenotypes: Aland Island eye disease MIM#300600, Cone-rod dystrophy, X-linked, 3 MIM#300476, Night blindness, congenital stationary (incomplete), 2A, X-linked MIM#300071; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12096 | SCARB2 | Zornitza Stark Marked gene: SCARB2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12096 | SCARB2 | Zornitza Stark Gene: scarb2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12096 | SCARB2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SCARB2 were changed from to Progressive Myoclonus Epilepsy, MONDO:0020074; Epilepsy, progressive myoclonic 4, with or without renal failure, MIM #254900 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12095 | SCARB2 | Zornitza Stark Publications for gene: SCARB2 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12094 | SCARB2 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: SCARB2 was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12093 | SASH1 | Zornitza Stark Marked gene: SASH1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12093 | SASH1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SASH1 were changed from to Dyschromatosis universalis hereditaria 1, MIM #127500; familial generalized lentiginosis MONDO:007891 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12090 | SASH1 | Zornitza Stark reviewed gene: SASH1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Dyschromatosis universalis hereditaria 1, MIM# 127500; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12090 | CABP2 | Ain Roesley Marked gene: CABP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12090 | TUBB4B | Zornitza Stark Marked gene: TUBB4B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12090 | TUBB4B | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TUBB4B were changed from to Leber congenital amaurosis with early onset deafness, LCAEOD, OMIM #617879; MONDO:0060650 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12088 | TUBB4B | Zornitza Stark reviewed gene: TUBB4B: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 35240325; Phenotypes: Leber congenital amaurosis with early onset deafness, LCAEOD, OMIM #617879, MONDO:0060650; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12086 | TUFM | Zornitza Stark Marked gene: TUFM as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12083 | CA2 | Ain Roesley Marked gene: CA2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12083 | CA2 | Ain Roesley reviewed gene: CA2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34624559, 33555497, 12566520, 7627193; Phenotypes: Osteopetrosis, autosomal recessive 3, with renal tubular acidosis, MIM#259730; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12082 | CA12 | Ain Roesley Marked gene: CA12 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12080 | NR2E3 | Zornitza Stark Marked gene: NR2E3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12077 | NR0B2 | Zornitza Stark Marked gene: NR0B2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12076 | NR0B2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NR0B2 were changed from to Obesity, mild, early-onset, MIM# 601665 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12074 | NPSR1 | Zornitza Stark Marked gene: NPSR1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12071 | ACER3 | Zornitza Stark edited their review of gene: ACER3: Added comment: Additional publication (Dehvani et al., 2021; PMID: 34281620) detailing three further unrelated cases, each with novel homozygous variants in the ACER3 gene. All individuals displayed features of progressive leukoencephalopathy, developmental delay, hypotonia, appendicular spasticity, and dystonia. Early development is apparently normal followed by symptoms of stagnation and neurologic regression (onset within first year of life).; Changed rating: GREEN; Changed publications: 32816236, 26792856, 34281620; Changed phenotypes: Leukodystrophy, progressive, early childhood-onset, MIM:617762 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12071 | LIAS | Alison Yeung Marked gene: LIAS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12068 | LHX4 | Alison Yeung Phenotypes for gene: LHX4 were changed from to Pituitary hormone deficiency, combined, 4, MIM# 262700 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12067 | LHX4 | Alison Yeung Marked gene: LHX4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12066 | LHX4 | Alison Yeung reviewed gene: LHX4: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Pituitary hormone deficiency, combined, 4, MIM# 262700; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12066 | SEMA3A | Samantha Ayres reviewed gene: SEMA3A: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28075028, 33369061, 20301509, 21059704, 24124006, 22927827; Phenotypes: Hypogonadotropic hypogonadism 16 with or without anosmia - MIM#614897, congenital heart disease, short stature; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12066 | LHX3 | Alison Yeung Marked gene: LHX3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12066 | LHX3 | Alison Yeung Phenotypes for gene: LHX3 were changed from to Pituitary hormone deficiency, combined, 3, MIM# 221750 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12064 | LHX3 | Alison Yeung reviewed gene: LHX3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Pituitary hormone deficiency, combined, 3, MIM# 221750; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12064 | LHB | Alison Yeung Marked gene: LHB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12062 | SCARB2 | Samantha Ayres reviewed gene: SCARB2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 18308289, 18424452, 23659519, 19847901, 18022370, 19933215; Phenotypes: Progressive Myoclonus Epilepsy, MONDO:0020074, Epilepsy, progressive myoclonic 4, with or without renal failure, MIM #254900; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12062 | SASH1 | Samantha Ayres reviewed gene: SASH1: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23333244, 27885802, 32981204; Phenotypes: Dyschromatosis universalis hereditaria 1, MIM #127500, familial generalized lentiginosis MONDO:007891; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12062 | NUBPL | Krithika Murali reviewed gene: NUBPL: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20818383, 32518176, 23553477, 31917109, 32518176, 31787496, 30897263, 22826544; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 21 - MIM#618242; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12062 | TUBB4B | Manny Jacobs reviewed gene: TUBB4B: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 29198720; Phenotypes: Leber congenital amaurosis with early onset deafness, LCAEOD, OMIM #617879, MONDO:0060650; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12062 | LGI1 | Alison Yeung Marked gene: LGI1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12059 | LEMD3 | Alison Yeung Marked gene: LEMD3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12056 | LDLRAP1 | Alison Yeung Marked gene: LDLRAP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12053 | LDHB | Alison Yeung Marked gene: LDHB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12049 | LCAT | Alison Yeung Marked gene: LCAT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12046 | LCA5 | Alison Yeung Marked gene: LCA5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12043 | NR2F2 | Krithika Murali reviewed gene: NR2F2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24702954, 29478779, 31687637, 27363585, 29222010, 29663647; Phenotypes: 46,XX sex reversal 5 - MIM#618901, Congenital heart defects, multiple types, 4 - MIM#615779; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12043 | MSMB | Zornitza Stark Marked gene: MSMB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12043 | MSMB | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MSMB were changed from to {Prostate cancer, hereditary, 13} 611928 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12040 | MSMB | Zornitza Stark reviewed gene: MSMB: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: {Prostate cancer, hereditary, 13} 611928; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12040 | SON | Zornitza Stark Marked gene: SON as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12037 | SNX3 | Zornitza Stark Marked gene: SNX3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12036 | SMARCE1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SMARCE1 were changed from Coffin-Siris syndrome 5, MIM# 616938 to Coffin-Siris syndrome 5, MIM# 616938; {Meningioma, familial, susceptibility to} 607174 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12035 | SMARCE1 |
Zornitza Stark changed review comment from: Coffin-Siris syndrome is a rare congenital disorder characterized by delayed psychomotor development, intellectual disability, coarse facial features, and hypoplasia of the distal phalanges, particularly the fifth digit. Other features may also be observed, including congenital heart defects, hypoplasia of the corpus callosum, and poor overall growth with short stature and microcephaly. Accounts for ~2% of Coffin Siris syndrome.; to: Coffin-Siris syndrome is a rare congenital disorder characterized by delayed psychomotor development, intellectual disability, coarse facial features, and hypoplasia of the distal phalanges, particularly the fifth digit. Other features may also be observed, including congenital heart defects, hypoplasia of the corpus callosum, and poor overall growth with short stature and microcephaly. Accounts for ~2% of Coffin Siris syndrome. Germline LoF variants also linked to familial meningioma. |
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| Mendeliome v0.12035 | SMARCE1 | Zornitza Stark edited their review of gene: SMARCE1: Changed publications: 23377182, 22426308, 23906836, 23929686, 32732226, 32436246, 32410215, 34205270; Changed phenotypes: Coffin-Siris syndrome 5, MIM# 616938, {Meningioma, familial, susceptibility to} 607174 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12035 | SMARCE1 | Zornitza Stark Publications for gene: SMARCE1 were set to 22426308; 23906836; 23929686; 32732226; 32436246; 32410215; 34205270 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12034 | SMARCE1 | Zornitza Stark Marked gene: SMARCE1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12034 | SMARCE1 | Zornitza Stark Gene: smarce1 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12034 | SMARCE1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SMARCE1 were changed from to Coffin-Siris syndrome 5, MIM# 616938 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12033 | SMARCE1 | Zornitza Stark Publications for gene: SMARCE1 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12032 | SMARCE1 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: SMARCE1 was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12031 | SMARCE1 | Zornitza Stark reviewed gene: SMARCE1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 22426308, 23906836, 23929686, 32732226, 32436246, 32410215, 34205270; Phenotypes: Coffin-Siris syndrome 5, MIM# 616938; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12031 | MAX | Zornitza Stark Marked gene: MAX as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12028 | MAT1A | Zornitza Stark Marked gene: MAT1A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12025 | SNX14 | Zornitza Stark Marked gene: SNX14 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12025 | SNX14 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SNX14 were changed from to Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 20 (MIM#616354) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12022 | SNX14 | Zornitza Stark reviewed gene: SNX14: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25439728, 25848753, 27913285; Phenotypes: Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 20 (MIM#616354); Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12022 | SNORD118 | Zornitza Stark Marked gene: SNORD118 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12019 | SNAP29 | Zornitza Stark Marked gene: SNAP29 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12019 | SNAP29 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SNAP29 were changed from to Cerebral dysgenesis, neuropathy, ichthyosis, and palmoplantar keratoderma syndrome, MIM#609528 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12016 | SNAP29 | Zornitza Stark reviewed gene: SNAP29: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 29051910, 21073448, 30793783; Phenotypes: Cerebral dysgenesis, neuropathy, ichthyosis, and palmoplantar keratoderma syndrome, MIM#609528; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12016 | SNAP25 | Zornitza Stark Marked gene: SNAP25 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12013 | SNAI2 | Zornitza Stark Marked gene: SNAI2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12013 | SNAI2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SNAI2 were changed from to Waardenburg syndrome, type 2D, MIM# 608890; Piebaldism, MIM# 172800 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12009 | SNAI2 | Zornitza Stark reviewed gene: SNAI2: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 12444107, 30936914, 12955764, 24443330; Phenotypes: Waardenburg syndrome, type 2D, MIM# 608890, Piebaldism, MIM# 172800; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12009 | SMS | Zornitza Stark Marked gene: SMS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12005 | RPS10 | Zornitza Stark Marked gene: RPS10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.12002 | ROBO3 | Zornitza Stark Marked gene: ROBO3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11999 | ROBO2 | Zornitza Stark Marked gene: ROBO2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11996 | RNF216 | Zornitza Stark Marked gene: RNF216 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11996 | RNF216 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: RNF216 were changed from to Cerebellar ataxia and hypogonadotropic hypogonadism MIM#212840 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11993 | ATP2B2 | Zornitza Stark Marked gene: ATP2B2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11991 | TFAP2B | Zornitza Stark Marked gene: TFAP2B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11990 | TFAP2B |
Zornitza Stark changed review comment from: Well established association with syndromic and non-syndromic PDA.; to: Well established association with syndromic and non-syndromic PDA. Four individuals reported in PMID: 31292255 (Correction in PMID: 31405973) as part of a craniosynostosis cohort: 2 de novo and 2 inherited. There is evidence for reduced penetrance as in one case the variant was inherited from an unaffected parent (affected parent for the other inherited variant). |
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| Mendeliome v0.11990 | TFAP2B | Zornitza Stark edited their review of gene: TFAP2B: Changed publications: 31292255, 11505339, 15684060, 18752453, 21643846; Changed phenotypes: Char syndrome, MIM# 169100, Patent ductus arteriosus 2, MIM# 617035, Syndromic craniosynostosis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11990 | TFAP2B | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TFAP2B were changed from Char syndrome, MIM# 169100; Patent ductus arteriosus 2, MIM# 617035 to Char syndrome, MIM# 169100; Patent ductus arteriosus 2, MIM# 617035; Syndromic craniosynostosis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11989 | TFAP2B | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TFAP2B were changed from to Char syndrome, MIM# 169100; Patent ductus arteriosus 2, MIM# 617035 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11986 | TFAP2B | Zornitza Stark reviewed gene: TFAP2B: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 11505339, 15684060, 18752453, 21643846; Phenotypes: Char syndrome, MIM# 169100; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11986 | TERT | Zornitza Stark Marked gene: TERT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11986 | TERT | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TERT were changed from to Dyskeratosis congenita, MIM# 613989; Pulmonary fibrosis and/or bone marrow failure, telomere-related, 1, MIM# 614742 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11983 | TERT | Zornitza Stark reviewed gene: TERT: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 16247010, 15814878; Phenotypes: Dyskeratosis congenita, MIM# 613989, Pulmonary fibrosis and/or bone marrow failure, telomere-related, 1, MIM# 614742; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11983 | TERC | Zornitza Stark Marked gene: TERC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11980 | TEK | Zornitza Stark Marked gene: TEK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11980 | TEK | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TEK were changed from to Glaucoma 3, primary congenital, E, MIM# 617272; Venous malformations, multiple cutaneous and mucosal, MIM# 600195 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11977 | TEK | Zornitza Stark reviewed gene: TEK: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27270174, 19888299; Phenotypes: Glaucoma 3, primary congenital, E, MIM# 617272, Venous malformations, multiple cutaneous and mucosal, MIM# 600195; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11977 | TEAD1 | Zornitza Stark Marked gene: TEAD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11975 | TEAD1 |
Zornitza Stark changed review comment from: Sveinsson chorioretinal atrophy (SCRA) is characterized by bilateral, well-defined, tongue-shaped strips of atrophic retina and choroid that extend from the optic nerve into the peripheral ocular fundus. The lesions may be evident at birth and usually progress at a variable rate, sometimes leading to central visual loss. Separate small distinct circular atrophic lesions are observed in the peripheral ocular fundus in some patients. Congenital anterior polar cataracts are found in approximately 25% of affected individuals. The vast majority of reported cases were of Icelandic origin but the characteristic clinical picture of SCRA is also described in patients of non-Icelandic descent. The variant reported in the Icelanding population is (c.1261T>C, p.Tyr421His), another variant at same position c.1261T>A, p.Tyr421Asn also reported in non-Icelandic family. Functional data supports gene-disease association.; to: Sveinsson chorioretinal atrophy (SCRA) is characterized by bilateral, well-defined, tongue-shaped strips of atrophic retina and choroid that extend from the optic nerve into the peripheral ocular fundus. The lesions may be evident at birth and usually progress at a variable rate, sometimes leading to central visual loss. Separate small distinct circular atrophic lesions are observed in the peripheral ocular fundus in some patients. Congenital anterior polar cataracts are found in approximately 25% of affected individuals. The vast majority of reported cases were of Icelandic origin but the characteristic clinical picture of SCRA is also described in patients of non-Icelandic descent. The variant reported in the Icelanding population is (c.1261T>C, p.Tyr421His), another variant at same position c.1261T>A, p.Tyr421Asn also reported in non-Icelandic family. A de novo nonsense variant has also been reported in a case with Aicardi syndrome with infantile spasms, agenesis of the corpus callosum, and chorioretinal lacunae. |
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| Mendeliome v0.11973 | TDP1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TDP1 were changed from to Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive, with axonal neuropathy 1 , MIM# 607250 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11969 | TDP1 | Zornitza Stark reviewed gene: TDP1: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31182267, 12244316; Phenotypes: Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive, with axonal neuropathy 1 , MIM# 607250; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11969 | TCIRG1 | Zornitza Stark Marked gene: TCIRG1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11966 | TCF4 | Zornitza Stark Marked gene: TCF4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11963 | TCAP | Zornitza Stark Marked gene: TCAP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11963 | TCAP | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TCAP were changed from to Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 7, MIM# 601954 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11961 | TCAP | Zornitza Stark reviewed gene: TCAP: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Muscular dystrophy, limb-girdle, autosomal recessive 7, MIM# 601954; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11961 | TBX5 | Zornitza Stark Marked gene: TBX5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11958 | TBX20 | Zornitza Stark Marked gene: TBX20 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11955 | TBL1XR1 | Zornitza Stark Marked gene: TBL1XR1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11955 | TBL1XR1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TBL1XR1 were changed from to Mental retardation, autosomal dominant 41, MIM# 616944; Pierpont syndrome, MIM# 602342 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11952 | TBL1XR1 | Zornitza Stark reviewed gene: TBL1XR1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26769062, 30365874, 25425123, 9450851, 23160955, 28687524, 23176139, 16007632; Phenotypes: Mental retardation, autosomal dominant 41, MIM# 616944, Pierpont syndrome, MIM# 602342; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11952 | TBCK | Zornitza Stark Marked gene: TBCK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11952 | TBCK | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TBCK were changed from to Hypotonia, infantile, with psychomotor retardation and characteristic facies 3, MIM# 616900 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11949 | TBCK | Zornitza Stark reviewed gene: TBCK: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27040692, 30103036, 27040691; Phenotypes: Hypotonia, infantile, with psychomotor retardation and characteristic facies 3, MIM# 616900; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11949 | TBC1D23 | Zornitza Stark Marked gene: TBC1D23 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11949 | TBC1D23 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TBC1D23 were changed from to Pontocerebellar hypoplasia, type 11, MIM# 617695 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11946 | TBC1D1 | Zornitza Stark Marked gene: TBC1D1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11946 | TBC1D1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TBC1D1 were changed from to CAKUT; Non-syndromic renal or urinary tract malformation, MONDO:0019720 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11943 | TBC1D1 | Zornitza Stark reviewed gene: TBC1D1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26572137; Phenotypes: CAKUT, Non-syndromic renal or urinary tract malformation, MONDO:0019720; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11943 | TAZ | Zornitza Stark Marked gene: TAZ as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11943 | TAZ | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TAZ were changed from to Barth syndrome, MIM# 302060 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11941 | TAZ | Zornitza Stark reviewed gene: TAZ: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Barth syndrome, MIM# 302060; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11940 | TAT | Zornitza Stark Marked gene: TAT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11938 | TAS2R38 | Zornitza Stark Marked gene: TAS2R38 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11938 | TAS2R38 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TAS2R38 were changed from to [Phenylthiocarbamide tasting] 171200 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11935 | TAS2R38 | Zornitza Stark reviewed gene: TAS2R38: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: [Phenylthiocarbamide tasting] 171200; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11935 | TAS2R16 | Zornitza Stark Marked gene: TAS2R16 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11932 | TANGO2 | Zornitza Stark Marked gene: TANGO2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11932 | TANGO2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TANGO2 were changed from to Metabolic encephalomyopathic crises, recurrent, with rhabdomyolysis, cardiac arrhythmias, and neurodegeneration, MIM# 616878 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11929 | TANGO2 | Zornitza Stark reviewed gene: TANGO2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26805782, 30245509; Phenotypes: Metabolic encephalomyopathic crises, recurrent, with rhabdomyolysis, cardiac arrhythmias, and neurodegeneration, MIM# 616878; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11929 | TACR3 | Zornitza Stark Marked gene: TACR3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11926 | TAC3 | Zornitza Stark Marked gene: TAC3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11923 | T | Zornitza Stark Marked gene: T as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11916 | LARGE1 | Zornitza Stark Publications for gene: LARGE1 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11915 | LARGE1 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: LARGE1 was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11910 | LBR | Alison Yeung Marked gene: LBR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11908 | LAT | Alison Yeung Marked gene: LAT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11906 | LAMB2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: LAMB2 were changed from to Pierson syndrome, MIM# 609049; Nephrotic syndrome, type 5, with or without ocular abnormalities, MIM# 614199 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11903 | L1CAM | Zornitza Stark Phenotypes for gene: L1CAM were changed from Hydrocephalus due to aqueductal stenosis, MIM# 307000; MASA syndrome, MIM# 303350; L1 syndrome, MONDO:0017140 to Hydrocephalus due to aqueductal stenosis, MIM# 307000; MASA syndrome, MIM# 303350; L1 syndrome, MONDO:0017140; Corpus callosum, partial agenesis of, MIM# 304100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11902 | L1CAM | Zornitza Stark reviewed gene: L1CAM: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Hydrocephalus due to aqueductal stenosis, MIM# 307000, Corpus callosum, partial agenesis of, MIM# 304100; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11900 | NPRL3 | Zornitza Stark Marked gene: NPRL3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11900 | NPRL3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NPRL3 were changed from to Epilepsy, familial focal, with variable foci 3- MIM#617118 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11897 | NPPC | Zornitza Stark Marked gene: NPPC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11893 | NOTCH2 | Zornitza Stark Marked gene: NOTCH2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11890 | NOTCH1 | Zornitza Stark Marked gene: NOTCH1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11887 | NONO | Zornitza Stark Marked gene: NONO as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11884 | NOL3 | Zornitza Stark Marked gene: NOL3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11880 | NOG | Zornitza Stark Marked gene: NOG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11880 | NOG | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NOG were changed from to Brachydactyly, type B2 - MIM#611377; Multiple synostoses syndrome 1 (MIM#186500); Stapes ankylosis with broad thumbs and toes (MIM#184460); Symphalangism, proximal, 1A (MIM#185800); Tarsal-carpal coalition syndrome (MIM#186570) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11877 | NNT | Zornitza Stark Marked gene: NNT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11874 | NLRP7 | Zornitza Stark Marked gene: NLRP7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11871 | NLRP12 | Zornitza Stark Marked gene: NLRP12 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11868 | TCF20 | Elena Savva reviewed gene: TCF20: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: Other; Publications: PMID: 34904221, 30739909, 30819258, 25228304; Phenotypes: Developmental delay with variable intellectual impairment and behavioral abnormalities MIM#618430; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11868 | LAS1L | Alison Yeung Marked gene: LAS1L as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11865 | LARGE1 | Alison Yeung Phenotypes for gene: LARGE1 were changed from to Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies), type A6, MIM# 613154; Muscular dystrophy-dystroglycanopathy type B6, MIM# 608840 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11864 | LARGE1 | Alison Yeung Marked gene: LARGE1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11864 | LARGE1 | Alison Yeung Gene: large1 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11864 | LARGE1 | Alison Yeung reviewed gene: LARGE1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 12966029, 19067344, 17436019, 21248746; Phenotypes: Muscular dystrophy-dystroglycanopathy type A6, MIM# 613154, Muscular dystrophy-dystroglycanopathy type B6, MIM# 608840; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11864 | LAMC3 | Alison Yeung Marked gene: LAMC3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11864 | LAMB2 | Alison Yeung Marked gene: LAMB2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11864 | LAMB2 |
Alison Yeung changed review comment from: Pierson syndrome (PIERS) is an autosomal recessive disorder comprising congenital nephrotic syndrome with diffuse mesangial sclerosis and distinct ocular abnormalities, including microcoria and hypoplasia of the ciliary and pupillary muscles, as well as other anomalies. Many patients die early, and those who survive tend to show neurodevelopmental delay and visual loss. Nephrotic syndrome type 5 is an autosomal recessive disorder characterized by very early onset of progressive renal failure manifest as proteinuria with consecutive edema starting in utero or within the first 3 months of life. A subset of patients may develop mild ocular anomalies, such as myopia, nystagmus, and strabismus. The two disorders are likely part of a spectrum. More than 5 unrelated families reported. ; to: Pierson syndrome (PIERS) is an autosomal recessive disorder comprising congenital nephrotic syndrome with diffuse mesangial sclerosis and distinct ocular abnormalities, including microcoria and hypoplasia of the ciliary and pupillary muscles, as well as other anomalies. Many patients die early, and those who survive tend to show neurodevelopmental delay and visual loss. Nephrotic syndrome type 5 is an autosomal recessive disorder characterized by very early onset of progressive renal failure manifest as proteinuria with consecutive edema starting in utero or within the first 3 months of life. A subset of patients may develop mild ocular anomalies, such as myopia, nystagmus, and strabismus. More than 5 unrelated families reported. |
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| Mendeliome v0.11864 | LAMB2 |
Alison Yeung changed review comment from: Pierson syndrome (PIERS) is an autosomal recessive disorder comprising congenital nephrotic syndrome with diffuse mesangial sclerosis and distinct ocular abnormalities, including microcoria and hypoplasia of the ciliary and pupillary muscles, as well as other anomalies. Many patients die early, and those who survive tend to show neurodevelopmental delay and visual loss. Nephrotic syndrome type 5 is an autosomal recessive disorder characterized by very early onset of progressive renal failure manifest as proteinuria with consecutive edema starting in utero or within the first 3 months of life. A subset of patients may develop mild ocular anomalies, such as myopia, nystagmus, and strabismus.; to: Pierson syndrome (PIERS) is an autosomal recessive disorder comprising congenital nephrotic syndrome with diffuse mesangial sclerosis and distinct ocular abnormalities, including microcoria and hypoplasia of the ciliary and pupillary muscles, as well as other anomalies. Many patients die early, and those who survive tend to show neurodevelopmental delay and visual loss. Nephrotic syndrome type 5 is an autosomal recessive disorder characterized by very early onset of progressive renal failure manifest as proteinuria with consecutive edema starting in utero or within the first 3 months of life. A subset of patients may develop mild ocular anomalies, such as myopia, nystagmus, and strabismus. The two disorders are likely part of a spectrum. More than 5 unrelated families reported. |
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| Mendeliome v0.11864 | LAMB2 | Alison Yeung reviewed gene: LAMB2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 14136829, 15372515, 17256789; Phenotypes: Pierson syndrome, MIM# 609049, Nephrotic syndrome, type 5, with or without ocular abnormalities, MIM# 614199; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11864 | L1CAM | Alison Yeung Marked gene: L1CAM as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11863 | TRIM63 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TRIM63 were changed from Hypertrophic cardiomyopathy to Hypertrophic cardiomyopathy, MONDO:0005045 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11862 | TRIM63 | Zornitza Stark edited their review of gene: TRIM63: Changed rating: GREEN; Changed phenotypes: Hypertrophic cardiomyopathy, MONDO:0005045; Changed mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11862 | MYOM1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MYOM1 were changed from Hypertrophic cardiomyopathy to Hypertrophic cardiomyopathy, MONDO:0005045 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11860 | MYOM1 | Zornitza Stark edited their review of gene: MYOM1: Changed rating: RED; Changed phenotypes: Hypertrophic cardiomyopathy, MONDO:0005045 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11860 | NPRL3 | Krithika Murali reviewed gene: NPRL3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27173016, 26285051, 33461085; Phenotypes: Epilepsy, familial focal, with variable foci 3- MIM#617118; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11860 | NOG | Krithika Murali reviewed gene: NOG: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 11846737, 18440889, 12089654, 10080184, 15066478, 22088931, 17381491; Phenotypes: Brachydactyly, type B2 - MIM#611377, Multiple synostoses syndrome 1 (MIM#186500), Stapes ankylosis with broad thumbs and toes (MIM#184460), Symphalangism, proximal, 1A (MIM#185800), Tarsal-carpal coalition syndrome (MIM#186570); Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11860 | STAG1 | Zornitza Stark Marked gene: STAG1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11860 | STAG1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: STAG1 were changed from to Mental retardation, autosomal dominant 47, MIM# 617635 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11857 | STAG1 | Zornitza Stark reviewed gene: STAG1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28119487, 34440290; Phenotypes: Mental retardation, autosomal dominant 47, MIM# 617635; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11857 | STAR | Zornitza Stark Marked gene: STAR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11857 | STAR | Zornitza Stark Gene: star has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11857 | STAR | Zornitza Stark Phenotypes for gene: STAR were changed from to Lipoid adrenal hyperplasia (MIM#201710) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11856 | STAR | Zornitza Stark Publications for gene: STAR were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11855 | STAR | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: STAR was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11854 | STAR | Zornitza Stark reviewed gene: STAR: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 7892608, 8634702; Phenotypes: Lipoid adrenal hyperplasia (MIM#201710); Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11854 | STAT1 | Zornitza Stark Marked gene: STAT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11851 | STAT2 | Zornitza Stark Marked gene: STAT2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11848 | STS | Zornitza Stark Marked gene: STS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11846 | STUB1 | Zornitza Stark Marked gene: STUB1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11846 | STUB1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: STUB1 were changed from to Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 16, MIM# 615768; Spinocerebellar ataxia 48, MIM#618093 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11843 | STUB1 |
Zornitza Stark changed review comment from: Onset is typically in adolescence but onset in childhood also reported. Sources: Expert list; to: Multiple families reported with mono-allelic and bi-allelic disease, variable age of onset. Sources: Expert list |
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| Mendeliome v0.11843 | STUB1 | Zornitza Stark edited their review of gene: STUB1: Changed publications: 25258038, 24742043, 32337344, 30381368, 31126790; Changed phenotypes: Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 16, MIM# 615768, Spinocerebellar ataxia 48, MIM#618093; Changed mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11843 | STX11 | Zornitza Stark Marked gene: STX11 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11840 | NLRC4 | Zornitza Stark Marked gene: NLRC4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11836 | NLGN3 | Zornitza Stark Marked gene: NLGN3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11834 | NKX3-2 | Zornitza Stark Marked gene: NKX3-2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11831 | NIPAL4 | Zornitza Stark Marked gene: NIPAL4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11828 | NHS | Zornitza Stark Marked gene: NHS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11828 | NHS | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NHS were changed from to Nance-Horan syndrome - MIM#302350; Cataract 40, X-linked - MIM#302200 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11825 | NFKBIL1 | Zornitza Stark Marked gene: NFKBIL1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11825 | NFKBIL1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NFKBIL1 were changed from to {Rheumatoid arthritis, susceptibility to} - MIM#180300 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11823 | NFIA | Zornitza Stark Marked gene: NFIA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11823 | NFIA | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NFIA were changed from to Brain malformations with or without urinary tract defects - MIM#613735 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11819 | NEXN | Zornitza Stark Marked gene: NEXN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11819 | NEXN | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NEXN were changed from to Lethal fetal cardiomyopathy; Hydrops fetalis; Cardiomyopathy, dilated 1CC - MIM#613122 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11816 | STX1B | Zornitza Stark Marked gene: STX1B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11813 | STX2 | Zornitza Stark Marked gene: STX2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11812 | STX4 | Zornitza Stark Marked gene: STX4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11811 | STXBP2 | Zornitza Stark Marked gene: STXBP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11808 | SULT2B1 | Zornitza Stark Marked gene: SULT2B1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11805 | SUMF1 | Zornitza Stark Marked gene: SUMF1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11802 | SUMO4 | Zornitza Stark Marked gene: SUMO4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11798 | SURF1 | Zornitza Stark Marked gene: SURF1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11798 | SURF1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SURF1 were changed from to Charcot-Marie-Tooth disease, type 4K MIM#616684; Mitochondrial complex IV deficiency, nuclear type 1 MIM#220110 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11795 | SURF1 | Zornitza Stark reviewed gene: SURF1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 9843204, 9837813; Phenotypes: Mitochondrial complex IV deficiency, nuclear type 1, MIM# 220110; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11795 | SUZ12 | Zornitza Stark Marked gene: SUZ12 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11792 | NHS | Krithika Murali reviewed gene: NHS: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31755796, 25266737; Phenotypes: Nance-Horan syndrome - MIM#302350, Cataract 40, X-linked - MIM#302200; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, monoallelic mutations in females may cause disease (may be less severe, later onset than males) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11792 | NFKBIL1 | Krithika Murali reviewed gene: NFKBIL1: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: {Rheumatoid arthritis, susceptibility to} - MIM#180300; Mode of inheritance: None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11792 | NFIA | Krithika Murali reviewed gene: NFIA: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 35018717, 33973697, 32926563; Phenotypes: Brain malformations with or without urinary tract defects - MIM#613735; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11792 | NEXN | Krithika Murali reviewed gene: NEXN: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 33947203, 33949776, 35166435, 32058062; Phenotypes: Lethal fetal cardiomyopathy, Hydrops fetalis, Cardiomyopathy, dilated 1CC - MIM#613122; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11792 | NEK2 | Zornitza Stark Marked gene: NEK2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11788 | SYCP3 | Zornitza Stark Marked gene: SYCP3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11784 | SYNE4 | Zornitza Stark Marked gene: SYNE4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11781 | SYNGAP1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SYNGAP1 were changed from Mental retardation, autosomal dominant 5, MIM# 612621 to Intellectual disability, autosomal dominant 5 (MIM # 612621) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11780 | SYNGAP1 | Zornitza Stark Marked gene: SYNGAP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11780 | SYNGAP1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SYNGAP1 were changed from to Mental retardation, autosomal dominant 5, MIM# 612621 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11777 | SYNGAP1 | Zornitza Stark changed review comment from: Unsteady gait and ataxia mentioned in this cohort, but appears to be a rare feature. Presentation is typically with ID/seizures/hypotonia.; to: Well established gene-disease association. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11777 | SYNJ1 | Zornitza Stark Marked gene: SYNJ1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11777 | SYNJ1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SYNJ1 were changed from to Developmental and epileptic encephalopathy 53, MIM# 617389; Parkinson disease 20, early-onset, MIM# 615530 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11774 | SYNJ1 | Zornitza Stark reviewed gene: SYNJ1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 32435303, 27435091, 23804563, 23804577, 27496670, 33841314; Phenotypes: Developmental and epileptic encephalopathy 53, MIM# 617389, Parkinson disease 20, early-onset, MIM# 615530; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11774 | ADCY10 | Elena Savva Marked gene: ADCY10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11774 | SZT2 | Zornitza Stark Marked gene: SZT2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11771 | C2CD6 | Zornitza Stark Marked gene: C2CD6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11769 | CCDC62 | Zornitza Stark Marked gene: CCDC62 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11768 | NDUFV2 | Krithika Murali reviewed gene: NDUFV2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 33811136, 34405929, 12754703, 26008862, 30770271, 19167255; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 7 - MIM#618229; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11768 | TXNRD2 | Zornitza Stark Marked gene: TXNRD2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11764 | TXNRD2 |
Zornitza Stark changed review comment from: Further cases reported in this large cohort of paediatric primary adrenal insufficiency.; to: Further cases reported in this large cohort of paediatric primary adrenal insufficiency. Evidence for association with DCM is limited, considering pop frequency of variants reported. |
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| Mendeliome v0.11764 | ADCY10 | Zornitza Stark Marked gene: ADCY10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11762 | TALDO1 | Zornitza Stark Marked gene: TALDO1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11759 | USP9Y | Zornitza Stark Marked gene: USP9Y as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11754 | ADAMTS10 |
Zornitza Stark changed review comment from: Weill-Marchesani syndrome is a rare connective tissue disorder characterized by short stature, brachydactyly, joint stiffness, eye anomalies, including microspherophakia, ectopia of the lenses, severe myopia, and glaucoma, and, occasionally, heart defects Sources: Expert list; to: Weill-Marchesani syndrome is a rare connective tissue disorder characterized by short stature, brachydactyly, joint stiffness, eye anomalies, including microspherophakia, ectopia of the lenses, severe myopia, and glaucoma, and, occasionally, heart defects. Multiple families reported. Sources: Expert list |
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| Mendeliome v0.11754 | ADAMTS10 |
Zornitza Stark changed review comment from: Mild intellectual disability is described in around 10% of affected individuals. Sources: Expert list; to: Weill-Marchesani syndrome is a rare connective tissue disorder characterized by short stature, brachydactyly, joint stiffness, eye anomalies, including microspherophakia, ectopia of the lenses, severe myopia, and glaucoma, and, occasionally, heart defects Sources: Expert list |
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| Mendeliome v0.11753 | SARS2 | Zornitza Stark Marked gene: SARS2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11753 | SARS2 | Zornitza Stark Gene: sars2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11753 | SARS2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SARS2 were changed from to Hyperuricemia, pulmonary hypertension, renal failure, and alkalosis, MIM#613845 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11752 | SARS2 | Zornitza Stark Publications for gene: SARS2 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11751 | SARS2 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: SARS2 was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11750 | SARS2 | Zornitza Stark reviewed gene: SARS2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 33751860; Phenotypes: Hyperuricemia, pulmonary hypertension, renal failure, and alkalosis, MIM#613845; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11748 | ACTN2 | Zornitza Stark reviewed gene: ACTN2: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Cardiomyopathy, hypertrophic, 23, with or without LVNC, MIM# 612158; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11748 | USH2A | Zornitza Stark Marked gene: USH2A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11745 | NDUFS6 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFS6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11745 | NDUFS6 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFS6 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 9 - MIM#618232 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11742 | USH1G | Zornitza Stark Marked gene: USH1G as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11739 | USH1C | Zornitza Stark Marked gene: USH1C as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11736 | UROS | Zornitza Stark Marked gene: UROS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11733 | NDUFS5 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFS5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11730 | ADAT3 | Elena Savva Marked gene: ADAT3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11730 | ADAT3 | Elena Savva Phenotypes for gene: ADAT3 were changed from to Mental retardation, autosomal recessive 36, MIM#615286 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11729 | ADAMTS10 | Elena Savva Phenotypes for gene: ADAMTS10 were changed from Weill-Marchesani syndrome 1, recessive, MIM#277600 to Weill-Marchesani syndrome 1, recessive, MIM#277600 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11728 | ADAMTS10 | Elena Savva Phenotypes for gene: ADAMTS10 were changed from to Weill-Marchesani syndrome 1, recessive, MIM#277600 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11727 | ADAMTS10 | Elena Savva Marked gene: ADAMTS10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11723 | ADAM9 | Elena Savva Marked gene: ADAM9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11723 | ACVRL1 | Elena Savva Phenotypes for gene: ACVRL1 were changed from Telangiectasia, hereditary hemorrhagic, type 2 MIM#600376 to Telangiectasia, hereditary hemorrhagic, type 2 MIM#600376 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11723 | ACVRL1 | Elena Savva Phenotypes for gene: ACVRL1 were changed from Telangiectasia, hereditary hemorrhagic, type 2 MIM#600376 to Telangiectasia, hereditary hemorrhagic, type 2 MIM#600376 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11722 | ACVRL1 | Elena Savva Phenotypes for gene: ACVRL1 were changed from to Telangiectasia, hereditary hemorrhagic, type 2 MIM#600376 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11721 | ACVRL1 | Elena Savva Marked gene: ACVRL1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11720 | ACVRL1 | Elena Savva reviewed gene: ACVRL1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 16542389; Phenotypes: Telangiectasia, hereditary hemorrhagic, type 2 MIM#600376; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11720 | ACTN2 | Elena Savva Phenotypes for gene: ACTN2 were changed from Myopathy, distal, 6, adult onset MIM#618655; Cardiomyopathy, hypertrophic, 23, with or without LVNC MIM#612158; Cardiomyopathy, dilated, 1AA, with or without LVNC MIM#612158; Myopathy, congenital with structured cores and Z-line abnormalities MIM#618654 to Myopathy, distal, 6, adult onset MIM#618655; Cardiomyopathy, hypertrophic, 23, with or without LVNC MIM#612158; Cardiomyopathy, dilated, 1AA, with or without LVNC MIM#612158; Myopathy, congenital with structured cores and Z-line abnormalities MIM#618654 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11719 | SARS2 | Samantha Ayres reviewed gene: SARS2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24034276, 21255763; Phenotypes: Hyperuricemia, pulmonary hypertension, renal failure, and alkalosis, MIM#613845; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11719 | ACTN2 | Elena Savva Phenotypes for gene: ACTN2 were changed from to Myopathy, distal, 6, adult onset MIM#618655; Cardiomyopathy, hypertrophic, 23, with or without LVNC MIM#612158; Cardiomyopathy, dilated, 1AA, with or without LVNC MIM#612158; Myopathy, congenital with structured cores and Z-line abnormalities MIM#618654 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11718 | ACTN2 | Elena Savva Marked gene: ACTN2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11717 | ACTN2 | Elena Savva reviewed gene: ACTN2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 34802252, 27287556; Phenotypes: Myopathy, distal, 6, adult onset MIM#618655, Cardiomyopathy, hypertrophic, 23, with or without LVNC MIM#612158, Cardiomyopathy, dilated, 1AA, with or without LVNC MIM#612158, Myopathy, congenital with structured cores and Z-line abnormalities MIM#618654; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11717 | ACADSB | Elena Savva Marked gene: ACADSB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11718 | ACTG1 | Elena Savva Phenotypes for gene: ACTG1 were changed from to Baraitser-Winter syndrome 2 MIM#614583; Deafness, autosomal dominant 20/26 MIM#604717 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11717 | ACTG1 | Elena Savva Marked gene: ACTG1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11716 | ACTG1 | Elena Savva reviewed gene: ACTG1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: Other; Publications: PMID: 29620237; Phenotypes: Baraitser-Winter syndrome 2MIM#614583, Deafness, autosomal dominant 20/26 MIM#604717; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11716 | ACHE | Elena Savva Marked gene: ACHE as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11714 | ACP4 | Elena Savva Marked gene: ACP4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11708 | WAS | Zornitza Stark Marked gene: WAS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11702 | C8A | Zornitza Stark Marked gene: C8A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11698 | SAMHD1 | Zornitza Stark Marked gene: SAMHD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11698 | SAMHD1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SAMHD1 were changed from to Aicardi-Goutieres syndrome 5, MIM# 612952 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11695 | UNC119 | Zornitza Stark Marked gene: UNC119 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11691 | UNC119 |
Zornitza Stark changed review comment from: Immunodeficiency 13: Single case reported with the missense Gly22Val. The allele frequency of this variant is >2% in the African/African American subpopulation in gnomAD v2.1, including 6 homozygotes. RED for this association. Amber for association with cone-rod dystrophy.; to: Immunodeficiency 13: Single case reported with the missense Gly22Val. The allele frequency of this variant is >2% in the African/African American subpopulation in gnomAD v2.1, including 6 homozygotes. RED for this association. Borderline Green for association with cone-rod dystrophy. |
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| Mendeliome v0.11690 | SAMD9 | Zornitza Stark Marked gene: SAMD9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11687 | UCP3 | Zornitza Stark Marked gene: UCP3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11683 | NDUFS3 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFS3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11683 | NDUFS3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFS3 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 8 - MIM#618230 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11680 | USH2A |
Belinda Chong edited their review of gene: USH2A: Added comment: Well established gene-disease association - Usher syndrome, DEFINITIVE by ClinGen. PMID 20507924: Screened the long isoform of USH2A in 80 patients with nonsyndromic autosomal recessive RP and identified at least 1 deleterious mutation in 19% of cases. The authors stated that their findings supported USH2A as the most common known cause of RP in the United States. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1341/, PMID 17296898, ClinVar Reports of cosegregation of Usher Syndrome and Retinitis Pigmentosa; Changed rating: GREEN; Changed mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal |
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| Mendeliome v0.11680 | C4A | Zornitza Stark Marked gene: C4A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11680 | NDUFS6 | Krithika Murali reviewed gene: NDUFS6: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 15372108, 19259137, 30948790; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 9 - MIM#618232; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11680 | NDUFS2 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFS2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11680 | NDUFS2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFS2 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 6 - MIM#618228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11674 | C4A |
Ain Roesley changed review comment from: Associated with increased risk for systemic lupus erythematosus (SLE). This is mostly involving haplotypes, gene copy number, gene conversions with/without C4B; to: Associated with increased risk for systemic lupus erythematosus (SLE). This is mostly involving haplotypes, gene copy number, gene conversions with/without C4B There are no LP/P SNV in clinvar PMID: 32048120; 2019 Update of the IUIS Phenotypical Classification indicates that complete C4 deficiency requires both C4A+C4B and C4A alone leads to partial deficiency |
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| Mendeliome v0.11674 | USH1C | Belinda Chong reviewed gene: USH1C: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31858762, 10973247, 10973248, 11239869, 21203349, 12107438; Phenotypes: Usher syndrome, type 1C, MIM# 276904, Deafness, autosomal recessive 18A, MIM# 602092, ?Non-syndromic hearing loss; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11674 | C4B | Ain Roesley Marked gene: C4B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11674 | C4B | Zornitza Stark Marked gene: C4B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11668 | C4B |
Ain Roesley changed review comment from: Associated with increased risk for systemic lupus erythematosus (SLE). This is mostly involving haplotypes, gene copy number, gene conversions with/without C4A; to: Associated with increased risk for systemic lupus erythematosus (SLE). This is mostly involving haplotypes, gene copy number, gene conversions with/without C4A no LP/P SNVs in clinvar. (1 LP but evidence provided indicates that it was classified as a VUS) PMID: 32048120; 2019 Update of the IUIS Phenotypical Classification indicates that complete C4 deficiency requires both C4A+C4B and C4A alone leads to partial deficiency |
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| Mendeliome v0.11668 | NDUFS1 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11668 | NDUFS1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFS1 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 5 - MIM#618226 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11665 | UCP3 |
Belinda Chong changed review comment from: Inheritance: Autosomal dominant, autosomal recessive and multifactorial PMID: 21544083 Identified four novel mutations in the UCP3 gene (V56M, A111V, V192I and Q252X) in 200 children with severe, early-onset obesity (body mass index-standard deviation score >2.5; onset: <4 years) living in Southern Italy. Indicated that protein UCP3 affects long-chain fatty acid metabolism and can prevent cytosolic triglyceride storage. Also suggested that telmisartan, which increases fatty acid oxidation in rat skeletal muscle, also improves UCP3 wt and mutant protein activity, including the dominant-negative UCP3 mutants (V56M & Q252X). All variants are present in GnomAD there are 56 - V56M, 325 - A111V, 9 - V192I and 2 - A252X; to: Inheritance: Autosomal dominant, autosomal recessive and multifactorial PMID: 21544083 Identified four novel mutations in the UCP3 gene (V56M, A111V, V192I and Q252X) in 200 children with severe, early-onset obesity (body mass index-standard deviation score >2.5; onset: <4 years) living in Southern Italy. Indicated that protein UCP3 affects long-chain fatty acid metabolism and can prevent cytosolic triglyceride storage. Also suggested that telmisartan, which increases fatty acid oxidation in rat skeletal muscle, also improves UCP3 wt and mutant protein activity, including the dominant-negative UCP3 mutants (V56M & Q252X). Single pathogenic variant in ClinVar All variants are present in GnomAD there are 56 - V56M, 325 - A111V, 9 - V192I and 2 - A252X |
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| Mendeliome v0.11665 | NDUFS4 | Krithika Murali reviewed gene: NDUFS4: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 11181577, 11165261, 16478720, 10944442, 24295889, 22326555, 27079373, 15975579, 19364667, 27671926, 33093004, 29264396, 34484776; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 1 - MIM#252010; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11665 | UROD | Belinda Chong reviewed gene: UROD: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23545314, 30514647, 9792863; Phenotypes: Porphyria cutanea tarda, Porphyria, hepatoerythropoietic (MIM#176100); Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11665 | UQCRB | Belinda Chong commented on gene: UQCRB: Three families, two had the same variant. Functional data. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11665 | UQCRB | Belinda Chong reviewed gene: UQCRB: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23281071, 28275242, 12709789, 25446085, 23454382; Phenotypes: Mitochondrial complex III deficiency, nuclear type 3, MIM# 615158; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11665 | UQCC2 | Belinda Chong reviewed gene: UQCC2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24385928, 28804536; Phenotypes: Mitochondrial complex III deficiency, nuclear type 7 - MIM#615824; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11665 | C9 | Ain Roesley Marked gene: C9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11662 | C8B | Ain Roesley Marked gene: C8B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11659 | C8A |
Ain Roesley changed review comment from: 6 unrelated (2 japanese and 4 africans) with 3 different variants between them (2 splice - 1 with aberrant splicing proven on cDNA and 1 nonsense) PMID: 8098723; 3 families hom for a nonsense and 2 families 3rd het for the same nonsense and unknown 2nd allele Amber because no other reports apart from these papers and comprehensive sequencing was not done even in the 2020 paper.; to: 6 unrelated (2 japanese and 4 africans) with 3 different variants between them (2 splice - 1 with aberrant splicing proven on cDNA and 1 nonsense) Amber because no other reports apart from these papers and comprehensive sequencing was not done even in the 2020 paper. |
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| Mendeliome v0.11659 | SAMHD1 | Samantha Ayres reviewed gene: SAMHD1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 19525956, 21102625, 33307271, 20301648; Phenotypes: Aicardi-Goutieres syndrome 5, MIM# 612952; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11659 | C7 | Ain Roesley Marked gene: C7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11652 | C6 | Ain Roesley Marked gene: C6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11652 | NDUFS3 | Krithika Murali reviewed gene: NDUFS3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 22499348, 30140060, 14729820, 33097395; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 8 - MIM#618230; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11652 | C5 | Ain Roesley Marked gene: C5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11649 | NDUFS2 | Krithika Murali reviewed gene: NDUFS2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28031252, 31411514, 22036843, 20819849, 11220739, 23266820, 31411514; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 6 - MIM#618228; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11649 | NDUFS1 | Krithika Murali reviewed gene: NDUFS1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 33751534, 24952175, 20382551, 21203893, 20797884, 15824269, 25615419, 11349233, 22399432; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 5 - MIM#618226; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11649 | C3 | Ain Roesley Marked gene: C3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11645 | SMARCA4 | Zornitza Stark Marked gene: SMARCA4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11645 | SMARCA4 | Zornitza Stark Gene: smarca4 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11645 | SMARCA4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SMARCA4 were changed from to Coffin-Siris syndrome 4, MIM# 614609 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11644 | SMARCA4 | Zornitza Stark Publications for gene: SMARCA4 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11643 | SMARCA4 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: SMARCA4 was changed from Unknown to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11642 | SMARCA4 | Zornitza Stark reviewed gene: SMARCA4: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 22426308; Phenotypes: Coffin-Siris syndrome 4, MIM# 614609; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11642 | SMAD9 | Zornitza Stark Marked gene: SMAD9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11642 | SMAD9 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SMAD9 were changed from to Pulmonary hypertension, primary, 2 MIM#615342 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11639 | SMAD9 | Zornitza Stark reviewed gene: SMAD9: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 29844917, 21920918, 19211612, 21898662; Phenotypes: Pulmonary hypertension, primary, 2 MIM#615342; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11639 | SMAD7 | Zornitza Stark Marked gene: SMAD7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11636 | SMAD4 | Zornitza Stark Marked gene: SMAD4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11636 | SMAD4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SMAD4 were changed from to Juvenile polyposis/hereditary haemorrhagic telangiectasia syndrome, MIM# 175050; Polyposis, juvenile intestinal, MIM# 174900; Myhre syndrome, MIM# 139210 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11633 | SMAD4 | Zornitza Stark reviewed gene: SMAD4: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 30809044, 15235019, 16613914, 20101697, 22158539, 22243968; Phenotypes: Juvenile polyposis/hereditary haemorrhagic telangiectasia syndrome, MIM# 175050, Polyposis, juvenile intestinal, MIM# 174900, Myhre syndrome, MIM# 139210; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11633 | SLITRK6 | Zornitza Stark Marked gene: SLITRK6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11630 | SLITRK1 | Zornitza Stark Marked gene: SLITRK1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11626 | SLCO1B3 | Zornitza Stark Marked gene: SLCO1B3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11621 | SLCO1B1 | Zornitza Stark edited their review of gene: SLCO1B1: Added comment: Digenic inheritance proposed, with variants in SLCO1B3 also required.; Changed rating: AMBER; Changed publications: 33860121; Changed phenotypes: Hyperbilirubinemia, Rotor type, digenic 237450; Changed mode of inheritance: Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11619 | SLC9A9 | Zornitza Stark Marked gene: SLC9A9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11615 | SLC7A9 | Zornitza Stark Marked gene: SLC7A9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11612 | SLC6A9 | Zornitza Stark Marked gene: SLC6A9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11609 | SLC6A8 | Zornitza Stark Marked gene: SLC6A8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11606 | ENPP1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ENPP1 were changed from to Arterial calcification, generalized, of infancy, 1, MIM# 208000; Cole disease, MIM# 615522; Hypophosphatemic rickets, autosomal recessive, 2, MIM# 613312 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11603 | ENPP1 | Zornitza Stark reviewed gene: ENPP1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24075184, 26617416, 28964717, 32598042, 35220637, 12881724, 15605415, 33005041, 20016754, 20137773, 20137772; Phenotypes: Arterial calcification, generalized, of infancy, 1, MIM# 208000, Cole disease, MIM# 615522, Hypophosphatemic rickets, autosomal recessive, 2, MIM# 613312; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11603 | VMA21 | Zornitza Stark Marked gene: VMA21 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11600 | VPS33B | Zornitza Stark Marked gene: VPS33B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11600 | VPS33B | Zornitza Stark Phenotypes for gene: VPS33B were changed from to Arthrogryposis, renal dysfunction, and cholestasis 1 (MIM#208085) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11597 | VPS33B | Zornitza Stark reviewed gene: VPS33B: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31240160, 31777725, 24415890, 15052268; Phenotypes: Arthrogryposis, renal dysfunction, and cholestasis 1 (MIM#208085); Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11597 | VPS35 | Zornitza Stark Marked gene: VPS35 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11597 | VPS35 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: VPS35 were changed from to Parkinson disease 17, MIM# 614203 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11594 | VPS35 | Zornitza Stark reviewed gene: VPS35: Rating: ; Mode of pathogenicity: None; Publications: 21763482, 21763483, 22801713, 34704029; Phenotypes: Parkinson disease 17, MIM# 614203; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11594 | VSX1 | Zornitza Stark Marked gene: VSX1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11590 | VWF | Zornitza Stark Marked gene: VWF as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11588 | VKORC1 | Zornitza Stark Marked gene: VKORC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11588 | VKORC1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: VKORC1 were changed from to Vitamin K-dependent clotting factors, combined deficiency of, 2, MIM# 607473; Warfarin resistance, MIM# 122700 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11586 | VIPAS39 | Zornitza Stark Marked gene: VIPAS39 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11586 | VIPAS39 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: VIPAS39 were changed from to Arthrogryposis, renal dysfunction, and cholestasis 2, MIM#613404 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11583 | VIPAS39 | Zornitza Stark reviewed gene: VIPAS39: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20190753, 35151346; Phenotypes: Arthrogryposis, renal dysfunction, and cholestasis 2, MIM#613404; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11583 | VEGFA | Zornitza Stark Marked gene: VEGFA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11583 | VEGFA | Zornitza Stark Phenotypes for gene: VEGFA were changed from to {Microvascular complications of diabetes 1} 603933 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11581 | VEGFA | Zornitza Stark reviewed gene: VEGFA: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: {Microvascular complications of diabetes 1} 603933; Mode of inheritance: None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11581 | VDR | Zornitza Stark Marked gene: VDR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11578 | VCL | Zornitza Stark Marked gene: VCL as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11578 | VCL | Zornitza Stark Phenotypes for gene: VCL were changed from to Cardiomyopathy, dilated, 1W, MIM# 611407 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11575 | VCL | Zornitza Stark reviewed gene: VCL: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31983221, 32516855, 26406308, 26458567, 24062880, 11815424, 17785437, 17097056; Phenotypes: Cardiomyopathy, dilated, 1W, MIM# 611407; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11575 | VANGL2 | Zornitza Stark Marked gene: VANGL2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11571 | VANGL1 | Zornitza Stark Marked gene: VANGL1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11567 | VAMP1 | Zornitza Stark Marked gene: VAMP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11564 | NDUFB8 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFB8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11564 | NDUFB8 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFB8 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 32 - MIM#618252 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11561 | NDUFAF7 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFAF7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11554 | NDUFAF4 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFAF4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11554 | NDUFAF4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFAF4 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 15 - MIM#618237 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11551 | EDARADD | Bryony Thompson Marked gene: EDARADD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11551 | EDARADD | Bryony Thompson Gene: edaradd has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11551 | EDARADD | Bryony Thompson Mode of inheritance for gene: EDARADD was changed from Unknown to BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11550 | EDARADD | Bryony Thompson reviewed gene: EDARADD: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20301291, 34219261, 11780064, 26991760, 34573371, 20979233, 17354266, 26440664; Phenotypes: autosomal dominant hypohidrotic ectodermal dysplasia MONDO:0015884, autosomal recessive hypohidrotic ectodermal dysplasia MONDO:0016619; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11550 | EDAR | Bryony Thompson Marked gene: EDAR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11550 | EDAR | Bryony Thompson Gene: edar has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11550 | EDAR | Bryony Thompson Phenotypes for gene: EDAR were changed from to autosomal dominant hypohidrotic ectodermal dysplasia MONDO:0015884; autosomal recessive hypohidrotic ectodermal dysplasia MONDO:0016619 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11549 | EDAR | Bryony Thompson Publications for gene: EDAR were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11548 | EDAR | Bryony Thompson Mode of inheritance for gene: EDAR was changed from Unknown to BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11547 | EDAR | Bryony Thompson reviewed gene: EDAR: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 10431241, 20301291, 16435307, 20979233, 23401279, 18384562; Phenotypes: autosomal dominant hypohidrotic ectodermal dysplasia MONDO:0015884, autosomal recessive hypohidrotic ectodermal dysplasia MONDO:0016619; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11547 | NDUFAF3 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFAF3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11547 | NDUFAF3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFAF3 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 18 - MIM#618240 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11544 | NDUFA2 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFA2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11544 | NDUFA2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFA2 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 13 - MIM#618235 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11541 | NDUFB8 | Krithika Murali reviewed gene: NDUFB8: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 29429571; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 32 - MIM#618252; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11540 | NDUFAF4 |
Krithika Murali edited their review of gene: NDUFAF4: Added comment: 3 unrelated families reported with patient-specific functional evidence provided for each. PMID: 32949790 - report two siblings with facial dysmorphism and lactic acidosis diagnosed neonatally with subsequent fatal early encephalopathy with apneic episodes, irritability, central hypoventilation, liver involvement and hyperammonemia. Cerebral white matter anomalies reported in one patient and cardiomyopathy in the other. WES identified homozygous nonsense NDUFAF4 variants with absent NDUFAF4 expression in patient fibroblasts. OXPHOS assembly studies demonstrated almost undetectable levels of fully assembled complex I and complex I–containing supercomplexes and an abnormal accumulation of SCIII2IV1 supercomplexes. Morphologically, fibroblasts showed rounder mitochondria and a diminished degree of branching of the mitochondrial network. PMID: 28853723 - report one patient born at 38 weeks after IOL for IUGR. Presented age 7 months with developmental regression, growth failure and central hypotonia. Brain MRI revealed diffuse bilateral signal alterations in the basal ganglia and thalami and an EEG showed generalized slowing with multifocal spikes consistent with an epileptogenic focus. Homozygous missense NDUFAF4 variants identified. Lentiviral complementation of patient fibroblasts with wild-type NDUFAF4 rescued complex I deficiency and assembly defect PMID 18179882 - report multiple affected individuals from one family. Most presented soon after birth with severe metabolic acidosis and high plasma lactate levels. Patients who survived longer were repeatedly admitted because of exacerbation of the acidosis during intercurrent infections. One long-term survivor had profound ID.; Changed publications: 32949790, 28853723, 18179882 |
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| Mendeliome v0.11540 | NDUFAF4 | Krithika Murali reviewed gene: NDUFAF4: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 32949790, 28853723; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 15 - MIM#618237; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11540 | NDUFAF3 | Krithika Murali reviewed gene: NDUFAF3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27986404, 29344937, 19463981; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 18 - MIM#618240; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11540 | UBA5 | Zornitza Stark Marked gene: UBA5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11540 | UBA5 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: UBA5 were changed from to Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 24, MIM# 617133; Epileptic encephalopathy, early infantile, 44 617132; Hypomyelinating neuropathy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11537 | UBA5 |
Zornitza Stark changed review comment from: Bi-allelic variants in UBA5 cause a range of neurological phenotypes. Ataxia has been specifically described only in one sibling pair. Multiple individuals reported with a more severe EE/ID phenotype, and non-specific movement disorders.; to: Bi-allelic variants in UBA5 cause a range of neurological phenotypes. Ataxia has been specifically described only in one sibling pair. Multiple individuals reported with a more severe EE/ID phenotype, and non-specific movement disorders. Also note these two reports of demyelinating peripheral neuropathy: 26872069 pair of sibs with mild ataxia, one with neuropathy; 32179706 five individuals from a consanguineous family presenting in infancy with severe fatal neuropathy. Some functional data. Due to early mortality, uncertain at present whether additional features would have developed. |
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| Mendeliome v0.11537 | UBA5 | Zornitza Stark edited their review of gene: UBA5: Changed rating: GREEN; Changed publications: 26872069, 27545681, 27545674, 32179706, 26872069; Changed phenotypes: Spinocerebellar ataxia, autosomal recessive 24, MIM# 617133, Epileptic encephalopathy, early infantile, 44 617132, Hypomyelinating neuropathy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11537 | NDUFA2 | Krithika Murali reviewed gene: NDUFA2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28857146, 32154054, 18513682; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 13 - MIM#618235; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11537 | KANSL1 | Zornitza Stark Marked gene: KANSL1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11537 | IKBKG | Zornitza Stark Marked gene: IKBKG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11535 | IKBKB | Zornitza Stark Marked gene: IKBKB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11532 | IL10RB | Zornitza Stark Marked gene: IL10RB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11532 | IL10RB | Zornitza Stark Phenotypes for gene: IL10RB were changed from to Inflammatory bowel disease 25, early onset, autosomal recessive, MIM# 612567 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11529 | IL12B | Zornitza Stark Marked gene: IL12B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11526 | IL10RB | Zornitza Stark reviewed gene: IL10RB: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 19890111, 21519361, 35187668, 31096038; Phenotypes: Inflammatory bowel disease 25, early onset, autosomal recessive, MIM# 612567; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11526 | IL10RA | Zornitza Stark Marked gene: IL10RA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11526 | IL10RA | Zornitza Stark Phenotypes for gene: IL10RA were changed from to Inflammatory bowel disease 28, early onset, autosomal recessive, MIM# 613148 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11523 | IL10RA | Zornitza Stark reviewed gene: IL10RA: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 19890111, 21519361, 22476154; Phenotypes: Inflammatory bowel disease 28, early onset, autosomal recessive, MIM# 613148; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11523 | IL10 |
Zornitza Stark changed review comment from: At least two families and a mouse model. Rare variants in this gene are also associated with susceptibility to a range of immune-related complex disorder.; to: At least two families and a mouse model. Rare variants in this gene are also associated with susceptibility to a range of immune-related complex disorders. |
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| Mendeliome v0.11523 | IL10 | Zornitza Stark Marked gene: IL10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11523 | IL10 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: IL10 were changed from to Diseases of Immune Dysregulation; Early-onset inflammatory bowel disease | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11520 | IL10 | Zornitza Stark reviewed gene: IL10: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 22236434, 20951137, 19890111; Phenotypes: Diseases of Immune Dysregulation, Early-onset inflammatory bowel disease; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11520 | IGLL1 | Zornitza Stark Marked gene: IGLL1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11517 | IGHMBP2 | Zornitza Stark Marked gene: IGHMBP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11517 | IGHMBP2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: IGHMBP2 were changed from to Neuronopathy, distal hereditary motor, type VI, MIM# 604320; Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2S, MIM# 616155 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11514 | IGHMBP2 | Zornitza Stark reviewed gene: IGHMBP2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Neuronopathy, distal hereditary motor, type VI, MIM# 604320, Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2S, MIM# 616155; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11514 | CCDC134 | Zornitza Stark Marked gene: CCDC134 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11512 | RACGAP1 | Zornitza Stark Marked gene: RACGAP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11508 | KIF23 | Zornitza Stark edited their review of gene: KIF23: Added comment: Second individual reported, elongation variant.; Changed rating: AMBER; Changed publications: 23570799, 33159567; Changed phenotypes: Anaemia, congenital dyserythropoietic, type IIIA 105600 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11508 | IL12RB1 | Zornitza Stark Marked gene: IL12RB1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11505 | IL13 | Zornitza Stark Marked gene: IL13 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11503 | NDUFAF2 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFAF2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11503 | NDUFAF2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFAF2 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 10 - MIM#618233 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11500 | NDUFAF1 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFAF1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11500 | NDUFAF1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFAF1 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 11 - MIM#618234 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11497 | NDUFA9 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFA9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11497 | NDUFA9 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFA9 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 26 - MIM#618247 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11494 | NDUFA7 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFA7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11493 | TPTE2P5 | Zornitza Stark Marked gene: TPTE2P5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11492 | IL6 | Zornitza Stark Marked gene: IL6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11492 | IL6 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: IL6 were changed from to {Crohn disease-associated growth failure} 266600; {Intracranial hemorrhage in brain cerebrovascular malformations, susceptibility to} 108010; {Rheumatoid arthritis, systemic juvenile} 604302; {Kaposi sarcoma, susceptibility to} 148000; {Type 1 diabetes mellitus} 222100; {Type 2 diabetes mellitus} 125853 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11490 | IL6 | Zornitza Stark reviewed gene: IL6: Rating: ; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: {Crohn disease-associated growth failure} 266600, {Intracranial hemorrhage in brain cerebrovascular malformations, susceptibility to} 108010, {Rheumatoid arthritis, systemic juvenile} 604302, {Kaposi sarcoma, susceptibility to} 148000, {Type 1 diabetes mellitus} 222100, {Type 2 diabetes mellitus} 125853; Mode of inheritance: None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11490 | IL4 | Zornitza Stark Marked gene: IL4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11489 | IL36RN | Zornitza Stark Marked gene: IL36RN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11489 | IL36RN | Zornitza Stark Phenotypes for gene: IL36RN were changed from to Psoriasis 14, pustular, MIM# 614204 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11486 | IL36RN | Zornitza Stark reviewed gene: IL36RN: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 21848462, 21839423, 22903787, 23648549; Phenotypes: Psoriasis 14, pustular, MIM# 614204; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11486 | IL31RA | Zornitza Stark Marked gene: IL31RA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11486 | IL31RA | Zornitza Stark Phenotypes for gene: IL31RA were changed from to Amyloidosis, primary localized cutaneous, 2, MIM# 613955 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11483 | IL31RA | Zornitza Stark reviewed gene: IL31RA: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Amyloidosis, primary localized cutaneous, 2, MIM# 613955; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11483 | NDUFAF2 | Krithika Murali reviewed gene: NDUFAF2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 33528536, 34364746, 16200211, 19384974, 20571988; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 10 - MIM#618233; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11483 | NDUFAF1 | Krithika Murali reviewed gene: NDUFAF1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 17557076, 21931170, 16218961, 24963768, 34975718; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 11 - MIM#618234; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11483 | NDUFA9 | Krithika Murali reviewed gene: NDUFA9: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26425749, 28671271, 22114105; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 26 - MIM#618247; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11483 | IL2RA | Zornitza Stark Marked gene: IL2RA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11480 | IL1RN | Zornitza Stark Marked gene: IL1RN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11477 | IREB2 | Zornitza Stark Marked gene: IREB2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11477 | IREB2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: IREB2 were changed from to Neurodegeneration, early-onset, with choreoathetoid movements and microcytic anemia, MIM#618451 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11474 | ISG15 | Zornitza Stark Marked gene: ISG15 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11471 | ISCU | Zornitza Stark Marked gene: ISCU as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11471 | ISCU | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ISCU were changed from to Myopathy with lactic acidosis, hereditary, MIM# 255125 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11468 | ISCU | Zornitza Stark reviewed gene: ISCU: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 29079705, 18304497, 18296749, 19567699; Phenotypes: Myopathy with lactic acidosis, hereditary, MIM# 255125; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11468 | IRS1 | Zornitza Stark Marked gene: IRS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11468 | IRS1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: IRS1 were changed from to {Coronary artery disease, susceptibility to}; {Type 2 diabetes mellitus, susceptibility to}, MIM# 125853 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11466 | IRS1 | Zornitza Stark reviewed gene: IRS1: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: {Coronary artery disease, susceptibility to}, {Type 2 diabetes mellitus, susceptibility to}, MIM# 125853; Mode of inheritance: None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11466 | IRF8 | Zornitza Stark Marked gene: IRF8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11463 | IRF5 | Zornitza Stark Marked gene: IRF5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11461 | IRF1 | Zornitza Stark Marked gene: IRF1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11460 | IREB2 | Zornitza Stark reviewed gene: IREB2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 30915432, 31243445, 11175792; Phenotypes: Neurodegeneration, early-onset, with choreoathetoid movements and microcytic anemia, MIM#618451; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11459 | NDUFA10 | Zornitza Stark reviewed gene: NDUFA10: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 21150889, 26741492, 28247337; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 22 - MIM#618243; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11459 | NDUFA10 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFA10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11459 | NDUFA10 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFA10 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 22 - MIM#618243 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11456 | NDST1 | Zornitza Stark Marked gene: NDST1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11456 | NDST1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDST1 were changed from to Mental retardation, autosomal recessive 46 - MIM#616116 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11453 | NCR3 | Zornitza Stark Marked gene: NCR3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11452 | NCOA4 | Zornitza Stark Marked gene: NCOA4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11451 | NCF4 | Zornitza Stark Marked gene: NCF4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11448 | NCF2 | Zornitza Stark Marked gene: NCF2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11445 | SALL4 | Zornitza Stark Marked gene: SALL4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11442 | TYROBP | Zornitza Stark Marked gene: TYROBP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11439 | IRAK4 | Zornitza Stark Marked gene: IRAK4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11436 | INSR | Zornitza Stark Marked gene: INSR as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11433 | INS | Zornitza Stark Marked gene: INS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11430 | INO80 | Zornitza Stark Marked gene: INO80 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11430 | INO80 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: INO80 were changed from to Primary immunodeficiency, MONDO:0003778 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11426 | INO80 | Zornitza Stark reviewed gene: INO80: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25312759; Phenotypes: Primary immunodeficiency, MONDO:0003778; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11426 | IMPAD1 | Zornitza Stark Marked gene: IMPAD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11423 | ILF2 | Zornitza Stark changed review comment from: Cannot find evidence for association with Mendelian disease.; to: Limited data to support association with autism: two variants in a large ASD cohort and other supportive evidence. Assessed as 'strong candidate' by SFARI. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11423 | ILF2 | Zornitza Stark Marked gene: ILF2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11422 | NDUFA10 | Krithika Murali reviewed gene: NDUFA10: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26741492, 21150889; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 22 - MIM#618243; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11422 | NDST1 | Krithika Murali reviewed gene: NDST1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25125150, 21937992, 32878022, 28211985; Phenotypes: Mental retardation, autosomal recessive 46 - MIM#616116; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11422 | IFNGR2 | Zornitza Stark Marked gene: IFNGR2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11419 | IFNGR1 | Zornitza Stark Marked gene: IFNGR1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11419 | IFNGR1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: IFNGR1 were changed from to Immunodeficiency 27A, mycobacteriosis, AR, MIM# 209950; Immunodeficiency 27B, mycobacteriosis, AD, MIM# 615978 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11416 | IFNGR1 | Zornitza Stark reviewed gene: IFNGR1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 7815885, 8960475, 9389728, 10811850, 10192386, 12244188, 15589309; Phenotypes: Immunodeficiency 27A, mycobacteriosis, AR, MIM# 209950, Immunodeficiency 27B, mycobacteriosis, AD, MIM# 615978; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11416 | IFITM3 | Zornitza Stark Marked gene: IFITM3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11414 | IDH3B | Zornitza Stark Marked gene: IDH3B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11411 | IDH2 | Zornitza Stark Marked gene: IDH2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11411 | IDH2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: IDH2 were changed from to D-2-hydroxyglutaric aciduria 2, MIM# 613657 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11408 | IDH2 | Zornitza Stark reviewed gene: IDH2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25778941, 27142242, 20847235, 24049096; Phenotypes: D-2-hydroxyglutaric aciduria 2, MIM# 613657; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11408 | ICOS | Zornitza Stark Marked gene: ICOS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11408 | ICOS | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ICOS were changed from to Immunodeficiency, common variable, 1 MIM# 607594 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11405 | ICOS | Zornitza Stark reviewed gene: ICOS: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 12577056, 15507387, 19380800, 28861081, 31858365, 11343122, 16982935; Phenotypes: Immunodeficiency, common variable, 1 MIM# 607594; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11405 | ICAM4 | Zornitza Stark Marked gene: ICAM4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11403 | ACACA | Zornitza Stark Marked gene: ACACA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11403 | ACACA | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ACACA were changed from to Acetyl-CoA carboxylase deficiency MIM#613933 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11399 | ABL1 | Zornitza Stark Marked gene: ABL1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11399 | ABCG8 | Zornitza Stark Marked gene: ABCG8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11394 | ACACA | Elena Savva reviewed gene: ACACA: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 34552920, 10677481, 16717184; Phenotypes: Acetyl-CoA carboxylase deficiency MIM#613933; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11394 | ACAD8 | Elena Savva Marked gene: ACAD8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11391 | C2 | Ain Roesley Marked gene: C2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11390 | ABL1 | Elena Savva Phenotypes for gene: ABL1 were changed from to Congenital heart defects and skeletal malformations syndrome MIM#617602 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11388 | ABL1 | Elena Savva reviewed gene: ABL1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: Other; Publications: PMID: 28288113, 30855488, 32643838; Phenotypes: Congenital heart defects and skeletal malformations syndrome MIM#617602; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11387 | C1S | Ain Roesley Marked gene: C1S as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11386 | ABCC8 | Elena Savva Marked gene: ABCC8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11384 | C1R | Ain Roesley Marked gene: C1R as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11382 | ITCH | Zornitza Stark Marked gene: ITCH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11379 | C1QTNF5 | Ain Roesley Marked gene: C1QTNF5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11378 | C1QTNF5 | Ain Roesley Mode of pathogenicity for gene: C1QTNF5 was changed from to Loss-of-function variants (as defined in pop up message) DO NOT cause this phenotype - please provide details in the comments | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11377 | C1QTNF5 | Ain Roesley reviewed gene: C1QTNF5: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: Loss-of-function variants (as defined in pop up message) DO NOT cause this phenotype - please provide details in the comments; Publications: 33949280, 12944416, 30451557, 28939808, : 32036094; Phenotypes: Retinal degeneration, late-onset, autosomal dominant MIM#605670; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11377 | ITGA7 | Zornitza Stark Marked gene: ITGA7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11377 | ITGA7 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ITGA7 were changed from to Muscular dystrophy, congenital, due to ITGA7 deficiency, MIM# 613204 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11374 | ITGA7 | Zornitza Stark reviewed gene: ITGA7: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34552617, 9590299; Phenotypes: Muscular dystrophy, congenital, due to ITGA7 deficiency, MIM# 613204; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11373 | C1QC | Ain Roesley Marked gene: C1QC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11372 | ITPA | Zornitza Stark Marked gene: ITPA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11369 | IVD | Zornitza Stark Marked gene: IVD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11365 | C1QB | Ain Roesley Marked gene: C1QB as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11365 | IYD | Zornitza Stark Marked gene: IYD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11364 | C12orf57 | Ain Roesley Marked gene: C12orf57 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11364 | C12orf4 | Ain Roesley Marked gene: C12orf4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11362 | C1GALT1C1 | Ain Roesley Marked gene: C1GALT1C1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11354 | IARS2 | Zornitza Stark Marked gene: IARS2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11354 | IARS2 | Zornitza Stark Gene: iars2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11354 | IARS2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: IARS2 were changed from to Cataracts, growth hormone deficiency, sensory neuropathy, sensorineural hearing loss, and skeletal dysplasia, MIM# 616007 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11353 | IARS2 | Zornitza Stark Publications for gene: IARS2 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11352 | IARS2 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: IARS2 was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11351 | IARS2 | Zornitza Stark reviewed gene: IARS2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28328135, 30419932, 25130867, 30041933; Phenotypes: Cataracts, growth hormone deficiency, sensory neuropathy, sensorineural hearing loss, and skeletal dysplasia, MIM# 616007; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11351 | KAAG1 | Zornitza Stark Marked gene: KAAG1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11350 | KATNAL2 | Zornitza Stark Marked gene: KATNAL2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11346 | KCNA1 | Zornitza Stark Marked gene: KCNA1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11342 | KCNA5 | Zornitza Stark Marked gene: KCNA5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11339 | KCND3 | Zornitza Stark Marked gene: KCND3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11339 | KCND3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KCND3 were changed from Spinocerebellar ataxia 19, MIM# 607346 to Spinocerebellar ataxia 19, MIM# 607346 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11338 | KCND3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KCND3 were changed from to Spinocerebellar ataxia 19, MIM# 607346 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11335 | KCND3 | Zornitza Stark reviewed gene: KCND3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23280837, 23280838, 34361012, 34067185, 33575485, 32823520; Phenotypes: Spinocerebellar ataxia 19, MIM# 607346; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11335 | KCNE5 | Zornitza Stark Marked gene: KCNE5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11331 | KCNE5 |
Zornitza Stark changed review comment from: Associated with Brugada is DISPUTED. Rare variants in KCNE5 reported in AF cohorts with some supportive functional data.; to: Association with Brugada is DISPUTED. Rare variants in KCNE5 reported in AF cohorts with some supportive functional data. |
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| Mendeliome v0.11331 | KCNJ10 | Zornitza Stark Marked gene: KCNJ10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11328 | KCNK18 | Zornitza Stark Marked gene: KCNK18 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11325 | KCNK3 | Zornitza Stark Marked gene: KCNK3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11324 | KCNK3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KCNK3 were changed from Pulmonary hypertension, primary, 4 MIM#615344 to Pulmonary hypertension, primary, 4 MIM#615344; Neurodevelopmental disorder, MONDO:0700092, KCNK3-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11323 | KCNMA1 | Zornitza Stark Marked gene: KCNMA1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11323 | KCNMA1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KCNMA1 were changed from to Paroxysmal nonkinesigenic dyskinesia, 3, with or without generalized epilepsy, MIM# 609446; Cerebellar atrophy, developmental delay, and seizures, MIM# 617643; Liang-Wang syndrome, MIM# 618729 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11320 | KCNMA1 |
Zornitza Stark changed review comment from: Multiple individuals with KCNMA1-related channelopathy described, both mono allelic and bi-allelic disease reported; a variety of neurologic symptoms, including ID; some variants are LoF and some are gain of function, some correlation between mechanism of pathogenicity and phenotype.; to: Multiple individuals with KCNMA1-related channelopathy described, both mono allelic and bi-allelic disease reported; a variety of neurologic symptoms, including ID; some variants are LoF and some are gain of function, some correlation between mechanism of pathogenicity and phenotype. Liang-Wang syndrome is a polymalformation syndrome with neurological involvement. |
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| Mendeliome v0.11320 | KCNMA1 | Zornitza Stark reviewed gene: KCNMA1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 15937479, 26195193, 27567911, 29545233, 31427379, 31152168; Phenotypes: Paroxysmal nonkinesigenic dyskinesia, 3, with or without generalized epilepsy, MIM# 609446, Cerebellar atrophy, developmental delay, and seizures, MIM# 617643, Liang-Wang syndrome, MIM# 618729; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11320 | NAT8L | Zornitza Stark Marked gene: NAT8L as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11320 | KCNMB1 | Zornitza Stark Marked gene: KCNMB1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11318 | ECHS1 | Zornitza Stark Marked gene: ECHS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11318 | NAT8L | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NAT8L were changed from to N-acetylaspartate deficiency - MIM#614063 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11314 | NAT8L | Zornitza Stark reviewed gene: NAT8L: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: N-acetylaspartate deficiency - MIM#614063; Mode of inheritance: None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11314 | NAT2 | Zornitza Stark Marked gene: NAT2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11310 | EDA | Bryony Thompson Marked gene: EDA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11307 | ECHS1 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: ECHS1 were changed from to Mitochondrial short-chain enoyl-CoA hydratase 1 deficiency, MIM# 616277; Leigh syndrome MONDO:0009723; cerebral palsy MONDO:0006497; paroxysmal dystonia MONDO:0016058 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11304 | ECHS1 | Bryony Thompson reviewed gene: ECHS1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 33528536, 34364746, 32858208, 31399326, 25125611, 25393721, 32677093; Phenotypes: Mitochondrial short-chain enoyl-CoA hydratase 1 deficiency, MIM# 616277, Leigh syndrome MONDO:0009723, cerebral palsy MONDO:0006497, paroxysmal dystonia MONDO:0016058; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11304 | ARHGAP35 | Ain Roesley Phenotypes for gene: ARHGAP35 were changed from Developmental disorder to neurodevelopmental disorder, ARHGAP35-related MONDO#0700092 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11303 | ARHGAP35 | Ain Roesley Classified gene: ARHGAP35 as Green List (high evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11303 | ARHGAP35 | Ain Roesley Gene: arhgap35 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11302 | ARHGAP35 | Ain Roesley Classified gene: ARHGAP35 as Green List (high evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11302 | ARHGAP35 | Ain Roesley Gene: arhgap35 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11301 | ARHGAP35 | Ain Roesley reviewed gene: ARHGAP35: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: neurodevelopmental disorder, ARHGAP35-related MONDO#0700092; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11301 | KCNV2 | Zornitza Stark Marked gene: KCNV2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11298 | KHDC3L | Zornitza Stark Marked gene: KHDC3L as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11295 | KIAA1109 |
Zornitza Stark changed review comment from: ALKKUCS is an autosomal recessive severe neurodevelopmental disorder characterized by arthrogryposis, brain abnormalities associated with cerebral parenchymal underdevelopment, and global developmental delay. Most affected individuals die in utero or soon after birth. Additional abnormalities may include hypotonia, dysmorphic facial features, and involvement of other organ systems, such as cardiac or renal. The few patients who survive have variable intellectual disability and may have seizures.; to: ALKKUCS is an autosomal recessive severe neurodevelopmental disorder characterized by arthrogryposis, brain abnormalities associated with cerebral parenchymal underdevelopment, and global developmental delay. Most affected individuals die in utero or soon after birth. Additional abnormalities may include hypotonia, dysmorphic facial features, and involvement of other organ systems, such as cardiac or renal. The few patients who survive have variable intellectual disability and may have seizures. More than 10 families reported. |
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| Mendeliome v0.11295 | KIAA1109 | Zornitza Stark Marked gene: KIAA1109 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11292 | KIF1A | Zornitza Stark Marked gene: KIF1A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11292 | KIF1A | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KIF1A were changed from to Neuropathy, hereditary sensory, type IIC, MIM# 614213; NESCAV syndrome, MIM# 614255; Spastic paraplegia 30, MIM# 610357 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11289 | KIF1A | Zornitza Stark edited their review of gene: KIF1A: Changed phenotypes: Neuropathy, hereditary sensory, type IIC, MIM# 614213, NESCAV syndrome, MIM# 614255, Spastic paraplegia 30, MIM# 610357; Changed mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11289 | KIF5A | Zornitza Stark Marked gene: KIF5A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11289 | KIF5A | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KIF5A were changed from to Neuropathy; Spastic paraplegia 10, autosomal dominant, MIM# 604187; Myoclonus, intractable, neonatal, MIM# 617235 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11286 | KIF5A |
Zornitza Stark edited their review of gene: KIF5A: Added comment: Neonatal intractable myoclonus is a severe neurologic disorder characterized by the onset of intractable myoclonic seizures soon after birth. Affected infants have intermittent apnea, abnormal eye movements, pallor of the optic nerve, and lack of developmental progress. Brain imaging shows a progressive leukoencephalopathy. At least 3 unrelated individuals with de novo LoF variants. SPG10/CMT: variants are generally in the motor domain.; Changed publications: 30057544, 29892902, 28902413, 26403765, 25695920, 25008398, 27463701, 27414745; Changed phenotypes: Neuropathy, Spastic paraplegia 10, autosomal dominant, MIM# 604187, Myoclonus, intractable, neonatal, MIM# 617235 |
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| Mendeliome v0.11286 | KIT | Zornitza Stark Marked gene: KIT as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11284 | KIZ | Zornitza Stark Marked gene: KIZ as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11281 | KLF11 | Zornitza Stark Marked gene: KLF11 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11277 | KLF6 | Zornitza Stark Marked gene: KLF6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11276 | KLHDC8B | Zornitza Stark Marked gene: KLHDC8B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11274 | KLHL10 | Zornitza Stark Marked gene: KLHL10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11269 | TLN1 | Bryony Thompson Marked gene: TLN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11268 | TLN1 |
Bryony Thompson gene: TLN1 was added gene: TLN1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: TLN1 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: TLN1 were set to 30888838 Phenotypes for gene: TLN1 were set to idiopathic spontaneous coronary artery dissection MONDO:0007385 Review for gene: TLN1 was set to AMBER Added comment: 10 unique rare heterozygous missense variants in 11 individuals were identified in a 2 generation SCAD family and 56 unrelated individuals with sporadic SCAD. All variants had a MAF of less than 0.06% and occurred within highly conserved β-integrin, F-actin, or vinculin binding domains. Incomplete penetrance was evident in the familial case and five individuals with sporadic SCAD from whom parental DNA was available. No functional assays were conducted. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11267 | NAT8L | Krithika Murali reviewed gene: NAT8L: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 11310630, 19807691, 32275776; Phenotypes: ?N-acetylaspartate deficiency - MIM#614063; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11267 | KLK1 | Zornitza Stark Marked gene: KLK1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11267 | KLK1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KLK1 were changed from to [Kallikrein, decreased urinary activity of] 615953 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11265 | KLK1 | Zornitza Stark reviewed gene: KLK1: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: [Kallikrein, decreased urinary activity of] 615953; Mode of inheritance: None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11265 | KLKB1 | Zornitza Stark Marked gene: KLKB1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11261 | KRT1 | Zornitza Stark Marked gene: KRT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11261 | KRT1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KRT1 were changed from to Epidermolytic hyperkeratosis, MIM#113800; Ichthyosis, cyclic, with epidermolytic hyperkeratosis, MIM# 607602; Ichthyosis histrix, Curth-Macklin type, MIM# 146590; Palmoplantar keratoderma, epidermolytic, MIM# 144200; Palmoplantar keratoderma, nonepidermolytic, MIM# 600962 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11258 | KRT1 | Zornitza Stark reviewed gene: KRT1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 7511022, 21271994, 11286630; Phenotypes: Epidermolytic hyperkeratosis, MIM#113800, Ichthyosis, cyclic, with epidermolytic hyperkeratosis, MIM# 607602, Ichthyosis histrix, Curth-Macklin type, MIM# 146590, Palmoplantar keratoderma, epidermolytic, MIM# 144200, Palmoplantar keratoderma, nonepidermolytic, MIM# 600962; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11258 | KRT12 | Zornitza Stark Marked gene: KRT12 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11255 | TSR1 | Bryony Thompson Marked gene: TSR1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11255 | TSR1 |
Bryony Thompson gene: TSR1 was added gene: TSR1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: TSR1 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: TSR1 were set to 31296288; 31296287 Phenotypes for gene: TSR1 were set to idiopathic spontaneous coronary artery dissection MONDO:0007385 Review for gene: TSR1 was set to RED Added comment: A single case-control study with 85 SCAD cases and 296 non-SCAD controls from the Chinese Han population that underwent exome sequencing. TSR1 was the top hit in association analyses (p < 5.41 × 10-5 in both the optimal sequence kernel association and mixed effects score tests), with 5 variants identified in 8 SCAD cases. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11254 | TMEM151A | Bryony Thompson Marked gene: TMEM151A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11253 | TMEM151A |
Bryony Thompson gene: TMEM151A was added gene: TMEM151A was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: TMEM151A was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: TMEM151A were set to 34820915; 34518509 Phenotypes for gene: TMEM151A were set to episodic kinesigenic dyskinesia MONDO:0044202 Review for gene: TMEM151A was set to GREEN Added comment: PMID: 34820915 - 24 heterozygous TMEM151A variants detected in 29 PRRT2-negative patients from 25 families PMID: 34518509 - TMEM151A variants identified in 3 AD families and 8 isolated PKD patients with incomplete penetrance identified in 3 of the isolated cases. Also, supporting mouse model and in vitro functional assays suggesting loss of function as the mechanism of disease. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11252 | KRT13 | Zornitza Stark Marked gene: KRT13 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11249 | KRT16 | Zornitza Stark Marked gene: KRT16 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11249 | KRT16 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KRT16 were changed from to Palmoplantar keratoderma, nonepidermolytic, focal (MIM#613000); Pachyonychia congenita 1 (MIM#167200) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11246 | KRT16 | Zornitza Stark reviewed gene: KRT16: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 8595410, 10839714; Phenotypes: Palmoplantar keratoderma, nonepidermolytic, focal (MIM#613000), Pachyonychia congenita 1 (MIM#167200); Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11246 | KRT18 | Zornitza Stark Marked gene: KRT18 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11243 | KRT25 | Zornitza Stark Marked gene: KRT25 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11240 | KRT4 | Zornitza Stark Marked gene: KRT4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11237 | KRT74 | Zornitza Stark Marked gene: KRT74 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11233 | KRT75 | Zornitza Stark Marked gene: KRT75 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11233 | KRT75 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KRT75 were changed from to {Pseudofolliculitis barbae, susceptibility to} 612318 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11231 | KRT75 | Zornitza Stark reviewed gene: KRT75: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: {Pseudofolliculitis barbae, susceptibility to} 612318; Mode of inheritance: None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11231 | KRT81 | Zornitza Stark Marked gene: KRT81 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11228 | NARS2 | Zornitza Stark Marked gene: NARS2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11228 | NARS2 | Zornitza Stark Gene: nars2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11228 | NARS2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NARS2 were changed from to Combined oxidative phosphorylation deficiency 24 - MIM#616239; Deafness, autosomal recessive 94 - MIM#618434 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11227 | NARS2 | Zornitza Stark Publications for gene: NARS2 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11226 | NARS2 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: NARS2 was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11225 | PNPLA3 | Zornitza Stark Marked gene: PNPLA3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11221 | NANS | Zornitza Stark Marked gene: NANS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11218 | S1PR2 | Zornitza Stark Marked gene: S1PR2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11215 | NALCN | Zornitza Stark Marked gene: NALCN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11215 | NALCN | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NALCN were changed from to Congenital contractures of the limbs and face, hypotonia, and developmental delay - MIM#616266; Hypotonia, infantile, with psychomotor retardation and characteristic facies 1 - MIM#615419 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11212 | NAGS | Zornitza Stark Marked gene: NAGS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11209 | NACC1 | Zornitza Stark Marked gene: NACC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11209 | NACC1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NACC1 were changed from to Neurodevelopmental disorder with epilepsy, cataracts, feeding difficulties, and delayed brain myelination - MIM#617393 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11206 | NAA15 | Zornitza Stark Marked gene: NAA15 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11203 | NARS2 | Krithika Murali reviewed gene: NARS2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25385316, 25807530, 30327238, 28077841; Phenotypes: Combined oxidative phosphorylation deficiency 24 - MIM#616239, ?Deafness, autosomal recessive 94 - MIM#618434; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11203 | KRT83 | Zornitza Stark Marked gene: KRT83 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11203 | KRT83 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KRT83 were changed from to Erythrokeratodermia variabilis et progressiva 5, MIM# 617756; Monilethrix , MIM#158000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11199 | KRT83 | Zornitza Stark reviewed gene: KRT83: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27965375, 15744029, 25557232; Phenotypes: Erythrokeratodermia variabilis et progressiva 5, MIM# 617756, Monilethrix , MIM#158000; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11199 | KRT10 | Zornitza Stark Marked gene: KRT10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11194 | ERLEC1 | Bryony Thompson Marked gene: ERLEC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11192 | NALCN | Krithika Murali reviewed gene: NALCN: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25683120, 23749988, 24075186, 30167850; Phenotypes: Congenital contractures of the limbs and face, hypotonia, and developmental delay - MIM#616266, Hypotonia, infantile, with psychomotor retardation and characteristic facies 1 - MIM#615419; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11189 | IRX5 |
Zornitza Stark edited their review of gene: IRX5: Added comment: Third family with Hamamy syndrome and homozygous missense variant reported, p.Arg168His. Two cousins, >4 meioses, good segregation data. 4th family as part of large heterogenous cohort of consanguineous families also reported with homozygous frameshift (last exon), but limited phenotypic data.; Changed rating: GREEN; Changed publications: 22581230, 27453922, 34899143 |
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| Mendeliome v0.11189 | NACC1 | Krithika Murali reviewed gene: NACC1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28132692; Phenotypes: Neurodevelopmental disorder with epilepsy, cataracts, feeding difficulties, and delayed brain myelination - MIM#617393; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11189 | EARS2 | Bryony Thompson Marked gene: EARS2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11189 | EARS2 | Bryony Thompson Gene: ears2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11189 | EARS2 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: EARS2 were changed from to Leigh syndrome MONDO:0009723; Combined oxidative phosphorylation deficiency 12 MIM#614924; leukoencephalopathy-thalamus and brainstem anomalies-high lactate syndrome MONDO:0013971 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11188 | EARS2 | Bryony Thompson Publications for gene: EARS2 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11187 | EARS2 | Bryony Thompson Mode of inheritance for gene: EARS2 was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11186 | EARS2 | Bryony Thompson reviewed gene: EARS2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 22492562, 23008233, 25854774, 26619324, 26893310, 27206875, 27571996, 27117034; Phenotypes: Leigh syndrome MONDO:0009723, Combined oxidative phosphorylation deficiency 12 MIM#614924, leukoencephalopathy-thalamus and brainstem anomalies-high lactate syndrome MONDO:0013971; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11185 | KRT8 | Zornitza Stark Marked gene: KRT8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11181 | KRT85 | Zornitza Stark Marked gene: KRT85 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11178 | KRT86 | Zornitza Stark Marked gene: KRT86 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11175 | KRT9 | Zornitza Stark Marked gene: KRT9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11175 | KRT9 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KRT9 were changed from to Palmoplantar keratoderma, epidermolytic (MIM#144200) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11172 | KRT9 | Zornitza Stark reviewed gene: KRT9: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31525823, 29044727, 7512862; Phenotypes: Palmoplantar keratoderma, epidermolytic (MIM#144200); Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11172 | KY | Zornitza Stark Marked gene: KY as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11172 | KY | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KY were changed from to Myopathy, myofibrillar, 7, MIM#617114 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11169 | KY | Zornitza Stark reviewed gene: KY: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 11136708, 27485408, 27484770, 30591934; Phenotypes: Myopathy, myofibrillar, 7, MIM#617114; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11169 | KYNU | Zornitza Stark Marked gene: KYNU as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11169 | KYNU | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KYNU were changed from to Hydroxykynureninuria MIM#236800; Vertebral, cardiac, renal, and limb defects syndrome 2 MIM#617661; Disorders of histidine, tryptophan or lysine metabolism | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11166 | JAG1 | Zornitza Stark Marked gene: JAG1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11166 | JAG1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: JAG1 were changed from to Alagille syndrome 1, MIM# 118450; Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2HH, MIM# 619574 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11163 | JAG1 |
Zornitza Stark changed review comment from: Two unrelated families reported with CMT type 2. Affected individuals in both families exhibited severe vocal fold paresis, a rare feature of peripheral nerve disease that can be life-threatening. Studies of mutant protein posttranslational modification and localization indicated that the mutations (p.Ser577Arg, p.Ser650Pro) impair protein glycosylation and reduce JAG1 cell surface expression. Mice harboring heterozygous CMT2-associated mutations exhibited mild peripheral neuropathy, and homozygous expression resulted in embryonic lethality by midgestation. Pre-existing rat model. Sources: Literature; to: Association with Alagille is very well established. Two unrelated families reported with CMT type 2. Affected individuals in both families exhibited severe vocal fold paresis, a rare feature of peripheral nerve disease that can be life-threatening. Studies of mutant protein posttranslational modification and localization indicated that the mutations (p.Ser577Arg, p.Ser650Pro) impair protein glycosylation and reduce JAG1 cell surface expression. Mice harboring heterozygous CMT2-associated mutations exhibited mild peripheral neuropathy, and homozygous expression resulted in embryonic lethality by midgestation. Pre-existing rat model. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11163 | JAG1 | Zornitza Stark edited their review of gene: JAG1: Changed phenotypes: Alagille syndrome 1, MIM# 118450, Charcot-Marie-Tooth disease, axonal, type 2HH, MIM# 619574 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11163 | JUP | Zornitza Stark Marked gene: JUP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11163 | JUP | Zornitza Stark Phenotypes for gene: JUP were changed from to Arrhythmogenic right ventricular dysplasia 12, MIM# 611528; Naxos disease, MIM# 601214 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11160 | JUP | Zornitza Stark edited their review of gene: JUP: Changed phenotypes: Arrhythmogenic right ventricular dysplasia 12, MIM# 611528, Naxos disease, MIM# 601214 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11160 | JUP | Zornitza Stark reviewed gene: JUP: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 2945574, 21668431, 2945574, 9610536, 18937352, 10902626, 15851108, 27170944, 11691526, 16893920, 29802319, 31275992, 25820315, 25820315, 25765472, 25705887, 25087486, 21668431, 20130592, 17924338, 20031617, 10902626, 20130592, 21320868, 32212272; Phenotypes: Arrhythmogenic right ventricular dysplasia 12, MIM# 611528; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11160 | JPT1 | Zornitza Stark Marked gene: JPT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11159 | JAK2 | Zornitza Stark Marked gene: JAK2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11155 | ZNF644 | Zornitza Stark Marked gene: ZNF644 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11152 | ZNF513 | Zornitza Stark Marked gene: ZNF513 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11148 | ZNF408 | Zornitza Stark Marked gene: ZNF408 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11145 | ZNF335 | Zornitza Stark Marked gene: ZNF335 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11145 | ZNF335 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ZNF335 were changed from to Microcephaly 10, primary, autosomal recessive (MIM#615095) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11142 | ZNF335 | Zornitza Stark reviewed gene: ZNF335: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23178126, 27540107, 29652087; Phenotypes: Microcephaly 10, primary, autosomal recessive (MIM#615095); Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11142 | ZMYND11 | Zornitza Stark Marked gene: ZMYND11 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11142 | ZMYND11 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ZMYND11 were changed from to Mental retardation, autosomal dominant 30, MIM# 616083 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11139 | ZMYND11 | Zornitza Stark reviewed gene: ZMYND11: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 32097528, 34216016; Phenotypes: Mental retardation, autosomal dominant 30 MIM# 616083; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11139 | ZFPM2 | Zornitza Stark Marked gene: ZFPM2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11135 | RPA1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: RPA1 were changed from Bone marrow failure; T- and B-cell lymphopaenia; pulmonary fibrosis; skin manifestations; short telomeres to Pulmonary fibrosis and/or bone marrow failure, telomere-related, 6, MIM# 619767; Bone marrow failure; T- and B-cell lymphopaenia; pulmonary fibrosis; skin manifestations; short telomeres | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11134 | RPA1 | Zornitza Stark edited their review of gene: RPA1: Changed phenotypes: Pulmonary fibrosis and/or bone marrow failure, telomere-related, 6, MIM# 619767, Bone marrow failure, T- and B-cell lymphopaenia, pulmonary fibrosis, skin manifestations, short telomeres | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11134 | OPCML | Zornitza Stark Marked gene: OPCML as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11134 | OPCML | Zornitza Stark Phenotypes for gene: OPCML were changed from to Ovarian cancer, somatic, MIM#167000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11132 | OPCML | Naomi Baker reviewed gene: OPCML: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Ovarian cancer, somatic, MIM#167000; Mode of inheritance: Other | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11132 | NFE2L1 | Bryony Thompson Marked gene: NFE2L1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11132 | NFE2L1 |
Bryony Thompson gene: NFE2L1 was added gene: NFE2L1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: NFE2L1 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: NFE2L1 were set to 35112409 Phenotypes for gene: NFE2L1 were set to Syndromic disease, MONDO:0002254 Review for gene: NFE2L1 was set to RED Added comment: A single patient with developmental delay, hypotonia, hypospadias, bifid scrotum, and failure to thrive, with a heterozygous nonsense variant in the last exon. In vitro functional assays suggest a dominant-negative effect. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11131 | ZFP57 | Zornitza Stark Marked gene: ZFP57 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11128 | XYLT2 | Zornitza Stark Marked gene: XYLT2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11128 | XYLT2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: XYLT2 were changed from to Spondyloocular syndrome MIM# 605822 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11125 | XYLT2 | Zornitza Stark reviewed gene: XYLT2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26027496, 26987875, 30891060, 28484880; Phenotypes: Spondyloocular syndrome MIM# 605822; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11125 | XRCC3 | Zornitza Stark Marked gene: XRCC3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11124 | XIAP | Zornitza Stark Marked gene: XIAP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11121 | XG | Zornitza Stark Marked gene: XG as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11115 | OPDM4 | Bryony Thompson Marked STR: OPDM4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11114 | OPDM4 |
Bryony Thompson STR: OPDM4 was added STR: OPDM4 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for STR: OPDM4 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for STR: OPDM4 were set to 35148830 Phenotypes for STR: OPDM4 were set to Oculopharyngodistal myopathy MONDO:0025193 Review for STR: OPDM4 was set to GREEN STR: OPDM4 was marked as clinically relevant Added comment: 5'UTR repeat upstream of RILPL1. Analyses suggest that toxic RNA gain-of-function is the mechanism of disease for the repeat expansion. Distribution of CGG repeat units in RILPL1 ranged from 9 to 16 among 200 normal controls. The size of the CGG repeat ranged from 139 to 197 (169.91 ± 21.82) repeats in 11 unrelated individuals with OPDM. Segregation evidence from 1 family, with 2 affected individuals with the repeat expansion and 1 individual with essential tremor but not OPDM and 86 repeats (intermediate). Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11113 | RECQL | Alison Yeung Marked gene: RECQL as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11112 | HIST1H4E | Alison Yeung Marked gene: HIST1H4E as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11111 | HIST1H4D | Zornitza Stark Marked gene: HIST1H4D as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11110 | RECQL |
Dean Phelan gene: RECQL was added gene: RECQL was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: RECQL was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: RECQL were set to PMID: 35025765 Phenotypes for gene: RECQL were set to Photosensitivity; facial dysmorphism; xeropthalmia; skeletal abnormalities Review for gene: RECQL was set to AMBER Added comment: PMID: 35025765 - Homozygous missense variants identified in two seemingly unrelated families with a genome instability disorder. Both families had the same missense variant. Phenotype was progeroid facial features, skin photosensitivity, xeroderma, and slender elongated thumbs. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11109 | HIST1H4E |
Paul De Fazio changed review comment from: 17 patients identified with de novo missense variants affecting Lys31, Pro32, Arg35, Leu37, Arg40 (recurrent), Arg45 (recurrent), Tyr98 (recurrent). All individuals had ID/dev delay. Additional phenotypes in some but not all individuals included epilepsy, hypotonia, facial dysmorphism. Most had reduced birth length, OFC, weight (-1 to -3SD). A zebrafish model has developmental defects. Sources: Literature; to: HGNC recognised gene: H4C5 17 patients identified with de novo missense variants affecting Lys31, Pro32, Arg35, Leu37, Arg40 (recurrent), Arg45 (recurrent), Tyr98 (recurrent). All individuals had ID/dev delay. Additional phenotypes in some but not all individuals included epilepsy, hypotonia, facial dysmorphism. Most had reduced birth length, OFC, weight (-1 to -3SD). A zebrafish model has developmental defects. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11107 | HIST1H4C |
Paul De Fazio changed review comment from: 6 additional individuals with ID and dev delay. All variants were de novo. Lys92 (Lys91 in H4 nomenclature) and Pro33 (Pro32) were the only variants identified. Additional phenotypes in some but not all patients included hypotonia, facial dysmorphisms, conductive hearing loss. Most had reduced birth length, OFC, weight (-1 to -2.5SD). A zebrafish model has developmental defects.; to: HGNC recognised gene: H4C3 6 additional individuals with ID and dev delay. All variants were de novo. Lys92 (Lys91 in H4 nomenclature) and Pro33 (Pro32) were the only variants identified. Additional phenotypes in some but not all patients included hypotonia, facial dysmorphisms, conductive hearing loss. Most had reduced birth length, OFC, weight (-1 to -2.5SD). A zebrafish model has developmental defects. |
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| Mendeliome v0.11107 | CPSF3 | Alison Yeung Marked gene: CPSF3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11107 | AL117258.1 | Zornitza Stark Marked gene: AL117258.1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11107 | AL117258.1 | Zornitza Stark Added comment: Comment when marking as ready: HGNC approved name is CIROP. Previous alias LMLN2. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11107 | AL117258.1 |
Melanie Marty changed review comment from: Gene also known as CIROP Homozygous or compound heterozygous CIROP variants identified in 12 families with congenital heart defects associated with heterotaxy. Functional tests performed on Xenopus and zebrafish embryos showed that CIROP was essential for left side symmetry and is expressed in ciliated left–right organisers. Sources: Literature; to: Gene also known as CIROP and LMLN2 Homozygous or compound heterozygous CIROP variants identified in 12 families with congenital heart defects associated with heterotaxy. Functional tests performed on Xenopus and zebrafish embryos showed that CIROP was essential for left side symmetry and is expressed in ciliated left–right organisers. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11107 | AL117258.1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: AL117258.1 were changed from Heterotaxy, congenital heart defects to Heterotaxy MONDO:0018677, congenital heart defects | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11103 | HIST1H4F | Zornitza Stark Marked gene: HIST1H4F as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11103 | HIST1H4E |
Paul De Fazio gene: HIST1H4E was added gene: HIST1H4E was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: HIST1H4E was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown Publications for gene: HIST1H4E were set to 35202563 Phenotypes for gene: HIST1H4E were set to Neurodevelopmental disorder, HIST1H4E-related MONDO:0700092 Review for gene: HIST1H4E was set to GREEN gene: HIST1H4E was marked as current diagnostic Added comment: 17 patients identified with de novo missense variants affecting Lys31, Pro32, Arg35, Leu37, Arg40 (recurrent), Arg45 (recurrent), Tyr98 (recurrent). All individuals had ID/dev delay. Additional phenotypes in some but not all individuals included epilepsy, hypotonia, facial dysmorphism. Most had reduced birth length, OFC, weight (-1 to -3SD). A zebrafish model has developmental defects. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11103 | HIST1H4D |
Paul De Fazio gene: HIST1H4D was added gene: HIST1H4D was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: HIST1H4D was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown Publications for gene: HIST1H4D were set to 35202563 Phenotypes for gene: HIST1H4D were set to Neurodevelopmental disorder, HIST1H4D-related MONDO:0700092 Review for gene: HIST1H4D was set to AMBER gene: HIST1H4D was marked as current diagnostic Added comment: Single individual described with a de novo missense variant Arg41His (Arg40 in H4 nomenclature). Apart from language delay and moderate ID, phenotypes included facial dysmorphisms and cochlear abnormalities and arhinencephaly on MRI. Hearing was normal. Birth length, OFC, weight were all reduced (-2 to -2.5SD). A zebrafish model has developmental defects. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11099 | CPSF3 |
Belinda Chong gene: CPSF3 was added gene: CPSF3 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: CPSF3 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: CPSF3 were set to 35121750 Phenotypes for gene: CPSF3 were set to Intellectual disability syndrome Review for gene: CPSF3 was set to GREEN Added comment: study of a deficit of observed homozygous carriers of missense variants, versus an expected number in a set of 153,054 chip-genotyped Icelanders, to identify potentially pathogenic genotypes Six homozygous carriers of missense variants in CPSF3 show severe intellectual disability, seizures, microcephaly, and abnormal muscle tone. - Four identified through Icelandic geneology (p.Gly468Glu), three carrier couples total of four children who had died prematurely. Tested archival samples for two of these children, and confirm a homozygous genotype. - Two of Mexican descent (p.Ile354Thr), first-degree cousins Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11099 | ZBTB11 | Chern Lim reviewed gene: ZBTB11: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID:35104841; Phenotypes: Intellectual developmental disorder, autosomal recessive 69 (MIM#618383), AR; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11098 | CRLS1 | Zornitza Stark Marked gene: CRLS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11097 | AL117258.1 |
Melanie Marty gene: AL117258.1 was added gene: AL117258.1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: AL117258.1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: AL117258.1 were set to 34903892 Phenotypes for gene: AL117258.1 were set to Heterotaxy, congenital heart defects Review for gene: AL117258.1 was set to GREEN Added comment: Gene also known as CIROP Homozygous or compound heterozygous CIROP variants identified in 12 families with congenital heart defects associated with heterotaxy. Functional tests performed on Xenopus and zebrafish embryos showed that CIROP was essential for left side symmetry and is expressed in ciliated left–right organisers. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11097 | NAV2 | Alison Yeung Marked gene: NAV2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11097 | NAV2 | Alison Yeung Added comment: Comment when marking as ready: Single reported individual. Functional studies and mouse model supportive evidence. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11096 | HIST1H4I | Zornitza Stark Marked gene: HIST1H4I as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11095 | NRCAM |
Ee Ming Wong gene: NRCAM was added gene: NRCAM was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: NRCAM was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: NRCAM were set to PMID: 35108495 Phenotypes for gene: NRCAM were set to neurodevelopmental disorder, MONDO:0700092 Penetrance for gene: NRCAM were set to unknown Review for gene: NRCAM was set to GREEN gene: NRCAM was marked as current diagnostic Added comment: -Ten individuals from 8 families with developmental delay/intellectual disability, hypotonia, peripheral neuropathy, and/or spasticity. - Affected individuals are biallelic for missense and/or LoF variants which are mainly in the fibronectin type III (Fn-III) domain - Zebrafish mutants lacking the third Fn-III domain displayed significantly altered swimming behavior compared to wild-type larvae (p < 0.03) and a trend toward increased amounts of alpha-tubulin fibers in the dorsal telencephalon, demonstrating an alteration in white matter tracts and projections Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11093 | ZBTB7A | Zornitza Stark Marked gene: ZBTB7A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11092 | CRLS1 |
Michelle Torres gene: CRLS1 was added gene: CRLS1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: CRLS1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: CRLS1 were set to 35147173 Phenotypes for gene: CRLS1 were set to Mitochondrial disease MONDO:0044970 CRLS1-related Added comment: - Three families (4 individuals) with cardiolipin deficiency. - Two families (one consanguineous with 2 affected siblings) with homozygous the p.(Ile109Asn) had infantile progressive encephalopathy, bull’s eye maculopathy, auditory neuropathy, diabetes insipidus, autonomic instability, cardiac defects and early death. - The fourth individual cHet p.(Ala172Asp) and p.(Leu217Phe) presented with chronic encephalopathy with neurodevelopmental regression, congenital nystagmus with decreased vision, sensorineural hearing loss, failure to thrive and acquired microcephaly. - Functional studies on patient cells showed increased levels of the substrate of CRLS1 and impaired mitochondrial morphology and biogenesis Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11092 | HIST1H4I |
Elena Savva gene: HIST1H4I was added gene: HIST1H4I was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: HIST1H4I was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown Publications for gene: HIST1H4I were set to PMID: 35202563 Phenotypes for gene: HIST1H4I were set to Neurodevelopmental syndrome Review for gene: HIST1H4I was set to GREEN Added comment: PMID: 35202563 - 3 unrelated de novo patients, p.His75Arg was recurring and observed in 2/3 probands. - Zebrafish study shows both variants resulted in a significant increases in developmental issues such as in mild dev delay, necrosis and defective organogenesis. - All patients had intellectual disability and motor and/or gross developmental delay and dysmorphisms. - 2/3 patients showed bilateral conductive hearing loss Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11092 | NAV2 |
Dean Phelan gene: NAV2 was added gene: NAV2 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: NAV2 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: NAV2 were set to PMID:35218524 Phenotypes for gene: NAV2 were set to Developmental delay; cerebellar hypoplasia; cerebellar dysplasia Review for gene: NAV2 was set to AMBER Added comment: PMID:35218524 - Two compound heterozygous LOF variants identified in one female with developmental delay and a diagnosis of cerebellar hypoplasia and dysplasia. Functional studies showed cellular migration deficits. Hypomorphic mouse model revealed developmental anomalies including cerebellar hypoplasia and dysplasia, corpus callosum hypo-dysgenesis, and agenesis of the olfactory bulbs. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11092 | ZBTB7A |
Daniel Flanagan gene: ZBTB7A was added gene: ZBTB7A was added to Mendeliome. Sources: Expert list Mode of inheritance for gene: ZBTB7A was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: ZBTB7A were set to 34515416; 31645653 Phenotypes for gene: ZBTB7A were set to Macrocephaly, neurodevelopmental delay, lymphoid hyperplasia, and persistent fetal hemoglobin (MIM#619769) Review for gene: ZBTB7A was set to GREEN Added comment: PMID: 34515416. Monoallelic ZBTB7A variants identified in 12 individuals from 11 families, with macrocephaly (11/12), some degree of ID (12/12), autistic features (7/12) and hypertrophy of pharyngeal lymphoid tissue (12/12). Variants included LoF variants and missense, 8 variants were de novo. PMID: 31645653. De novo ZBTB7A missense identified in a boy with macrocephaly, intellectual disability, and sleep apnea. Sources: Expert list |
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| Mendeliome v0.11092 | TIAM1 | Alison Yeung Marked gene: TIAM1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11091 | TIAM1 |
Alison Yeung gene: TIAM1 was added gene: TIAM1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: TIAM1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: TIAM1 were set to https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2022.01.020 Phenotypes for gene: TIAM1 were set to Neurodevelopmental disorder, TIAM1-related, MONDO:0700092 Review for gene: TIAM1 was set to GREEN Added comment: Reported in 4 unrelated individuals. Phenotype of developmental delay/intellectual disability and seizures. Loss of ortholog in Drosophila reduces the survival rate, and the surviving adults exhibit climbing defects, are prone to severe seizures, and have a short lifespan. Functional studies in 3 variants from two probands showed loss of function. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11090 | EHD1 | Zornitza Stark Marked gene: EHD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11089 | EHD1 |
Zornitza Stark gene: EHD1 was added gene: EHD1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: EHD1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: EHD1 were set to 35149593 Phenotypes for gene: EHD1 were set to Inherited renal tubular disease, MONDO:0015962, EHD1-related Review for gene: EHD1 was set to AMBER Added comment: Six individuals (5-33 years) with proteinuria and a high-frequency hearing deficit reported with the homozygous missense variant c.1192C>T (p.R398W) in EHD1. Proteinuria (0.7-2.1 g/d) consisted predominantly of low molecular weight proteins, reflecting impaired renal proximal tubular endocytosis of filtered proteins. Ehd1 knockout and Ehd1R398W/R398W knockin mice also showed a high-frequency hearing deficit and impaired receptor-mediated endocytosis in proximal tubules, and a zebrafish model showed impaired ability to reabsorb low molecular weight dextran. Single founder variant but two animal models, hence Amber Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11086 | PTCH1 | Seb Lunke Marked gene: PTCH1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11083 | RECQL4 | Seb Lunke Marked gene: RECQL4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11078 | AP3D1 | Zornitza Stark edited their review of gene: AP3D1: Added comment: Now four affected individuals from two unrelated families, with a mouse model that recapitulates the human phenotype.; Changed rating: GREEN; Changed publications: 26744459, 9697856, 30472485; Changed phenotypes: Hermansky-Pudlak syndrome 10, MIM# 617050, Oculocutaneous albinism, Severe neutropaenia, Recurrent infections, Seizures, Hearing loss, Neurodevelopmental delay | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11077 | PPP2R3C | Zornitza Stark Marked gene: PPP2R3C as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11076 | PPP2R3C |
Zornitza Stark gene: PPP2R3C was added gene: PPP2R3C was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: PPP2R3C was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: PPP2R3C were set to 30893644; 34714774; 34750818 Phenotypes for gene: PPP2R3C were set to Gonadal dysgenesis, dysmorphic facies, retinal dystrophy, and myopathy, OMIM # 618419 Review for gene: PPP2R3C was set to GREEN Added comment: Gonadal dysgenesis, dysmorphic facies, retinal dystrophy, and myopathy (GDRM) is characterized by 46,XY complete gonadal dysgenesis in association with extragonadal anomalies, low birth weight, typical facial gestalt, rod and cone dystrophy, sensorineural hearing loss, omphalocele, anal atresia, renal agenesis, skeletal abnormalities, dry and scaly skin, severe myopathy, and neuromotor delay. 11 unrelated families with syndromic complete gonadal dysgenesis. 9 families had 46,XY females with complete gonadal dysgenesis, but 2 families had 46,XX patients with hypergonadotropic hypogonadism, nonvisualized gonads, primary amenorrhea, and absence of secondary sexual characteristics. Variants segregated with disease in each family and were not found in ethnically matched controls or in public variant databases. The heterozygous fathers exhibited morphologic abnormalities of spermatozoa and reduced fertility. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11074 | CHKA | Zornitza Stark Marked gene: CHKA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11071 | CDX2 | Chirag Patel edited their review of gene: CDX2: Added comment: 9 families, with heterozygous variants identified with WES, presenting with congenital abnormalities affecting the development of the anus, the renal and urogenital system, the vertebrae and/or the limbs in varying sequences and severity (incl. sirenomelia and persistent cloaca). A recurrent pathogenic missense variant in the HOX domain of the protein p.(Arg237His) was found in 3 unrelated families. In the mouse cdx2 is essential for anteroposterior patterning of embryonal axis and morphogenesis of cloacal structures. Cdx2 heterozygous conditional mutant mice show a variable phenotype (including imperforate anus, sirenomelia, posterior vertebral truncations, and bladder anomalies).; Changed rating: GREEN; Changed publications: PMID: 29177441, 34671974; Changed phenotypes: Congenital abnormalities of anus, renal and urogenital system, vertebrae and/or the limbs; Set current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11071 | CHKA |
Konstantinos Varvagiannis gene: CHKA was added gene: CHKA was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: CHKA was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: CHKA were set to 35202461 Phenotypes for gene: CHKA were set to Abnormal muscle tone; Global developmental delay; Intellectual disability; Seizures; Microcephaly; Abnormality of movement; Abnormality of nervous system morphology; Short stature Penetrance for gene: CHKA were set to Complete Review for gene: CHKA was set to GREEN Added comment: Klöckner (2022 - PMID: 35202461) describe the phenotype of 6 individuals (from 5 unrelated families) harboring biallelic CHKA variants. Shared features incl. abnormal muscle tone(6/6 - hypertonia or hypotonia, 3/6 each), DD/ID (6/6,severe in 4, severe/profound in 2), epilepsy (6/6 - onset: infancy - 3y2m | epileptic spasms or GS at onset), microcephaly (6/6), movement disorders (3/6 - incl. dyskinesia, rigidity, choreoatetotic movements). 2/5 individuals exhibited MRI abnormalities, notably hypomyelination. Short stature was observed in 4/6. Eventual previous genetic testing was not discussed. Exome sequencing (quattro ES for 2 sibs, trio ES for 1 individual, singleton for 3 probands) revealed biallelic CHKA variants in all affected individuals. Sanger sequencing was performed for confirmation and segregation studies. Other variants (in suppl.) were not deemed to be causative for the neurodevelopmental phenotype. 3 different missense, 1 start-loss and 1 truncating variant were identified, namely (NM_0012772.2): - c.421C>T/p.(Arg141Trp) [3 hmz subjects from 2 consanguineous families], - c.580C>T/p.Pro194Ser [1 hmz individual born to consanguineous parents], - c.2T>C/p.(Met1?) [1 hmz individual born to related parents], - c.14dup/p.(Cys6Leufs*19) in trans with c.1021T>C/p.(Phe341Leu) in 1 individual. CHKA encodes choline kinase alpha, an enzyme catalyzing the first step of phospholipid synthesis in the Kennedy pathway. The pathway is involved in de novo synthesis of glycerophospholipids, phosphatidylcholine and phosphatidylethanolamine being the most abundant in eukaryotic membranes. CHKA with its paralog (CHKB) phosphorylates either choline or ethanolamine to phosphocholine or phosphoethanolamine respectively with conversion of ATP to ADP. As the authors comment, biallelic pathogenic variants in CHKB cause a NDD with muscular dystrophy, hypotonia, ID, microcephaly and structural mitochondrial anomalies (MIM 602541). [Prominent mitochondrial patterning was observed in a single muscle biopsy available from an individual with biallelic CHKA variants]. Other disorders of the Kennedy pathway (due to biallelic PCYT2, SELENOI, PCYT1A variants) present with overlapping features incl. variable DD/ID (no-severe), microcephaly, seizures, visual impairment etc. CHKA variants were either absent or observed once in gnomAD, affected highly conserved AAs with multiple in silico predictions in favor of a deleterious effect. In silico modeling suggests structural effects for several of the missense variants (Arg141Trp, Pro194Ser presumably affect ADP binding, Phe341 lying close to the binding site of phosphocholine). Each of the missense variants was expressed in yeast cells and W. Blot suggested expression at the expected molecular weight at comparative levels. The 3 aforementioned variants exhibited reduced catalytic activity (20%, 15%, 50% respectively). NMD is thought to underly the deleterious effect of the frameshift one (not studied). The start-loss variant is expected to result in significantly impaired expression and protein function as eventual utilization of the next possible start codon - occurring at position 123 - would remove 26% of the protein. Chka(-/-) is embryonically lethal in mice, suggesting that complete loss is not compatible with life. Reduction of choline kinase activity by 30% in heterozygous mice did not appear to result in behavioral abnormalities although this was not studied in detail (PMID cited: 18029352). Finally, screening of 1566 mouse lines identified 198 genes whose disruption yields neuroanatomical phenotypes, Chka(+/-) mice being among these (PMID cited: 31371714). There is no associated phenotype in OMIM, Gene2Phenotype or SysID. Overall this gene can be considered for inclusion in the ID and epilepsy panes with green or amber rating (>3 individuals, >3 variants, variant studies, overlapping phenotype of disorders belonging to the same pathway, etc). Consider also inclusion in the microcephaly panel (where available this seemed to be of postnatal onset). Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11070 | SOST | Seb Lunke Marked gene: SOST as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11066 | PTDSS1 | Zornitza Stark Marked gene: PTDSS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11066 | PTDSS1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PTDSS1 were changed from to Lenz-Majewski hyperostotic dwarfism MIM#151050 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11063 | PTDSS1 | Zornitza Stark reviewed gene: PTDSS1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24241535, 29341480, 31403251; Phenotypes: Lenz-Majewski hyperostotic dwarfism MIM#151050; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11063 | SLC22A4 | Zornitza Stark Marked gene: SLC22A4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11063 | SLC22A4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SLC22A4 were changed from to susceptibility to rheumatoid arthritis MIM#180300 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11058 | HSF2BP | Zornitza Stark edited their review of gene: HSF2BP: Added comment: An additional two patients are described with homozygous missense variants, with supportive in vitro functional assay. PMID: 35174157 Now there are 5 affected patients from three independent families and three different biallelic missense variants associated with the condition.; Changed rating: GREEN; Changed publications: 32845237, 35174157 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11058 | SLC22A4 | Ain Roesley reviewed gene: SLC22A4: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 15184985, 24972750; Phenotypes: susceptibility to rheumatoid arthritis MIM#180300; Mode of inheritance: None; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11056 | TBC1D24 | Zornitza Stark Marked gene: TBC1D24 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11053 | SUCLG1 | Zornitza Stark Marked gene: SUCLG1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11050 | RUNX2 | Zornitza Stark Marked gene: RUNX2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11050 | RUNX2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: RUNX2 were changed from to Cleidocranial dysplasia MIM#119600; Cleidocranial dysplasia, forme fruste, dental anomalies only MIM#119600; Cleidocranial dysplasia, forme fruste, with brachydactyly MIM#119600; Metaphyseal dysplasia with maxillary hypoplasia with or without brachydactyly MIM#156510 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11047 | RRM2B | Zornitza Stark Marked gene: RRM2B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11044 | RNASET2 | Zornitza Stark Marked gene: RNASET2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11041 | C17orf53 | Zornitza Stark Marked gene: C17orf53 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11040 | C17orf53 |
Zornitza Stark gene: C17orf53 was added gene: C17orf53 was added to Mendeliome. Sources: Expert Review Mode of inheritance for gene: C17orf53 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: C17orf53 were set to 34707299; 31467087 Phenotypes for gene: C17orf53 were set to Primary ovarian insufficiency Review for gene: C17orf53 was set to AMBER Added comment: PMID: 34707299. Homozygous LOF variant in individual with primary ovarian insufficiency PMID: 31467087. Mice with targeted mutations in Hrob are infertile due to depletion of germ cells. Sources: Expert Review |
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| Mendeliome v0.11036 | TFAM |
Zornitza Stark edited their review of gene: TFAM: Added comment: PMID: 32399598. Homozygous missense variant predicted pathogenic in patient presenting with Perrault syndrome and intellectual disability PMID: 34647195. Same homozygous missense variant in two sisters with premature ovarian insufficiency +/- seizures and their brother with seizures + intellectual disability. Patient fibroblasts have mtDNA depletion PMID: 34647195. Zebrafish model with in-frame deletion has ovarian dysgenesis and mtDNA depletion; Changed rating: GREEN; Changed publications: 27448789, 29021295, 9500544, 32399598, 34647195, 34647195; Changed phenotypes: Mitochondrial DNA depletion syndrome 15 (hepatocerebral type) MIM#617156, Perrault syndrome |
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| Mendeliome v0.11036 | SPATA16 | Zornitza Stark Marked gene: SPATA16 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11032 | TNFRSF10B | Zornitza Stark Marked gene: TNFRSF10B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11032 | TNFRSF10B | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TNFRSF10B were changed from to Squamous cell carcinoma, head and neck MIM#275355 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11028 | MAPK8IP1 | Zornitza Stark Marked gene: MAPK8IP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11024 | SMIM1 | Zornitza Stark Marked gene: SMIM1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11022 | ACKR1 | Zornitza Stark Marked gene: ACKR1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11020 | OGG1 | Zornitza Stark Marked gene: OGG1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11020 | OGG1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: OGG1 were changed from to Renal cell carcinoma, clear cell, somatic MIM#144700 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11016 | B3GALNT1 | Zornitza Stark Marked gene: B3GALNT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11014 | SERPINA7 | Zornitza Stark Marked gene: SERPINA7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11011 | RUNX2 | Ain Roesley reviewed gene: RUNX2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20301686; Phenotypes: Cleidocranial dysplasia MIM#119600, Cleidocranial dysplasia, forme fruste, dental anomalies only MIM#119600, Cleidocranial dysplasia, forme fruste, with brachydactyly MIM#119600, Metaphyseal dysplasia with maxillary hypoplasia with or without brachydactyly MIM#156510; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11011 | DLC1 | Bryony Thompson Marked gene: DLC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11010 | DLC1 |
Bryony Thompson gene: DLC1 was added gene: DLC1 was added to Mendeliome. Sources: Expert list Mode of inheritance for gene: DLC1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: DLC1 were set to 29773874 Phenotypes for gene: DLC1 were set to Nephrotic syndrome MONDO:0005377 Review for gene: DLC1 was set to GREEN Added comment: Biallelic variants in 4 families, and knockdown of DLC1 in cultured podocytes reduces migration rate and treatment with dexamethasone abolishes RhoA activation. Sources: Expert list |
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| Mendeliome v0.11009 | RNASEH2A | Ain Roesley reviewed gene: RNASEH2A: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 15870678, 25604658, 23592335, 20301648; Phenotypes: Aicardi-Goutieres syndrome 4 MIM#610333; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11008 | WARS2 | Zornitza Stark Marked gene: WARS2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11008 | WARS2 | Zornitza Stark Gene: wars2 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11008 | WARS2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: WARS2 were changed from to Parkinsonism-dystonia 3, childhood-onset, MIM# 619738; Neurodevelopmental disorder, mitochondrial, with abnormal movements and lactic acidosis, with or without seizures, MIM# 617710 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11007 | WARS2 | Zornitza Stark Publications for gene: WARS2 were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11006 | WARS2 | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: WARS2 was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11005 | WARS2 | Zornitza Stark reviewed gene: WARS2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 29120065, 31970218, 34890876, 28236339, 28650581, 28905505, 30920170; Phenotypes: Parkinsonism-dystonia 3, childhood-onset, MIM# 619738, Neurodevelopmental disorder, mitochondrial, with abnormal movements and lactic acidosis, with or without seizures, MIM# 617710; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11005 | NHLH2 | Zornitza Stark Marked gene: NHLH2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11005 | NHLH2 |
Zornitza Stark gene: NHLH2 was added gene: NHLH2 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: NHLH2 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: NHLH2 were set to 35066646 Phenotypes for gene: NHLH2 were set to Hypogonadotropic hypogonadism 27 without anosmia , MIM# 619755 Review for gene: NHLH2 was set to RED Added comment: Single individual reported homozygous for a missense variant in this gene. Two other individuals heterozygous for missense variants identified as part of this cohort; however, had alternative diagnoses. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.11004 | TNFRSF10B | Paul De Fazio reviewed gene: TNFRSF10B: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 9721851; Phenotypes: Squamous cell carcinoma, head and neck MIM#275355; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11004 | OGG1 | Paul De Fazio reviewed gene: OGG1: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 10987279, 29305130; Phenotypes: Renal cell carcinoma, clear cell, somatic MIM#144700; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11003 | NDUFA11 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFA11 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.11003 | NDUFA11 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFA11 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 14, MIM#618236 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10999 | NDUFA11 | Zornitza Stark reviewed gene: NDUFA11: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 18306244, 31074871; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 14, MIM#618236; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10999 | RIN2 | Zornitza Stark Marked gene: RIN2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10996 | DLD | Zornitza Stark Marked gene: DLD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10993 | KIAA0391 | Zornitza Stark changed review comment from: Comment when marking as ready: Note gene is referred to as PRORP in the manuscript, but HGNC approved name is KIAA0391.; to: HGNC approved name is now PRORP. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10992 | POLR3B | Zornitza Stark Phenotypes for gene: POLR3B were changed from Ataxia, spasticity, and demyelinating neuropathy; Leukodystrophy, hypomyelinating, 8, with or without oligodontia and/or hypogonadotropic hypogonadism MIM#614381 to Charcot-Marie-Tooth disease, demyelinating, type 1I, MIM# 619742; Leukodystrophy, hypomyelinating, 8, with or without oligodontia and/or hypogonadotropic hypogonadism, MIM# 614381 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10991 | POLR3B | Zornitza Stark edited their review of gene: POLR3B: Changed phenotypes: Charcot-Marie-Tooth disease, demyelinating, type 1I, MIM# 619742, Leukodystrophy, hypomyelinating, 8, with or without oligodontia and/or hypogonadotropic hypogonadism, MIM# 614381; Changed mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10991 | TBX15 | Zornitza Stark Marked gene: TBX15 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10988 | TBX18 | Zornitza Stark Marked gene: TBX18 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10988 | TBX18 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TBX18 were changed from to Congenital anomalies of kidney and urinary tract 2, MIM# 143400 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10985 | TBX18 | Zornitza Stark reviewed gene: TBX18: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26235987; Phenotypes: Congenital anomalies of kidney and urinary tract 2, MIM# 143400; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10985 | TBX4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TBX4 were changed from Posterior amelia with pelvis and pulmonary hypoplasia; small patella syndrome to Amelia, posterior, with pelvic and pulmonary hypoplasia syndrome, MIM# 601360; Ischiocoxopodopatellar syndrome with or without pulmonary arterial hypertension, MIM# 147891 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10983 | TGDS | Zornitza Stark Marked gene: TGDS as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10980 | THOC6 | Zornitza Stark Marked gene: THOC6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10977 | DRC1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: DRC1 were changed from Ciliary dyskinesia, primary, 21, MIM# 615294 to Ciliary dyskinesia, primary, 21, MIM# 615294; Male infertility | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10975 | DRC1 | Zornitza Stark edited their review of gene: DRC1: Added comment: PMID 34169321: two individuals reported with homozygous variants and morphological abnormalities of sperm/male infertility.; Changed publications: 31960620, 34169321; Changed phenotypes: Ciliary dyskinesia, primary, 21, MIM# 615294, Male infertility | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10973 | FUZ | Zornitza Stark Marked gene: FUZ as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10972 | FTSJ1 | Zornitza Stark Marked gene: FTSJ1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10969 | FLAD1 | Zornitza Stark Marked gene: FLAD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10966 | FGF17 | Zornitza Stark Marked gene: FGF17 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10963 | SYP | Zornitza Stark Marked gene: SYP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10963 | SYP | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SYP were changed from to Mental retardation, X-linked 96 MIM#300802 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10959 | ZFYVE26 | Zornitza Stark Marked gene: ZFYVE26 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10959 | ZFYVE26 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ZFYVE26 were changed from to Spastic paraplegia 15, autosomal recessive MIM#270700 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10956 | ZDHHC9 | Zornitza Stark Marked gene: ZDHHC9 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10956 | ZDHHC9 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ZDHHC9 were changed from to Mental retardation, X-linked syndromic, Raymond type MIM# 300799 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10953 | FUZ |
Ain Roesley gene: FUZ was added gene: FUZ was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: FUZ was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: FUZ were set to 21840926 Phenotypes for gene: FUZ were set to {Neural tube defects, susceptibility to} MIM#182940 Penetrance for gene: FUZ were set to unknown Review for gene: FUZ was set to RED gene: FUZ was marked as current diagnostic Added comment: Spina bifida cohort. Negative for VANGL1 and VANGL2, only FUZ was sequenced. Variants identified in 5 individuals. Arg404Gln (39 hets in gnomAD) and Asp354Tyr (6 hets in gnomAD). These variants are listed as risk factor in ClinVar Pro39Ser (absent in gnomAD) was de novo by parental sanger and showed reduced cell mobility on scratch assays. 2 other variants Gly140Glu and Ser142Thr were deemed non-causative due to poor in silicos and conservation Finally, hom KO mouse models were done to prove neural tube defects Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10953 | FGF17 |
Ain Roesley changed review comment from: 31200363; 1x individual 31748124 3x unrelated individuals. 1 has p.48_52del and another variant in OTUD4 (no current mendelian disease association), 1x with Pro120Leu (5 hets in gnomAD) and 1x with Lys191Arg (55 hets in gnomad) 23643382 3x unrelated individuals, including 1 large consanguineous 10-generation French Canadian family. In this large family, 3 other variants in FGFR1, HS6ST1, and FLRT3 were identified. None of the other affecteds carried the FGF17 variant Summary: 3x individuals with convincing evidence; to: PMID:31200363; 1x individual PMID:31748124 3x unrelated individuals. 1 has p.48_52del and another variant in OTUD4 (no current mendelian disease association), 1x with Pro120Leu (5 hets in gnomAD) and 1x with Lys191Arg (55 hets in gnomad) PMID:23643382 3x unrelated individuals, including 1 large consanguineous 10-generation French Canadian family. In this large family, 3 other variants in FGFR1, HS6ST1, and FLRT3 were identified. None of the other affecteds carried the FGF17 variant Summary: 3x individuals with convincing evidence |
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| Mendeliome v0.10953 | ZFYVE26 |
Ain Roesley changed review comment from: Genereviews: >70 individuals reported; to: Genereviews: >70 individuals reported. While onset of spasticity is typically in mid- to late childhood or adolescence (i.e., between ages 5 and 18 years), other manifestations, such as developmental delay or learning disability, may be present earlier, often preceding motor involvement. Individuals with adult onset have also been reported. |
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| Mendeliome v0.10953 | ZFYVE26 | Ain Roesley reviewed gene: ZFYVE26: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34057829; Phenotypes: Spastic paraplegia 15, autosomal recessive MIM#270700; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10953 | ZDHHC9 | Ain Roesley reviewed gene: ZDHHC9: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26000327, 29681091; Phenotypes: Mental retardation, X-linked syndromic, Raymond typeMIM# 300799; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10953 | SPRED2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SPRED2 were changed from Rasopathy; developmental delay; intellectual disability; cardiac defects; short stature; skeletal anomalies; a typical facial gestalt to Noonan syndrome 14, MIM# 619745 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10951 | BAG5 | Zornitza Stark Marked gene: BAG5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10950 | BAG5 |
Zornitza Stark gene: BAG5 was added gene: BAG5 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: BAG5 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: BAG5 were set to 35044787 Phenotypes for gene: BAG5 were set to Cardiomyopathy, dilated, 2F, MIM# 619747 Review for gene: BAG5 was set to GREEN Added comment: 5 individuals from four unrelated families reported. All had early-onset disease, with the diagnosis being made in the second decade of life in 4 patients (families 1, 3, and 4) and at age 34 in 1 (family 2). Refractory ventricular arrhythmias (tachycardia or fibrillation), severely reduced left ventricular ejection fractions, elevated left ventricular diastolic dimensions, and elevated brain natriuretic peptide (BNP) levels reported. All developed severe heart failure requiring placement of a left ventricular assist device for circulatory support, and at least 1 underwent cardiac transplantation. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10949 | BCO1 | Zornitza Stark Marked gene: BCO1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10948 | PRKCH | Zornitza Stark Marked gene: PRKCH as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10947 | ALDH2 | Zornitza Stark Marked gene: ALDH2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10945 | ABHD16A | Zornitza Stark Marked gene: ABHD16A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10945 | ABHD16A | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ABHD16A were changed from Spastic paraplegia; Intellectual Disability; Callosome to Spastic paraplegia 86, autosomal recessive, MIM# 619735; Intellectual Disability; Corpus callosum abnormalities | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10944 | ABHD16A | Zornitza Stark reviewed gene: ABHD16A: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Spastic paraplegia 86, autosomal recessive, MIM# 619735; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10944 | GSPT2 | Zornitza Stark Marked gene: GSPT2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10943 | SUMO1 | Zornitza Stark Marked gene: SUMO1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10940 | CPS1 | Belinda Chong reviewed gene: CPS1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 8486760, 17310273, 21120950; Phenotypes: Carbamoylphosphate synthetase I deficiency MIM#237300; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10940 | THUMPD1 | Zornitza Stark Marked gene: THUMPD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10940 | THUMPD1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: THUMPD1 were changed from Syndromic form of intellectual disability associated with developmental delay, behavioral abnormalities, hearing loss and facial dysmorphism, AR to Syndromic disease, MONDO:0002254, THUMPD1-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10938 | THUMPD1 |
Chern Lim changed review comment from: Broly, M. et al. (2022), AJHG: - 13 individuals from 8 families, loss of function variants (PTVs, one missense, one single AA del). - Common phenotypic findings included global developmental delay, speech delay, moderate to severe intellectual deficiency, behavioral abnormalities such as angry outbursts, facial dysmorphism and ophthalmological abnormalities. Sources: Other; to: Broly, M. et al. (2022), AJHG: - 13 individuals from 8 families, biallelic loss of function variants (PTVs, one missense, one single AA del). - Common phenotypic findings included global developmental delay, speech delay, moderate to severe intellectual deficiency, behavioral abnormalities such as angry outbursts, facial dysmorphism and ophthalmological abnormalities. Sources: Other |
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| Mendeliome v0.10938 | THUMPD1 |
Chern Lim changed review comment from: Broly, M. et al. (2022): - 13 individuals from 8 families, loss of function variants (PTVs, one missense, one single AA del). - Common phenotypic findings included global developmental delay, speech delay, moderate to severe intellectual deficiency, behavioral abnormalities such as angry outbursts, facial dysmorphism and ophthalmological abnormalities. Sources: Other; to: Broly, M. et al. (2022), AJHG: - 13 individuals from 8 families, loss of function variants (PTVs, one missense, one single AA del). - Common phenotypic findings included global developmental delay, speech delay, moderate to severe intellectual deficiency, behavioral abnormalities such as angry outbursts, facial dysmorphism and ophthalmological abnormalities. Sources: Other |
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| Mendeliome v0.10938 | THUMPD1 |
Chern Lim changed review comment from: Broly, M. et al. (2022) manuscript accepted in AJHG: - 13 individuals from 8 families, loss of function variants (PTVs, one missense, one single AA del). - Common phenotypic findings included global developmental delay, speech delay, moderate to severe intellectual deficiency, behavioral abnormalities such as angry outbursts, facial dysmorphism and ophthalmological abnormalities. Sources: Other; to: Broly, M. et al. (2022): - 13 individuals from 8 families, loss of function variants (PTVs, one missense, one single AA del). - Common phenotypic findings included global developmental delay, speech delay, moderate to severe intellectual deficiency, behavioral abnormalities such as angry outbursts, facial dysmorphism and ophthalmological abnormalities. Sources: Other |
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| Mendeliome v0.10938 | THUMPD1 |
Chern Lim gene: THUMPD1 was added gene: THUMPD1 was added to Mendeliome. Sources: Other Mode of inheritance for gene: THUMPD1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Phenotypes for gene: THUMPD1 were set to Syndromic form of intellectual disability associated with developmental delay, behavioral abnormalities, hearing loss and facial dysmorphism, AR Review for gene: THUMPD1 was set to GREEN gene: THUMPD1 was marked as current diagnostic Added comment: Broly, M. et al. (2022) manuscript accepted in AJHG: - 13 individuals from 8 families, loss of function variants (PTVs, one missense, one single AA del). - Common phenotypic findings included global developmental delay, speech delay, moderate to severe intellectual deficiency, behavioral abnormalities such as angry outbursts, facial dysmorphism and ophthalmological abnormalities. Sources: Other |
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| Mendeliome v0.10938 | RAB39B | Zornitza Stark Marked gene: RAB39B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10935 | PTCHD1 | Zornitza Stark Marked gene: PTCHD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10932 | PPP3CA | Zornitza Stark Marked gene: PPP3CA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10932 | PPP3CA | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PPP3CA were changed from to Developmental and epileptic encephalopathy 91, MIM#617711; Arthrogryposis, cleft palate, craniosynostosis and impaired intellectual development, MIM#618265 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10929 | PLP1 | Zornitza Stark Marked gene: PLP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10929 | PLP1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PLP1 were changed from to Pelizaeus-Merzbacher disease MIM#312080; Spastic paraplegia 2, X-linked MIM#312920 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10926 | LDB3 | Zornitza Stark Marked gene: LDB3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10926 | LDB3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: LDB3 were changed from to Cardiomyopathy, dilated, 1C, with or without LVNC MIM#601493; Cardiomyopathy, hypertrophic, 24 MIM#601493; Left ventricular noncompaction 3 MIM#601493; Myopathy, myofibrillar, 4 MIM#609452 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10923 | PPP3CA |
Chern Lim changed review comment from: PMID: 29432562: - Overexpression studies using yeast showed missense variants in the autoinhibitory domain resulted in gain of function, missense variants in the catalytic domain resulted in loss of function (however dom-neg has not been ruled out). - Loss-of-function and gain-of-function mutations of PPP3CA lead to early onset epileptic encephalopathy and multiple congenital abnormalities, respectively. PMID: 32593294: - Reported a patient with PTV in the C-term predicted to escape NMD, clinical features consistent with MIM#617711. - Summarised that missense variants in catalytic domain and those upstream of autoinhibitory domain, PTVs in C-term predicted to escape NMD: LoF, MIM#617711. Missense in autoinhibitory domain: GoF, MIM#618265.; to: PMID: 29432562: - Overexpression studies using yeast showed missense variants in the autoinhibitory domain resulted in gain of function, missense variants in the catalytic domain resulted in loss of function (however dom-neg has not been ruled out). - Loss-of-function and gain-of-function mutations of PPP3CA lead to early onset epileptic encephalopathy and multiple congenital abnormalities, respectively. PMID: 32593294: - Reported a patient with PTV in the C-term predicted to escape NMD, clinical features consistent with MIM#617711. - 15 variants have been reported. Summarised that missense variants in catalytic domain and those upstream of autoinhibitory domain, PTVs in C-term predicted to escape NMD: LoF, MIM#617711; missense in autoinhibitory domain: GoF, MIM#618265. |
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| Mendeliome v0.10923 | PPP3CA | Chern Lim reviewed gene: PPP3CA: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: Other; Publications: PMID: 29432562, 32593294; Phenotypes: Developmental and epileptic encephalopathy 91, MIM#617711, Arthrogryposis, cleft palate, craniosynostosis and impaired intellectual development, MIM#618265; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10923 | PLP1 | Ain Roesley reviewed gene: PLP1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20301361; Phenotypes: Pelizaeus-Merzbacher disease MIM#312080, Spastic paraplegia 2, X-linked MIM#312920; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10923 | LDB3 | Ain Roesley reviewed gene: LDB3: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26419279, 16427346, 14660611, 14662268, 27546599, 25911362; Phenotypes: Cardiomyopathy, dilated, 1C, with or without LVNC MIM#601493, Cardiomyopathy, hypertrophic, 24 MIM#601493, Left ventricular noncompaction 3 MIM#601493, Myopathy, myofibrillar, 4 MIM#609452; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10921 | PAX5 | Zornitza Stark Marked gene: PAX5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10920 | COL25A1 | Bryony Thompson Phenotypes for gene: COL25A1 were changed from Fibrosis of extraocular muscles, congenital, 5, MIM# 616219 to Fibrosis of extraocular muscles, congenital, 5, MIM# 616219; arthrogryposis multiplex congenita MONDO:0015168 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10918 | COL25A1 | Bryony Thompson reviewed gene: COL25A1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 35077597, 26437029; Phenotypes: arthrogryposis multiplex congenita MONDO:0015168; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10918 | RPL8 | Bryony Thompson Marked gene: RPL8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10917 | HYAL2 | Krithika Murali reviewed gene: HYAL2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34906488, 28081210, 23172227, 26515055; Phenotypes: Cleft lip and palate, cor triatriatum, congenital cardiac malformations; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10914 | RPL8 |
Bryony Thompson gene: RPL8 was added gene: RPL8 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: RPL8 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: RPL8 were set to 25424902; 34961992 Phenotypes for gene: RPL8 were set to Diamond-Blackfan anemia MONDO:0015253 Review for gene: RPL8 was set to AMBER Added comment: 2 unrelated DBA cases with de novo missense variants, and functional studies in lymphoblastoid cells and yeast models demonstrate the 2 missense variants are functionally deficient proteins that affect ribosome production. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10908 | ARR3 | Bryony Thompson Marked gene: ARR3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10908 | ARR3 | Bryony Thompson Gene: arr3 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10908 | ARR3 | Bryony Thompson Classified gene: ARR3 as Green List (high evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10908 | ARR3 | Bryony Thompson Gene: arr3 has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10907 | ARR3 |
Bryony Thompson gene: ARR3 was added gene: ARR3 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: ARR3 was set to Other Publications for gene: ARR3 were set to 27829781; 35001458 Phenotypes for gene: ARR3 were set to Myopia 26, X-linked, female-limited MIM#301010 Review for gene: ARR3 was set to GREEN Added comment: At least 6 multi-generational families with female-limited early-onset high myopia. Only female carriers are affected and hemizygous males are unaffected. Authors hypothesise the mode of inheritance might be explained by metabolic interference due to X-inactivation. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10906 | SLC26A8 | Bryony Thompson Marked gene: SLC26A8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10903 | PYROXD2 | Zornitza Stark Marked gene: PYROXD2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10900 | OBSCN | Zornitza Stark Phenotypes for gene: OBSCN were changed from Hypertrophic cardiomyopathy to Rhabdomyolysis MONDO:0005290, OBSCN-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10896 | HAND2 | Zornitza Stark Marked gene: HAND2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10896 | HAND2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HAND2 were changed from to Congenital heart disease | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10892 | POP1 | Zornitza Stark Marked gene: POP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10888 | MVD | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MVD were changed from Porokeratosis 7, multiple types, MIM# 614714 to Porokeratosis 7, multiple types, MIM# 614714; Nonsyndromic genetic hearing loss MONDO:0019497, MVD-related, AR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10886 | PLCD1 | Zornitza Stark Marked gene: PLCD1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10883 | AKAP10 | Zornitza Stark Marked gene: AKAP10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10883 | AKAP10 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: AKAP10 were changed from to {Cardiac conduction defect, susceptibility to} MIM#115080; sudden cardiac arrest MONDO:0007264 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10880 | HMCN1 | Zornitza Stark Marked gene: HMCN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10880 | HMCN1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HMCN1 were changed from to {Macular degeneration, age-related, 1} MIM#603075; age related macular degeneration 1 MONDO:0011285 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10876 | CCND1 | Zornitza Stark Marked gene: CCND1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10873 | PADI4 | Zornitza Stark Marked gene: PADI4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10873 | PADI4 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PADI4 were changed from to Susceptibility to rheumatoid arthritis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10869 | PDSS2 | Zornitza Stark Marked gene: PDSS2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10869 | PDSS2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PDSS2 were changed from to Coenzyme Q10 deficiency, primary, 3 MIM#614652 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10866 | PDHX | Zornitza Stark Marked gene: PDHX as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10863 | MVD | Paul De Fazio reviewed gene: MVD: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34135477; Phenotypes: Nonsyndromic genetic hearing loss MONDO:0019497, MVD-related; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10863 | NDUFS8 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFS8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10863 | NDUFS8 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFS8 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 2 MIM#618222 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10860 | NDUFV1 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFV1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10860 | NDUFV1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFV1 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 4 MIM#618225 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10857 | FZR1 | Alison Yeung Marked gene: FZR1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10855 | SEZ6 | Alison Yeung Marked gene: SEZ6 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10854 | ADAMTS1 | Zornitza Stark Marked gene: ADAMTS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10853 | MPDZ | Paul De Fazio reviewed gene: MPDZ: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34135477, 29026089; Phenotypes: Nonsyndromic genetic hearing loss MONDO:0019497, MPDZ-related; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10850 | ATP5O | Alison Yeung Marked gene: ATP5O as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10849 | SEZ6 |
Paul De Fazio gene: SEZ6 was added gene: SEZ6 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: SEZ6 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: SEZ6 were set to 34135477 Phenotypes for gene: SEZ6 were set to Nonsyndromic genetic hearing loss MONDO:0019497, SEZ6-related Review for gene: SEZ6 was set to RED gene: SEZ6 was marked as current diagnostic Added comment: Homozygous missense variant p.(Val698Ile) identified in 4 affected individuals from a single consanguineous Pakistani family by WES. 5 other genotyped unaffected individuals were heterozygous or homozygous wild-type. Variant is in gnomad (36 hets, 0 hom). RNA expression studies show the gene is expressed in the mouse inner ear, but no functional studies were performed on the variant (in silico analysis only). Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10849 | COL4A6 | Lucy Spencer reviewed gene: COL4A6: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: PMID: 33840813; Phenotypes: Hearing loss; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, monoallelic mutations in females may cause disease (may be less severe, later onset than males) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10846 | ADAMTS1 |
Paul De Fazio gene: ADAMTS1 was added gene: ADAMTS1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: ADAMTS1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: ADAMTS1 were set to 34135477 Phenotypes for gene: ADAMTS1 were set to Nonsyndromic genetic hearing loss MONDO:0019497, ADAMTS1-related Review for gene: ADAMTS1 was set to RED gene: ADAMTS1 was marked as current diagnostic Added comment: Homozygous missense variant p.(Ser135Ala) identified in 3 affected siblings from a single consanguineous Pakistani family by WES. A fourth unaffected sibling was homozygous wild type. Variant is in gnomad (26 hets, 1 hom). RNA expression studies show the gene is expressed in the mouse inner ear, but no functional studies were performed on the variant (in silico analysis only). Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10844 | ATP5O |
Ain Roesley gene: ATP5O was added gene: ATP5O was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: ATP5O was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: ATP5O were set to 34954817 Phenotypes for gene: ATP5O were set to mitochondrial disease, ATP5F1E-related MONDO:0044970 Penetrance for gene: ATP5O were set to Complete Review for gene: ATP5O was set to RED gene: ATP5O was marked as current diagnostic Added comment: Now known as ATP5PO (HGNC) 1 compound het individual with dev delay, muscular hypotonia, ID, dystonia, seizures and neurologic regression Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10844 | BAP1 |
Anna Ritchie changed review comment from: 11 de novo germline heterozygous missense BAP1 variants associated with a rare syndromic neurodevelopmental disorder. Functional analysis showed that most of the variants cannot rescue the consequences of BAP1 inactivation, suggesting a loss-of-function mechanism. All affected individuals harboring a de novo BAP1 variant had DD or ID (11/11) characterized notably by speech (11/ 11) and motor delay (6/11). Most of them had hypotonia (7/11), seizures (6/11), and abnormal behavior (8/10), including autism spectrum disorder, attention deficit hyperactivity disorder, and hypersensitivity. Almost all individuals showed dysmorphic facial features (10/11), and more than half (6/11) had skeletal mal- formations (involving the hands [4/11], feet [3/11], or spine [2/11],). Most of the individuals had growth failure (9/11), including four individuals with a very short stature. Sources: Literature; to: 11 de novo germline heterozygous missense BAP1 variants associated with a rare syndromic neurodevelopmental disorder. Functional analysis showed that most of the variants cannot rescue the consequences of BAP1 inactivation, suggesting a loss-of-function mechanism. All affected individuals harboring a de novo BAP1 variant had DD or ID (11/11) characterized notably by speech (11/ 11) and motor delay (6/11). Most of them had hypotonia (7/11), seizures (6/11), and abnormal behavior (8/10), including autism spectrum disorder, attention deficit hyperactivity disorder, and hypersensitivity. Almost all individuals showed dysmorphic facial features (10/11), and more than half (6/11) had skeletal malformations (involving the hands [4/11], feet [3/11], or spine [2/11]). Most of the individuals had growth failure (9/11), including four individuals with a very short stature. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10844 | ATP5E | Ain Roesley reviewed gene: ATP5E: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34954817; Phenotypes: Mitochondrial complex V (ATP synthase) deficiency, nuclear type 3 MIM#614053; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10844 | BAP1 |
Anna Ritchie changed review comment from: 11 de novo germline heterozygous missense BAP1 variants associated with a rare syndromic neurodevelopmental disorder. Functional analysis showed that most of the variants cannot rescue the consequences of BAP1 inactivation, suggesting a loss-of-function mechanism. Patients phenotypes also included developmental delay, speech and motor delay, seizures, hypotonia, abnormal behaviour, autism, attention deficit hyperactivity disorder, and hypersensitivity. Sources: Literature; to: 11 de novo germline heterozygous missense BAP1 variants associated with a rare syndromic neurodevelopmental disorder. Functional analysis showed that most of the variants cannot rescue the consequences of BAP1 inactivation, suggesting a loss-of-function mechanism. All affected individuals harboring a de novo BAP1 variant had DD or ID (11/11) characterized notably by speech (11/ 11) and motor delay (6/11). Most of them had hypotonia (7/11), seizures (6/11), and abnormal behavior (8/10), including autism spectrum disorder, attention deficit hyperactivity disorder, and hypersensitivity. Almost all individuals showed dysmorphic facial features (10/11), and more than half (6/11) had skeletal mal- formations (involving the hands [4/11], feet [3/11], or spine [2/11],). Most of the individuals had growth failure (9/11), including four individuals with a very short stature. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10844 | TMEM53 | Zornitza Stark Marked gene: TMEM53 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10843 | TMEM53 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: TMEM53 were changed from Sclerosing bone disorder, macrocephaly, impaired vision, short stature to Primary bone dysplasia MONDO:0018230, TMEM53-related; Sclerosing bone disorder, macrocephaly, impaired vision, short stature | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10842 | MAN2C1 | Alison Yeung Marked gene: MAN2C1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10840 | SLC38A3 | Zornitza Stark Marked gene: SLC38A3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10838 | BAP1 |
Anna Ritchie gene: BAP1 was added gene: BAP1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: BAP1 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: BAP1 were set to PMID: 35051358 Phenotypes for gene: BAP1 were set to syndromic intellectual disability MONDO:0000508 Penetrance for gene: BAP1 were set to unknown Review for gene: BAP1 was set to GREEN Added comment: 11 de novo germline heterozygous missense BAP1 variants associated with a rare syndromic neurodevelopmental disorder. Functional analysis showed that most of the variants cannot rescue the consequences of BAP1 inactivation, suggesting a loss-of-function mechanism. Patients phenotypes also included developmental delay, speech and motor delay, seizures, hypotonia, abnormal behaviour, autism, attention deficit hyperactivity disorder, and hypersensitivity. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10838 | ARSK | Zornitza Stark Marked gene: ARSK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10838 | ARSK | Zornitza Stark Gene: arsk has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10838 | ARSK | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ARSK were changed from Mucopolysaccharidosis to Mucopolysaccharidosis MONDO:0019249, ARSK-related | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10837 | ARSK | Zornitza Stark Classified gene: ARSK as Green List (high evidence) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10837 | ARSK | Zornitza Stark Gene: arsk has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10836 | SLC38A3 |
Ain Roesley changed review comment from: 7 families 6 of whom are consanguineous but unique variants in all of them Acquired microcephaly noted (8/10 with <-2 SD, 5/10 <-3 SD) 10/10 with axial hopotonia, absent speech, GDD/ID 9/10 with visual impairment 8/10 with seizures 8/10 with peripheral hypertonia Sources: Literature; to: 7 families 6 of whom are consanguineous but unique variants in all of them Acquired microcephaly noted (8/10 with >-2 SD, 5/10 >-3 SD) 10/10 with axial hopotonia, absent speech, GDD/ID 9/10 with visual impairment 8/10 with seizures 8/10 with peripheral hypertonia Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10836 | TMEM53 |
Lucy Spencer gene: TMEM53 was added gene: TMEM53 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: TMEM53 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: TMEM53 were set to PMID: 33824347 Phenotypes for gene: TMEM53 were set to Sclerosing bone disorder, macrocephaly, impaired vision, short stature Review for gene: TMEM53 was set to GREEN Added comment: PMID: 33824347- Previously unknown type of sclerosing bone disorder in 4 independent families, bi-allelic LOF variants in TMEM53. 5 individuals from 4 families, all have proportional or short limbed stature, not identifiable at birth. Head deformities (macrocephaly, dolichocephaly, prominent forehead), epicanthic folds, thick vermilion of upper and lower lips. Vision diminished after early childhood due to optic nerve compression. 3 of 4 families confirmed consanguineous, and all affected members from all 4 families have homozygous variants inherited from heterozygous parents. 3 families have the same splicing variant proven to cause exon 2 skipping and an NMD frameshift by RT-PCR. The other family has a an NMD frameshift variant. So 4 families but only 2 variants. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10836 | SLC38A3 |
Ain Roesley gene: SLC38A3 was added gene: SLC38A3 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: SLC38A3 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: SLC38A3 were set to 34605855 Phenotypes for gene: SLC38A3 were set to developmental epileptic encephalopathy, SLC38A3-related MONDO:0100062 Review for gene: SLC38A3 was set to GREEN gene: SLC38A3 was marked as current diagnostic Added comment: 7 families 6 of whom are consanguineous but unique variants in all of them Acquired microcephaly noted (8/10 with <-2 SD, 5/10 <-3 SD) 10/10 with axial hopotonia, absent speech, GDD/ID 9/10 with visual impairment 8/10 with seizures 8/10 with peripheral hypertonia Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10836 | FZR1 |
Alison Yeung gene: FZR1 was added gene: FZR1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: FZR1 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: FZR1 were set to 34788397 Phenotypes for gene: FZR1 were set to Developmental and epileptic encephalopathy, FZR1-related, MONDO:0100062 Review for gene: FZR1 was set to GREEN Added comment: >3 unrelated individuals reported with de novo missense variants. Functional studies in Drosophila demonstrate missense variants cause LOF. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10835 | MAN2C1 |
Michelle Torres gene: MAN2C1 was added gene: MAN2C1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: MAN2C1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: MAN2C1 were set to 35045343 Phenotypes for gene: MAN2C1 were set to neurodevelopmental disorder MONDO:0700092 MAN2C1-related Review for gene: MAN2C1 was set to GREEN Added comment: Six individuals from four different families, including two fetuses, exhibiting dysmorphic facial features, congenital anomalies such as tongue hamartoma, variable degrees of intellectual disability, and brain anomalies including polymicrogyria, interhemispheric cysts, hypothalamic hamartoma, callosal anomalies, and hypoplasia of brainstem and cerebellar vermis. Variants include PTC and missense. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10835 | ARSK |
Paul De Fazio gene: ARSK was added gene: ARSK was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: ARSK was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: ARSK were set to 34916232; 32856704 Phenotypes for gene: ARSK were set to Mucopolysaccharidosis Review for gene: ARSK was set to GREEN gene: ARSK was marked as current diagnostic Added comment: 4 individuals from 2 unrelated consanguineous families (Turkish and Indian) reported with a homozygous missense and an NMD-predicted nonsense variant. Affected individuals had features of mucopolysaccharidosis such as short stature, coarse facial features and dysostosis multiplex. Urinary GAG excretion was normal by conventional methods, but LC-MS/MS in 2 individuals revealed an increase in specific dermatan sulfate-derived disaccharides. Functional studies showed reduced protein levels and reduced enzyme activity for the nonsense and missense variant respectively. A mouse model also shows a mucopolysaccharidosis phenotype, albeit milder. Rated green (2 families, functional evidence, mouse model). Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10835 | FRA10AC1 |
Zornitza Stark edited their review of gene: FRA10AC1: Added comment: PMID 34694367: 5 individuals from 3 unrelated families reported. Variable ID, possibly related to variant type with LoF variants associated with more severe ID. All individuals had microcephaly, hypoplasia or agenesis of the corpus callosum, growth retardation, and craniofacial dysmorphism.; Changed rating: GREEN; Changed publications: 15203205, 34694367; Changed phenotypes: Neurodevelopmental disorder, MONDO:0700092, FRA10AC1-related; Changed mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal |
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| Mendeliome v0.10835 | NDUFS7 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFS7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10835 | NDUFS7 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFS7 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 3 MIM#618224 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10832 | NDUFA1 | Zornitza Stark Marked gene: NDUFA1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10832 | NDUFA1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NDUFA1 were changed from to Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 12 MIM#301020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10829 | MYO5A | Zornitza Stark Marked gene: MYO5A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10826 | LRPPRC | Zornitza Stark Marked gene: LRPPRC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10826 | LRPPRC | Zornitza Stark Phenotypes for gene: LRPPRC were changed from to Mitochondrial complex IV deficiency, nuclear type 5, (French-Canadian) MIM#220111 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10823 | LRPPRC | Zornitza Stark reviewed gene: LRPPRC: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Mitochondrial complex IV deficiency, nuclear type 5, (French-Canadian) MIM#220111; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10823 | AKAP10 | Paul De Fazio reviewed gene: AKAP10: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 12646697, 17485678; Phenotypes: {Cardiac conduction defect, susceptibility to} MIM#115080, sudden cardiac arrest MONDO:0007264; Mode of inheritance: Unknown; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10823 | HMCN1 | Paul De Fazio reviewed gene: HMCN1: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 25986072, 16020313, 14570714, 27007659; Phenotypes: {Macular degeneration, age-related, 1} MIM#603075, age related macular degeneration 1 MONDO:0011285; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10823 | PADI4 | Paul De Fazio reviewed gene: PADI4: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: 16449362, 19470526, 26474773; Phenotypes: Susceptibility to rheumatoid arthritis; Mode of inheritance: Unknown; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10823 | PLCB1 | Zornitza Stark Marked gene: PLCB1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10823 | PLCB1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PLCB1 were changed from to Epileptic encephalopathy, early infantile, 12 (MIM#613722) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10820 | PLCB1 | Zornitza Stark reviewed gene: PLCB1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24684524, 20833646, 22690784, 26818157; Phenotypes: Epileptic encephalopathy, early infantile, 12 (MIM#613722); Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10820 | PLAA | Zornitza Stark Marked gene: PLAA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10817 | PGAP1 | Zornitza Stark Marked gene: PGAP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10814 | KCNN2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: KCNN2 were changed from Neurodevelopmental movement disorders; Developmental Delay; Seizures to Neurodevelopmental disorder with or without variable movement or behavioural abnormalities, MIM#619725 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10813 | KCNN2 | Zornitza Stark edited their review of gene: KCNN2: Changed phenotypes: Neurodevelopmental disorder with or without variable movement or behavioural abnormalities, MIM#619725 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10813 | KCNN2 | Zornitza Stark reviewed gene: KCNN2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Neurodevelopmental disorder with or without variable movement or behavioral abnormalities, MIM#619725; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10813 | PDSS2 | Ain Roesley reviewed gene: PDSS2: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 29032433, 25349199, 17186472, 21723727, 10972372; Phenotypes: Coenzyme Q10 deficiency, primary, 3 MIM#614652; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10812 | PDHX |
Ain Roesley changed review comment from: >10 unrelated probands reported PDHX c.1336C>T (p.Arg446Ter) is a Roma founder variant; c.1182+2T>C (p.Ile386SerfsTer13) is a Moroccan founder variant.; to: established gene-disease association PDHX c.1336C>T (p.Arg446Ter) is a Roma founder variant; c.1182+2T>C (p.Ile386SerfsTer13) is a Moroccan founder variant. |
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| Mendeliome v0.10812 | NDUFV1 | Ain Roesley reviewed gene: NDUFV1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34807224; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 4 MIM#618225; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10812 | NDUFS8 | Ain Roesley reviewed gene: NDUFS8: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 23430795, 9837812, 15159508, 22499348, 20818383, 20819849; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 2 MIM#618222; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10812 | NDUFS7 | Ain Roesley reviewed gene: NDUFS7: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 17604671, 17275378, 10360771; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 3 MIM#618224; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10812 | NDUFAF5 | Ain Roesley reviewed gene: NDUFAF5: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34797029; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 3 MIM#618224; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10812 | NDUFS7 | Ain Roesley reviewed gene: NDUFS7: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 34797029; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 3 MIM#618224; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10812 | NDUFA1 | Ain Roesley reviewed gene: NDUFA1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 29506883, 19185523, 17262856, 21596602; Phenotypes: Mitochondrial complex I deficiency, nuclear type 12 MIM#301020; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10812 | LRPPRC |
Ain Roesley changed review comment from: Established gene-disease association; to: Established gene-disease association Onset in infancy and death usually occurs by age 2 years |
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| Mendeliome v0.10812 | LRPPRC | Ain Roesley reviewed gene: LRPPRC: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 32972427, 26510951, 21266382; Phenotypes: Mitochondrial complex IV deficiency, nuclear type 5, (French-Canadian) MIM#220111; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10812 | MGP | Zornitza Stark Marked gene: MGP as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10808 | ABCC9 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ABCC9 were changed from Hypertrichotic osteochondrodysplasia, MIM# 239850; Cantu syndrome; mild ID, similar facies, myopathy, cerebral white matter hyperintensities; cardiac systolic dysfunction to Hypertrichotic osteochondrodysplasia, MIM# 239850; Cantu syndrome; Intellectual disability and myopathy syndrome, MIM# 619719 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10800 | PIK3R5 | Zornitza Stark Marked gene: PIK3R5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10796 | KIF26B | Zornitza Stark Marked gene: KIF26B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10796 | KIF26B |
Zornitza Stark gene: KIF26B was added gene: KIF26B was added to Mendeliome. Sources: Expert Review Mode of inheritance for gene: KIF26B was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: KIF26B were set to 30151950 Phenotypes for gene: KIF26B were set to Progressive microcephaly, pontocerebellar hypoplasia, and arthrogryposis Review for gene: KIF26B was set to RED Added comment: 1 report only of infant with progressive microcephaly, pontocerebellar hypoplasia, and arthrogryposis secondary to the involvement of anterior horn cells and ventral (motor) nerves. Whole exome sequencing on the trio identified a de novo KIF26B missense variant (p.Gly546Ser). Functional analysis of the variant protein in cultured cells revealed a reduction in the KIF26B protein's ability to promote cell adhesion, a defect that potentially contributes to its pathogenicity. Sources: Expert Review |
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| Mendeliome v0.10795 | ACP5 | Alison Yeung Marked gene: ACP5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10795 | ACP2 | Alison Yeung Marked gene: ACP2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10794 | CHP1 | Zornitza Stark Marked gene: CHP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10793 | CHP1 |
Zornitza Stark gene: CHP1 was added gene: CHP1 was added to Mendeliome. Sources: Expert Review Mode of inheritance for gene: CHP1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: CHP1 were set to 29379881; 32787936 Phenotypes for gene: CHP1 were set to Spastic ataxia 9, autosomal recessive, MIM #618438 Review for gene: CHP1 was set to GREEN Added comment: 2 different consanguineous families with 2 affected siblings with ataxia (1 paediatric onset, 1 adult onset). 3 of the patients had cerebellar atrophy. WES identified homozygous variants in CHP1 gene in both families (K19del and Arg91Cys), which segregated with the disorder in the family. Decreased CHP1 protein on IHC of cerebellar tissue in family with Arg91Cys variant. In vitro functional expression studies in HEK293 cells showed that the K19del mutation resulted in decreased protein expression, with normal levels of transcript, suggesting defects in protein stability. The mutant protein formed massive protein aggregates in transfected neuronal cell bodies and neurite-like projections, whereas the wildtype protein showed a more uniform distribution. The mutant protein altered CHP1 association into functional complexes and impaired membrane localization of the Na+/H+ transporter NHE1. The findings indicated that the CHP1 mutation likely causes ataxia in an NHE1-dependent manner, resembling the mechanism observed in the Chp1 vacillator mutant mouse. Sources: Expert Review |
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| Mendeliome v0.10792 | PI4KA | Zornitza Stark Phenotypes for gene: PI4KA were changed from Polymicrogyria, perisylvian, with cerebellar hypoplasia and arthrogryposis, MIM# 616531; Neurodevelopmental syndrome with hypomyelinating leukodystrophy; Spastic paraplegia 84, autosomal recessive, MIM# 619621 to Polymicrogyria, perisylvian, with cerebellar hypoplasia and arthrogryposis, MIM# 616531; Neurodevelopmental syndrome with hypomyelinating leukodystrophy; Spastic paraplegia 84, autosomal recessive, MIM# 619621; Gastrointestinal defects and immunodeficiency syndrome 2, MIM# 619708 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10791 | PI4KA | Zornitza Stark edited their review of gene: PI4KA: Changed phenotypes: Polymicrogyria, perisylvian, with cerebellar hypoplasia and arthrogryposis, MIM# 616531, Neurodevelopmental syndrome with hypomyelinating leukodystrophy, Spastic paraplegia 84, autosomal recessive, MIM# 619621, Gastrointestinal defects and immunodeficiency syndrome 2, MIM# 619708 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10791 | FNIP1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: FNIP1 were changed from Hypertrophic Cardiomyopathy; Primary Immunodeficiency; Agammaglobulinemia; Neutropenia to Immunodeficiency 93 and hypertrophic cardiomyopathy, MIM# 619705 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10790 | FNIP1 | Zornitza Stark reviewed gene: FNIP1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Immunodeficiency 93 and hypertrophic cardiomyopathy, MIM# 619705; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10788 | CYS1 | Zornitza Stark Marked gene: CYS1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10785 | CAMK2G | Zornitza Stark Marked gene: CAMK2G as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10784 | CAMK2G |
Zornitza Stark gene: CAMK2G was added gene: CAMK2G was added to Mendeliome. Sources: Expert Review Mode of inheritance for gene: CAMK2G was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: CAMK2G were set to 30184290; 23033978 Phenotypes for gene: CAMK2G were set to Mental retardation, autosomal dominant 59, MIM# 618522 Review for gene: CAMK2G was set to AMBER Added comment: Two unrelated individuals reported with de novo (p.Arg292Pro) variant. Functional data suggests GoF. Sources: Expert Review |
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| Mendeliome v0.10783 | CSNK2B | Zornitza Stark Marked gene: CSNK2B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10780 | NCAPD3 | Zornitza Stark Marked gene: NCAPD3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10780 | NCAPD3 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: NCAPD3 were changed from to Microcephaly 22, primary, autosomal recessive, MIM# 617984 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10776 | NCAPD3 | Zornitza Stark reviewed gene: NCAPD3: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 27737959; Phenotypes: Microcephaly 22, primary, autosomal recessive, MIM# 617984; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10776 | CYP2C8 | Zornitza Stark Marked gene: CYP2C8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10774 | HPGD | Zornitza Stark Marked gene: HPGD as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10774 | HPGD | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HPGD were changed from to Hypertrophic osteoarthropathy, primary, autosomal recessive 1 MIM#259100; Cranioosteoarthropathy MIM#259100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10771 | GLMN | Zornitza Stark Marked gene: GLMN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10768 | GDI1 | Zornitza Stark Marked gene: GDI1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10764 | NECTIN1 | Zornitza Stark Marked gene: NECTIN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10761 | AGR2 | Zornitza Stark Marked gene: AGR2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10760 | AGR2 |
Zornitza Stark gene: AGR2 was added gene: AGR2 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: AGR2 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: AGR2 were set to 34952832 Phenotypes for gene: AGR2 were set to CF-like disorder Review for gene: AGR2 was set to GREEN Added comment: 13 patients from 9 families with a CF-like phenotype consisting of recurrent lower respiratory infections (13/13), failure to thrive (13/13) and chronic diarrhoea (8/13), with high morbidity and mortality. All patients had biallelic variants in AGR2, (1) two splice-site variants, (2) gene deletion and (3) three missense variants. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10759 | HPGD | Ain Roesley reviewed gene: HPGD: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 20406614, 32282352, 31878983, 29282707; Phenotypes: Hypertrophic osteoarthropathy, primary, autosomal recessive 1 MIM#259100, Cranioosteoarthropathy MIM#259100; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10759 | IKZF2 | Zornitza Stark Marked gene: IKZF2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10758 | IKZF2 |
Zornitza Stark gene: IKZF2 was added gene: IKZF2 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: IKZF2 was set to MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted Publications for gene: IKZF2 were set to 34920454 Phenotypes for gene: IKZF2 were set to Immune dysregulation Review for gene: IKZF2 was set to GREEN Added comment: Six individuals with systemic lupus erythematosus, immune thrombocytopenia or EBV-associated haemophagocytic lymphohistiocytosis reported with variants in this gene. Patients exhibited hypogammaglobulinaemia, decreased number of T-follicular helper and NK-cells. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10757 | RHBDF2 | Zornitza Stark Marked gene: RHBDF2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10754 | ANGPT2 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ANGPT2 were changed from Lymphatic malformation-10, MIM#619369; Primary lymphoedema to Lymphatic malformation-10, MIM#619369; Primary lymphoedema; Hydrops | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10751 | ANGPT2 | Zornitza Stark edited their review of gene: ANGPT2: Added comment: Bi-allelic disease PMID 34876502: single family reported with four fetuses with hydrops fetalis homozygous for ANGPT2 NM_001147.2:c.557A>G. The consanguineous parents and surviving sibblings (a girl and a boy), were heterozygous for this variant. This variant is predicted to create a cryptic exonic splice site, resulting in a r.557_566del and nonsense-mediated mRNA decay. This prediction was supported by the lack of a transcript from this allele in the parents.; Changed publications: 32908006, 34876502; Changed phenotypes: Lymphatic malformation-10, MIM#619369, Primary lymphoedema, Hydrops; Changed mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10751 | BET1 | Zornitza Stark Marked gene: BET1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10750 | BET1 |
Zornitza Stark gene: BET1 was added gene: BET1 was added to Mendeliome. Sources: Literature Mode of inheritance for gene: BET1 was set to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal Publications for gene: BET1 were set to 34779586 Phenotypes for gene: BET1 were set to Muscular dystrophy; Epilepsy Review for gene: BET1 was set to AMBER Added comment: Three individuals from 2 unrelated families reported. Sources: Literature |
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| Mendeliome v0.10749 | PAX8 | Zornitza Stark Marked gene: PAX8 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10746 | PAPSS2 | Zornitza Stark Marked gene: PAPSS2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10741 | UQCRC2 | Zornitza Stark edited their review of gene: UQCRC2: Added comment: Third family with different variant reported, together with functional data.; Changed rating: GREEN; Changed publications: 28275242, 23281071, 33865955 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10740 | STT3A | Zornitza Stark Phenotypes for gene: STT3A were changed from Congenital disorder of glycosylation, type Iw MIM#615596 to Congenital disorder of glycosylation, type Iw, AR, OMIM #615596; Congenital disorder of glycosylation, type Iw, autosomal dominant, MIM# 619714 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10739 | FMN2 | Zornitza Stark Marked gene: FMN2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10736 | HAND1 | Zornitza Stark Marked gene: HAND1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10733 | HAND1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: HAND1 were changed from to Congenital heart disease, MONDO:0005453 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10732 | ILK | Zornitza Stark Marked gene: ILK as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10732 | ILK | Zornitza Stark Phenotypes for gene: ILK were changed from to Dilated cardiomyopathy | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10728 | ILK | Zornitza Stark reviewed gene: ILK: Rating: RED; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Dilated cardiomyopathy; Mode of inheritance: None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10728 | ZIC4 | Zornitza Stark Marked gene: ZIC4 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10728 | ZIC4 | Zornitza Stark Added comment: Comment when marking as ready: Two individuals reported with a deletion of ZIC1 and ZIC4 and Dandy-Walker malformation. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10726 | FKBP10 | Zornitza Stark Marked gene: FKBP10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10723 | FAM46A | Zornitza Stark Marked gene: FAM46A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10720 | DYNC1I1 | Zornitza Stark Marked gene: DYNC1I1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10719 | GATA5 | Zornitza Stark Marked gene: GATA5 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10719 | GATA5 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: GATA5 were changed from to Congenital heart defects, multiple types, 5 - #617912 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10715 | MYPN | Zornitza Stark Marked gene: MYPN as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10715 | MYPN | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MYPN were changed from to Nemaline myopathy 11, autosomal recessive MIM#617336 AR; cardiomyopathy MIM#615248 AD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10711 | MSTO1 | Zornitza Stark Marked gene: MSTO1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10711 | MSTO1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: MSTO1 were changed from to Myopathy, mitochondrial, and ataxia, OMIM:617675; Mitochondrial myopathy-cerebellar ataxia-pigmentary retinopathy syndrome, MONDO:0044714 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10708 | MSTO1 | Zornitza Stark reviewed gene: MSTO1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28554942, 28544275, 31604776, 31463572, 31130378, 30684668, 29339779; Phenotypes: Myopathy, mitochondrial, and ataxia, OMIM:617675, Mitochondrial myopathy-cerebellar ataxia-pigmentary retinopathy syndrome, MONDO:0044714; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10708 | MDH2 | Zornitza Stark Marked gene: MDH2 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10705 | FOXH1 | Zornitza Stark Marked gene: FOXH1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10705 | FOXH1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: FOXH1 were changed from to Congenital heart disease; holoprosencephaly | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10701 | MBOAT7 | Zornitza Stark Marked gene: MBOAT7 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10698 | HAND2 | Krithika Murali reviewed gene: HAND2: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26865696, 32134193, 26676105, 30217752, 20819618; Phenotypes: Congenital heart disease; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10698 | SIN3A | Zornitza Stark Marked gene: SIN3A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10695 | SYN1 | Zornitza Stark Marked gene: SYN1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10695 | SYN1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SYN1 were changed from to Epilepsy, X-linked, with variable learning disabilities and behaviour disorders, MIM# 300491; Intellectual developmental disorder, X-linked 50, MIM# 300115 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10692 | SYN1 | Zornitza Stark reviewed gene: SYN1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 14985377, 21441247, 28973667, 21441247, 34243774; Phenotypes: Epilepsy, X-linked, with variable learning disabilities and behaviour disorders, MIM# 300491, Intellectual developmental disorder, X-linked 50, MIM# 300115; Mode of inheritance: X-LINKED: hemizygous mutation in males, biallelic mutations in females | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10692 | DCC | Zornitza Stark Marked gene: DCC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10689 | SNX10 | Zornitza Stark Marked gene: SNX10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10686 | MEOX1 | Zornitza Stark Marked gene: MEOX1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10683 | OTUD6B | Zornitza Stark Marked gene: OTUD6B as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10680 | OTUD6B | Zornitza Stark changed review comment from: IDDFSDA is a severe multisystem disorder characterized by global developmental delay, microcephaly, absent speech, hypotonia, growth retardation with prenatal onset, feeding difficulties, structural brain abnormalities, congenital malformations including congenital heart disease, and musculoskeletal features. In 2017, 12 patients from 6 unrelated families with IDDFSDA identified with 4 homozygous mutations in the OTUD6B gene (WES and Sanger, and segregated with the disorder in the families). Other cases reported since. Suitable for fetal anomalies panel.; to: IDDFSDA is a severe multisystem disorder characterized by global developmental delay, microcephaly, absent speech, hypotonia, growth retardation with prenatal onset, feeding difficulties, structural brain abnormalities, congenital malformations including congenital heart disease, and musculoskeletal features. In 2017, 12 patients from 6 unrelated families with IDDFSDA identified with 4 homozygous mutations in the OTUD6B gene (WES and Sanger, and segregated with the disorder in the families). Other cases reported since. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10680 | SERPINH1 | Zornitza Stark Marked gene: SERPINH1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10677 | SERPINF1 | Zornitza Stark Marked gene: SERPINF1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10674 | PITX1 | Zornitza Stark Marked gene: PITX1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10671 | ICAM1 | Zornitza Stark Marked gene: ICAM1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10670 | IRAK3 | Zornitza Stark Marked gene: IRAK3 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10669 | CAPN10 | Zornitza Stark Marked gene: CAPN10 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10666 | SPARC | Zornitza Stark Marked gene: SPARC as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10666 | SPARC | Zornitza Stark Gene: sparc has been classified as Green List (High Evidence). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10666 | SPARC | Zornitza Stark Phenotypes for gene: SPARC were changed from to Osteogenesis imperfecta, type XVII, MIM# 616507 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10665 | SPARC | Zornitza Stark Publications for gene: SPARC were set to | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10664 | SPARC | Zornitza Stark Mode of inheritance for gene: SPARC was changed from Unknown to BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10663 | SPARC | Zornitza Stark reviewed gene: SPARC: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 26027498, 34462290; Phenotypes: Osteogenesis imperfecta, type XVII, MIM# 616507; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10663 | WNT7A | Seb Lunke Marked gene: WNT7A as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10660 | XYLT1 | Seb Lunke Marked gene: XYLT1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10658 | ZIC1 | Seb Lunke Marked gene: ZIC1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10656 | STRADA | Zornitza Stark Marked gene: STRADA as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10652 | YAP1 | Zornitza Stark Marked gene: YAP1 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10652 | YAP1 | Zornitza Stark Phenotypes for gene: YAP1 were changed from to Coloboma, ocular, with or without hearing impairment, cleft lip/palate, and/or mental retardation, MIM#120433 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10649 | YAP1 | Zornitza Stark reviewed gene: YAP1: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: 24462371, 27267789, 28801591; Phenotypes: Coloboma, ocular, with or without hearing impairment, cleft lip/palate, and/or mental retardation, MIM#120433; Mode of inheritance: BIALLELIC, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10649 | WDR73 | Zornitza Stark Marked gene: WDR73 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10646 | USP18 | Zornitza Stark Marked gene: USP18 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10643 | HAND1 | Krithika Murali reviewed gene: HAND1: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 31286141, 29016838, 29317578, 29179274, 28112363, 27942761, 26581070; Phenotypes: Congenital heart defects; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, NOT imprinted | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10643 | ILK | Paul De Fazio reviewed gene: ILK: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 17646580, 27886618, 25163546; Phenotypes: Dilated cardiomyopathy; Mode of inheritance: MONOALLELIC, autosomal or pseudoautosomal, imprinted status unknown; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10643 | GATA5 | Krithika Murali reviewed gene: GATA5: Rating: AMBER; Mode of pathogenicity: None; Publications: 28180938, 27066509, 34461831, 30229885, 28285006, 25543888, 25515806, 24796370, 23295592, 23289003, 22961344; Phenotypes: Congenital heart defects, multiple types, 5 - #617912; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic, autosomal or pseudoautosomal | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10643 | TBX22 | Zornitza Stark Marked gene: TBX22 as ready | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10640 | MYPN | Ain Roesley reviewed gene: MYPN: Rating: GREEN; Mode of pathogenicity: None; Publications: ; Phenotypes: Nemaline myopathy 11, autosomal recessive MIM#617336 AR, cardiomyopathy MIM#615248 AD; Mode of inheritance: BOTH monoallelic and biallelic (but BIALLELIC mutations cause a more SEVERE disease form), autosomal or pseudoautosomal; Current diagnostic: yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mendeliome v0.10640 | MYL9 |
Ain Roesley edited their review of gene: MYL9: Added comment: PMID:32621347; 3rd family with non-consanguineous parents and 3 TOPs. 2 were genotyped and found to be hom for the same deletion of exon 4 as reported by PMID: 29453416 Possibly 4th proband in PMID: 33264186 but specifics including genotype were lacking and overlapping institute/hospital as PMID: 33031641; Changed publications: 32621347, 33264186 |
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